Scriptiebank overzicht

In mijn scriptie heb ik de compositie van het darmmicrobioom van beide captieve en wilde (gestrande) orca's geanalyseerd met behulp van verscheidene DNA sequencing technieken. Aan de hand van bio-informatica heb ik achterhaald welke genen aanwezig zijn die bijdragen tot de afbraak van door de mens geproduceerde organische polluenten.

De steeds toenemende hoeveelheid voedselafval en de vraag naar alternatieve eiwitbronnen zorgen voor extra belangstelling in de industrialisering van de zwarte soldatenvlieg larven (BSFL) kweek. BSFL worden steeds meer erkend vanwege hun potentieel voor duurzaam afvalbeheer en als eiwitrijke voedselbron vanwege hun vermogen om organisch afval om te zetten in waardevolle biomassa. Echter is de invloed van hun darmmicrobiota op hun groei en ontwikkeling nog onvoldoende bekend.

Deze studie richt zich op de ontwikkeling en optimalisatie van een axenisch (kiemvrij)
model voor BSFL, Hermetia illucens, om de rol van de microbiota in de larvale ontwikkeling beter te begrijpen en de efficiëntie van op BSFL gebaseerde bioconversie-systemen
te verbeteren. De sterilisatie van BSFL-eieren werd uiteindelijk bereikt door afwisselende behandelingen met ethanol en natriumhypochloriet.

Vervolgens werden de axenische larven gekweekt op verschillende behandelingen en met elkaar vergeleken. De onderzochte behandelingen waren steriele, niet-steriele en voorgeïncubeerde vormen van kippenvoer en tarwezemelen. Door voorafgaande incubatie konden micro-organismen, voor sterilisatie, potentieel gunstige metabolieten produceren. Met deze proefopzet kon worden beoordeeld of deze microbiële metabolieten de groei konden ondersteunen zonder de aanwezigheid van levende micro-organismen. Hieruit is er dan gebleken dat de microbiële activiteit een positieve invloed heeft op de groei van axenische BSFL voor het minder kwaliteitsvolle tarwezemelen als kweeksubstraat.

Kippenvoer en tarwezemelen bieden echter een beperkte flexibiliteit bij het aanpassen van hun samenstelling. Hiervoor zijn op bouillon gebaseerde diëten een veelbelovende
oplossing. Echter is er gebleken dat de larven een driedimensionale structuur nodig hebben om hun natuurlijke kruip- en voedingsgedrag te ondersteunen. Uit de onderzochte bouillons en matrices, leverde vlas in combinatie met een eiwitrijke bouillon de beste resultaten op. Daarmee is dit dieet veelbelovend voor toekomstig onderzoek naar optimalisatie van de kweeksubstraten.

Afvalwaterzuiveringsinstallaties staan onder toenemende druk. Ze kampen met een
beperkte capaciteit, een hoog energieverbruik en de noodzaak om extra chemicaliën
toe te voegen om stikstof te verwijderen. Tegelijkertijd hebben rioleringssystemen hun
eigen problemen, zoals geuroverlast, aantasting van leidingen en de uitstoot van
broeikasgassen. Om deze problemen aan te pakken, voegen waterbeheerders vaak
nitraat of ijzerzouten toe, maar deze oplossingen zijn op lange termijn niet duurzaam.
Een veelbelovender en duurzamer alternatief is het gebruik van genitrificeerde urine.
Dit is urine waarbij de stikstof al is omgezet naar nitraat. Deze nitraatrijke vloeistof kan
rechtstreeks in de riolering worden gedoseerd. Zo helpt het om geurhinder en corrosie
tegen te gaan, terwijl het ook de stikstofbelasting op de zuiveringsinstallatie verlaagt.
Maar hoe reageren de micro-organismen in de riolering op deze aanpak?
Deze thesis onderzoekt hoe goed verschillende bacteriën nitraat verwijderen wanneer
ze koolstof (uit acetaat), sulfide of beide als energiebron ter beschikking hebben. Uit
de testen bleek dat koolstofverwerkende bacteriën (heterotrofen) nitraat het snelst
verwijderen. Bacteriën die sulfide gebruiken (autotrofen) zijn trager, maar presteren
beter als ze zijn aangepast aan zwavelrijke omstandigheden. Wanneer zowel koolstof
als sulfide aanwezig is, krijgen de heterotrofen de overhand. In plaats van samen te
werken, bleken de twee groepen bacteriën juist te concurreren om dezelfde
voedingsstof: nitraat.
Daarnaast werd onderzocht hoe waterstofsulfide (H₂S), een stinkend en giftig gas, de heterotrofe bacteriën beïnvloedt. Zelfs kleine hoeveelheden kunnen het proces al
remmen, al hangt het effect sterk af van de timing en eerdere blootstelling van de
bacteriën aan H₂S.
Tot slot werd berekend hoeveel nitraat nodig is om geur- en corrosieproblemen in de
riolering effectief te bestrijden. Een simulatie van een appartementsgebouw met 100
bewoners liet zien dat genitrificeerde urine op zichzelf al voldoende is om de juiste
omstandigheden in de riolering te behouden, dit zonder dat extra chemicaliën nodig
zijn.
Kortom, dit onderzoek geeft meer inzicht in hoe rioolmicroben samenwerken (of juist
niet), en laat zien hoe we onze eigen afvalstromen, zoals urine, slim kunnen inzetten
om afvalwatersystemen efficiënter, duurzamer en toekomstbestendiger te maken.

Onze scriptie vertrekt uit een bezoek aan Lisjak tijdens onze uitwisseling aan de universiteit van Koper (Slovenië), waar de vraag rees hoe reststromen als olijfpomace en -bladeren circulair te valoriseren.
IC rapport ultimate final count…
Onder begeleiding van olijfoliesommelier Wim Renneboog werkten we via designsprints een oplossing uit die olijfpomace ter plaatse omzet in hoogwaardige maatwerkcompost, afgestemd op blad- en bodemanalyse. Het model draait niet alleen in het oogstseizoen: buiten die periode verwerken we andere organische reststromen met lokale partners, zodat productie en impact jaarrond blijven. Zo koppelt de aanpak bodemherstel en weerbaardere olijfbomen aan een sluitende businesscase voor telers en perserijen.

De studie richt zich op het optimaliseren van groeimedia voor darmbacteriën van honingbijen, die een cruciale rol spelen in de gezondheid van bijen en hun kolonies. Omdat standaard kweekmedia vaak niet geschikt zijn, is onderzocht welke aangepaste media nodig zijn voor verschillende bacteriesoorten zoals Commensalibacter, Gilliamella, Snodgrasella, Apibacter en Bombella.

Uit de resultaten blijkt dat toevoeging van charcoal de groei kan bevorderen door schadelijke stoffen te binden, maar dat elke bacteriesoort zijn eigen voorkeur heeft voor specifieke media. Er bestaat dus geen universeel groeimedium. Dit betekent dat toekomstig onderzoek zich moet richten op soorten-specifieke media of co-culturen die de natuurlijke darmomgeving nabootsen.

Het onderzoek is niet alleen technisch relevant, maar draagt ook bij aan betere inzichten in bijengezondheid, mogelijke probiotica voor bijen en breder microbioomonderzoek. De kernconclusie: de gezondheid van bijen begint bij hun darmmicroben, en hun bestudering begint bij het juiste groeimedium.

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

Deze scriptie onderzoekt met behulp van een computersimulatie de invloed van verschillende omgevingsfactoren zoals nutriëntenniveaus en disrupties op de evolutie van cellulaire hechtingsterkte in bacteriële biofilms. Dit is relevant in de medische sector (o.a. besmetting van patiënten en medisch gereedschap), maar ook voor allerlei industriële toepassingen zoals corrosie van metalen installaties.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

Een kwalitatieve studie op basis van literatuuronderzoek, discoursanalyse en interviews naar de rol van alternatieve mens-natuurrelaties in de repolitisering van het Vlaamse landbouwdebat. In het eerste deel wordt onderzocht
welke boerenorganisaties als sociale bewegingsorganisatie gezien kunnen worden.
Momenteel kunnen we enkel Boerenforum zo bestempelen. In het tweede deel
wordt aan de hand van een discoursanalyse onderzocht welke boer-natuurrelaties
door landbouworganisaties worden uitgedragen. Hiervoor wordt gefocust op de relatie van boer.inn.en met de bodem. Een instrumentalisatie- en een co-creatiediscours
worden onderscheiden. In het instrumentalisatiediscours wordt het vermogen om
gewassen te doen groeien en ecosysteemdiensten te leveren grotendeels aan de
boer.in toegeschreven. In het co-creatiediscours wordt daarentegen over de bodem
gesproken als een levende co-creator van gewassen en ecosysteemdiensten. In
het derde deel wordt de relatie van agro-ecologische en conventionele boer.inn.en
met natuurlijke elementen onderzocht aan de hand van semi-gestructureerde interviews. Ook hierbij wordt specifiek gekeken naar de relatie met de bodem. De
meeste boer.inn.en schetsen een breed beeld van de bodem. De verschillen in visie
tussen boer.inn.en worden maar deels verklaard door de agro-ecologische of conventionele aanpak van deze boer.inn.en. Ook werd in de interviews gepeild naar
andere zaken waar boer.inn.en van wakker liggen, naar de identiteit van de boer, en naar het gevoel van verbinding tussen boer.inn.en onderling en met boerenorganisaties. We kunnen besluiten dat bodemzorg benadrukken momenteel eerder
verdelend dan verbindend werkt, en dat de manier waarop er vaak over bodemzorg gesproken niet aanzet tot collectieve actie. Om een brede mobiliserende werking te
hebben zou het agro-ecologische discours meer moeten inzetten op andere dingen
waar boer.inn.en van wakker liggen, zoals financiële duurzaamheid.

Deze masterproef onderzoekt het debat over de inentingsmethode van de Hasseltse arts Louis Willems tegen pleuropneumonie tussen 1852 en 1865. Ze kijkt daarbij naar de visie van (vee)artsen, boeren, agronomen en de regering.

De scriptie kadert binnen het ruimer maatschappelijk kader omtrent de klimaat- en biodiversiteitscrisis. Zij omvat een grondige juridische analyse van het internationaal en regionaal rechtskader, dat een directe dan wel indirecte vrijwarende rol kan bekleden voor de veerkracht van bossen. Tot slot is de scriptie geschreven vanuit een multidisciplinaire invalshoek, waarbij recht en wetenschap elkaar afwisselen.

In deze studie werd het effect van het toevoegen van bestendige aminozuren op de melkgift beoordeeld. Hierbij werd bekeken of het wel of niet financieel interessant is voor de landbouwer bij een bepaalde melkprijs. Daarbij werd een proef uitgevoerd op verschillende melkveebedrijven en werd de melkgift (liters en melkgehalten) nauwkeurig opgevolgd.

Deze scriptie omvat een initiële studie omtrent een milieuvriendelijker alternatief (aan de hand van een ijzer-gekatalyseerd proces) voor het ontkleuren van katoen als voorbehandeling voor efficiëntere recyclage.

Contactlenzen zijn vaak gebruikte medische hulpmiddelen. Deze kunnen via de oogarts of paramedicus worden voorgeschreven en aangemeten. Contactlenzen zijn tevens vrij in optiekzaken en drogisterijen te verkrijgen. Eender wie kan contactlenzen aankopen zonder enige controle van type of sterkte. Aangezien contactlenzen makkelijk verkrijgbaar zijn, krijgt niet iedereen een goede voorlichting over het correcte gebruik en onderhoud ervan. Dragers die wel duidelijke richtlijnen krijgen, vergeten deze vaak of leven ze bewust niet na. Deze bachelorproef geeft een inzicht in de do’s en don’ts bij het dragen en verzorgen van contactlenzen en hoe een app de lensdragers kan helpen bij het dragen en onderhouden van hun contactlenzen. De grootste uitdaging voor de contactlensindustrie is het behouden van het algemeen comfort voor de contactlensdragers zodat het aantal drop-outs beperkt blijft.

Om de diagnose van sepsis bij veulens te vergemakkelijken, is er een predictiemodel ontwikkeld aan de hand van de meest voorkomende symptomen en bloedparameters.

Onderzoek naar het gebruik van antibiotica bij koi karpers. Er wordt uitgezocht welke antibiotica er zijn, tegen welke ziektes ze werken, maar ook worden er preventieve en alternatieve opties gegeven om de koi kaper gezond te houden en het gebruik van antibiotica te reduceren

Het effect van zwembadwater op het voorste oogsegment kan onderverdeeld worden in twee grote delen, namelijk de chemische gevaren en de microbiële gevaren die zwembadwater met zich teweegbrengt en hun oculaire bijwerkingen.

Een wiskundig model voor biosensors werd bestudeerd en verschillende transcriptiefactor-gebaseerde biosensors werden ontwikkeld en gekarakteriseerd.

Ten gevolge van de coronapandemie staan microben in een slecht daglicht, maar ook in de lessen biologie en natuurwetenschappen in het secundair onderwijs ligt de klemtoon op het negatieve. Hoe is het dan gesteld met de perceptie van microbiologie bij zesdejaarsleerlingen ASO en TSO? Om deze vraag te beantwoorden, werd in deze scriptie een enquête opgesteld, gelinkt aan een Instagramaccount met educatieve posts over microbiologie.

Een studie naar cyclische antifungale therapie gebaseerd op collaterale sensitiviteit, een trade-off mechanisme waarin resistentie tegen een geneesmiddel gepaard gaat met een verhoogde sensitiviteit, en het onderzoeken van resistentie mechanismen in Candida auris.

Wanneer golven in de oceaan breken, ontstaan
onder water luchtbellen. Als deze bellen aan de oppervlakte komen, barsten ze en worden aerosolen de lucht in geslingerd. Het doel van deze studie was de mogelijke aanwezigheid van micro- en nanoplastics in deze aerosolen te onderzoeken en de invloed van verschillende soorten en groottes van plastics op de aerosolisatie te bestuderen.

Evolutie van metabole netwerken van micro-organismen via Quality-Diversity optimalisatie algoritmen om strain design strategieën te voorspellen die de groei van micro-organismen en de productie van metabolieten maximaliseren.

Het gebruik van koud plasma als milde conserveringstechniek is veelbelovend. Maar koud plasma kan ook aanleiding geven tot lipide-oxidatie, een proces dat zowel de kwaliteit als de veiligheid van levensmiddelen kan reduceren. In deze scriptie werd koud plasma toegepast op oliematrices.

Deze scriptie gaat over het effect van probiotische metabolieten op vaginale Candida infecties. Het effect van de gist Saccharomyces cerevisiae als probioticum tegen vaginale Candida infecties werd ook getest in een muismodel.

In vitro onderzoek naar het potentieel van Saccharomyces cerevisiae en Lactobacillus gebaseerde probiotica tegen vaginale candidiasis.

Deze scriptie onderzoekt het potentieel van microbioom analyse als bijkomend forensich bewijsmateriaal in zaken van seksueel geweld.

Aardbeitelers wereldwijd hebben te lijden onder grijsrot. Hommels en gunstige bacteriën worden samen ingezet om deze schadelijke schimmel te bestrijden. Dit systeem kan een duurzaam alternatief vormen voor het sproeien van chemische fungiciden.

In deze masterscriptie wordt prevalentie van bacteriële vaginose in 2 Afrikaanse populaties (uit Etiopië & de Democratische Republiek Congo) beschreven. De rol van verschillende bacteriën, van het genus Gardnerella, Atopobium en Lactobacillus, in bacteriële vaginose en vroeggeboorte wordt ook onderzocht.

Deze scriptie onderzoekt aan de hand van een systematic review en een meta-analyse wat de effecten zijn van pre- en probiotica op het menselijk geheugen.

Deze script heeft tot doel de genomische diversiteit van B. fragilis te karakteriseren om de tegengestelde eigenschappen ervan beter te begrijpen door middel van een grootschalige studie die de populatiestructuur van meer dan 1.000 openbaar beschikbare B. fragilis-genomen analyseert. We identificeren welke afstammingslijnen aanwezig in de populatie van B. fragilis geassocieerd zijn met specifieke functionele eigenschappen of mobiele elementen. De detectie van samenvallende genen, evenals recombinante regio's, zijn nodig om mobiele elementen te identificeren, maar ook de invloed van mobiele elementen en recombinatie op de evolutie van B. fragilis.