Scriptiebank overzicht

Deze thesis stelt een geannoteerd corpus van het Nieuwfrygisch voor. Het eerste hoofdstuk biedt een inleiding tot de taal zelf door de aandacht te vestigen op de externe geschiedenis en genetische status, gevolgd door een grammaticale basisschets en een discussie over de fragmentaire attestatie van de taal. Het tweede hoofdstuk bespreekt de prominentie van het Frygisch in de secundaire literatuur. Daarbij wordt een blik geworpen op de hoopvolle attitude van taalkundigen tegenover onderzoek van de taal in de 21ste eeuw, en op de nauwe verwantschap van het Frygisch met het Oudgrieks. In het derde hoofdstuk komt het annotatieproces aan bod en wordt beschreven hoe de data tot stand zijn gekomen in de FileMaker-omgeving van de KU Leuven. Als laatste wordt nagegaan in hoeverre de gegevens van het geannoteerde corpus beantwoorden aan de beschrijvingen van het Frygisch in de secundaire literatuur inzake basismorfologie, -syntaxis en het lexicon. De resultaten van het onderzoek suggereren dat de grammaticale beschrijvingen in de literatuur weliswaar over het algemeen correct zijn, maar dat er desalniettemin voldoende afwijkingen zijn die verder onderzoek verantwoorden.

Deze thesis onderzoekt de uitdagingen en mogelijkheden rondom de opschaling van duurzame vliegtuigbrandstoffen (SAF), die essentieel zijn voor het klimaat-neutraal maken van de luchtvaart. Hoewel SAF het potentieel heeft om de CO2-uitstoot van de luchtvaart drastisch te verminderen, blijft de adoptie ervan momenteel beperkt. Door een uitgebreide literatuurstudie worden de belangrijkste barrières geïdentificeerd, waaronder hoge kosten en beperkte beschikbaarheid van grondstoffen. De thesis ontwikkelt een taxonomie met uitvoerbare strategieën om deze hindernissen te overwinnen, met als doel de productie en marktacceptatie van SAF te versnellen en zo bij te dragen aan een duurzamere luchtvaartsector.

Mijn scriptie richt zich op het optimaliseren van forensische DNA-databanken, specifiek hoe DNA-matches beter kunnen worden beoordeeld in gevallen waar de overeenkomst niet volledig duidelijk is, oftewel de ‘grijze zone’. Er werd onderzocht of de toepassing van likelihood ratios (LR) als een alternatieve methode gebruikt kan worden om de betrouwbaarheid van DNA-matches te verbeteren.

Listeria monocytogenes is een voedselpathogeen die listeriose veroorzaakt. Dit is een groot gezondheidsrisico voor ouderen, zwangeren, kinderen en immuungecompromitteerde patiënten. De detectie van Listeria monocytogenes in de voedingsindustrie is heel belangrijk. In mijn scriptie onderzoek ik of het mogelijk is om Listeria monocytogenes te detecteren met Fourier-Transformatie Infrarood spectroscopie.

Het gaat over welk mate er een associatie bestaat tussen overmatige schermtijd, meer activiteiten op korte afstand (lezen, studeren) en beperkte tijd buitenspelen en het ontstaan van bijziendheid in een populatie van schoolgaandekinderen.

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Epilepsie is een veelvoorkomende neurologische aandoening (>70 miljoen mensen wereldwijd), gekenmerkt door terugkerende epileptische aanvallen. Een derde van alle patiënten met epilepsie worden niet aanvalsvrij met de huidige anti-epileptica. Verder onderzoek naar nieuwe, efficiëntere anti-epileptica is noodzakelijk. Recent is er een interesse ontstaan in het noradrenerge neurotransmissiesysteem en de rol ervan bij epileptische aanvallen. Het onderzoeken van het noradrenalinesysteem en het testen van noradrenerge medicatie (bv. atipamezole) gebeurt in proefdieren, waaronder zebravissen. Atipamezole blijkt in zebravissen de epileptische aanvallen te onderdrukken, hoewel de precieze mechanismen hiervan in verder onderzoek moeten worden aangetoond.

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Core histones (H2A, H2B, H3, and H4) form nucleosomes, the basic units of chromatin, which compact DNA into chromatin fibers. Euchromatin, with loosely packed structure, facilitates transcription by allowing enzyme access to DNA, whereas heterochromatin's tight packing blocks transcription. Histone proteins contain tails rich in lysine and arginine residues, which undergo various posttranslational modifications (PTMs). These modifications influence the regulation of chromatin structure and gene activity. Post-translational modifications, such as histone lysine methylation, acetylation and phosphorylation are prevalent in various cancer types. The aim of the study is to detect and localize specific PTMs on histones by optimizing the existing method for nuclei isolation and sample purification. The research employs the OPM-2 cell line, for which sample preparation begins with the isolation and breakdown of the nuclei. Next, magnetic beads are utilized to purify the sample by binding the proteins and removing contaminants, followed by overnight digestion. After preparing the Evotips, the samples are injected into the Evosep One connected to the timsTOF HT for tandem MS analysis with trapped ion mobility. The addition of an extra washing step during nuclei isolation, which was tested during protocol adjustments, had no effect on the purity of the sample. Similarly, the separate addition of SDS and Benzonase during nuclei isolation showed no positive impact. When the effect of an additional protein purification step using 5 µl RPW cartridges was investigated, it led to a significant improvement in purity, with a lower total protein yield and histones being the most abundant proteins in the sample. With the latest optimization, nine peptides of interest on H3 could be detected. However, the evaluation of this optimized protocol is still ongoing and further optimization remains necessary.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

Porcine congenital splay leg syndrome (PCS), ook wel bekend als ‘zwemmers’, is de
nummer één oorzaak van kreupelheid in pasgeboren biggen. Getroffen dieren kunnen zich amper voortbewegen en sterven vaak op een tragische manier. Ondanks de aanzienlijke impact van deze aandoening op de varkenshouderij, blijven de precieze oorzaken nog grotendeels onbekend. Maar er is hoop! Door middel van genome-wide association studies (GWAS) kon een veelbelovend gen worden geïdentificeerd dat mogelijks de sleutel kan zijn tot het begrijpen van zwemmers. Deze kennis biedt mogelijkheden voor genetische selectie en kan op jaarlijkse basis het welzijn van tienduizenden varkens verbeteren!

In deze scriptie werd onderzocht of er een verband is tussen de genetische manipulatie van mensen en moraliteit.

De genetische manipulatie van het menselijke genoom in België de lege lata de lege ferenda met internationale en Europese invloeden. Zal België haar wetenschappelijk vooruitstrevende positie behouden?

Onderzoek naar een 'trivalent'-systeem, een polypeptide-geneesmiddelconjugaat dat gerichte afgifte aan mitochondriën mogelijk maakt voor de behandeling van aandoeningen zoals borstkanker. Het systeem bestaat uit drie componenten verbonden door een lysine, waaronder een mitochondriale gerichte groep (TPP), een polypeptidedrager (PLO), en een geneesmiddel of probe. Het onderzoek omvatte de synthese, karakterisering, en in-vitrotesten, evenals pogingen om de cellulaire toxiciteit te verminderen door de positieve ladingen te coaten met VLC3, wat potentieel veelbelovend is voor toekomstig gebruik in transfectiedoeleinden.

Beperkt onderzoek aangevuld met literatuurstudie rond pathogenen aanwezig bij een specifieke kolonie vleermuizen, met doel hen in te zetten als insectenbestrijders in varkensstallen met buitenbeloop.

In deze masterscriptie werd de functie van Gata3, Gata2, Tfap2c en Tfap2a onderzocht in het kader van de vorming van het trophectoderm in muizenembryo's. Dit werd gedaan door gebruik te maken van het CRISPR/Cas9 genbewerkingssysteem .

Hartcellen zijn gekweekt vanuit stamcellen van patiënten met een aandoening van het hart en onderzocht via microscopie en kleuring.

Basisonderzoek naar de rol van LEDGF en MeCP2 in kader van LINE-1 retrotranspositie. De productie en validatie van LEDGF en MeCP2 knock-out cellijnen. In vivo productie van lokale LEDGF knock-out in neuronen en het effect op MeCP2.

In dit onderzoek wordt de evolutie van de bladeren van wilde koffiesoorten bestudeerd. Er wordt gekeken op welke manier bepaalde kenmerken geëvolueerd zijn, en of die kenmerken aan het klimaat gelinkt kunnen worden.

Onderzoek naar de cryptische diversiteit in Enteromius, een zoetwater barbeel, in West-Afrika met behulp van een morphologische en genetische methode op formaline gefixeerde specimens.

Deze bachelorproef onderzoekt het gebruik van environmental DNA (eDNA) van tong (Solea solea) in de Noordzee als een alternatieve, niet-invasieve methode voor betrouwbare detectie en schatting van biomassa met behulp van digitale PCR (dPCR).

Is het toeval dat ten midden van een volle energietransitie democratie overal ter wereld onder druk komt te staan? Het samengaan van de opkomst en verval van fossiele brandstoffen en democratie in de wereldgeschiedenis doen vermoeden van niet. Via een link tussen individuele energiebudgetten en waardenpatronen wordt de beschikbare hoeveelheid energie en de verdeling hiervan als de nodige en voldoende voorwaarde onderscheiden waarin democratie een mogelijkheid wordt. Óf, net zoals in de evolutieleer een niet-deterministisch voordeel krijgt. Aan de hand hiervan zijn de grote trends in de wereld te vatten in vier toekomstscenario's.

Opkomst en verval van fossiele brandstoffen en democratie gaan samen in de wereldgeschiedenis. Met energieoverschot als nodige, en de verspreiding van dit overschot als voldoende voorwaarde lijkt biedt dit een nieuw politiek perspectief op de transitie.

Vluchtige organische stoffen zijn secundaire metabolieten die geproduceerd worden door planten, dieren en microben. Hun uitstoot is goed onderzocht in bovengrondse ecosystemen, maar niet in de bodem. In dit onderzoek werd er geprobeerd een methode te vinden om deze stoffen te meten.

De ziekte van Crohn en ulceratieve colitis vormen samen de inflammatoire darmziekten. Enkele families hebben zeer veel personen met een inflammatoire darmziekte. Een deel van deze families kan verklaard worden door een groot aantal risicovarianten die in deze families circuleren, maar dit geldt niet voor alle families.

Uit eerdere bevragingen bij huisartsen, kinderartsen, kleuterleerkrachten, zorgcoördinatoren, artsen van Kind & Gezin en verpleegkundigen van Kind & Gezin in Vlaanderen blijkt dat hun kennis over stotteren bij kleuters niet up-to-date is. Bijgevolg sluit hun doorverwijsgedrag niet aan op de recente bevindingen in de literatuur. In dit onderzoek werd nagegaan waar de hiaten in hun kennis zitten. Om de kennis over stotteren in de eerstelijnszorg te vergroten werden informatiematerialen ontwikkeld.

De ziekte van Charcot-Marie-Tooth type 1A (CMT1A) is de meest voorkomende genetische zenuwziekte van het perifere zenuwstelsel, waar tot op heden nog geen therapie voor bestaat. In deze scriptie werd er gekeken naar de ziekte-gerelateerde Schwann cellen en hun verandering in membraan- en veteigenschappen in onze humane stam cell modellen. De experimenten van deze scriptie verduidelijken een belangrijk aspect van de CMT1A pathologie.

In vitro onderzoek naar het potentieel van Saccharomyces cerevisiae en Lactobacillus gebaseerde probiotica tegen vaginale candidiasis.