Scriptiebank overzicht

Deze masterthesis onderzoekt hoe endotheelcellen, die van nature niet gespecialiseerd zijn in antigeenpresentatie, toch een actieve rol kunnen spelen in de opwekking van anti-tumor T-celrespons. Wanneer kankercellen sterven via immunogene celdood (ICD), stoten ze specifieke signalen (DAMPs) uit die het omliggende weefsel activeren. Het onderzoek toont expliciet aan dat endotheelcellen, ondanks dat ze geen professionele antigeenpresenterende cellen (APC's) zijn zoals dendritische cellen, door deze ICD-signalen "opgeleid" kunnen worden om toch antigenen van tumorcellen op te nemen en te presenteren via MHC-moleculen. Zo fungeren ze als niet-professionele APC's die bijdragen aan de anti-tumor immuunrespons.
Met behulp van co-cultuursystemen (MS1 en HUVEC endotheelcellen), CRISPR-Cas9 knockouts (CD74, CD80, H2-D1) en in vivo vaccinatiemodellen werd onderzocht in welke mate deze niet-professionele antigeenpresentatie door endotheelcellen bijdraagt aan het activeren van T-cellen tegen tumoren. Dit werk draagt bij aan het begrijpen van de tumor micro-omgeving en biedt mogelijk nieuwe aanknopingspunten voor kankerimmuuntherapie.

Zeeziekte is een veelvoorkomend fenomeen binnen de maritieme sector en kan een aanzienlijke
impact hebben op het functioneren en welzijn van zeevarenden. Hoewel bekend is dat vrouwen
mogelijk gevoeliger zijn voor zeeziekte dan mannen, is weinig onderzocht in welke mate hormonale
factoren hierin een rol spelen. Deze masterproef brengt dit onderbelichte thema in kaart aan de
hand van een observatiestudie uitgevoerd tijdens een vier weken durende zeereis aan boord van
het opleidingsschip Dar Mlodziezy.
In totaal registreerden 36 deelnemers dagelijks hun level van algemene gevoelstoestand,
misselijkheid, stress en hersenmist. Voor vrouwelijke deelnemers werd bijkomend het gebruik van
hormonale anticonceptie en, indien van toepassing, hun menstruele cyclus bijgehouden. Deze
systematische dataverzameling in een realistische maritieme setting bood een uitzonderlijke
mogelijkheid om patronen over langere tijd te analyseren zonder verstoringen van dagelijkse
omgeving.
Uit resultaten blijkt dat vrouwelijke deelnemers in deze groep gemiddeld meer zeeziekte
gerelateerde klachten rapporteerden dan mannelijke deelnemers. De verschillen waren zichtbaar
voor alle onderzochte variabelen en kwamen consequent terug doorheen de gehele
onderzoeksperiode. Binnen de vrouwelijke groep vertoonden vrouwen die hormonale
anticonceptie gebruikten op het merendeel van de dagen hogere symptoomscores dan vrouwen
zonder anticonceptie. In deze dataset werd dus geen aanwijzing gevonden dat anticonceptie
beschermend werkt tegen zeeziekte.
De analyses van de menstruele cyclus leverden geen duidelijke verschillen tussen cyclusfasen op,
voornamelijk door het beperkte aantal vrouwen met een natuurlijke cyclus. Hierdoor konden geen
uitspraken gedaan worden over variaties in gevoeligheid tijdens bijvoorbeeld menstruatie of
ovulatie. Daarnaast werd vastgesteld dat deelnemers die een zeeziektepil innamen gemiddeld
meer hersenmist rapporteerden. Dit sluit aan bij zowel de ernst van hun symptomen als bij bekende
bijwerkingen van dergelijke medicatie, zonder dat de oorzaak kon worden vastgesteld.
Deze bevindingen suggereren dat vrouwen in deze onderzoeksgroep gevoeliger waren voor
zeeziekte dan mannen, maar tonen geen duidelijk effect van de hormonale anticonceptie of
cyclusfasen op de ervaren klachten. De beperkte omvang van de subgroepen vraagt om
voorzichtigheid in de interpretatie. De resultaten benadrukken tegelijk de nood aan verder
onderzoek met grotere populaties en nauwkeurigere hormonale registratiemethoden, zodat de
relatie tussen hormonen en zeeziekte in de toekomst preciezer kan worden bepaald.

Binnen een klinische en biomedische context zijn snelle en robuuste analysemethoden voor untargeted metabolomics essentieel. Laser-assisted rapid evaporative ionisation massaspectrometrie (LA-REIMS) maakt directe analyse van biofluïda mogelijk, maar de analytische prestaties worden bepaald door de intrinsieke matrixeigenschappen van het staal. Elektrogesponnen nanovezelmembranen kunnen via surface-assisted laser desorption/ionisation (SALDI) de desorptie en ionisatie verbeteren en zo de analyses versterken. Het potentieel van silicagebaseerde nanovezelmembranen als SALDI-substraten binnen LA-REIMS-gebaseerde metabolomics is echter nog onvoldoende geëvalueerd.

In deze studie wordt onderzocht in welke mate elektrogesponnen tetraethylorthosilicaat (TEOS)-gebaseerde nanovezelmembranen de prestaties van LA-REIMS-analyses voor fecale metabolomics beïnvloeden.

De productie van TEOS-membranen omvat het elektrospinnen van een sol-geloplossing, gevolgd door een thermische behandeling om een superhydrofiel membraan te verkrijgen. De morfologie en hydrofiliciteit worden gekarakteriseerd met scanning-elektronenmicroscopie, watercontacthoekmetingen en infraroodspectrometrie. De analytische prestaties worden geëvalueerd via LA-REIMS-analyse van fecale stalen en vergeleken met rechtstreekse analyse van feces en met geoptimaliseerde MetaSAMP-membranen. Data-analyse omvat principal component analysis, evaluatie van reproduceerbaarheid en vergelijking van metabolomische dekking.

LA-REIMS-analyses tonen aan dat met fecale stalen geïmpregneerde TEOS-membranen een metabolomische vingerafdruk genereren die vergelijkbaar is met die van feces as-such, met detectie van een groter aantal features. Tegelijkertijd worden, vergeleken met zowel MetaSAMP-membranen als feces as-such, beperkingen vastgesteld in reproduceerbaarheid en signaalintensiteit, met lagere signaalintensiteiten en meer variabele features (p < 0,01).

Na optimalisatie van de membraandikte en het staalvolume worden TEOS-membranen verkregen die significant hogere signaalintensiteiten opleveren dan feces as-such (p < 0,01; g > 1), met een hoger aantal gedetecteerde features (p < 0,01) en een aanvaardbare reproduceerbaarheid (> 75 % van de features met een variatiecoëfficiënt ≤ 30 %).

De resultaten tonen aan dat elektrogesponnen TEOS-gebaseerde nanovezelmembranen doeltreffend zijn als SALDI-substraat binnen LA-REIMS-gebaseerde metabolomics. Toekomstige studies kunnen zich richten op het optimaliseren van de membraanproductie, functionalisatiestappen en het verder afstemmen van de LA-REIMS-methode.

Fibroblasten zijn een diverse groep cellen die zorgen voor het onderhoud van de extracellulaire matrix (ECM). Ze kunnen inactief zijn (quiescente fibroblasten) of actief (myofibroblasten). De actieve myofibroblast, herkenbaar aan het eiwit α-smooth muscle actin (αSMA), speelt een belangrijke rol bij wondgenezing en fibrose. Een speciale subgroep hiervan zijn de kanker-geassocieerde fibroblasten (CAFs), die in de tumoromgeving bijdragen aan tumorgroei en uitzaaiing. Hun activatie wordt gestimuleerd door factoren zoals TGF-β en mechanische spanning vanuit de ECM, wat een terugkoppelingslus creëert: spanning activeert CAFs, en CAFs versterken op hun beurt de spanning door ECM-remodellering.
In deze studie werd de mechanobiologie van CAFs onderzocht met behulp van een FRET-gebaseerde vinculine-tensiesensor, die mechanische krachten in focale adhesies meet. Er werd vergeleken tussen onbehandelde CAFs en met TGF-β geactiveerde (myofibroblast-achtige) CAFs. De geactiveerde cellen vertoonden hogere mechanische spanning in vinculine en meer adhesiecomplexen per cel, wat wijst op grotere contractiliteit.
Daarnaast werd geprobeerd een fluorescente reporter te ontwikkelen om de differentiatie in levende cellen te volgen. De gebruikte ACTA2-promotor bleek echter onvoldoende actief, maar het concept biedt aanknopingspunten voor verdere optimalisatie.
Conclusie: TGF-β zorgt voor snelle en efficiënte differentiatie van CAFs naar een meer contractiel, myofibroblastachtig type met verhoogde mechanische spanning in vinculine. Dit benadrukt het belang van mechanotransductie bij CAF-activatie en hun interactie met de tumoromgeving.

Dilated cardiomyopathy (DCM) is a leading cause of heart failure worldwide, and is
characterized by a dysfunctional and dilated left ventricle. Approximately 1 in 250 individuals develop DCM in their lifetime. DCM is highly heritable, with around 50 associated genes. However, 60-75% of families that show a heritable DCM pattern have no genetic diagnosis. Thus, identifying novel DCM-associated genes is imperative to help diagnose patients earlier and provide personalized treatments based on genotype-phenotype associations. Previously, whole exome sequencing data from idiopathic DCM patients at Maastricht Hospital was analyzed, leading to the identification of three potentially DCM-causing genes, found in seven patients. In the current study, these genes were analyzed using the zebrafish model. It was hypothesized that the targeted knockout of LAPTM4B, PIGV, or ANKHD1 in zebrafish embryos leads to functional and morphological changes resembling DCM. With F0 screening, a CRISPR/Cas9 based method, functional knockouts were created showing mild/moderate edema in approximately 40% of embryos in each genetic knockout. Heart videos were made to assess functional changes, with laptm4b showing a decrease in heart rate and an increase in ejection fraction, pigv showing a decrease in relaxation time and ventricle size, and ankhd1 showing an increase in ventricle size. In conclusion, the F0 screening should be further optimized to fully assess the role of these genes in cardiomyopathy. This study gives a proof of concept, showing that LAPTM4B, PIGV, and ANKHD1 play a role in the function and morphology of the heart and should be researched further.

Vloeibaar water van hoge kwaliteit is een van de belangrijkste zaken op aarde. Deze moet koste wat het kost behouden blijven. Bedrijven en gemeenschappen dragen hieraan toe door hun afvalwater te zuiveren, alvorens het in de natuur te lozen. Hoewel dit proces zorgt voor natuurlijke wateren van hogere kwaliteit, heeft dit proces ook zijn keerzijde, namelijk de productie van enorme hoeveelheden afvalslib. Tot hiertoe is nog geen grootschalige toepassing gevonden voor het recycleren van deze afvalstroom. Met dit werk, wil ik graag kijken naar een mogelijke toepassing van het afvalslib, meer bepaald het gebruik van EPS als hydrogel. Hierbij wordt gekeken naar de verschillende stappen van dit proces.

In een eerste stap wordt gekeken welke componenten het meeste potentieel tonen om gebruikt te worden. in een bepaalde toepassing. Na een literatuurstudie blijkt dat de extracellulaire polymere substanties of EPS het meeste potentieel tonen. Het proces gaande van afvalslib naar toepassing van EPS bestaat echter uit heel wat verschillende stappen. Deze thesis focust op deze verschillende stappen, vertrekkend bij de extractie van EPS uit het afvalslib. In dit werk worden vier extractieprotocols met elkaar vergeleken, aan de hand van kwalitatieve en kwantitatieve criteria. Op basis hiervan is het meest optimale extractieprotocol geselecteerd.

In een volgende stap zijn dan EPS'en van verschillende bronnen chemisch gekarakteriseerd, om na te gaan of EPS van verschillende bronnen ook verschillende samenstellingen hebben. Met behulp van verschillende technieken blijkt dat de samenstelling van EPS soortafhankelijk is. Elke bron van EPS resulteert dus in materiaal met een unieke compositie.

Om vervolgens na te gaan wat voor effecten dit heeft op de toepassingen van EPS, zijn EPS van vier verschillende industriële slibben gebruikt om hydrogels te maken, aan de hand van een 3D-geprinte mal. Met behulp van reologie zijn dan de mechanische eigenschappen van deze hydrogels getest. Deze resultaten zijn vervolgens gebruikt om het mechanisch gedrag van de EPS te linken aan hunchemische samenstelling. Door de complexe compositie van de EPS was het vinden van zo'n relatie echter niet mogelijk.

Deze thesis onderzoekt de allelopathische effecten van drie roodwieren—Acrochaetium
secundatum, Gracilaria gracilis en Palmaria palmata—op de groei van twee microalgen: Tisochrysis lutea (Haptophyta) en Phaeodactylum tricornutum (Bacillariophyta). Van elk wier werden drie types extracten bereid: een polair extract, een apolair extract van het zeewieroppervlak, en een apolair extract van het gehele wier. De extracten werden getest in concentratiereeksen om hun effect op microalgengroei te evalueren.
Naast groeiremming werd ook de chemische samenstelling van de extracten geanalyseerd om potentiële allelochemicaliën te karakteriseren. Er werd een volledig spectrofotometrisch profiel genomen van het polaire extract, waarbij fycoërythrine en fycocyanine werden gekwantificeerd. Verder werd de vetzuursamenstelling in de apolaire extracten bepaald met GC-MS. Het meest dominante vetzuur in de extracten, eicosapentaeenzuur (EPA), werd afzonderlijk getest op de microalgen om het specifieke effect ervan te evalueren. Tot slot werd ook de mogelijke rol van oxidatieve stress onderzocht via een DPPH-radicaalassay.
De resultaten tonen dat de roodwierextracten soort- en extract-specifieke groeiremming veroorzaken. T. lutea bleek over het algemeen gevoeliger dan P. tricornutum. De sterkste inhibitie werd waargenomen bij het apolaire totaalextract van P. palmata. Uit de extra test met EPA, bleek EPA op zich de remming niet volledig te verklaren. Polaire extracten, vooral van A. secundatum, vertoonden ook duidelijke remming, vermoedelijk door fycobiliproteïnen zoals fycoërythrine en fycocyanine. Deze pigmenten kunnen echter ook indirecte effecten veroorzaken via lichtabsorptie.
Deze studie benadrukt het belang van gecombineerde chemische en biologische analyses om actieve componenten en hun werking te identificeren, met oog op zowel ecologische als biotechnologische toepassingen.

Introductie:
Deze bachelorproef richt zich op vijf veelvoorkomende aandoeningen: hypothyroïdie, hyperthyroïdie, hepatitis B, ijzergebreksanemie en chronische lymfatische leukemie (CLL). De pathofysiologie en diagnostiek van elke aandoening is verschillend. De medische laboratoriumdiagnostiek is essentieel om een diagnose vast te stellen, een behandeling op te starten of aan te passen en om het verloop van de ziekte op te volgen.
Doel:
Deze casusbespreking heeft als doel om beter te begrijpen hoe diverse laboratoriumdiagnostiek bijdraagt aan het stellen van diagnoses en het opvolgen van behandelingen. Door casussen te onderzoeken, wordt vastgesteld welke laboratoriumparameters afwijkend zijn, op welke manier ze verschillen per aandoening en wat hun klinische betekenis is.
Materiaal & methoden:
De laboratoriumtesten werden uitgevoerd op geavanceerde toestellen. De Cobas e801 (Roche) bepaalde laboratoriumparameters aan de hand van elektrochemiluminescente-immunoassays. Sommige parameters werden volgens het sandwich principe bepaald, terwijl andere parameters volgens het competitief principe werden bepaald. Daarnaast is er de Cobas c702 (Roche) die biologische parameters heeft gemeten aan de hand van fotometrie op twee manieren: turbidimetrisch of colorimetrisch enzymatisch. De hematologische aandoeningen werden voornamelijk bepaald door de Sysmex-XN. Deze automatische celteller heeft zowel erytrocytaire, trombocytaire als leukocytaire parameters gemeten. Bovendien maakte de Sysmex-SP bij een afwijkend resultaat steeds een bloeduitsrijkje. Deze bloeduitsrijkjes werden steeds geanalyseerd met de Cellavision DM.
Resultaten:
De resultaten van de casussen bevestigen de typische laboratoriumafwijkingen voor elke aandoening. Hypothyroïdie wordt gekenmerkt door een afname van FT4 en een toename van TSH, terwijl hyperthyroïdie wordt gekenmerkt door een verlaagde TSH en een toename van FT3 en FT4. De positieve uitslag voor HBsAg, anti-HBc en een verhoogd leverenzym ALT bevestigen de aanwezigheid van een hepatitis B infectie. CLL wordt gekarakteriseerd door een hoger aantal lymfocyten, abnormale morfologie en afwijkende scattergram. De lage waarden voor Hb, MCV, ferritine, ijzer en ijzersaturatie tonen aan dat het wel degelijk gaat om de aandoening ijzergebreksanemie.
Conclusie:
Deze bachelorproef laat zien dat laboratoriumdiagnostiek cruciaal is om diagnoses te stellen en om de voortgang van de bestudeerde aandoeningen op te volgen. Het toepassen van technologieën zoals de Cobas- en Sysmex- toestellen levert betrouwbare uitkomsten die essentieel zijn voor een nauwkeurige klinische beslissing. Het juist interpreteren van laboratoriumresultaten is cruciaal voor een doeltreffende behandeling van de patiënt.

Koper-nanodeeltjes (Cu NP's) hebben een brede toepasbaarheid, maar hun synthese is gevoelig voor kleine veranderingen in reactieparameters. Deze gevoeligheid, in combinatie met het tijdrovende en arbeidsintensieve karakter van experimentele optimalisatie, vormt een grote uitdaging voor reproduceerbare synthese met gecontroleerde deeltjesgrootte. Bovendien is Machine Learning (ML) weliswaar veelbelovend gebleken voor materiaalonderzoek, maar wordt toepassing ervan vaak beperkt door gebrek aan hoogwaardige experimentele datasets. Deze studie onderzoekt ML om de grootte van Cu NP’s gevormd met microgolf geassisteerde polyolsynthese te voorspellen met kleine datasets, gegenereerd uit 25 intern uitgevoerde syntheses. Latin Hypercube Sampling wordt gebruikt om de parameterruimte van precursorconcentratie, temperatuur en reactietijd efficiënt te samplen. Ensemble-regressiemodellen, gebouwd met het AMADEUS-framework, voorspellen met hoge nauwkeurigheid de deeltjesgrootte en presteren daarmee beter dan klassieke statistische benaderingen. Featureselectie vermindert complexiteit van het model en verbetert generaliseerbaarheid. Daarnaast worden classificatiemodellen, gebaseerd op zowel traditionele random forests als Large Language Modellen (LLM’s), geëvalueerd om onderscheid te maken tussen grote en kleine deeltjes. Terwijl random forests matig presteren, bieden LLM’s geen duidelijke verbeteringen in omstandigheden met weinig gegevens. Over het algemeen toont dit onderzoek dat zorgvuldig samengestelde kleine datasets, in combinatie met robuuste klassieke ML, synthese van Cu NP's effectief kan voorspellen en dat voor laboratoriumonderzoek complexe LLM's geen voordelen bieden.

Het ontdekken van nieuwe interacties tussen geneesmiddelen en proteïne-doelwitten (DTIs) is cruciaal voor therapeutische innovatie, maar experimentele validatie is kostelijk
en schaalt niet naar de astronomische omvang van chemische mogelijkheden. Heterogene, schaarse bindingsdata en beperkte diversiteit belemmeren robuuste voorspelling en de mogelijkheden voor in silico moleculaire ontwerp. Deze scriptie presenteert een geïntegreerd raamwerk dat data, representaties en modellen opschaalt voor DTI-voorspelling en doelwit-gestuurd de novo geneesmiddelontwerp.

Een gecombineerd DTI-corpus (339k interacties) en twee grote pretrainingsbronnen werden samengesteld om zowel supervised als unsupervised leerdoelen te ondersteunen. Centraal in het raamwerk is een flexibele, modulaire multi-branch architectuur: elke branch van het model (geneesmiddel of doelwit) kan geïnstantieerd worden als een encoder met enkele invoer, of als een multi-invoer-encoder die complementaire representaties fuseert (bijv. graaf, vingerafdruk, aminozuursequentie, DNA-signalen).
De geneesmiddel branch kan ook een variatie-sampling kop en een latent-gestuurde, discrete diffusie gebaseerde moleculaire graaf-generator omvatten. Branches kunnen
gezamenlijk getraind worden voor supervised DTI-voorspelling, of onafhankelijk met unsupervised/self-supervised leerdoelen om biologische voorkennis langs domeinen
heen in te brengen.

Resultaten tonen een regime-afhankelijk beeld: in data-arme regimes zijn foundationmodel embeddings het effectiefst, terwijl moleculaire vingerafdrukken de leiding hebben
wanneer data abundant zijn. Analyses tonen aan dat geneesmiddel-representaties de DTI-voorspellingsnauwkeurigheid sturen, met graaf-gebaseerde representaties als
meest invloedrijk; aminozuur- en DNA-signalen zijn complementair voor proteïnen. Algemeen verduidelijkt deze studie wanneer en hoe leren van meerdere representaties
en transfer learning helpen, biedt het een reproduceerbare basis voor DTI-voorspelling, en toont het de haalbaarheid aan van latent-gestuurde omgekeerde diffusie voor het
genereren van chemisch valide, doelwit-specifieke moleculen waarvan de farmacofore kenmerken consistent zijn met de bredere biochemische literatuur.

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Na een dwarslaesie worden B-cellen geactiveerd in de periferie, migreren ze naar het ruggenmerg en dragen ze bij aan een inflammatoire en autoreactieve immuunrespons die leidt tot verdere schade. Recentelijk hebben we verhoogde frequenties van CD74-positieve B-cellen aangetoond bij dwarslaesiepatiënten. CD74 fungeert als een receptor voor macrofaag migratie inhibitie factor (MIF) en in de aanwezigheid van accessoire eiwitten, waaronder de co-receptor CD44, activeert de binding van MIF aan CD74 signaalcascades die pro-inflammatoire B-celfuncties stimuleren. Desondanks is de MIF/CD74-as niet onderzocht in B-cellen na een dwarslaesie. Daarom hadden we als doel het immuunprofiel na SCI te bestuderen, evenals de expressie en bijdrage van de MIF/CD74-as aan B-celactivatie bij gezonde individuen en dwarslaesiepatiënten. Met behulp van flowcytometrie observeerden we hogere aantallen B-cellen en lagere NK-cel aantallen in de acute fase vergeleken met de subacute en chronische fasen na het letsel, wat suggereert dat ze respectievelijk betrokken zijn bij de vroege en latere fasen van een dwarslaesie. Bovendien werd een flowcytometriepanel geoptimaliseerd om de expressie van de MIF/CD74-as in B-cellen en andere immuuncellen te bestuderen. In B-cellen van gezonde individuen, observeerden we significante verminderingen in proliferatie en expressie van activatiemarkers CD80 en CD86 na CD44-blokkering, evenals een sterke dalende trend in B-celproliferatie bij MIF-remming. Al met al suggereren onze resultaten een rol voor B-cellen en de MIF/CD74-as bij het optreden van een dwarslaesie.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

Achtergrond
Ultra High Performance Liquid Chromatography (UHPLC) gekoppeld aan tandem massa spectrometrie
(MS/MS) is een uitermate geschikte techniek voor het uitvoeren van gerichte analyses op een brede
waaier aan moleculen. De techniek kent zowel kwantitatieve als kwalitatieve toepassingen en wordt
gekarakteriseerd door zijn hoge gevoeligheid, selectiviteit, precisie en nauwkeurigheid.
Doel
Het doel van dit onderzoekswerk is om een LC-MS/MS methode te ontwikkelen en te valideren dat
gebruikt kan worden voor de detectie en de kwantificatie van cafeïne in verschillende soorten koffie
en thee.
Methode
Het proces van de LC-MS/MS methodeontwikkeling werd stapsgewijs uitgevoerd. Eerst werden de MS
parameters geoptimaliseerd voor de detectie van cafeïne en de interne standaard paracetamol.
Vervolgens werd de chromatografische methode ontwikkeld met als doel de geschikte combinatie van
mobiele en stationaire fases te vinden, alsook een goede flowsnelheid, eventuele gradiënt en
analysetijd. Tot slot werden de lineariteit, carryover, reproduceerbaarheid, selectiviteit, sensitiviteit,
precisie en nauwkeurigheid van de methode nagegaan volgens de ICH Q2 richtlijnen.
Resultaten
De transities die gekozen werden voor de kwantificatie van cafeïne en paracetamol waren
respectievelijk 195/138 en 152/93. Verder werden de transities 195/110 en 152/110 gebruikt als
kwalitatieve controle. De finale chromatografische analysemethode maakte gebruik van een Kinetex©
C8 (100 x 2,1 mm) analytische kolom als stationaire fase, 10 mM ammoniumformaat + 0,1%
methaanzuur in water als mobiele fase A, methanol als mobiele fase B, respectievelijk ingesteld op
75% en 25%. De flowsnelheid werd ingesteld op 0,4 mL/min, het injectievolume en de analysetijd
bedroegen 2 µL en 3,0 minuten. De validatieparameters waren allemaal binnen de acceptatiegrenzen,
behalve de carryover.
Conclusie
Het doel van dit onderzoekswerk werd bereikt door een LC-MS/MS analysemethode te ontwikkelen
die gebruikt kan worden voor de kwantificatie van cafeïne in koffie en thee. De validatie was nagenoeg
volledig conform aan de Q2 en M10 richtlijnen van het ICH en geeft blijk dat de methode geschikt is
voor gebruik.

Organen geprint op een 3D-bioprinter vereisen net als de organen in ons lichaam een functioneel netwerk van bloedvaten. In deze scriptie werd een nieuwe elastine-rijke bio-inkt ontwikkeld dat de bloedvatvorming zou toelaten. Dit resulteerde uit talrijke printbaarheidsevaluaties en fysiologische testen. Verder werd ook het potentieel van VEGF-producerende cellen geëvalueerd om de vorming van bloedvaten te stimuleren in 3D-gefabriceerde organen. Meer bepaald werden de eiwit productie en overleving van de cellen gekarakteriseerd. Dit werd gevolgd door een test-print waarin de aanwezigheid van VEGF-producerende cellen resulteerde in bloedvatvorming uit een bloedvatcellen aggregaat.

Deze masterthesis behandelt het groeiende probleem van marien bioafval dat wordt gegenereerd door de consumptie van vis en schaaldieren, wat aanzienlijke milieu en socio-economische uitdagingen met zich meebrengt. Met de groei van de wereldbevolking wordt verwacht dat de productie van dergelijk afval zal toenemen, waardoor verantwoorde beheerstrategieën nodig zijn. Daarom werd het valorisatiepotentieel via hydrothermale carbonisatie (HTC) onderzocht. HTC werd op acht vis- en schaaldiersoorten uitgevoerd bij drie verschillende temperaturen (T = 200, 220, 240°C, t = 5u, w/b = 7). De geproduceerde hydrochars (HC) werden gekarakteriseerd door middel van point zero charge (PZC), elementaire en proximate analyse en FTIR. Hun adsorptiekarakteristieken werden geëvalueerd met behulp van kinetische en adsorptiemodellen en via éénpuntsadsorptie-experimenten met een anionische (methyloranje, MO) en kationische (methyleenblauw, MB) kleurstof. Daarnaast werd de invloed van de ionsterkte op de adsorptiecapaciteiten geëvalueerd. HC van schaaldieren vertoonde een hoger rendement (37- 69%) dan HC van vissen (15-22%). Bovendien vertoonde HC van schaaldieren een hogere PZC dan HC van vissen (7,93 versus 6,49). De adsorptiecapaciteit van de HCs (MB: 2,7-10,8 mg/g en MO: 5,9-9,2 mg/g) toonde een hogere adsorptiecapaciteit van MO voor de schaaldieren. De invloed van de ionsterkte in de adsorptie-experimenten werd aangetoond niet significant te zijn. Het verschil in opbrengst, PZC en adsorptieresultaten werd verklaard door de verschillen in de samenstelling van de soort vis en schaaldier, wat benadrukt hoe belangrijk het is om de inherente eigenschappen van de grondstof voor het gebruik van afval te achterhalen.

‘Atomic Universe’ is een krachtige en educatieve werkvorm in de lessen chemie. Met ‘Atomic Universe’ kan je verschillende kaartspellen spelen in de lessen chemie. Het vernieuwend kaartspel maakt jouw chemielessen rijker en leerzamer.
De speelkaarten bevatten modellen van ruimtelijke structuren en een massa gegevens van de eerste 18 elementen uit het PSE van waterstof tot en met Argon. Atomic Universe kan ingezet worden in de verschillende leerstofonderdelen van de lessen chemie in verschillende jaren van zowel de doorstroom- als dubbele finaliteit.
De kaartspellen verhogen het leerrendement van jouw leerlingen en maken jouw chemielessen boeiender en dynamischer. Daarbovenop zet Atomic Universe in op de x-factor in het onderwijs: binding en verbinding met leerlingen en leerkrachten onderling.
Deze krachtige spelvorm is ontstaan uit het onderzoek naar verschillende leerproblemen in de lessen chemie. Deze leerproblemen zijn heel divers en vaak ook leerlinggebonden. De conclusies uit het vooronderzoek brachten naar voren dat de actieve werkvorm zo divers en verschillend mogelijk dienen ingezet te worden. De impact van de kaartspellen in de testmomenten overtroffen de verwachtingen.
Atomic Universe biedt antwoord op verschillende leerproblemen in de lessen chemie. Met de kaartspellen wordt ingezet op herhaling en vastzetting van diverse basisbegrippen en -concepten.

Onze scriptie ontwikkelt alternatieve testmethodes voor de kwalitiet van alternatieve dieselbranstoffen. Deze draagt bij tot een groen levenseinde van onze huidige dieselwagens.

Enkele veelbelovende katalysatoren voor de depolymerisatie van lignine en de dehydratie van 1,3-butaandiol werden gekarakteriseerd. Met behulp van enkele technieken werd de oa. de metaalverdeling op het oppervlak en de zuurheid en basisheid in kaart gebracht. Dit zorgde voor meer inzicht in de katalysatoreigenschappen en kan in de toekomst leidden tot de rendabele productie van duurzame biochemicaliën.

De prognose van FIP bij katten die werden behandeld met een illegaal antiviraal product.

Deze scriptie bevat onderzoek naar meer efficiënte en routinematige screening en kwantificatie-methoden voor Pyrrolizidine-alkaloïden in commerciële thee preparaten.

De black-box synthese van epoxide-gebaseerde dunne film composiet membranen kon beter bergrepen worden door uitgebreide karakterisatie van membranen die werden gesynthetiseerd met strategisch uitgekozen tertiaire amine initiatoren. Zo werden belangrijke initiator eigenschappen duidelijk, alsook welke stappen in de synthese het belangrijkste zijn om zout selectieve membranen te vormen.

Volatolomics-onderzoek naar semiochemicaliën die de terugkeer van overwinterende vliegen naar bepaalde Vlaamse gebouwen verklaren

Er is een gebrek aan kennis over resistentiemechanismen in T-cel acute lymfatische leukemie (T-ALL). Om dit kennistekort te verkleinen wordt in deze thesis de rol van SLC7A11 in de therapierespons van T-ALL onderzocht.

Chirale nanodeeltjes hebben een spiegelbeeld dat zich volledig anders gedraagt. Nanodeeltjes hebben op zich al heel interessante eigenschappen die gebruikt kunnen worden voor allerlei toepassingen in het dagelijks leven, maar chiraliteit doet daar nog een schepje bovenop. In deze scriptie wordt een nieuwe onderzoeksmethode voorgesteld die gebruikt kan worden om de chirale eigenschappen van nanodeeltjes op een kwantitatieve manier te onderzoeken.

Een wiskundig model voor biosensors werd bestudeerd en verschillende transcriptiefactor-gebaseerde biosensors werden ontwikkeld en gekarakteriseerd.

This thesis analysed the effect on material scarcity of the soaring wind and solar markets
as energy sources, together with the deployment of batteries and the green hydrogen production
as storage alternatives. It classed the impact on raw materials in 3 categories: critical, moderated, limited

In deze scriptie werd met behulp van een computationele methode de overeenkomsten en verschillen onderzocht tussen de ziekte van Alzheimer en depressie. Hiervoor werden netwerken geconstrueerd uit data dat voordien al beschikbaar was.

Het gebruik van koud plasma als milde conserveringstechniek is veelbelovend. Maar koud plasma kan ook aanleiding geven tot lipide-oxidatie, een proces dat zowel de kwaliteit als de veiligheid van levensmiddelen kan reduceren. In deze scriptie werd koud plasma toegepast op oliematrices.