Scriptiebank overzicht

In dit project vertrekken we vanuit de VDJ db. Dit is een publiekelijke data bank met TCR epitoop koppels waarvoor er een binding werd gedetecteerd. Deze data bank wordt gebruikt om machine learning en deep learning modellen te bouwen. Het ultieme doel is uiteindelijk om 1) voor een nieuw TCR epitoop koppel, de kans op een binding te bepalen en 2) voor een epitoop een geschikte TCR te bouwen zodanig dat de kans op de binding tussen het epitoop en de gebouwde TCR groot is.

In deze studie werden diatomeeën, verborgen in een historische mos-collectie, grondig bestudeerd. De collectie werd een halve eeuw geleden verzameld op Campbell Island, een eiland nabij het zuidpoolgebied. Zes nieuwe soorten werden ontdekt.

Om een diagnostische test te ontwikkelen voor een recent ontdekte schimmel wordt een merker (eiwit) recombinant tot expressie gebracht met verschillende expressiesystemen. Anderzijds wordt ook het RoTat1.2-eiwit recombinant tot expressie gebracht, zodanig dat dit in de bestaande diagnostische test het 'natief' verkregen (gebruik proefdieren) RoTat1.2 kan vervangen.

Hoe kunnen we antibioticumresistente bacteriën opnieuw doden? In dit eindwerk werd gekeken naar virussen die gevaarlijke pathogene bacteriën zoals Pseudomonas aeruginosa afdoden. Door een moleculaire studie ontdekten we een nieuwe manier om de groei van deze bacteriecellen te blokkeren.

De moleculaire biologie kan via het Y-chromosoom de genetica achter genealogie bestuderen. Het Y-chromosoom wordt net als de familienaam grotendeels onveranderd doorgegeven van vader op zoon. De focus van deze studie ligt op de aanwezigheid van buitenechtelijkheid of extra paar vaderschap (EPP).

Candida albicans: als een vis in het waterHad u ooit gedacht dat een minuscuul visje het leven van duizenden mensen zou kunnen veranderen? Wel, de wetenschap is goed op weg om dit gegeven waar te maken. Zo is de zebravis in staat om zijn eigen hart te genezen en bij nader onderzoek, kan dit misschien een therapie vormen voor mensen met een hartaanval. De zebravis is echter meer dan alleen een onderzoeksobject voor hartziektes. Het is namelijk ook een ideale gastheer om infecties mee te onderzoeken. Infectieziektes zijn de leidende doodsoorzaak bij kinderen en adolescenten.

Een fenomeen dat heel wat wetenschappers in de informatica, fysica, biologie en ingenieurswetenschappen reeds decennia bezig houdt, is een proces waaraan ze hun eigen leven op aarde te danken hebben: zelfreplicatie. Algemeen gezien is het de mogelijkheid voor organismen, machines en programma’s om een kopie van zichzelf te maken. De natuur is er al lang mee bezig: genetisch materiaal en eiwitten kopiëren zich in elk levend wezen. Het doel van deze thesis was om een computationele manier te ontwikkelen om zelfreplicatie te bestuderen.

Honingbij Royalactine – Bron van de eeuwige jeugd?In de bijenkolonie zwaait de koningin de scepter over enkele duizenden vrouwelijke werksters. Maar hoe komt deze bijenkoningin aan de macht? De sleutel tot een lang en gelukkig leven op de troon zit niet in haar genen, maar wel in de voeding die ze voorgeschoteld krijgt. Royalactine speelt hierin een centrale rol. Enkel larven die voortdurend gevoed worden met dit eiwit ontwikkelen tot koninginnen en kunnen zo tot tien maal langer leven dan werksterbijen.

 Analyse helpt recyclage bacteriën beter te werken in de ruimteBij SCK-CEN (studiecentrum voor kernenergie, Mol) is een nieuwe analyse gebouwd om sneller de resultaten van DNA onderzoek te vergelijken met reeds gekende DNA sequenties. Met behulp van deze nieuwe methode kan het onderzoek nu sneller bepalen of de bacterie Rhodospirillum rubrum geschikt is voor lange bemande ruimtereizen, als deel van het recyclage systeem (MELliSA).De nieuwe analyse is ontwikkeld met het oog op de nieuwe DNA sequencing technologie, de zogenaamde next-generation sequencing technologie.