Scriptiebank overzicht

De scriptie behandelt de CINtec PLUS Cytologietest (Roche), een diagnostische test voor het opsporen van cellen in baarmoederhalsuitstrijkjes met een verhoogd risico op kanker. De test detecteert de co-expressie van de biomarkers p16 en Ki‑67, die informatie geven over ongecontroleerde celgroei. Tijdens de implementatie bij het Institut de Pathologie et de Génétique (IPG) werd de test uitgebreid geverifieerd op juistheid, herhaalbaarheid, reproduceerbaarheid en robuustheid om de betrouwbaarheid te bevestigen. Het doel van de test is het aantal vals-positieve resultaten te verminderen, zodat onnodige vervolgonderzoeken en stress bij vrouwen beperkt worden.

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

Deze studie toont aan dat thermografie potentieel heeft als toekomstige detectiemethode voor huidtumoren. De onderhuidse parameters van huidtumoren worden voorspeld, wat voordelen biedt bij de detectie en behandeling ervan.

Deze scriptie gaat over Epitheliale-Mesenchymale transitie (EMT) bij borstkanker. EMT is een biologisch omzettingsproces dat een rol speelt bij uitzaaiing of metastase van borstkanker.

Bij dit proces worden epitheelcellen omgezet tot mesenchymcellen. Hierdoor kunnen die cellen nieuwe functies krijgen en aanleiding geven tot bijvooorbeeld migratie.

Ook kankercellen kunnen deze eigenschap verwerven en aanleiding geven tot uitzaaiing of anders gezegd metastase.

Stamcellen kunnen ons helpen in de strijd tegen kanker door de gezonde cellen die beschadigd geraken door hoge dosissen chemotherapie te vervangen. Zo vormt de autologe stamceltransplantatie een belangrijk onderdeel in de behandeling van lymfeklierkanker. Mijn onderzoek betreft meer specifiek de resultaten van autologe stamceltransplantatie bij patiënten met een mantelcellymfoom.

Het uitzaaien van kankercellen in het lichaam van de patiënt gaat nog steeds gepaard met een lage levensverwachting. Eén van de eerste stappen is het loskomen van de cellen uit de tumor (de epitheliale-naar-mesenchymale transitie) en wordt vaak geactiveerd door het gebrek aan zuurstof (hypoxie). Omdat een goed modelorganisme om deze transitie te bestuderen ontbreekt, introduceren we hier Daphnia magna, een invertebrate kreeftachtige, als nieuw model in kankeronderzoek.

In deze masterthesis werd het mechanisme achter de start van celgroei bestudeerd in gist via fundamenteel biologisch onderzoek. Kinasen, een bepaald type eiwitten, lijken betrokken te zijn bij het linken van celgroei met de beschikbaarheid van voeding.