Scriptiebank overzicht

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

Deze scriptie omvat een initiële studie omtrent een milieuvriendelijker alternatief (aan de hand van een ijzer-gekatalyseerd proces) voor het ontkleuren van katoen als voorbehandeling voor efficiëntere recyclage.

Met behulp van een metabolische netwerkmodel werden de beste genetische ingrepen gezocht die het metabolisme van de bacterie Bacillus subtilis optimaliseren voor biologische ammoniakproductie uit proteïnes. Op die manier kan dit bijdragen aan het sluiten van de menselijke stikstofcyclus.

In deze thesis wordt een methode voorgesteld om een chemische kwantificatie van een ternair stabilisatorenmengsel te voltrekken via deep learning en FTIR-analyse. Een menselijke interpretatie wordt bemoeilijkt door een grote hoeveelheid aan pieken die niet individueel toe te schrijven zijn aan individuele stabilisatoren. Daarom wordt deep learning gebruikt om een model op te bouwen dat zelfstandig infraroodspectra kan verwerken. Ook werd geëxperimenteerd met pre-processing om de grote hoeveelheid aan data onder controle te houden.

Dit thesis-onderzoek beschrijft de constructie van een xyloglucaan-actief designer cellulosoom. Hiervoor werden vier CAZymes van C. japonicus omgezet naar cellulosomale modus. De constructie van de docking enzymen werd geoptimaliseerd door de additie van linkers tussen de enzymatische eenheden en dockerines.

Deze bachelorproef gaat over medicinale cannabis. Het geeft extra theoretische informatie omtrent medicinale cannabis zoals indicaties, contra-indicaties, bijwerkingen, ect. Het tweede luik geeft extra informatie naar verpleegkundigen toe. Wat is hun taak/rol, wat kunnen zij betekenen voor de patiënt ...

Deze scriptie geeft een overzicht van ZFN, TALENs, CRISPR-Cas9 en CRISPRi, dit allemaal toegepast op het zebravis modelorganisme

Recovering metals from effluents is imperative to decrease the environmental impact and afford potential supply sources. However, microbial treatments can do more than only retrieving metals from solution, but also mediate the production of valuable products for the nanotechnology market. That is really an achievement! Here, research was conducted to promote metal recovery as metallic nanoparticles (NPs) with potential valorization in a green chemistry approach.

Onderzoek naar de invloed van het CYP2D6-genotype op het therapeutisch effect van tamoxifen bij borstcarcinoom. Er werd geconcludeerd dat genetisch onderzoek niet kan worden gebruikt om het effect van een hormoonbehandeling te voorspellen. Als alternatief kan gekozen worden om plasmaconcentraties in het bloed te monitoren om zo over te gaan tot een persoonlijke dosis per patiënt.

Deze thesis beschrijft het ontwerpen, opzuiveren en karakteriseren van nieuwe stabiele, symmetrische proteïnes die nu gemodificeerd kunnen worden voor integratie in verschillende applicaties gaande van bio-farmaceutica tot groene katalyse.

Fe- en Cu-uitgewisselde zeolieten vormen een veelbelovende piste in de zoektocht naar een katalysator voor de selectieve oxidatie van methaan naar methanol. In deze scriptie werd met behulp van spectroscopisch onderzoek de structuur van de actieve sites in Fe-CHA en Cu-MOR bepaald.

Het richten van vaccin antigenen naar CD13 verhoogt de intestinale immuunrespons na orale toediening. CD13 staat in voor antigeen transport door de epitheelbarrière, waardoor deze beschikbaar worden voor dendritische cellen. Deze masterproef bestudeert de rol van CD13-gemedieerde endocytose door enterocyten en de signalisatie die hiermee gepaard gaat.

Een studie rond de expressie en de stabiliteit van een LPMO. Het beoogde doel is het stabiliseren van het enzym, teneinde het gebruik in enzymmixen voor cellulose afbraak tot fermenteerbare suikereenheden. Zodanig kan cellulose gebruikt worden als hernieuwbare grondstof.

Van het DNA-polymerase TherminatorTM zijn verschillende varianten (verschillende sequentie) tot stand gebracht. Deze varianten werden geselecteerd op activiteit voor de incorporatie van gemodificeerde nucleotiden met aspartaat als uittredende groep. Dit geniet in de praktijk van een grote belangstelling in de geneeskunde als anti-virale en/of anti-kankercomponenten, maar ook in de biotechnologie omwille van een hogere resistentie tegen degradatie.

De mogelijkheden voor zoete priming als middel voor verhoogde ziekteresistentie in planten werd getest. Enkele suikers, waaronder glucose en inulin-type fructanen bleken zeer effectief te zijn.

Geneesmiddelen – Een vogel is geen zoogdierDierenartsen staan voor de uitdaging van het behandelen van zowel zoogdieren als vogels, vissen, reptielen en amfibieën. Elk van deze diersoorten is geëvolueerd tot een genetisch unieke soort met specifieke eigenschappen die onder andere het gevolg zijn van verschillen in opbouw en samenstelling van het lichaam (anatomie) en werking van de organen en weefsels (fysiologie en biochemie). Dit heeft een effect op de opname, verwerking en verwijdering van geneesmiddelen in en uit het lichaam.

Nieuwe vingergrassen in Vlaanderen vragen extra aandacht.Maïs beslaat de dag van vandaag ongeveer 17 % van alle grond die in België beteeld wordt.  Deze maïsvelden worden meer en meer geconfronteerd met lastig te herkennen en te bestrijden onkruidgiersten. Dit zijn onkruidgrassen die behoren tot de geslachten Digitaria (vingergras, vanwege de vingervormige bloeiwijze), Echinochloa (hanenpoot), Panicum (gierst) of Setaria (naaldaar). Ze zijn lastig te bestrijden in maïsmonoculturen omwille van hun nauwe verwantschap met maïs.

De natuur in snelheid gepakt: biomimetiek met zeolieten Een chemische binding van 105 kcal mol-1 breken, er een enkel zuurstofatoom tussen timmeren en dat op kamertemperatuur! Je mag ervan uitgaan, dat is een sterk staaltje chemie. Nochtans is dit wat bepaalde methanotrofe bacteriën, die zich voeden met methaan, presteren wanneer ze in hun metabolisme het weinig reactieve methaan omzetten naar methanol. Ze maken hiervoor gebruik van het methaan monooxygenase (MMO) enzym en klaren de klus aan een tempo waar men in de anorganische chemie enkel van kan dromen.

Heupdysplasie en het genetisch onderzoek naar een blijvend probleem binnen de hondenpopulatie.In het ministerieel besluit van 3 maart 2015 werd een aanpassing doorgevoerd met betrekking tot de fokkerij van honden. Hieruit is gebleken dat steeds meer hondenrassen dienen getest te worden op heupdysplasie (HD) alvorens ze worden ingezet in de fokkerij. Dit omdat de erfelijkheidsgraad van HD wordt geschat op 40-50%. Maar wat is heupdysplasie? Hoe wordt deze aandoening het beste gediagnosticeerd? Is HD een aandoening dat genetisch bepaald wordt en welke genen zouden hierbij een rol kunnen spelen?

Een van de grote uitdagingen bij het ontwikkelen van geneesmiddelen is het verbruik van resources zoveel mogelijk te beperken. Daarom probeert men het aantal uit te voeren studies te limiteren. In dit kader past het onderzoek dat  professor L. Bennet heeft gedaan omtrent het Biopharmaceutical Drug Disposition Classification System (BDDCS). Het BDDCS is een classificatiesysteem dat zou helpen het aantal uit te voeren studies te verminderen en bij deze tijd en geld te sparen.

Wat hebben een microscopische spons en een nano-honingraat met elkaar gemeen?Je lichaam is een ongelofelijk complex netwerk van chemische reacties dat werd ontwikkeld door de natuur. Het bestaat uit biljoenen cellen, waarin constant talloze biochemische reacties plaatsvinden. Chemisten laten zich graag inspireren door de natuur om nieuwe reacties en materialen te ontwikkelen. Ik zal in dit artikel dan ook regelmatig verwijzen naar de inspiratie van de natuur.Deze thesis gaat over de synthese en toepassingen van poreuze materialen.

Malaria uitroeien?The battle continuesElke minuut sterft een kind aan malaria. Ondanks grote inspanningen is dit nog steeds de verontrustende werkelijkheid. Bovendien raken de geneesmiddelen waarmee tegen malaria gestreden kan worden schaars. Heel veel malaria parasieten hebben immers resistentie ontwikkeld tegen de bestaande antimalaria geneesmiddelen.

Wat is het effect van zuurstofarmoede op je spiermassa?Stel je voor dat je twee weken in een omgeving vertoeft waar de ingeademde hoeveelheid zuurstof verminderd is tot twee derde van de zuurstofhoeveelheid aanwezig op zeeniveau. Heeft dat effect op je spiermassa? ZuurstofarmoedeLeven op aarde is voor de mens enkel mogelijk door de aanwezigheid van de atmosfeer. De atmosfeer is het luchtomhulsel rond de aarde en bestaat uit een mengeling van verschillende gassen (de belangrijkste zijn 78% stikstof, 21% zuurstof en 0.03% CO2).

Ontdekking nieuw gen geeft hoop in ontrafeling pancreaskanker.Wat hebben Luciano Pavarotti, Steve Jobbs, Patrick Swayze en Joan Crawford met elkaar gemeen op hun bekendheid na? Ze stierven allen aan pancreaskanker. Hoewel pancreaskanker niet behoort tot de top 10 van de meest voorkomende kankergevallen in België, is het de 4de hoogste kanker-gerelateerde doodsoorzaak in de wereld. Kersvers VUB-alumnus Mathias Van Bulck legde zijn master thesis jaar af aan het gerenommeerde Australische ‘Garvan Institute of Medical Research’ waar hij onder leiding van Prof. Dr.

Kan leucine de gekende negatieve gevolgen van aandoeningen zoals bloedarmoede en chronisch longlijden op spiermassa verminderen?Iedereen weet hoe het voelt als je een inspanning doet op hoogte. Skiën, fietsen, wandelen of lopen voelt veel uitputtender aan op 3000m hoogte dan bij ons in België op zeeniveau. De hoogte zorgt er immers voor dat je minder zuurstof kan inademen.Patiënten die lijden aan bepaalde bloed- of longziekten kampen met zo’n chronisch tekort aan zuurstof, ook ‘hypoxie’ genoemd. Één van de belangrijkste symptomen van zulke ziektes is een zeer sterk verlies aan spiermassa.

Bacteriën in de lucht: schadelijk interessant!Krachtige samenvatting:De mens is er zich vaak niet van bewust dat de lucht een leefwereld is voor diverse organismen. Zo zijn bacteriën in de lucht vaak overvloedig aanwezig en kunnen binnen één kubieke meter lucht honderdduizenden microben teruggevonden worden. De interactie menselijke gezondheid versus bacteriën in de lucht kan zowel positief als negatief zijn. Over de ecologie, de diversiteit, de verspreiding en de interacties van bacteriën in de lucht is nog maar weinig geweten.

‘Aanpak van antinutritionele factoren in veevoeding via enzymen’ InleidingIn de praktijk worden grondstoffen steeds schaarser en duurder, wat ervoor zorgt dat de beschikbaarheid ervan niet altijd vanzelfsprekend is. Deze grondstoffen worden gebruikt in     voedsel, biobrandstoffen en voeders. Hierbij krijgen de eerste twee voorkeur, waardoor minderwaardige grondstoffen resteren voor de voeders die dan rijker zijn aan antinutritionele factoren.

Op weg naar levensduurverlengingSinds de ontdekking van genen die de levensduur drastisch kunnen verlengen is het verouderingsonderzoek alsmaar populairder geworden.  Men veronderstelt dat levensduurverlenging kan worden verkregen wanneer beschadigde en versleten componenten van de cel worden afgebroken en gerecycleerd via het proces dat autofagie (‘zichzelf eten’) wordt genoemd.  Door deze oude componenten tijdig te vervangen zouden de cellen, en dus ook het lichaam, jong blijven.  Enkele studies op muizen en wormen suggereren dat het autofagieproces betrokken is bij de verlenging van de leve

Blauwe bananen
Genetisch gemodificeerde aardappelen worden in ‘t rond gegooid, Frankenstein-maïs spookt doorheen de velden en nu zou je geliefkoosde vrucht ook nog eens de kleur van een smurf krijgen! Waar gaat het toch naartoe met de wetenschap!  Of hebben deze ‘monsterlijke’ organismen een andere kant die we nog niet kennen?
 
De mogelijkheden van de plantenbiotechnologie
Het begon allemaal rond 1980, niet in het grote Amerika, maar dichter bij huis in ons klein België. Bent je verrast?

Nieuwe wapens in de strijd tegen bacterieBesmette sojascheuten waren eind mei de oorzaak van een uitbraak van de EHEC-bacterie in Noord-Duitsland. Naast miljoenen euro’s schade voor de tuinbouwsector in bijna heel Europa was er ook veel menselijk leed. De bacterie was resistent tegen veel gebruikelijke antibiotica en eiste uiteindelijk 52 doden. Antibiotica resistente bacteriën veroveren de laatste tijd steevast meer terrein.