Scriptiebank overzicht

Recent onderzoek heeft aangetoond dat het innemen van ketonen na het sporten en voor het
slapengaan tijdens een intensief trainingsprogramma, symptomen van overbelasting vermindert, de
tolereerbare trainingsbelasting aan het einde van het programma verhoogt en de uithoudingsprestatie
met 15% verbetert. Maar kunnen ketonen ook de prestaties verbeteren tijdens een gebalanceerd
trainingsprogramma zonder overbelastingssymptomen?
Een nieuwe studie onderzocht deze vraag door 28 recreatief getrainde mannelijke wielrenners te laten
deelnemen aan een acht weken durend duurtrainingsprogramma. Ze kregen hierbij ofwel een ketonen
supplement ofwel een placebosupplement onmiddellijk na het sporten en 30 minuten voor het
slapengaan. Gedurende de studie werden op vier momenten, namelijk voor de trainingsperiode, na
drie weken, na zeven weken, en na de trainingsperiode, experimentele testen uitgevoerd, waaronder
een 30-minuten durende tijdrit en verschillende bloed- en spierstalen.
De resultaten tonen aan dat het innemen van ketonen leidt tot een duidelijke toename van ketonen
concentraties in het bloed. De deelnemers die ketonen innamen presteerden hierdoor 4% beter op de
30-minuten durende tijdrit dan de placebogroep en vertoonden daarbij ook een grotere stijging in de
maximale zuurstofopnamecapaciteit. Deze verbeteringen gingen gepaard met een toename in de
enzymactiviteit van citraatsynthase, een cruciaal enzyme voor de energieproductie in de
mitochondriën van de spieren.
We kunnen vervolgens concluderen dat, in afwezigheid van overbelastingssymptomen, ketonen
supplementatie de prestaties bij duurtraining verbetert door positieve veranderingen in de
mitochondriale inhoud te bewerkstelligen. Ketonen zijn daarmee een waardevolle aanvulling voor
atleten die hun uithoudingsprestatie willen verbeteren.

Achtergrond: 80-90% van de leverkankers worden beschouwd als een hepatocellulair carcinoom (HCC). Dit is een primaire tumor die ontstaat in de hepatocyten. Doordat HCC wordt geassocieerd met levercirrose en er een groot risico op metastasering bestaat, bedraagt de overlevingskans van patiënten slechts 50-70% binnen de vijf jaar. Een tumormerker om HCC te detecteren, is Glypican-3.

Doel: Het doel van deze bachelorproef omvat het optimaliseren en valideren van het monoklonaal antilichaam Glypican-3, zodat HCC in een vroeg stadium gedetecteerd kan worden in formol-gefixeerd humaan weefsel.

Methode: Om dit doel te bereiken, werd gebruik gemaakt van immuunhistochemie (IHC). Hierbij zal het antigen GPC3 opgespoord worden in weefsels, met behulp van het antilichaam. Het toestel dat voor deze proef gebruikt werd, is de Dako Omnis van Agilent. De kleuring werd vervolgens gevalideerd door de patholoog-anatoom aan de hand van vooropgestelde scoringscriteria en verwachtingen van NordiQC. Er kon eveneens een onderscheid gemaakt worden tussen resultaten van het ready-to-use (RTU) antilichaam en het geconcentreerd antilichaam.

Resultaten: De verkregen data geven aan dat het geconcentreerde antilichaam voldoet aan de gewenste criteria om de test succesvol te volbrengen. Bij het positieve controleweefsel kan het antigen-antilichaam complex gevisualiseerd worden door de bruine neerslag van 3‘3 diaminobenzidine. Bij de negatieve controleweefsels was, zoals gewenst, enkel de tegenkleuring van hematoxyline waarneembaar. Het RTU-antilichaam voldoet niet aan de eisen en is afgekeurd voor verder gebruik.

Conclusie: Het geconcentreerd antilichaam werd goedgekeurd voor routinematig gebruik op de Dako Omnis. Aan de hand van Glypican-3 kunnen de pathologen een duidelijk onderscheid maken tussen gezond leverweefsel en HCC. Glypican-3 is dus geschikt om HCC in een vroeg stadium op te sporen.

Organen geprint op een 3D-bioprinter vereisen net als de organen in ons lichaam een functioneel netwerk van bloedvaten. In deze scriptie werd een nieuwe elastine-rijke bio-inkt ontwikkeld dat de bloedvatvorming zou toelaten. Dit resulteerde uit talrijke printbaarheidsevaluaties en fysiologische testen. Verder werd ook het potentieel van VEGF-producerende cellen geëvalueerd om de vorming van bloedvaten te stimuleren in 3D-gefabriceerde organen. Meer bepaald werden de eiwit productie en overleving van de cellen gekarakteriseerd. Dit werd gevolgd door een test-print waarin de aanwezigheid van VEGF-producerende cellen resulteerde in bloedvatvorming uit een bloedvatcellen aggregaat.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

In deze scriptie wordt een pipeline geoptimaliseerd dat vertrekkende van publieke proteoomdata van cellijnen een model traint cellijnen te herkennen.

Deze scriptie omvat de optimalisatie van kanker bio merker detectie in bloedstalen. Welke bloedbuis is nu het efficiëntste in het stabiliseren van de gebruikte bio merkers (hier extracellulaire vesikles. Kunnen deze pakketjes ook gevangen worden met bepaalde antilichamen tegen membraan proteïnen.

In dit project vertrekken we vanuit de VDJ db. Dit is een publiekelijke data bank met TCR epitoop koppels waarvoor er een binding werd gedetecteerd. Deze data bank wordt gebruikt om machine learning en deep learning modellen te bouwen. Het ultieme doel is uiteindelijk om 1) voor een nieuw TCR epitoop koppel, de kans op een binding te bepalen en 2) voor een epitoop een geschikte TCR te bouwen zodanig dat de kans op de binding tussen het epitoop en de gebouwde TCR groot is.

Heel wat jongens met overgewicht lijden enorm onder de fysieke en mentale gevolgen ervan. Vaak gaan ze naar de dokter omwille van groei- en ontwikkelingsproblematiek. Wat is de invloed van overgewicht op puberteit? De onderzoeksgroep van het kinderziekenhuis te UZ Brussel nam dit onder de loep.

Basisonderzoek naar LINE-1 retrotranspositie. Identificatie van nieuwe gastheerfactoren en optimalisatie van LINE-1 retrotranspositie test in neuronale cellijn. Optimalisatie van de detectie van ORF1 proteïne in muizenhersenen.

Met het optreden van borstkanker zijn een aantal risicofactoren geassocieerd. In deze scriptie werd gefocust op de genetische risicofactoren en hun rol bij het optreden van familiaal overerfbare borstkanker. Er wordt ook ingegaan op risicobepaling voor het optreden van dit soort kanker.

Met behulp van een metabolische netwerkmodel werden de beste genetische ingrepen gezocht die het metabolisme van de bacterie Bacillus subtilis optimaliseren voor biologische ammoniakproductie uit proteïnes. Op die manier kan dit bijdragen aan het sluiten van de menselijke stikstofcyclus.

In mijn scriptie onderzocht ik de rol van BRD4 in de basale transcriptie en reactivatie van HIV. Ik heb ook het effect van BRD4 remming op de transcriptie van LEDGIN-geheroriënteerd provirus bestudeerd. Verder heb ik MLL1 knock down cellijnen gegenereerd om de bijdrage van MLL1 in 'latency reversal' van HIV te onthullen.

Malaria is één van de vier dodelijkste infectieziekten en wordt overgebracht door de vrouwelijke Anopheles mug. Deze aandoening wordt veroorzaakt door parasieten van het Plasmodium genus. De levenscyclus begint met de aanwezigheid van sporozoïeten (SPZn) in de bloedbaan van de menselijke
gastheer als gevolg van een beet van een geïnfecteerde mug. Deze SPZn kunnen vervolgens de levercellen bereiken en deze binnendringen met behulp van de interactie tussen hun belangrijkste oppervlakte-eiwit, het circumsporozoïet proteïne (CSP), en hoog-gesulfateerde heparaansulfaatgroepen op de levercellen. Eenmaal in de levercel, wordt verondersteld dat CSP in het cytoplasma terechtkomt en het transport van de transcriptiefactoren naar de celkern verhindert. Op deze manier zou het immuunsysteem van de levercel mogelijk onderdrukt worden en de overleving van de parasiet bevorderd
worden. Pas wanneer de parasiet de bloedfase bereikt, is er sprake van ziekteverschijnselen zoals de kenmerkende koortsaanvallen. Het is van belang dat malaria goed en op tijd wordt behandeld om verdere complicaties te voorkomen. Als behandeling kan er gebruik gemaakt worden van chloroquine- en artemisine-gebaseerde therapieën. De stijgende resistentie tegen deze behandelingen is echter een stimulans voor het vinden van nieuwe middelen. Het doel van deze thesis was om te onderzoeken of er een interactie plaatsvindt tussen de importine-α eiwitten en het CSP van zowel P. falciparum als P. berghei. Om dit te bereiken werden PfaCSPFL en PbeCSPFL recombinant geproduceerd in E. coli en opgezuiverd via chromatografische methoden. Voor
het verkrijgen van de importine-α eiwitten van zowel menselijke als murine oorsprong, werden respectievelijk HepG2 en Hepa1-6 cellen gecultiveerd. Tenslotte werden pull-down assays uitgevoerd om de mogelijke interactie tussen CSP en importine-α eiwitten te onderzoeken.

Bepaling van de fundamentele aspecten die nodig zijn voor de reversibele immortalisatie van humane corneale endotheelcellen met de focus op gen introductie.

Biotechnologische oplossing voor waterschaarste met behulp van synthetische biologie. Een projectvoorstel om deel te nemen aan iGEM, een internationale competitie. Ons uiteindelijk doel is de creatie van een alternatief middel voor cloud seeding.

Deze scriptie geeft een overzicht van ZFN, TALENs, CRISPR-Cas9 en CRISPRi, dit allemaal toegepast op het zebravis modelorganisme

Multipele Systeem Atrofie, of MSA in het kort, is een zeldzame hersenziekte. Er zijn voorlopig nog geen therapieën voor ontwikkeld. In onze onderzoeksgroep hebben we geprobeerd om de ziektemechanismen na te bootsen in een dierenmodel. In de toekomst kunnen hierop vervolgens nieuwe therapeutische strategieën getest worden.

Onderzoek naar de rol van het receptorproteïne NPR-6 in olfactorisch leergedrag bij Caenorhabditis elegans. Aan de hand van gedragstesten en moleculair genetsiche, biochemische en pharmacologische technieken ontdekten we een potentiële rol voor NPR-6 in verzadigingssignalering.

In deze thesis is een membraan ontwikkeld om bepaalde oogaandoeningen waarbij de endotheellaag van het hoornvlies beschadigd is geraakt te genezen en zo het tekort aan hoornvlies donoren weg te werken.

Deze thesis beschrijft het ontwerpen, opzuiveren en karakteriseren van nieuwe stabiele, symmetrische proteïnes die nu gemodificeerd kunnen worden voor integratie in verschillende applicaties gaande van bio-farmaceutica tot groene katalyse.

Het ontwikkelen van een conceptprobe voor het meten van hersenactiviteit.

Aminozuren, afkomstig van biomassa, slachtafval of andere zijstromen, kunnen aardolie en -gas vervangen als hernieuwbare grondstof. In deze masterthesis worden katalytische strategieën onderzocht om aminozuren te deoxygeneren naar amines.

In deze masterthesis werd het mechanisme achter de start van celgroei bestudeerd in gist via fundamenteel biologisch onderzoek. Kinasen, een bepaald type eiwitten, lijken betrokken te zijn bij het linken van celgroei met de beschikbaarheid van voeding.

Tijdens deze scriptie werd een procedure ontwikkeld om snel en eenvoudig proteïnen met lineaire herhalingen te verlengen of verkorten. Deze procedure laat toe om meerdere energetisch geoptimaliseerde sequenties te bekomen.

99 patiënten met een geavanceerd melanoom, behandeld met pembrolizumab (anti-PD-1) immuuntherapie, werden gevolgd voor neveneffecten ter hoogte van de schildklier. Zowel hypothyreoïdie als thyreotoxicose kwamen vaak voor; dit laatste was eveneens geassocieerd met een diffuus verhoogde 18-FDG opname door de schildklier.

Onderzoek naar verschillende eiwitcombinaties uit cervicovaginaal vocht om de sensitiviteit en specificiteit van een diagnostisch assay voor baarmoederhalskanker te verhogen.

Deze masterthesis zet verdere stappen in het onderzoek naar de functie van de LSU-peptiden in Arabidopsis thaliana. Deze genen hebben een mogelijke rol in de immuunrespons van planten of het energiemetabolisme en zouden belangrijke toepassingen kunnen bieden in de gewasverbetering.

Mijn sciptie gaat over de nanobody gemedieerde beelvorming en blokkade van immuun checkpoint PD-L1. Het doel is om een middel te ontwikkelen die gebruikt kan worden voor zowel de diagnose en behandeling van kankerpatiënten.

Men tracht het variabele antigenische glycoproteïne RoTat 1.2 van T. evansi heteroloog tot expressie te brengen in L. tarentolae voor het maken van een nieuwe serodiagnostische sneltest voor de ziekte surra. Surra heeft een divers gastheerbereik (dieren), komt wereldwijd voor, verspreid zich enorm snel en veroorzaakt grote financiële schade.

Dementie, een tikkende tijdbom. Kan functionele beeldvorming helpen?Tik tak, tik tak. Tegen het jaar 2050 verwachten we wereldwijd elke 30 seconden een diagnose van Alzheimer. Dat zijn 2880 nieuwe patiënten per dag. Alzheimer is de belangrijkste vorm van dementie: in 50-80% van de demente patiënten. Toch is er vooralsnog geen behandeling die deze ziekte geneest. Hoog tijd om wetenschappelijk onderzoek verder te financieren want economisch en sociaal heeft Alzheimer een grote impact op de samenleving.Alzheimer is een vorm van dementieDementie is een algemene term.