Scriptiebank overzicht

Kelpwouden – de weelderige onderwaterbossen die kustlijnen beschermen, CO₂ opslaan en onderdak bieden aan talloze zeeorganismen – staan onder druk door klimaatverandering en steeds hittegolven in de oceanen die alsmaar toenemen. Maar gelukkig is er hoop te vinden in de wateren van de oceanen. Nieuw onderzoek laat zien dat probiotische, oftewel “goede”, bacteriën kelp kunnen helpen om beter bestand te zijn tegen warmte en stress. Door samen te werken met deze natuurlijke microben versterken we de veerkracht van kelpwouden – van binnenuit, met de kracht van het leven zelf.

Verandering kunnen we helaas niet meer tegenhouden. Wat we wel kunnen doen? We kunnen leren ermee mee te bewegen. In de samenwerking tussen kelp en zijn microscopische bondgenoten schuilt misschien wel een blauwdruk voor hoe mens en natuur sámen de toekomst kunnen trotseren.

Deze bachelorscriptie onderzoekt hoe goedkope, participatieve en visuele hygiënevoorlichting de basishygiënepraktijken onder kwetsbare kinderen in Oeganda kan verbeteren. Het onderzoek werd uitgevoerd tijdens een stage van zes maanden bij Uganda Hands for Hope (UHfH) in de sloppenwijk Namuwongo in Kampala, en door middel van vergelijkend veldwerk in het landelijke district Kamuli. De centrale onderzoeksvraag was: “Hoe kunnen goedkope, participatieve en educatieve hygiëne-interventies de hygiënepraktijken onder kwetsbare kinderen en adolescenten in Oeganda verbeteren?” Met behulp van kwalitatieve methoden zoals participerende observatie, diepte-interviews en focusgroepen, bracht het onderzoek belangrijke hiaten in het hygiënebewustzijn en de hygiënepraktijken aan het licht, ondanks de beschikbaarheid van waterinfrastructuur. Er werd een kindvriendelijk hygiënevoorlichtingspakket ontwikkeld en getest, met visuele hulpmiddelen zoals stickers, posters en boekjes met pictogrammen. Uit de resultaten bleek dat interactief, visueel materiaal de betrokkenheid van kinderen aanzienlijk vergrootte en hun hygiëneroutines verbeterde. Leraren en verzorgers meldden ook positieve gedragsveranderingen bij kinderen. De studie concludeert dat effectieve hygiënevoorlichting moet worden geïntegreerd in het dagelijks leven en zo moet worden ontworpen dat deze toegankelijk, betaalbaar en lokaal relevant is. Visuele en participatieve methoden bieden een krachtige manier om hygiënearmoede in informele nederzettingen en plattelandsgemeenschappen aan te pakken.

De steeds toenemende hoeveelheid voedselafval en de vraag naar alternatieve eiwitbronnen zorgen voor extra belangstelling in de industrialisering van de zwarte soldatenvlieg larven (BSFL) kweek. BSFL worden steeds meer erkend vanwege hun potentieel voor duurzaam afvalbeheer en als eiwitrijke voedselbron vanwege hun vermogen om organisch afval om te zetten in waardevolle biomassa. Echter is de invloed van hun darmmicrobiota op hun groei en ontwikkeling nog onvoldoende bekend.

Deze studie richt zich op de ontwikkeling en optimalisatie van een axenisch (kiemvrij)
model voor BSFL, Hermetia illucens, om de rol van de microbiota in de larvale ontwikkeling beter te begrijpen en de efficiëntie van op BSFL gebaseerde bioconversie-systemen
te verbeteren. De sterilisatie van BSFL-eieren werd uiteindelijk bereikt door afwisselende behandelingen met ethanol en natriumhypochloriet.

Vervolgens werden de axenische larven gekweekt op verschillende behandelingen en met elkaar vergeleken. De onderzochte behandelingen waren steriele, niet-steriele en voorgeïncubeerde vormen van kippenvoer en tarwezemelen. Door voorafgaande incubatie konden micro-organismen, voor sterilisatie, potentieel gunstige metabolieten produceren. Met deze proefopzet kon worden beoordeeld of deze microbiële metabolieten de groei konden ondersteunen zonder de aanwezigheid van levende micro-organismen. Hieruit is er dan gebleken dat de microbiële activiteit een positieve invloed heeft op de groei van axenische BSFL voor het minder kwaliteitsvolle tarwezemelen als kweeksubstraat.

Kippenvoer en tarwezemelen bieden echter een beperkte flexibiliteit bij het aanpassen van hun samenstelling. Hiervoor zijn op bouillon gebaseerde diëten een veelbelovende
oplossing. Echter is er gebleken dat de larven een driedimensionale structuur nodig hebben om hun natuurlijke kruip- en voedingsgedrag te ondersteunen. Uit de onderzochte bouillons en matrices, leverde vlas in combinatie met een eiwitrijke bouillon de beste resultaten op. Daarmee is dit dieet veelbelovend voor toekomstig onderzoek naar optimalisatie van de kweeksubstraten.

Met het toenemende gebruik van pesticiden en de klimaatsverandering worden dieren blootgesteld aan een waaier van stressoren. Ze kunnen echter tolerantie verwerven tegen één of meerdere stressoren. Het onderhouden van tolerantie kost echter veel energie en kan soms nadelig zijn. In deze scriptie werd onderzocht wat het effect is van pesticiden en/of stijgende temperaturen op Daphnia magna, een watervlo. Er werd gekeken naar welk effect deze stressoren hadden op de overleving, het matuur worden en het aantal nakomelingen van watervlooien. Er werden vier verschillende tolerantie-types gebruikt van watervlooien: 1) controle watervlooien, 2) pesticide tolerante watervlooien, 3) hitte tolerante watervlooien en 4) watervlooien tolerant tegen zowel het pesticide als de hitte. Er werd een volledig factorieel ontwerp opgesteld en er werd ook gekeken naar het effect van de stressoren op de microbioom compositie van de verschillende tolerantie-types. We vonden een kost van tolerantie voor de pesticide-tolerante watervlooien wanneer blootgesteld aan 32 °C. We vonden ook dat wanneer de verschillende watervlooi types werden blootgesteld aan een stressor, ze meer bacteriën kregen die hun hielpen bij het omgaan met deze stressor. Ook zagen we dat in een omgeving met meerdere stressoren, het niet goed genoeg was om enkel tolerant te zijn tegen één van deze stressoren.

Afvalwaterzuiveringsinstallaties staan onder toenemende druk. Ze kampen met een
beperkte capaciteit, een hoog energieverbruik en de noodzaak om extra chemicaliën
toe te voegen om stikstof te verwijderen. Tegelijkertijd hebben rioleringssystemen hun
eigen problemen, zoals geuroverlast, aantasting van leidingen en de uitstoot van
broeikasgassen. Om deze problemen aan te pakken, voegen waterbeheerders vaak
nitraat of ijzerzouten toe, maar deze oplossingen zijn op lange termijn niet duurzaam.
Een veelbelovender en duurzamer alternatief is het gebruik van genitrificeerde urine.
Dit is urine waarbij de stikstof al is omgezet naar nitraat. Deze nitraatrijke vloeistof kan
rechtstreeks in de riolering worden gedoseerd. Zo helpt het om geurhinder en corrosie
tegen te gaan, terwijl het ook de stikstofbelasting op de zuiveringsinstallatie verlaagt.
Maar hoe reageren de micro-organismen in de riolering op deze aanpak?
Deze thesis onderzoekt hoe goed verschillende bacteriën nitraat verwijderen wanneer
ze koolstof (uit acetaat), sulfide of beide als energiebron ter beschikking hebben. Uit
de testen bleek dat koolstofverwerkende bacteriën (heterotrofen) nitraat het snelst
verwijderen. Bacteriën die sulfide gebruiken (autotrofen) zijn trager, maar presteren
beter als ze zijn aangepast aan zwavelrijke omstandigheden. Wanneer zowel koolstof
als sulfide aanwezig is, krijgen de heterotrofen de overhand. In plaats van samen te
werken, bleken de twee groepen bacteriën juist te concurreren om dezelfde
voedingsstof: nitraat.
Daarnaast werd onderzocht hoe waterstofsulfide (H₂S), een stinkend en giftig gas, de heterotrofe bacteriën beïnvloedt. Zelfs kleine hoeveelheden kunnen het proces al
remmen, al hangt het effect sterk af van de timing en eerdere blootstelling van de
bacteriën aan H₂S.
Tot slot werd berekend hoeveel nitraat nodig is om geur- en corrosieproblemen in de
riolering effectief te bestrijden. Een simulatie van een appartementsgebouw met 100
bewoners liet zien dat genitrificeerde urine op zichzelf al voldoende is om de juiste
omstandigheden in de riolering te behouden, dit zonder dat extra chemicaliën nodig
zijn.
Kortom, dit onderzoek geeft meer inzicht in hoe rioolmicroben samenwerken (of juist
niet), en laat zien hoe we onze eigen afvalstromen, zoals urine, slim kunnen inzetten
om afvalwatersystemen efficiënter, duurzamer en toekomstbestendiger te maken.

De studie richt zich op het optimaliseren van groeimedia voor darmbacteriën van honingbijen, die een cruciale rol spelen in de gezondheid van bijen en hun kolonies. Omdat standaard kweekmedia vaak niet geschikt zijn, is onderzocht welke aangepaste media nodig zijn voor verschillende bacteriesoorten zoals Commensalibacter, Gilliamella, Snodgrasella, Apibacter en Bombella.

Uit de resultaten blijkt dat toevoeging van charcoal de groei kan bevorderen door schadelijke stoffen te binden, maar dat elke bacteriesoort zijn eigen voorkeur heeft voor specifieke media. Er bestaat dus geen universeel groeimedium. Dit betekent dat toekomstig onderzoek zich moet richten op soorten-specifieke media of co-culturen die de natuurlijke darmomgeving nabootsen.

Het onderzoek is niet alleen technisch relevant, maar draagt ook bij aan betere inzichten in bijengezondheid, mogelijke probiotica voor bijen en breder microbioomonderzoek. De kernconclusie: de gezondheid van bijen begint bij hun darmmicroben, en hun bestudering begint bij het juiste groeimedium.

Vloeibaar water van hoge kwaliteit is een van de belangrijkste zaken op aarde. Deze moet koste wat het kost behouden blijven. Bedrijven en gemeenschappen dragen hieraan toe door hun afvalwater te zuiveren, alvorens het in de natuur te lozen. Hoewel dit proces zorgt voor natuurlijke wateren van hogere kwaliteit, heeft dit proces ook zijn keerzijde, namelijk de productie van enorme hoeveelheden afvalslib. Tot hiertoe is nog geen grootschalige toepassing gevonden voor het recycleren van deze afvalstroom. Met dit werk, wil ik graag kijken naar een mogelijke toepassing van het afvalslib, meer bepaald het gebruik van EPS als hydrogel. Hierbij wordt gekeken naar de verschillende stappen van dit proces.

In een eerste stap wordt gekeken welke componenten het meeste potentieel tonen om gebruikt te worden. in een bepaalde toepassing. Na een literatuurstudie blijkt dat de extracellulaire polymere substanties of EPS het meeste potentieel tonen. Het proces gaande van afvalslib naar toepassing van EPS bestaat echter uit heel wat verschillende stappen. Deze thesis focust op deze verschillende stappen, vertrekkend bij de extractie van EPS uit het afvalslib. In dit werk worden vier extractieprotocols met elkaar vergeleken, aan de hand van kwalitatieve en kwantitatieve criteria. Op basis hiervan is het meest optimale extractieprotocol geselecteerd.

In een volgende stap zijn dan EPS'en van verschillende bronnen chemisch gekarakteriseerd, om na te gaan of EPS van verschillende bronnen ook verschillende samenstellingen hebben. Met behulp van verschillende technieken blijkt dat de samenstelling van EPS soortafhankelijk is. Elke bron van EPS resulteert dus in materiaal met een unieke compositie.

Om vervolgens na te gaan wat voor effecten dit heeft op de toepassingen van EPS, zijn EPS van vier verschillende industriële slibben gebruikt om hydrogels te maken, aan de hand van een 3D-geprinte mal. Met behulp van reologie zijn dan de mechanische eigenschappen van deze hydrogels getest. Deze resultaten zijn vervolgens gebruikt om het mechanisch gedrag van de EPS te linken aan hunchemische samenstelling. Door de complexe compositie van de EPS was het vinden van zo'n relatie echter niet mogelijk.

Kan iets schijnbaar eenvoudigs zoals mondverzorging het herstel na een beroerte beïnvloeden? Deze pilootstudie onderzocht hoe drie eenvoudige mondverzorgingsmethoden de slikfunctie van patiënten na een beroerte beïnvloeden. De resultaten tonen dat een gezonde mond niet alleen eten aangenamer maakt, maar ook complicaties kan voorkomen. Ontdek hoe een kleine verandering in zorg een grote impact kan hebben op herstel en levenskwaliteit.

Dit proefschrift onderzoekt de eliminatie van prioritaire vluchtige organische stoffen (VOS) door middel van actieve botanische biofilters via een gecombineerde experimentele en modelleringsbenadering. Het onderzoek richt zich op de verwijdering van benzeen, tolueen, ethylbenzeen, xyleen, formaldehyde en acetaaldehyde (BTEXFA)-verbindingen, die vertegenwoordigers zijn van binnenluchtverontreinigingen die een reële bedreiging vormen voor de menselijke gezondheid. De experimentele benadering gebruikte een actief botanisch biofilter (ABB) en microbiële biofilters (MB's) om de prestaties van VOC-verwijdering onder verschillende randvoorwaarden te evalueren. Eerst werd een studie naar ABB-acclimatisatie uitgevoerd. Zodra de filters volledig operationeel waren en VOS verwijderden, werd een studie naar luchtsnelheidsvariatie uitgevoerd om de verwijdering bij verschillende luchtstroomsnelheden te documenteren. Tegelijkertijd werd een nieuw 3D multiphysics-model ontwikkeld op basis van computationele vloeistofdynamica om de aerodynamica van het MB-substraat, VOC-transport, en verwijderingsfenomenen te karakteriseren.

De effecten van acclimatisatie op VOC-verwijdering varieerden afhankelijk van de specifieke VOC, met verschillende patronen zichtbaar tussen BTEX, formaldehyde en acetaaldehyde. Verder werd aangetoond dat acclimatisatie door herhaalde VOC-blootstelling de efficiëntie van BTEX-verwijdering significant verbeterde. De studie naar luchtsnelheidsvariatie onthulde een complexe mix van effecten die de prestaties van ABB beïnvloeden, met veel verschillende reacties op luchtstroomverhoging tussen VOS. Een aerodynamisch submodel werd succesvol gevalideerd met experimentele gegevens, terwijl het volledige voorlopige model ruimte voor verbetering liet.

Dit onderzoek vergroot het begrip van botanische biofiltratiemechanismen en biedt praktische inzichten voor het optimaliseren van op ABB-gebaseerde binnenluchtzuiveringssystemen, en draagt bij aan duurzame toepassingen in stedelijke biowetenschap en engineering.

While the extraction of metals is essential for sustainable energy technologies, they pose environmental challenges due to the toxic materials used in their production and the hazardous waste they generate. The presence of waste containing metals and organic compounds on Earth is increasing, and Europe holds large amounts of metals locked up in industrial process residues, such as tailings, metallurgical sludges, slags, dust, and ashes. The waste or secondary material may contain critical raw materials and base metals with application in the energetic transition. These factors highlight the urgent need for effective recycling practices to manage mine waste and recover valuable secondary raw materials, addressing both environmental and economic challenges.

This thesis investigates the optimal conditions for effective bioleaching of pyrite mine wastes and modern slags from the Achada do Gamo Sulfur factory in the São Domingos Mine area, focusing particularly on Manganese and Zinc recovery to address sustainability concerns. Using Response Surface Methodology (RSM), the study evaluates the impact and relationship between pulp density, initial pH, and initial ferrous iron concentration evaluated through a Box-Behnken design (BBD). Direct bioleaching experiments were conducted on altered and crushed pyrite, pyrite ashes, and modern slags using a thermophilic microbial culture consisting of Sb. thermosulfidooxidans, L. ferriphillum, and At. caldus (SLA), which utilized elemental sulfur and ferrous iron as energy sources, driving the oxidation of ferrous to ferric iron and the conversion of sulfur to sulfuric acid in the leaching medium.

Results showed that SLA culture is less effective bioleaching in pyrite wastes than slag, although ORP measurements indicated microbial iron oxidation for all materials. This study successfully optimized the recovery of metals from slag samples, indicating a maximum efficiency of metal solubilization under the conditions of 2.32% (w/v) solid load, pH 1.90, and ferrous iron supplementation of 60 mM. The maximum metal recovery achieved was 86.9% Zn, 81.4% Mn, 65% Cu, and 66.4% Co.

For crushed pyrite, under the conditions of pH 1.66, 54 mM supplementation of iron and 2% (w/v) pulp density was estimated to achieve moderate to high recovery of Mn (>53.8%) and Zn (>8.0%). However, the values obtained were not within the 95% confidence interval and the null hypothesis could not be rejected, indicating the proposed model does not apply to the practical application; consequently, an optimized condition was not defined. The application of the same conditions obtained in the model for crushed pyrite was applied to pyrite ash material, which did not result in satisfactory results. Hence, to better recover metals from pyrite ashes and crushed pyrite, further optimization is needed.

Deze thesis onderzoekt de allelopathische effecten van drie roodwieren—Acrochaetium
secundatum, Gracilaria gracilis en Palmaria palmata—op de groei van twee microalgen: Tisochrysis lutea (Haptophyta) en Phaeodactylum tricornutum (Bacillariophyta). Van elk wier werden drie types extracten bereid: een polair extract, een apolair extract van het zeewieroppervlak, en een apolair extract van het gehele wier. De extracten werden getest in concentratiereeksen om hun effect op microalgengroei te evalueren.
Naast groeiremming werd ook de chemische samenstelling van de extracten geanalyseerd om potentiële allelochemicaliën te karakteriseren. Er werd een volledig spectrofotometrisch profiel genomen van het polaire extract, waarbij fycoërythrine en fycocyanine werden gekwantificeerd. Verder werd de vetzuursamenstelling in de apolaire extracten bepaald met GC-MS. Het meest dominante vetzuur in de extracten, eicosapentaeenzuur (EPA), werd afzonderlijk getest op de microalgen om het specifieke effect ervan te evalueren. Tot slot werd ook de mogelijke rol van oxidatieve stress onderzocht via een DPPH-radicaalassay.
De resultaten tonen dat de roodwierextracten soort- en extract-specifieke groeiremming veroorzaken. T. lutea bleek over het algemeen gevoeliger dan P. tricornutum. De sterkste inhibitie werd waargenomen bij het apolaire totaalextract van P. palmata. Uit de extra test met EPA, bleek EPA op zich de remming niet volledig te verklaren. Polaire extracten, vooral van A. secundatum, vertoonden ook duidelijke remming, vermoedelijk door fycobiliproteïnen zoals fycoërythrine en fycocyanine. Deze pigmenten kunnen echter ook indirecte effecten veroorzaken via lichtabsorptie.
Deze studie benadrukt het belang van gecombineerde chemische en biologische analyses om actieve componenten en hun werking te identificeren, met oog op zowel ecologische als biotechnologische toepassingen.

Probleemstelling: Gastro-intestinale infecties kunnen aanzienlijke gezondheidsrisico’s met zich meebrengen tijdens jeugd- en zomerkampen. Deze infecties worden vaak door slechte hygiëne, onveilige voedselbereiding en onvoldoende preventieve maatregelen verspreid. Dit heeft niet alleen gevolgen voor de gezondheid van de deelnemers, maar kan ook leiden tot het vroegtijdig beëindigen van kampen. Veel uitbraken kunnen worden voorkomen door infectiepreventie, daarom is er nood aan effectieve strategieën.

Vraagstelling: In dit onderzoek wordt de vraag gesteld hoe verpleegkundigen kunnen bijdragen aan het vergroten van de kennis over primaire en secundaire infectiepreventie, specifiek gericht op gastro-intestinale infecties, voor de deelnemers van jeugd- en zomerkampen. Daarnaast wordt onderzocht welke richtlijnen en acties verpleegkundigen aan begeleiders kunnen aanleren om de verspreiding van gastro-intestinale infecties te beperken en tegelijkertijd de zorg voor zieke patiënten te verbeteren.

Zoekstrategie: Voor het vinden van relevante literatuur zijn verschillende zoektermen gebruikt, waaronder hoofdtermen zoals Gastro Enteritis, Norovirus, Rotavirus, Infectiepreventie, en Voedselveiligheid. Ook werden synoniemen en vertalingen toegepast om de zoekresultaten te verbreden. Hiervoor zijn belangrijke databanken zoals PubMed, CINAHL en de Cochrane Library geraadpleegd om zowel medische als verpleegkundige studies te vinden. De zoekresultaten werden verder verfijnd door studies van de afgelopen 10 jaar in het Nederlands of Engels te selecteren. Het betrekken van experten uit gezondheidsinstellingen en jeugdbewegingen, zoals Chiro en Scouts & Gidsen Vlaanderen, zorgde voor extra waardevolle inzichten.

Resultaten: Uit de literatuur blijkt dat er al methodieken en materialen bestaan voor infectiepreventie tijdens jeugd- en zomerkampen, zoals richtlijnen voor leiding en kookouders. Echter, deze informatie is vaak moeilijk toegankelijk in noodsituaties. Daarom is een interactief prototype ontwikkeld dat alles bundelt in een toegankelijke vorm: een escape room voor leiding, een spel voor leden, een quiz voor kookouders en een gezamenlijk document met daarin alle info gebundeld. Dit bevordert een speelse en duidelijke bewustwording rond infectiepreventie.

Conclusie: Gastro-intestinale infecties kunnen grote gevolgen hebben op kampen, maar preventie en snelle actie kunnen uitbraken voorkomen of beperken. Bestaande richtlijnen zijn verspreid, waardoor gebundelde informatie noodzakelijk is. Het succes hangt af van de betrokkenheid van jeugdbewegingen. Speelse, interactieve leermethoden kunnen de effectiviteit van infectiepreventie verhogen en door samenwerking kunnen de benodigde middelen en ondersteuning worden vergroot. Met de juiste kennis en tools kunnen jeugd- en zomerkampen veiliger worden.

Parkinson's disease muismodel
Bacteriële live biotherapeutic products impact nagaan op Parkinson fenotype en pathologie

Listeria monocytogenes is een voedselpathogeen die listeriose veroorzaakt. Dit is een groot gezondheidsrisico voor ouderen, zwangeren, kinderen en immuungecompromitteerde patiënten. De detectie van Listeria monocytogenes in de voedingsindustrie is heel belangrijk. In mijn scriptie onderzoek ik of het mogelijk is om Listeria monocytogenes te detecteren met Fourier-Transformatie Infrarood spectroscopie.

Na een dwarslaesie worden B-cellen geactiveerd in de periferie, migreren ze naar het ruggenmerg en dragen ze bij aan een inflammatoire en autoreactieve immuunrespons die leidt tot verdere schade. Recentelijk hebben we verhoogde frequenties van CD74-positieve B-cellen aangetoond bij dwarslaesiepatiënten. CD74 fungeert als een receptor voor macrofaag migratie inhibitie factor (MIF) en in de aanwezigheid van accessoire eiwitten, waaronder de co-receptor CD44, activeert de binding van MIF aan CD74 signaalcascades die pro-inflammatoire B-celfuncties stimuleren. Desondanks is de MIF/CD74-as niet onderzocht in B-cellen na een dwarslaesie. Daarom hadden we als doel het immuunprofiel na SCI te bestuderen, evenals de expressie en bijdrage van de MIF/CD74-as aan B-celactivatie bij gezonde individuen en dwarslaesiepatiënten. Met behulp van flowcytometrie observeerden we hogere aantallen B-cellen en lagere NK-cel aantallen in de acute fase vergeleken met de subacute en chronische fasen na het letsel, wat suggereert dat ze respectievelijk betrokken zijn bij de vroege en latere fasen van een dwarslaesie. Bovendien werd een flowcytometriepanel geoptimaliseerd om de expressie van de MIF/CD74-as in B-cellen en andere immuuncellen te bestuderen. In B-cellen van gezonde individuen, observeerden we significante verminderingen in proliferatie en expressie van activatiemarkers CD80 en CD86 na CD44-blokkering, evenals een sterke dalende trend in B-celproliferatie bij MIF-remming. Al met al suggereren onze resultaten een rol voor B-cellen en de MIF/CD74-as bij het optreden van een dwarslaesie.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

Deze scriptie onderzoekt met behulp van een computersimulatie de invloed van verschillende omgevingsfactoren zoals nutriëntenniveaus en disrupties op de evolutie van cellulaire hechtingsterkte in bacteriële biofilms. Dit is relevant in de medische sector (o.a. besmetting van patiënten en medisch gereedschap), maar ook voor allerlei industriële toepassingen zoals corrosie van metalen installaties.

Soils are everywhere and they are teeming with life. They contain over 59% of all biodiversity and these different species are in close contact with each other. Soil organisms interact with such a vast array of other soil organisms that they construct an intricate soil community network, which is still poorly understood. However, global change is pushing down on these smaller life forms and, by extent, threatening the world as we know it. The loss in soil biodiversity is tangible in the functional network and stunts the performance of entire ecosystems.

This thesis will point our gaze downwards, literally. We will explore the intricate soil network, comprised of life such as microscopic insects, worm-like organisms, fungi and bacteria. While largely invisible, the cooperation of these organisms keeps both the natural world and our civilisation running, as they deliver valuable ecosystem functions which shape our aboveground worlds. Bacteria are an essential cornerstone in soil networks. For instance, they are crucial in the decomposition process, in which they recycle organic matter and thus revitalise the ecosystem. This was our reason to further look into how Bacteria are impacted by the loss of whole groups from the soil network.

This research has found that subsequentially losing more and more different organism groups results in bacterial communities which differ significantly from each other. As their composition changes, the benefits they provide to the ecosystem change as well. We showed that the ability of bacteria to recycle nutrients is drastically impeded as the soil networks are degrading. This will in turn cause further decline in biodiversity as certain species will be unable to sustain their nutritional needs

Plant productivity was affected as well. While grasses seemed to be more resilient, herbs decreased in their performance, which could ultimately have important consequences for the ecosystems, such as a lower abundance of flowers for pollinators.

This study underlines the efficiency of a diverse soil system. Due to the disruption in the trophic and decomposition networks, the functioning of the overall soil network declines in its efficiency. This is alarming considering these belowground communities are the foundation of our aboveground world.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

Deze masterproef is tot stand gekomen binnen de opleiding Interieurarchitectuur aan de KU Leuven, met als thema ‘The Bright Side of the Moon’. Deze publicatie biedt een inkijk in het ontwerpend onderzoek voor de masterproef ‘rituele passage’. Het onderwerp werpt een kritische en deconstructivistische blik op de transitie die plaatsvindt bij nabestaanden. Het onderzoek is voortgekomen uit persoonlijke ervaringen met plotseling verlies en het herbestemmen van ‘toegangbare plekken’ in zowel kerkgebouwen als publieke ruimtes. Als toekomstig interieurarchitect streef ik ernaar om telkens het persoonlijke, zowel van mezelf als van mijn omgeving, te integreren in het ontwerp, waardoor het begrip ‘interieur’ zich ontwikkelt tot een breder concept zonder grenzen.
Ik wil graag mijn dank uitspreken aan mijn begeleidende docenten, Tom Callebaut, Ignaas Back, Hilde Bouchez en Klaas Vanslembrouck, voor hun waardevolle begeleiding, kritische inzichten en motivatie tijdens het proces. Daarnaast wil ik mijn familie en vriend bedanken, en in het bijzonder mijn overleden vader, die mij altijd heeft gesteund en geholpen gedurende deze jaren. Deze masterproef is voor ons, papa.

Een studie in de variabilitieit van waterkolom denitrificatie in zuurstofminimumzones in de Oostelijke Tropische Stille Oceaan.

Bloedbaaninfecties zijn een groot probleem. Je wordt er niet alleen ziek van, ze kunnen ook dodelijk zijn zonder de juiste behandeling. Deze scriptie gaat over het ontwerpen van mogelijke verbeteringen aan een testapparaat voor het opsporen van bloedbaaninfecties.

In een poging tot restauratie van gouden kelp populaties werd microbioom manipulatie uitgevoerd om jong kelp te bewapenen tegen hittegolven.

Beperkt onderzoek aangevuld met literatuurstudie rond pathogenen aanwezig bij een specifieke kolonie vleermuizen, met doel hen in te zetten als insectenbestrijders in varkensstallen met buitenbeloop.

Lees hieronder hoe wij hoofd-hals kankerpatiënten een beter vooruitzicht kunnen bieden!
De huidige behandeling voor hoofd-hals kankerpatiënten schiet tekort. Wij proberen deze door de toevoeging van niet-thermisch plasma te verbeteren, en dat door het activeren van het immuunsysteem. In deze scriptie toonden wij aan dat onze innovatieve combinatietherapie zeer veelbelovend is en groot potentieel houdt om hoofd-hals kankerpatiënten bij te staan in de toekomst.

In deze masterscriptie werd onderzocht of het vaginale microbioom van een moeder ook invloed heeft op dat van haar dochter op latere leeftijd. Ook de dynamiek van het vaginale microbioom tijdens de zwangerschap werd bestudeerd.

In natuurgebieden wordt steeds vaker met zware machines gemaaid, maar dit zorgt voor bodemverdichting. Daardoor verhogen de concentraties nutriënten en toxische elementen in de bodem, verandert de samenstelling van het bodemmicrobioom en treedt er plantensterfte op. Elk van deze effecten kan een negatieve invloed hebben op planten, waardoor handmatig maaien te verkiezen is boven maaien met zware machines.

Om de diagnose van sepsis bij veulens te vergemakkelijken, is er een predictiemodel ontwikkeld aan de hand van de meest voorkomende symptomen en bloedparameters.