A Genotype-by-Sequencing (GBS) Approach to Uncover Gene Flow Patterns and Hybridisation Signals in a Small Cichlid Genus from Lake Tanganyika

Jonas Lescroart
Genotype-by-sequencing (GBS) als methode om patronen van genetische uitwisseling en signalen van hybridisatie bloot te leggen in een Ophthalmotilapia, een klein geslacht van cichliden uit het Tanganyikameer.

Vissen en ‘big data’ brengen evolutionaire complexiteit boven water

Voor het wisselen van de eeuw was het snel en accuraat inlezen van DNA één van de voornaamste uitdagingen binnen de biologie en het medisch onderzoeksveld. Tegenwoordig kan dit zo snel en goedkoop dat het probleem zich compleet verschoven heeft. Hoe kunnen we ooit al de geproduceerde genetische data verwerken? Nieuwe software en technieken worden volop ontworpen om hiermee om te gaan. Dat deze uitgebreide informatie ook kostbare inzichten met zich meebrengt, blijkt onder meer uit nieuw onderzoek van het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen. Voorlopige resultaten van hun onderzoek op Afrikaanse vissen draagt bij aan het groeiende besef dat kruisingen tussen verschillende diersoorten meer invloed heeft op hun evolutie dan aanvankelijk gedacht.

Simpel

Al sinds de mensheid uit zijn wieg kroop en zijn eerste woordjes stamelde, heeft hij de neiging om de wereld rondom hem af te bakenen en in vakjes op te delen. Zo ging het ook voor de planten en dieren die hij aantrof. Alle levende wezens werden keurig voorzien van een soortnaam. Paarden en koeien zijn twee verschillende soorten, met hun eigen unieke eigenschappen. Simpel. Sinds de inzichten van Darwin en de introductie van het concept evolutie, worden die aparte soorten netjes aan elkaar gelinkt met stambomen. Voortaan zijn het paard en de ezel nauwer aan elkaar verwant dan één van beiden aan de koe. Simpel.

Dan toch niet zo simpel?

Al snel bleek echter dat de stamboom van het leven toch net iets ingewikkelder in elkaar zat. Onder meer in het rijk van de planten ontdekte men dat zogenaamd aparte soorten niet altijd even strikt afgebakend zijn. Kruisingen tussen plantensoorten zijn niet enkel mogelijk, ze komen ook regelmatig voor en hebben ongetwijfeld een belangrijke rol gespeeld in de evolutie van planten. Als gevolg van een kruising kan genetisch materiaal uitgewisseld worden tussen twee soorten, waardoor nieuwe eigenschappen de kop kunnen opsteken. Dit kan zelfs resulteren in een compleet nieuwe soort, zoals het geval is met de pindaplant. Dat ook diersoorten kunnen kruisen, is bekend van voorbeelden zoals het muildier, een nakomeling van een paard en een ezel. Het muildier en andere dierlijke hybriden zijn echter in regel onvruchtbaar, in tegenstelling tot veel hybride planten. Dit betekent dat er steeds een paard en een ezel nodig zijn om een muildier voort te brengen, wat verhindert dat muildieren op zichzelf een nieuwe soort kunnen vormen. Biologen beschouwden dierlijke kruisingen dan ook lang als een evolutionair dood spoor, van weinig belang bij het opstellen van een grote stamboom der dieren. Daar is recentelijk verandering in gekomen.

Bio-informatica

Waar evolutionair onderzoek naar verwantschappen tussen soorten en processen zoals kruisingen vroeger voornamelijk gebruik maakte van fysieke en gedragseigenschappen, is later de aandacht verschoven naar het verkrijgen en analyseren van genetische informatie, in hoofdzaak DNA. Moderne technieken voor DNA-onderzoek genereren zoveel informatie dat er aangepaste methoden nodig zijn om deze enorme hoeveelheden data te verwerken en om te zetten naar biologisch zinnige verhalen. Dit is waar de bio-informatica in het spel komt. De discipline kwam op in de tweede helft van de vorige eeuw en gebruikt vergaande computersoftware om grote hopen biologische data te ontrafelen. Ondertussen is het gebruik ervan doorgedrongen in de evolutionaire biologie en daar in sneltempo een prominente, zo niet dé belangrijkste methodologische plaats aan het innemen.

Cichliden dragen hun steentje bij

Het onderzoek naar de rol van kruisingen tussen soorten in de natuurlijke evolutie van dieren vereist een gepast studieobject. Veel onderzoek is reeds verricht op Heliconius-vlinders en stekelbaarsjes, maar ook in de evolutie van grote katachtigen en veel andere groepen blijken historische periodes van kruisingen een invloed gehad te hebben op de hedendaagse soorten. Het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen te Brussel besloot zich, in samenwerking met enkele Belgische partners, toe te leggen op Ophthalmotilapia, een geslacht van cichliden. Het betreft vier kleine, maar kleurrijke vissoorten uit het Afrikaanse Tanganyikameer. Sinds 2014 kreeg dit vorm als het GENBAS-project. Dit ambitieuze initiatief streeft ernaar de genetische basis van soortvorming bloot te leggen, en wendt daarvoor de laatste DNA-technieken en bio-informatische methoden aan. De vier soorten cichliden komen van nature deels samen en deels apart voor in het meer. Waar ze samen voorkomen, zijn ze theoretisch in staat met elkaar te kruisen. Dat maakt deze groep vissen een interessant studieobject, gezien de mate van kruisingen en effecten daarvan kunnen vergeleken worden tussen de gebieden waar ze samen voorkomen en de gebieden waar ze geen contact met elkaar hebben.

Mannelijk exemplaar van Ophthalmotilapia nasutaMannelijk exemplaar van Ophthalmotilapia nasuta, één van de onderzochte soorten.

DNA verraadt natuurlijke kruisingen

Na eerdere resultaten op basis van experimenten in het laboratorium zijn nu ook de voorlopige resultaten binnen omtrent deze dieren in hun natuurlijke omgeving. Het DNA van 384 individuele vissen werd ingelezen met de recent ontwikkelde genotype-by-sequencing techniek en daarna onderworpen aan een reeks geavanceerde bio-informatische analyses. Het resultaat was een veel gedetailleerder beeld van hun genetische samenstelling dan wat eerder al met oudere technieken verkregen was. Twee van de vier soorten bleken een heel stuk nauwer verwant dan eerder gedacht, terwijl een andere soort net minder samenhang vertoonde dan zijn uiterlijke kenmerken aangeven. Dit betekent dat de huidige afbakening van deze soorten in vraag gesteld dient te worden. Verder vonden de wetenschappers in Brussel overtuigend bewijs voor herhaalde en aanhoudende instanties van kruisingen tussen soorten die in hetzelfde gebied van het meer voorkomen. Hybride individuen, d.w.z. nakomelingen van kruisingen tussen ouders van verschillende soorten, bleken wel degelijk vruchtbaar. Daardoor zijn ze in staat om terug te paren met één van beide ouderlijke soorten. Over verschillende generaties heen heeft dit als gevolg dat er genetisch materiaal van de ene soort naar de andere wordt overgebracht. Dergelijke genetische sporen van de ene soort in de andere soort werden ook effectief opgepikt, en verder onderzoek zal moeten uitwijzen welk effect deze uitwisseling van DNA precies met zich meebrengt. Een belangrijke vraag die hierbij naar voor schuift, is hoe de verschillende soorten verhinderen dat ze volledig met elkaar vermengen, en of dat überhaupt wel het geval is.

Bibliografie

Agarwala, R., T. Barrett, J. Beck, D. A. Benson, C. Bollin, E. Bolton, D. Bourexis, J. R. Brister, S. H. Bryant, K. Canese, M. Cavanaugh, C. Charowhas, K. Clark, I. Dondoshansky, M. Feolo, L. Fitzpatrick, K. Funk, L. Y. Geer, V. Gorelenkov, A. Graeff, W. Hlavina, B. Holmes, M. Johnson, B. Kattman, V. Khotomlianski, A. Kimchi, M. Kimelman, M. Kimura, P. Kitts, W. Klimke, A. Kotliarov, S. Krasnov, A. Kuznetsov, M. J. Landrum, D. Landsman, S. Lathrop, J. M. Lee, C. Leubsdorf, Z. Y. Lu, T. L. Madden, A. Marchler-Bauer, A. Malheiro, P. Meric, I. Karsch-Mizrachi, A. Mnev, T. Murphy, R. Orris, J. Ostell, C. O'Sullivan, V. Palanigobu, A. R. Panchenko, L. Phan, B. Pierov, K. D. Pruitt, K. Rodarmer, E. W. Sayers, V. Schneider, C. L. Schoch, G. D. Schuler, S. T. Sherry, K. Siyan, A. Soboleva, V. Soussov, G. Starchenko, T. A. Tatusova, F. Thibaud-Nissen, K. Todorov, B. W. Trawick, D. Vakatov, M. Ward, E. Yaschenko, A. Zasypkin, K. Zbicz, and N. R. Coordinators. 2018. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research 46:D8-D13.

Alter, S. E., J. Munshi-South, and M. L. J. Stiassny. 2017. Genomewide SNP data reveal cryptic phylogeographic structure and microallopatric divergence in a rapids-adapted clade of cichlids from the Congo River. Molecular Ecology 26:1401-1419.

Avise, J. C., J. Arnold, R. M. Ball, E. Bermingham, T. Lamb, J. E. Neigel, C. A. Reeb, and N. C. Saunders. 1987. Intraspecific Phylogeography - the Mitochondrial-DNA Bridge between Population-Genetics and Systematics. Annual Review of Ecology and Systematics 18:489-522.

Bandelt, H.-J., P. Forster, and A. Röhl. 1999. Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies. Molecular Biology and Evolution 16:37-48.

Barton, N. H. 2001. The role of hybridization in evolution. Molecular Ecology 10:551-568.

Barton, N. H., and G. M. Hewitt. 1989. Adaptation, Speciation and Hybrid Zones. Nature 341:497-503.

Brower, A. V. Z. 2011. Hybrid speciation in Heliconius butterflies? A review and critique of the evidence. Genetica 139:589-609.

Chorowicz, J. 2005. The East African rift system. Journal of African Earth Sciences 43:379-410.

Cohen, A. S., K. E. Lezzar, J. J. Tiercelin, and M. Soreghan. 1997. New palaeogeographic and lake-level reconstructions of Lake Tanganyika: Implications for tectonic, climatic and biological evolution in a rift lake. Basin Research 9:107-132.

Cohen, A. S., M. J. Soreghan, and C. A. Scholz. 1993. Estimating the Age of Formation of Lakes - an Example from Lake Tanganyika, East-African Rift System. Geology 21:511-514.

Danecek, P., A. Auton, G. Abecasis, C. A. Albers, E. Banks, M. A. DePristo, R. E. Handsaker, G. Lunter, G. T. Marth, S. T. Sherry, G. McVean, R. Durbin, and G. P. A. Grp. 2011. The variant call format and VCFtools. Bioinformatics 27:2156-2158.

Deperi, S. I., M. E. Tagliotti, M. C. Bedogni, N. C. Manrique-Carpintero, J. Coombs, R. F. Zhang, D. Douches, and M. A. Huarte. 2018. Discriminant analysis of principal components and pedigree assessment of genetic diversity and population structure in a tetraploid potato panel using SNPs. Plos One 13.

Derycke, S., L. Kever, K. Herten, K. Van den Berge, M. Van Steenberge, J. Van Houdt, L. Clement, P. Poncin, E. Parmentier, and E. Verheyen. 2018. Neurogenomic Profiling Reveals Distinct Gene Expression Profiles Between Brain Parts That Are Consistent in Ophthalmotilapia Cichlids. Frontiers in Neuroscience 12.

Doran, A. G., and C. J. Creevey. 2013. Snpdat: Easy and rapid annotation of results from de novo snp discovery projects for model and non-model organisms. Bmc Bioinformatics 14.

Elshire, R. J., J. C. Glaubitz, Q. Sun, J. A. Poland, K. Kawamoto, E. S. Buckler, and S. E. Mitchell. 2011. A Robust, Simple Genotyping-by-Sequencing (GBS) Approach for High Diversity Species. Plos One 6.

Feder, J. L., S. P. Egan, and P. Nosil. 2012. The genomics of speciation-with-gene-flow. Trends in Genetics 28:342-350.

Fitzpatrick, B. M., J. A. Fordyce, and S. Gavrilets. 2009. Pattern, process and geographic modes of speciation. Journal of Evolutionary Biology 22:2342-2347.

Fryer, G., T. D. Iles, and C. M. Yonge. 1972. The cichlid fishes of the great lakes of Africa : their biology and evolution. Edinburgh : Oliver and Boyd.

Gante, H. F., M. Matschiner, M. Malmstrom, K. S. Jakobsen, S. Jentoft, and W. Salzburger. 2016. Genomics of speciation and introgression in Princess cichlid fishes from Lake Tanganyika. Molecular Ecology 25:6143-6161.

Garrison, E., and G. Marth. 2012. Haplotype-based variant detection from short-read sequencing. arXiv preprint.

Genner, M. J., P. Nichols, G. Carvalho, R. L. Robinson, P. W. Shaw, A. Smith, and G. F. Turner. 2007. Evolution of a cichlid fish in a Lake Malawi satellite lake. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 274:2249-2257.

Grant, B. R., and P. R. Grant. 2008. Fission and fusion of Darwin's finches populations. Philosophical Transactions of the Royal Society B-Biological Sciences 363:2821-2829.

Green, R. E., J. Krause, A. W. Briggs, T. Maricic, U. Stenzel, M. Kircher, N. Patterson, H. Li, W. W. Zhai, M. H. Y. Fritz, N. F. Hansen, E. Y. Durand, A. S. Malaspinas, J. D. Jensen, T. Marques-Bonet, C. Alkan, K. Prufer, M. Meyer, H. A. Burbano, J. M. Good, R. Schultz, A. Aximu-Petri, A. Butthof, B. Hober, B. Hoffner, M. Siegemund, A. Weihmann, C. Nusbaum, E. S. Lander, C. Russ, N. Novod, J. Affourtit, M. Egholm, C. Verna, P. Rudan, D. Brajkovic, Z. Kucan, I. Gusic, V. B. Doronichev, L. V. Golovanova, C. Lalueza-Fox, M. de la Rasilla, J. Fortea, A. Rosas, R. W. Schmitz, P. L. F. Johnson, E. E. Eichler, D. Falush, E. Birney, J. C. Mullikin, M. Slatkin, R. Nielsen, J. Kelso, M. Lachmann, D. Reich, and S. Paabo. 2010. A Draft Sequence of the Neandertal Genome. Science 328:710-722.

Haffer, J. 2008. Hypotheses to explain the origin of species in Amazonia. Brazilian Journal of Biology 68:917-947.

Hanssens, M., J. Snoeks, and E. Verheyen. 1999. A morphometric revision of the genus Ophthalmotilapia (Teleostei, Cichlidae) from Lake Tanganyika (East Africa). Zoological Journal of the Linnean Society 125:487-512.

Harris, M. A., J. Clark, A. Ireland, J. Lomax, M. Ashburner, R. Foulger, K. Eilbeck, S. Lewis, B. Marshall, C. Mungall, J. Richter, G. M. Rubin, J. A. Blake, C. Bult, M. Dolan, H. Drabkin, J. T. Eppig, D. P. Hill, L. Ni, M. Ringwald, R. Balakrishnan, J. M. Cherry, K. R. Christie, M. C. Costanzo, S. S. Dwight, S. Engel, D. G. Fisk, J. E. Hirschman, E. L. Hong, R. S. Nash, A. Sethuraman, C. L. Theesfeld, D. Botstein, K. Dolinski, B. Feierbach, T. Berardini, S. Mundodi, S. Y. Rhee, R. Apweiler, D. Barrell, E. Camon, E. Dimmer, V. Lee, R. Chisholm, P. Gaudet, W. Kibbe, R. Kishore, E. M. Schwarz, P. Sternberg, M. Gwinn, L. Hannick, J. Wortman, M. Berriman, V. Wood, N. de la Cruz, P. Tonellato, P. Jaiswal, T. Seigfried, R. White, and G. O. Consortium. 2004. The Gene Ontology (GO) database and informatics resource. Nucleic Acids Research 32:D258-D261.

Herten, K., M. S. Hestand, J. R. Vermeesch, and J. K. J. Van Houdt. 2015. GBSX: a toolkit for experimental design and demultiplexing genotyping by sequencing experiments. Bmc Bioinformatics 16.

Hertwig, S. T., M. Schweizer, S. Stepanow, A. Jungnickel, U. R. Bohle, and M. S. Fischer. 2009. Regionally high rates of hybridization and introgression in German wildcat populations (Felis silvestris, Carnivora, Felidae). Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 47:283-297.

Hewitt, G. M. 2004. Genetic consequences of climatic oscillations in the Quaternary. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences 359:183-195.

Hubbard, T., D. Barker, E. Birney, G. Cameron, Y. Chen, L. Clark, T. Cox, J. Cuff, V. Curwen, T. Down, R. Durbin, E. Eyras, J. Gilbert, M. Hammond, L. Huminiecki, A. Kasprzyk, H. Lehvaslaiho, P. Lijnzaad, C. Melsopp, E. Mongin, R. Pettett, M. Pocock, S. Potter, A. Rust, E. Schmidt, S. Searle, G. Slater, J. Smith, W. Spooner, A. Stabenau, J. Stalker, E. Stupka, A. Ureta-Vidal, I. Vastrik, and M. Clamp. 2002. The Ensembl genome database project. Nucleic Acids Research 30:38-41.

Immler, S., and M. Taborsky. 2009. Sequential polyandry affords post-mating sexual selection in the mouths of cichlid females. Behavioural Ecology and Sociobiology 63:1219-1230.

Jombart, T. 2008. adegenet: a R package for the multivariate analysis of genetic markers. Bioinformatics 24:1403-1405.

Jombart, T., S. Devillard, and F. Balloux. 2010. Discriminant analysis of principal components: a new method for the analysis of genetically structured populations. Bmc Genetics 11.

Jombart, T. C., C. 2015. A tutorial for Discriminant Analysis of Principal Components (DAPC) using adegenet 2.1.0. Page 43. Imperial College London.

Jones, F. C., M. G. Grabherr, Y. F. Chan, P. Russell, E. Mauceli, J. Johnson, R. Swofford, M. Pirun, M. C. Zody, S. White, E. Birney, S. Searle, J. Schmutz, J. Grimwood, M. C. Dickson, R. M. Myers, C. T. Miller, B. R. Summers, A. K. Knecht, S. D. Brady, H. Zhang, A. A. Pollen, T. Howes, C. Amemiya, P. Broad Institute Genome Sequencing, T. Whole Genome Assembly, E. S. Lander, F. Di Palma, K. Lindblad-Toh, and D. M. Kingsley. 2012. The genomic basis of adaptive evolution in threespine sticklebacks. Nature 484:55.

Kéver, L., E. Parmentier, S. Derycke, E. Verheyen, J. Snoeks, M. Van Steenberge, and P. Poncin. 2018. Limited possibilities for prezygotic barriers in the reproductive behaviour of sympatric Ophthalmotilapia species(Teleostei, Cichlidae).

Knaus, B. J., and N. J. Grunwald. 2017. VCFR: a package to manipulate and visualise variant call format data in R. Molecular Ecology Resources 17:44-53.

Koblmuller, S., W. Salzburger, B. Obermuller, E. Eigner, C. Sturmbauer, and K. M. Sefc. 2011. Separated by sand, fused by dropping water: habitat barriers and fluctuating water levels steer the evolution of rock-dwelling cichlid populations in Lake Tanganyika. Molecular Ecology 20:2272-2290.

Konings, A. 2014. Featherfins in their natural habitat. Cichlid Press.

Kumar, S., G. Stecher, and K. Tamura. 2016. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Molecular Biology and Evolution 33:1870-1874.

Lande, R. 1981. MODELS OF SPECIATION BY SEXUAL SELECTION ON POLYGENIC TRAITS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America-Biological Sciences 78:3721-3725.

Langmead, B., and S. L. Salzberg. 2012. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods 9:357-U354.

Larson, W. A., L. W. Seeb, M. V. Everett, R. K. Waples, W. D. Templin, and J. E. Seeb. 2014. Genotyping by sequencing resolves shallow population structure to inform conservation of Chinook salmon ( Oncorhynchus tshawytscha). Evolutionary Applications 7:355-369.

Leigh, J. W., and D. Bryant. 2015. POPART: full-feature software for haplotype network construction. Methods in Ecology and Evolution 6:1110-1116.

Lezzar, K. E., J. J. Tiercelin, M. DeBatist, A. S. Cohen, T. Bandora, P. VanRensbergen, C. LeTurdu, W. Mifundu, and J. Klerkx. 1996. New seismic stratigraphy and Late Tertiary history of the North Tanganyika Basin, East African Rift system, deduced from multichannel and high-resolution reflection seismic data and piston core evidence. Basin Research 8:1-28.

Magoc, T., and S. L. Salzberg. 2011. FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies. Bioinformatics 27:2957-2963.

Malinsky, M., R. J. Challis, A. M. Tyers, S. Schiffels, Y. Terai, B. P. Ngatunga, E. A. Miska, R. Durbin, M. J. Genner, and G. F. Turner. 2015. Genomic islands of speciation separate cichlid ecomorphs in an East African crater lake. Science 350:1493-1498.

Malinsky, M., H. Svardal, A. M. Tyers, E. A. Miska, M. J. Genner, G. F. Turner, and R. Durbin. 2017. Whole genome sequences of Malawi cichlids reveal multiple radiations interconnected by gene flow. Page 33.

McDonald, D. B., T. L. Parchman, M. R. Bower, W. A. Hubert, and F. J. Rahel. 2008. An introduced and a native vertebrate hybridize to form a genetic bridge to a second native species. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 105:10837-10842.

McGlue, M. M., K. E. Lezzar, A. S. Cohen, J. M. Russell, J. J. Tiercelin, A. A. Felton, E. Mbede, and H. H. Nkotagu. 2008. Seismic records of late Pleistocene aridity in Lake Tanganyika, tropical East Africa. Journal of Paleolimnology 40:635-653.

Michel, A. P., S. Sim, T. H. Q. Powell, M. S. Taylor, P. Nosil, and J. L. Feder. 2010. Widespread genomic divergence during sympatric speciation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107:9724-9729.

Nevado, B., V. Fazalova, T. Backeljau, M. Hanssens, and E. Verheyen. 2011. Repeated Unidirectional Introgression of Nuclear and Mitochondrial DNA Between Four Congeneric Tanganyikan Cichlids. Molecular Biology and Evolution 28:2253-2267.

Nevado, B., S. Koblmuller, C. Sturmbauer, J. Snoeks, J. Usano-Alemany, and E. Verheyen. 2009. Complete mitochondrial DNA replacement in a Lake Tanganyika cichlid fish. Molecular Ecology 18:4240-4255.

Nevado, B., S. Mautner, C. Sturmbauer, and E. Verheyen. 2013. Water-level fluctuations and metapopulation dynamics as drivers of genetic diversity in populations of three Tanganyikan cichlid fish species. Molecular Ecology 22:3933-3948.

Papadopoulou, A., and L. L. Knowles. 2015. Genomic tests of the species-pump hypothesis: Recent island connectivity cycles drive population divergence but not speciation in Caribbean crickets across the Virgin Islands. Evolution 69:1501-1517.

Peart, C. R., K. K. Dasmahapatra, and J. J. Day. 2018. Contrasting geographic structure in evolutionarily divergent Lake Tanganyika catfishes. Ecology and Evolution 8:2688-2697.

R Development Core Team. 2008. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.

Rohwer, S., E. Bermingham, and C. Wood. 2001. Plumage and mitochondrial DNA haplotype variation across a moving hybrid zone. Evolution 55:405-422.

Rossiter, A. 1995. The Cichlid Fish Assemblages of Lake Tanganyika: Ecology, Behaviour and Evolution of its Species Flocks. Pages 187-252 in M. Begon and A. H. Fitter, editors. Advances in Ecological Research. Academic Press.

Rundle, H. D., and P. Nosil. 2005. Ecological speciation. Ecology Letters 8:336-352.

Seehausen, O., Y. Terai, I. S. Magalhaes, K. L. Carleton, H. D. J. Mrosso, R. Miyagi, I. van der Sluijs, M. V. Schneider, M. E. Maan, H. Tachida, H. Imai, and N. Okada. 2008. Speciation through sensory drive in cichlid fish. Nature 455:620-U623.

Seehausen, O., J. J. M. vanAlphen, and F. Witte. 1997. Cichlid fish diversity threatened by eutrophication that curbs sexual selection. Science 277:1808-1811.

Sefc, K. M., S. Baric, W. Salzburger, and C. Sturmbauer. 2007. Species-specific population structure in rock-specialized sympatric cichlid species in Lake Tanganyika, East Africa. Journal of Molecular Evolution 64:33-49.

Sturmbauer, C. 1998. Explosive speciation in cichlid fishes of the African Great Lakes: a dynamic model of adaptive radiation. Journal of Fish Biology 53:18-36.

Sturmbauer, C., S. Baric, W. Salzburger, L. Ruber, and E. Verheyen. 2001. Lake level fluctuations synchronize genetic divergences of cichlid fishes in African lakes. Molecular Biology and Evolution 18:144-154.

Turner, S. D. 2014. qqman: an R package for visualising GWAS results using Q-Q and manhattan plots. bioRxiv.

Verheyen, E., L. Ruber, J. Snoeks, and A. Meyer. 1996. Mitochondrial phylogeography of rock-dwelling cichlid fishes reveals evolutionary influence of historical lake level fluctuations of Lake Tanganyika, Africa. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences 351:797-805.

Via, S., and J. West. 2008. The genetic mosaic suggests a new role for hitchhiking in ecological speciation. Molecular Ecology 17:4334-4345.

Vines, T. H., S. C. Kohler, A. Thiel, I. Ghira, T. R. Sands, C. J. MacCallum, N. H. Barton, and B. Nurnberger. 2003. The maintenance of reproductive isolation in a mosaic hybrid zone between the fire-bellied toads Bombina bombina and B-variegata. Evolution 57:1876-1888.

Wakeley, J., and N. Aliacar. 2001. Gene genealogies in a metapopulation. Genetics 159:893-905.

Weir, B. S., and C. C. Cockerham. 1984. Estimating F-Statistics for the Analysis of Population-Structure. Evolution 38:1358-1370.

Winkelmann, K., L. Ruber, and M. J. Genner. 2017. Lake level fluctuations and divergence of cichlid fish ecomorphs in Lake Tanganyika. Hydrobiologia 791:21-34.

Wolf, J. B. W., and H. Ellegren. 2017. Making sense of genomic islands of differentiation in light of speciation. Nature Reviews Genetics 18:87-100.

Zhou, Y., L. Duvaux, G. Ren, L. Zhang, O. Savolainen, and J. Liu. 2017. Importance of incomplete lineage sorting and introgression in the origin of shared genetic variation between two closely related pines with overlapping distributions. Heredity 118:211-220.

Universiteit of Hogeschool
Master of Biology
Publicatiejaar
2018
Promotor(en)
Dr. Sofie Derycke; Prof. Dr. Erik Verheyen
Kernwoorden
Share this on: