Scriptiebank overzicht

De Vlaamse Scriptiebank is een vrij toegankelijke online databank. Deze bevat alle artikels en full text scripties van deelnemende bachelors en masters aan de

Structural studies of HTLV-1 reverse transcriptase for antiviral drug design

KU Leuven
2024
Brecht
Bollaert
  • Adéla
    Novotná
Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.
Meer lezen

Unraveling the genetic background of porcine congenital splay leg syndrome in piglets

KU Leuven
2024
Jaro
De Kort
Porcine congenital splay leg syndrome (PCS), ook wel bekend als ‘zwemmers’, is de
nummer één oorzaak van kreupelheid in pasgeboren biggen. Getroffen dieren kunnen zich amper voortbewegen en sterven vaak op een tragische manier. Ondanks de aanzienlijke impact van deze aandoening op de varkenshouderij, blijven de precieze oorzaken nog grotendeels onbekend. Maar er is hoop! Door middel van genome-wide association studies (GWAS) kon een veelbelovend gen worden geïdentificeerd dat mogelijks de sleutel kan zijn tot het begrijpen van zwemmers. Deze kennis biedt mogelijkheden voor genetische selectie en kan op jaarlijkse basis het welzijn van tienduizenden varkens verbeteren!
Meer lezen

Genetische manipulatie van het menselijke genoom in België de lege lata en de lege ferenda met internationale en Europese invloeden

Vrije Universiteit Brussel
2023
Jolien
Booms
De genetische manipulatie van het menselijke genoom in België de lege lata de lege ferenda met internationale en Europese invloeden. Zal België haar wetenschappelijk vooruitstrevende positie behouden?
Meer lezen

Functionele en moleculaire karakterisatie van de interactie tussen MeCP2 en LEDGF

VIVES Hogeschool
2023
Anouk
Speleers
De studie focust zich op functionele en moleculaire karakterisatie van de interactie tussen MeCP2 en LEDGF. Dit eiwitcomplex heeft een invloed op de LINE-1 retrotranspositie. Retrotranspositie is een proces waarbij een DNA-fragment zich verplaatst naar een andere locatie in genoom en bij een niet correcte regulatie van dit proces, kan dit de oorzaak zijn van verschillende aandoeningen.
Meer lezen

The genetic architecture of inflammatory bowel disease in multiplex families

KU Leuven
2022
Deborah
Jans
De ziekte van Crohn en ulceratieve colitis vormen samen de inflammatoire darmziekten. Enkele families hebben zeer veel personen met een inflammatoire darmziekte. Een deel van deze families kan verklaard worden door een groot aantal risicovarianten die in deze families circuleren, maar dit geldt niet voor alle families.
Meer lezen

Collateral sensitivity-based drug cycling in Candida auris: “Breaking the Cycle” of multi-drug resistance evolution by treatment redesign

KU Leuven
2022
Alicia
Chen
Een studie naar cyclische antifungale therapie gebaseerd op collaterale sensitiviteit, een trade-off mechanisme waarin resistentie tegen een geneesmiddel gepaard gaat met een verhoogde sensitiviteit, en het onderzoeken van resistentie mechanismen in Candida auris.
Meer lezen

Evolution and design of metabolic networks using Quality-Diversity optimization algorithms

Universiteit Gent
2022
Shauny
Van Hoye
Evolutie van metabole netwerken van micro-organismen via Quality-Diversity optimalisatie algoritmen om strain design strategieën te voorspellen die de groei van micro-organismen en de productie van metabolieten maximaliseren.
Meer lezen

Welke genetische factoren verhogen het risico op borstkanker?

Erasmushogeschool Brussel
2021
Sofie
Vannerom
Met het optreden van borstkanker zijn een aantal risicofactoren geassocieerd. In deze scriptie werd gefocust op de genetische risicofactoren en hun rol bij het optreden van familiaal overerfbare borstkanker. Er wordt ook ingegaan op risicobepaling voor het optreden van dit soort kanker.
Meer lezen

Large-scale genomic characterization of Bacteroides fragilis reveals multiple lineages associated with functional distinct traits

KU Leuven
2021
Joon
Klaps
Deze script heeft tot doel de genomische diversiteit van B. fragilis te karakteriseren om de tegengestelde eigenschappen ervan beter te begrijpen door middel van een grootschalige studie die de populatiestructuur van meer dan 1.000 openbaar beschikbare B. fragilis-genomen analyseert. We identificeren welke afstammingslijnen aanwezig in de populatie van B. fragilis geassocieerd zijn met specifieke functionele eigenschappen of mobiele elementen. De detectie van samenvallende genen, evenals recombinante regio's, zijn nodig om mobiele elementen te identificeren, maar ook de invloed van mobiele elementen en recombinatie op de evolutie van B. fragilis.

Meer lezen

Identification of LEDGF/p75 as novel host factor of L1 retrotransposition

KU Leuven
2020
Saskia
Lesire
Een groot deel van het menselijk DNA bestaat uit retrotransposons die via een kopieer-en-plak mechanisme het genoom uitbreiden. Retrotransposons vertonen sterke gelijkenissen met het HIV virus. Om het mechanisme achter retrotranspositie beter te begrijpen, maken we de analogie met HIV onderzoek.
Meer lezen

Metagenomic study of lettuce potting soil microbiome under chitin treatment and functional genomic analysis of Mortierella hyalina

Universiteit Gent
2020
Floris
Voorthuijzen
Metabarcoding studie naar de invloed van chitine op het microbioom van slaplanten, gevolgd door een genoomonderzoek van de schimmel Mortierella hyalina.
Meer lezen

The DNA Data Marketplace An analysis of the ethical concerns regarding the participation of the individuals

KU Leuven
2019
Eman
Ahmed
De zorgen over individuele deelname aan DNA-datamarkten
Meer lezen

Moleculaire diagnostiek toegepast op spierdystrofieën: Mutatieanalyse, screening en prenatale diagnostiek

Karel De Grote Hogeschool
2017
Jens
Van Bouwel
Exoomdata werden opnieuw geanalyseerd in het kader van de uitbreiding van een genpanel van 31 naar 141 genen, hierbij werd 1 nieuwe mutatie ontdekt. Verder werd een screening gedaan op zoek naar een nieuw ontdekte mutatie in COL6A1. Tot slot werd getracht de PGD-procedure te optimaliseren.
Meer lezen

Mitochondrial DNA variants in early development and ART

Vrije Universiteit Brussel
2017
Joke
Mertens
  • Filippo
    Zambelli
Analyse van mitochondriale DNA varianten in kinderen geboren na ICSI en spontane verwekking.
Meer lezen

Optimalisatie van een detectiemethode voor hepatitis E in varkenslever

Odisee
Sjarlotte
Willems
Het hepatitis E virus (HEV) veroorzaakt leverontsteking, net als de andere vijf hepatitis virussen (A, B, C, D en G). Het verschil zit vooral in de besmettingsroute, de klachten en de ernst van de ziekte.

De opzet van dit onderzoek is het optimaliseren van een detectiemethode voor HEV op basis van qPCR naar aanleiding van groeiende bezorgdheid over de overdracht van HEV via besmette levensmiddelen en in het bijzondere varkenslever.
Meer lezen

Population genomic analysis of a parallel wolf spider radiation from the Galápagos

Universiteit Gent
2016
Zoë
De Corte
Een populatiegenomische analyse van een parallelle wolfspin radiatie van de Galapagos eilanden.
Meer lezen

Etiologie en ontwikkelingsmechanismen van niercortexhypoplasie

Universiteit Gent
2016
Lien
Staelens
  • Anastasia
    Logothetidou
Morfologische en genetische ontwikkeling van de nier, met nadruk op de genen die in mutante vorm aanleiding geven tot niercortexhypoplasie
Meer lezen

Towards the generation of a safe lentiviral vector based vaccine

Erasmushogeschool Brussel
2016
Thomas
Ertveldt
Deze scriptie vergelijkt de prestaties van drie verschillende types lentivirale vectoren. De prestaties die worden geëvalueerd zijn de productiviteit, infectie-efficiëntie en het uitlokken van een immuun respons.
Meer lezen

Unraveling the in vivo role of MMP-2 and MT1-MMP in mammalian axonal regeneration

KU Leuven
2015
Lien
Andries
Het herstellen van het centraal zenuwstelsel,vandaag en morgen De ziekte van Alzheimer, de ziekte van Parkinson, de ziekte van Huntington, multiple sclerose, glaucoom, het zijn maar enkele van de meer dan 600 neurodegeneratieve aandoeningen waarbij na verloop van tijd zenuwcellen afsterven. Dit laatste is onomkeerbaar en leidt tot symptomen als dementie, slikproblemen, bewegings-, loop-, of spraakstoornissen. Wat is nu de exacte oorzaak waardoor het centraal zenuwstelsel (CZS) van de mens zich niet spontaan kan herstellen?
Meer lezen

Ontwikkeling van genome editing constructen voor de creatie van laminopathie modelcellijnen.

Universiteit Gent
2014
Joke
Robijns
Ontrafeling en genezing van vroegtijdige veroudering: genetisch gewijzigde cellenDe vroegtijdige verouderingsziekte HGPS (Hutchinson-Gilford Progeria Syndroom) of simpelweg progeria zorgt ervoor dat je lichaam acht keer sneller oud wordt dan normaal. De ziekte wordt veroorzaakt door een kleine verandering in het DNA, een mutatie. Waarom dit leidt tot vroegtijdige veroudering is nog grotendeels onduidelijk. Om dit beter te kunnen onderzoeken wordt de ziekte nagebootst in dieren en cellen. In deze masterproef werden genetische veranderingen aangebracht in cellen met zeer moderne technieken.
Meer lezen

Zaadendofyt-geassisteerde fytoremediatie van Cadmium: optimalisatie van de inoculatie

Hogeschool PXL
2014
Antoine
Persyn
  • Sascha
    Truyens
  • Nele
    Weyens
Groen gebruiken voor een groenere toekomst!Verontreinigde bodems zijn de dag van vandaag geen nieuwigheid, je komt ze overal ter wereld tegen. In de Belgische Noorderkempen is er bijvoorbeeld een grondperceel van 300 m2 verontreinigd met Cadmium, een zwaar metaal. Cadmium heeft geen gekende biologische functie maar het is voor zowel plant als dier toxisch. Bij mensen speelt Cadmium een rol bij de vorming van tumoren, bij planten doet het de bladeren vergelen en vermindert het de groei in het algemeen.
Meer lezen

ENU mutagenesis as a discovery and validation tool of potential driver genes in pancreatic tumourigenesis.

Vrije Universiteit Brussel
2013
Mathias
Van Bulck
Ontdekking nieuw gen geeft hoop in ontrafeling pancreaskanker.Wat hebben Luciano Pavarotti, Steve Jobbs, Patrick Swayze en Joan Crawford met elkaar gemeen op hun bekendheid na? Ze stierven allen aan pancreaskanker. Hoewel pancreaskanker niet behoort tot de top 10 van de meest voorkomende kankergevallen in België, is het de 4de hoogste kanker-gerelateerde doodsoorzaak in de wereld. Kersvers VUB-alumnus Mathias Van Bulck legde zijn master thesis jaar af aan het gerenommeerde Australische ‘Garvan Institute of Medical Research’ waar hij onder leiding van Prof. Dr.
Meer lezen

Functional Consequences of Variable Tandem Repeats within the Yeast Cyc8 Transcriptional Regulator

KU Leuven
2012
Steven
Boeynaems
Ons genoom op de vuilnisbeltElk levend wezen heeft zijn eigen blauwdruk, het genoom. Hierin staat alle nodige informatie om een cel te maken, namelijk de genen. Deze beschrijven hoe proteïnen gemaakt worden welke vervolgens hun functie in de cel vervullen. Echter tussen al deze vitale info zit veel non-sense. Maar liefst 80% van ons genoom bestaat uit DNA waarvan we niet weten wat het doet. We noemen het rommel- of junk DNA. Maar waarom is het er? Evolutie dicteert dat eigenschappen verdwijnen als ze niet bijdragen aan de overleving van het organisme.
Meer lezen

Ontwikkeling van Illumina data analyse pipeline voor resequencing

Hogeschool West-Vlaanderen
2012
Svenn
D'Hert
 Analyse helpt recyclage bacteriën beter te werken in de ruimteBij SCK-CEN (studiecentrum voor kernenergie, Mol) is een nieuwe analyse gebouwd om sneller de resultaten van DNA onderzoek te vergelijken met reeds gekende DNA sequenties. Met behulp van deze nieuwe methode kan het onderzoek nu sneller bepalen of de bacterie Rhodospirillum rubrum geschikt is voor lange bemande ruimtereizen, als deel van het recyclage systeem (MELliSA).De nieuwe analyse is ontwikkeld met het oog op de nieuwe DNA sequencing technologie, de zogenaamde next-generation sequencing technologie.
Meer lezen

De invloed van hemolymfe van bijenlarven op de expressie van potentiële virulentiegenen van Paenibacillus larvae

Universiteit Gent
2011
Sarah
Van Lent
Bijensterfte: goed of slecht nieuws?Berichten over massale bijensterfte duiken al enige tijd regelmatig op in het nieuws. De reacties daarop lopen sterk uiteen. Mensen die geen onderscheid maken tussen bijen en wespen, vinden dat waarschijnlijk een goede zaak. Wie wel het verschil kent, stelt zich terecht vragen. Bijen vervullen immers een zeer belangrijke rol in de bestuiving van zaadplanten en vormen op die manier een onmisbare schakel in onze voedselketen. Het is van het hoogste belang de verschillende oorzaken van de bijensterfte te achterhalen en uit te schakelen.
Meer lezen