Micro-organismen als forensisch bewijsmateriaal voor seksueel geweld onderzoek

Jana
Hiers

1 op 5 Belgische vrouwen geeft aan ooit verkracht te zijn geweest. Als je er even bij stilstaat hoeveel vrouwen dat zouden zijn in je omgeving, zijn we het er allemaal over eens dat dit choquerende cijfers zijn. Deze cijfers gaan daarnaast hand in hand met een moeizaam gerechtelijk proces en zeer lage cijfers aan effectieve veroordelingen van daders. Er is dus dringend nood aan doeltreffende optimalisatie van het forensisch onderzoek na seksueel geweld om zoveel mogelijk waardevol bewijsmateriaal te verzamelen. Huidig onderzoek is vooral gebaseerd op humaan DNA maar recent wordt er ook afgetast hoe micro-organismen (bacteriën, schimmels, virussen, etc.) een rol zouden kunnen spelen in dergelijk onderzoek. Bacteriën bijvoorbeeld, zijn namelijk veel robuuster dan humaan DNA. Specifiek voor zaken van seksueel geweld werden hiervoor de micro-organismen in onderbroeken van slachtoffers onder de loep genomen.

Complexiteit als spelbreker

De oorzaak van de complexiteit van seksueel geweld zaken kan liggen in het feit dat er vaak een tekort is aan bewijsmateriaal. Een multidisciplinaire aanpak is dus broodnodig om zo veel mogelijk waardevol bewijsmateriaal te verzamelen en hiermee een zaak zo goed mogelijk te onderbouwen. De verklaringen en fysiek bewijsmateriaal zijn hierin de twee hoofdrolspelers. Fysiek bewijsmateriaal van biologische oorsprong dat vaak van belang is, kan bijvoorbeeld speeksel, huidsporen of vaginale afscheiding zijn.

Sporen worden bij een misdrijf verzameld op een plaats delict. Bij seksueel geweld zaken is dit vaak het lichaam van het slachtoffer zelf, maar het kan bijvoorbeeld ook kledij of lakens zijn. Eerst moet er een identificatie van het spoor plaatsvinden. Men gaat na welk soort biologisch materiaal in het spoor aanwezig is. Daarvoor zijn momenteel verschillende technieken beschikbaar maar deze vertonen in het algemeen enkele beperkingen. Zo is er veel kans op vals positieve of vals negatieve resultaten en houden deze technieken weinig rekening met variabiliteit tussen individuen.

Microbieel DNA vs. humaan DNA

Als ik je vertel dat ons lichaam uit miljarden cellen bestaat die elk drager zijn van ons persoonlijk DNA, verbaas ik je misschien niet. Maar wat vele mensen wel verbaast, is het feit dat we ook verschillende soorten micro-organismen op verschillende plaatsen in ons lichaam meedragen. Als elke lichaamslocatie gekenmerkt kan worden door aanwezigheid, afwezigheid of bepaalde hoeveelheden van bepaalde micro-organismen dan zou op deze manier een biologisch spoor kunnen geïdentificeerd worden. Micro-organismen bevatten microbieel DNA waaruit opgemaakt kan worden om welk soort micro-organisme het gaat. Microbieel DNA is veel robuuster dan humaan DNA omdat bacteriën bijvoorbeeld voorzien zijn van een stevige celwand die het DNA beschermt tegen allerlei invloeden zoals warmte, vochtigheid, enzovoort. Hierdoor zou microbieel DNA veel langer aanwezig kunnen zijn dan humaan DNA.

Vrouwen en hun onderbroeken als studiemateriaal

Het laboratorium voor Toegepaste Microbiologie en Biotechnologie, onder leiding van prof. Sarah Lebeer (Universiteit Antwerpen), heeft afgelopen jaren een enorme expertise opgebouwd rond onderzoek naar het belang van microbiële gemeenschappen voor vrouwelijke gezondheid in grootschalige citizen science projecten zoals Isala (https://isala.be). Het forensisch dochterproject dat uit Isala voortgekomen is, werd GeneDoe gedoopt.

Scriptie1

Om te onderzoeken tot hoever het potentieel van de veelbelovende microbiologische theorie rijkt, werden voor GeneDoe 11 gezonde, Belgische vrouwen geselecteerd om deel te nemen aan het onderzoek. Zij kregen elk een self-sampling kit die alles omvatte om verschillende vaginale, speeksel en huid swabs af te nemen. Daarnaast bevatte de kit zeven onderbroeken en vroegen we hen een week lang elke dag een onderbroek te dragen volgens een strikte planning betreffende seksuele betrekking.

De onderbroek als gouden informatiebron

Door het dagelijks ontvangen van de onderbroeken kon het vaginale microbioom (de verzameling van alle aanwezige micro-organismen) in het ondergoed een week lang opgevolgd worden en konden we nagaan wat nu de verschillen en/of gelijkenissen zijn met vaginale swabs en wat de invloed is van seksuele betrekking op het vaginale microbioom. De stalen werden eerst onderworpen aan een kort forensisch onderzoek in het Forensisch DNA laboratorium in het UZA. Hierbij lag de focus op het al dan niet detecteren van Prostaat-Specifiek Antigen (PSA), een parameter die gebruikt wordt voor het vaststellen van aanwezigheid van sperma.  Deze analyse werd uitgevoerd om na te gaan of PSA even lang, langer of minder lang vastgesteld kan worden dan verstoringen in het vaginaal microbioom ten gevolge van seksuele betrekking. Het forensisch onderzoek van de onderbroeken toonde de hardnekkige aanwezigheid van PSA aan na seksuele betrekking: alle deelneemsters wisselden telkens na 24 uur van onderbroek en namen een douche of bad en toch kon 34 uur na seksuele betrekking PSA gedetecteerd worden.

image 19

Merkwaardig genoeg, stelden we vast dat het microbioom in de onderbroeken veel variabeler is dan op de vaginale swabs. De vaginale swabs van onze deelneemsters werd bijna altijd gedomineerd door één soort bacterie en meestal was dat een melkzuurbacterie. De onderbroeken bevatten veel meer verschillende soorten bacteriën. Dit zou verklaard kunnen worden door de 24 uur draagtijd versus de momentopname van de swab. Daarnaast zijn er nog verschillende factoren die kunnen bijdragen aan de hogere variabiliteit in de onderbroeken, zoals bijvoorbeeld de aanwezigheid van huid microbioom, urine, fecaal microbioom, enzovoort.

Scriptie2

Aanvankelijk werd de hypothese aangenomen dat het vaginale microbioom sterk verstoord zou worden door vaginale penetratie. Uiteindelijk bleken de krijgers van onze vaginale holte robuuster dan verwacht. In de eerste analyses werden geen grote verstoringen waargenomen in het vaginale microbioom maar wel kleine, subtiele veranderingen bij de meeste deelneemsters. Kleine veranderingen die sterker geobserveerd werden in de onderbroeken dan op de vaginale swabs benadrukken nogmaals de waarde van de onderbroek. Daarnaast zagen we ook dat deze kleine verstoringen aanwezig bleven over de gehele opvolgingsperiode.

Dit onderzoek was een eerste aanzet en mooie samenwerking tussen Universiteit Antwerpen, UZA en KU Leuven, naar het ontdekken van het potentieel van microbioom analyse in seksueel geweld zaken. De eerste GeneDoe resultaten zijn niet alleen veelbelovend maar onthullen meer nieuwsgierigheid naar de eindeloze mogelijkheden. Momenteel plannen zowel Isala als GeneDoe specifieke onderzoeken (al dan niet op grotere schaal) om hier sterke conclusies uit te trekken en slachtoffers van seksueel geweld bij te staan.

 

“No woman has to be a victim of physical abuse. Women have to feel like they are not alone.” – Salma Hayek

 

 

 

Bibliografie

  1. Cook R, Evett IW, Jackson G, Jones PJ, Lambert JA. A hierarchy of propositions: Deciding which level to address in casework. Science and Justice - Journal of the Forensic Science Society. 1998;38(4):231–9.

  2. Rosenberg E, Zilber-Rosenberg I. Abundance and Diversity of Microbiota. In: The Hologenome Concept: Human, Animal and Plant Microbiota [Internet]. Springer, Cham; 2013 [cited 2020 Oct 15]. p. 23–40. Available from: https://link-springer- com.kuleuven.ezproxy.kuleuven.be/chapter/10.1007/978-3-319-04241-1_3

  3. Buckleton J, Bright JA, Taylor D, Evett I, Hicks T, Jackson G, et al. Helping formulate propositions in forensic DNA analysis. Science and Justice. 2014;54(4):258–61.

  4. Quaak FCA, van de Wal Y, Maaskant-van Wijk PA, Kuiper I. Combining human STR

    and microbial population profiling: Two case reports. Forensic Science International:

    Genetics. 2018 Nov 1;37:196–9.

  5. Quaak FCA, van Duijn T, Hoogenboom J, Kloosterman AD, Kuiper I. Human-associated

    microbial populations as evidence in forensic casework. Forensic Science International:

    Genetics. 2018 Sep 1;36:176–85.

  6. Robinson JM, Pasternak Z, Mason CE, Elhaik E. Forensic Applications of Microbiomics:

    A Review. Vol. 11, Frontiers in Microbiology. Frontiers Media S.A.; 2021.

  7. van Oorschot RAH, Szkuta B, Meakin GE, Kokshoorn B, Goray M. DNA transfer in forensic science: A review. Vol. 38, Forensic Science International: Genetics. Elsevier

    Ireland Ltd; 2019. p. 140–66.

  8. Petherick WA, Turvey BE, Ferguson CE. Forensic Criminology. Elsevier Academic

    Press. 2010;

  9. Dillon J, Figarelli D, Sylvester D, Tilstone W. Collecting DNA evidence at property crime

    scenes.

  10. Butler J. Advanced Topics in Forensic DNA Typing: Methodology. Elsevier; 2012.

  11. Fonneløp AE, Egeland T, Gill P. Secondary and subsequent DNA transfer during

    criminal investigation. Forensic Science International: Genetics. 2015;17:155–62.

  12. Warshauer DH, Marshall P, Kelley S, King J, Budowle B. An evaluation of the transfer

    of saliva-derived DNA. International Journal of Legal Medicine. 2012;126(6):851–61.

  13. Goray M, Mitchell RJ, Oorschot RAH van. Investigation of secondary DNA transfer of

    skin cells under controlled test conditions. Legal Medicine. 2010 May;12(3):117–20.

  14. Lowe A, Murray C, Whitaker J, Tully G, Gill P. The propensity of individuals to deposit

    DNA and secondary transfer of low level DNA from individuals to inert surfaces.

  15. Cybulska B. Sexual assault: key issues [Internet]. Vol. 100, J R Soc Med. 2007.

Available from: www.homeoffice.gov.uk/rds

  1. Long JG, Whitman-Barr C, Kurland J, Shute R. Beyond DNA: The Role of Physical Evidence in Sexual Assault Investigations. 2019.

  2. Wang Z, Macmillan K, Powell M, Wein LM. A cost-effectiveness analysis of the number of samples to collect and test from a sexual assault. Available from: www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2001103117

  3. Virkler K, Lednev IK. Analysis of body fluids for forensic purposes: From laboratory testing to non-destructive rapid confirmatory identification at a crime scene. Vol. 188, Forensic Science International. 2009. p. 1–17.

  4. Williams GA. Body fluid identification: A case for more research and innovation. Forensic Science International: Reports. 2020 Dec;2:100096.

  5. Sensoa. Aanranding - wanneer ben je aangerand - hulp [Internet]. [cited 2020 Nov 30]. Available from: https://www.allesoverseks.be/aanranding-van-de-eerbaarheid

  6. van Bruggen AHC, Goss EM, Havelaar A, van Diepeningen AD, Finckh MR, Morris JG. One Health - Cycling of diverse microbial communities as a connecting force for soil, plant, animal, human and ecosystem health. Vol. 664, Science of the Total Environment. Elsevier B.V.; 2019. p. 927–37.

  7. Tay JW, Joudo J, Tran T, Ta H, Botting JL, Liew YC, et al. Comparison of Crime-lite® 82S, Polilight® PL400 and Polilight® PL500 for the detection of semen and saliva stains. Australian Journal of Forensic Sciences. 2020;

  8. Powers LS, Lloyd CR. Method and apparatus for detecting and imaging the presence of biological materials. 2001.

  9. Butler JM. Sample Collection, Storage, and Characterization. In: Advanced Topics in Forensic DNA Typing. Elsevier; 2012. p. 1–27.

  10. Yokota M, Mitani T, Tsujita H, Kobayashi T, Higuchi T, Akane A, et al. Evaluation of prostate-speci®c antigen (PSA) membrane test for forensic examination of semen [Internet]. Available from: www.elsevier.com/locate/legalmed

  11. Maguire C. P30 Antigen Test for the Presence of Seme. District of Columbia Department of Forensic Sciences. 2013;

  12. Virkler K, Lednev IK. Analysis of body fluids for forensic purposes: From laboratory testing to non-destructive rapid confirmatory identification at a crime scene. Vol. 188, Forensic Science International. 2009. p. 1–17.

  13. Wornes DJ, Speers SJ, Murakami JA. The evaluation and validation of Phadebas® paper as a presumptive screening tool for saliva on forensic exhibits. Forensic Science International. 2018 Jul 1;288:81–8.

  14. Old JB, Schweers BA, Boonlayangoor PW, Reich KA. Developmental Validation of RSIDTM-Saliva: A Lateral Flow Immunochromatographic Strip Test for the Forensic Detection of Saliva. Journal of Forensic Sciences. 2009 Jul;54(4):866–73.

  1. Virkler K, Lednev IK. Analysis of body fluids for forensic purposes: From laboratory testing to non-destructive rapid confirmatory identification at a crime scene. Vol. 188, Forensic Science International. 2009. p. 1–17.

  2. An JH, Shin KJ, Yang WI, Lee HY. Body fluid identification in forensics. Vol. 45, BMB Reports. 2012. p. 545–53.

  3. Smith TF, Waterman MS. The Continuing Case of the Florida Dentist. Vol. 256, New Series. 1992.

  4. Budowle B, Schutzer SE, Einseln A, Kelley LC, Walsh AC, Smith JAL, et al. Building microbial forensics as a response to bioterrorism. Vol. 301, Science. 2003. p. 1852–3.

  5. Schmedes SE, Sajantila A, Budowle B. Expansion of microbial forensics. Vol. 54, Journal of Clinical Microbiology. American Society for Microbiology; 2016. p. 1964–74.

  6. Sijen T. Molecular approaches for forensic cell type identification: On mRNA, miRNA, DNA methylation and microbial markers. Forensic Science International: Genetics. 2015 Aug 19;18:21–32.

  7. Caporaso JG, Lauber CL, Costello EK, Berg-Lyons D, Gonzalez A, Stombaugh J, et al. Moving pictures of the human microbiome. Genome Biology. 2011 May 30;12(5).

  8. Dobay A, Haas C, Fucile G, Downey N, Morrison HG, Kratzer A, et al. Microbiome-

    based body fluid identification of samples exposed to indoor conditions. Forensic

    Science International: Genetics. 2019 May 1;40:105–13.

  9. Liu X. Microbiome. Yale J Biol Med [Internet]. 2016 [cited 2020 Oct 15];89(3):275–6.

    Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5045136/

  10. Joy Yang. The Human Microbiome Project: Extending the definition of what constitutes

a human [Internet]. 2012 [cited 2020 Oct 21]. Available from:

https://www.genome.gov/27549400/the-human-microbiome-project-extending-…- definition-of-what-constitutes-a- human#:~:text=The%20microbiome%20is%20defined%20as,microbial%20cells%20as %20human%20cells

  1. Fios Genomics. Microbiome vs Microbiota [Internet]. [cited 2020 Dec 13]. Available from: https://www.fiosgenomics.com/microbiome-vs-microbiota/

  2. Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI. The Human Microbiome Project. Vol. 449, Nature. Nature Publishing Group; 2007. p. 804– 10.

  3. Poussin C, Sierro N, Boué S, Battey J, Scotti E, Belcastro V, et al. Interrogating the microbiome: experimental and computational considerations in support of study reproducibility. Vol. 23, Drug Discovery Today. Elsevier Ltd; 2018. p. 1644–57.

  4. Intervals. Microbiota composition prediction challenge. [cited 2020 Dec 13]; Available from: https://www.intervals.science/resources/sbv-improver/microbiomics

  1. Nuriel-Ohayon M, Neuman H, Koren O. Microbial changes during pregnancy, birth, and infancy. Vol. 7, Frontiers in Microbiology. Frontiers Media S.A.; 2016.

  2. Ursell LK, Clemente JC, Rideout JR, Gevers D, Caporaso JG, Knight R. The interpersonal and intrapersonal diversity of human-associated microbiota in key body sites. Journal of Allergy and Clinical Immunology. 2012;129(5):1204–8.

  3. Wu Gary D., Chen Jun, Hoffmann Christian, Bittinger Kyle, Chen Ying-Yu, Keilbaugh Sue A., et al. Linking Long-Term Dietary Patterns with Gut Microbial Enterotypes. Science. 2011 Oct 7;334(6052):105–8.

  4. Malan-Muller S, Valles-Colomer M, Raes J, Lowry CA, Seedat S, Hemmings SMJ. The gut microbiome and mental health: Implications for anxiety- and trauma-related disorders. Vol. 22, OMICS A Journal of Integrative Biology. Mary Ann Liebert Inc.; 2018. p. 90–107.

  5. Miller EA, Beasley DAE, Dunn RR, Archie EA. Lactobacilli dominance and vaginal pH: Why is the human vaginal microbiome unique? Frontiers in Microbiology. 2016;7(DEC).

  6. MacIntyre DA, Chandiramani M, Lee YS, Kindinger L, Smith A, Angelopoulos N, et al.

    The vaginal microbiome during pregnancy and the postpartum period in a European

    population. Scientific Reports. 2015 Mar 11;5.

  7. Conlon MA, Bird AR. The impact of diet and lifestyle on gut microbiota and human

    health. Vol. 7, Nutrients. MDPI AG; 2015. p. 17–44.

  8. Grice EA, Segre JA. The skin microbiome. Vol. 9, Nature Reviews Microbiology. 2011.

    p. 244–53.

  9. Leake SL, Pagni M, Falquet L, Taroni F, Greub G. The salivary microbiome for

    differentiating individuals: proof of principle. Microbes and Infection. 2016 Jun

    1;18(6):399–405.

  10. Wu J, Peters BA, Dominianni C, Zhang Y, Pei Z, Yang L, et al. Cigarette smoking and

    the oral microbiome in a large study of American adults. ISME Journal. 2016 Oct

    1;10(10):2435–46.

  11. Falony G, Joossens M, Vieira-Silva S, Wang J, Darzi Y, Faust K, et al. Population-level

    analysis of gut microbiome variation [Internet]. Available from:

    http://science.sciencemag.org/

  12. Johnson AJ, Zheng JJ, Kang JW, Saboe A, Knights D, Zivkovic AM. A Guide to Diet-

    Microbiome Study Design. Vol. 7, Frontiers in Nutrition. Frontiers Media S.A.; 2020.

  13. Dominguez-Bello MG, Godoy-Vitorino F, Knight R, Blaser MJ. Role of the microbiome

    in human development. Gut. 2019 Jun 1;68(6):1108–14.

  14. Coyte KZ, Schluter J, Foster KR. The ecology of the microbiome: Networks, competition,

and stability. Science [Internet]. 2015;350(6261):663–6. Available from: http://science.sciencemag.org/

  1. Johnson AJ, Zheng JJ, Kang JW, Saboe A, Knights D, Zivkovic AM. A Guide to Diet- Microbiome Study Design. Vol. 7, Frontiers in Nutrition. Frontiers Media S.A.; 2020.

  2. Brusselaers N. Prescribed Drugs and the Microbiome. Vol. 48, Gastroenterology Clinics of North America. W.B. Saunders; 2019. p. 331–42.

  3. Nankervis H, Thomas KS, Delamere FM, Barbarot S, Rogers NK, Williams HC. Scoping systematic review of treatments for eczema. Programme Grants for Applied Research. 2016 May;4(7).

  4. Davenport ER, Sanders JG, Song SJ, Amato KR, Clark AG, Knight R. The human microbiome in evolution. Vol. 15, BMC Biology. BioMed Central Ltd.; 2017.

  5. Dominguez-Bello MG, Godoy-Vitorino F, Knight R, Blaser MJ. Role of the microbiome in human development. Gut. 2019 Jun 1;68(6):1108–14.

  6. Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Vol. 489, Nature. 2012. p. 220–30.

  7. David LA, Maurice CF, Carmody RN, Gootenberg DB, Button JE, Wolfe BE, et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014;505(7484):559–63.

  8. Song SD, Acharya KD, Zhu JE, Deveney CM, Walther-Antonio MRS, Tetel MJ, et al. Daily Vaginal Microbiota Fluctuations Associated with Natural Hormonal Cycle, Contraceptives, Diet, and Exercise. mSphere. 2020 Jul 8;5(4).

  9. Petersen C, Round JL. Defining dysbiosis and its influence on host immunity and disease. Vol. 16, Cellular Microbiology. Blackwell Publishing Ltd; 2014. p. 1024–33.

  10. Cryan JF, Dinan TG. Mind-altering microorganisms: The impact of the gut microbiota on brain and behaviour. Vol. 13, Nature Reviews Neuroscience. 2012. p. 701–12.

  11. Rodríguez-Rabassa M, López P, Rodríguez-Santiago RE, Cases A, Felici M, Sánchez R, et al. Cigarette smoking modulation of saliva microbial composition and cytokine levels. International Journal of Environmental Research and Public Health. 2018 Nov 7;15(11).

  12. Grine G, Royer A, Terrer E, Diallo OO, Drancourt M, Aboudharam G. Tobacco smoking affects the salivary gram-positive bacterial population. Frontiers in Public Health. 2019;7(JUL).

  13. Nelson TM, Borgogna JC, Michalek RD, Roberts DW, Rath JM, Glover ED, et al. Cigarette smoking is associated with an altered vaginal tract metabolomic profile. Scientific Reports. 2018 Dec 1;8(1).

  14. Thompson KG, Shuster M. Variability in skin microbiota between smokers, former smokers, and nonsmokers. Journal of the American Academy of Dermatology. 2020 Sep 1;83(3):940–2.

  15. Nunn KL, Forney LJ. Unraveling the Dynamics of the Human Vaginal Microbiome. 2016.

  1. Ravel J, Gajer P, Abdo Z, Schneider GM, Koenig SSK, McCulle SL, et al. Vaginal microbiome of reproductive-age women. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2011 Mar 15;108(SUPPL. 1):4680–7.

  2. Goldstein EJC, Tyrrell KL, Citron DM. Lactobacillus species: Taxonomic complexity and controversial susceptibilities. Clinical Infectious Diseases. 2015 May 15;60:S98–107.

  3. Genco Frances Doherty. The Human Microbiome. Dimensions of Dental Hygiene. 2015;13(1):39–42.

  4. Ling Z, Liu X, Luo Y, Yuan L, Nelson KE, Wang Y, et al. Pyrosequencing analysis of the human microbiota of healthy Chinese undergraduates. BMC Genomics. 2013 Jun 10;14(1).

  5. Petrova MI, Lievens E, Malik S, Imholz N, Lebeer S. Lactobacillus species as biomarkers and agents that can promote various aspects of vaginal health. Vol. 6, Frontiers in Physiology. Frontiers Media S.A.; 2015.

  6. France MT, Ma B, Gajer P, Brown S, Humphrys MS, Holm JB, et al. VALENCIA: a nearest centroid classification method for vaginal microbial communities based on composition. Microbiome. 2020 Dec 1;8(1).

  7. Madison KC. Barrier Function of the Skin: “‘La Raison d’E OE tre’” of the Epidermis. 2003.

  8. Ravel J, Gajer P, Brotman RM, Bai G, Sakamoto J, E Schütte UM, et al. Temporal Dynamics of the Human Vaginal Microbiota [Internet]. 2012. Available from: www.ScienceTranslationalMedicine.org

  9. Dunn AB, Jordan S, Baker BJ, Carlson NS. The Maternal Infant Microbiome: Considerations for Labor and Birth. MCN The American Journal of Maternal/Child Nursing. 2017;42(6):318–25.

  10. Byrd AL, Belkaid Y, Segre JA. The human skin microbiome. Vol. 16, Nature Reviews Microbiology. Nature Publishing Group; 2018. p. 143–55.

  11. Grice EA, Kong HH, Conlan S, Deming CB, Davis J, Young AC, et al. Topographical and temporal diversity of the human skin microbiome. Science. 2009 May 29;324(5931):1190–2.

  12. Dréno B, Araviiskaia E, Berardesca E, Gontijo G, Sanchez Viera M, Xiang LF, et al. Microbiome in healthy skin, update for dermatologists. Vol. 30, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology. Blackwell Publishing Ltd; 2016. p. 2038– 47.

  13. Schrøder SA, Bardow A, Eickhardt-Dalbøge S, Johansen HK, Homøe P. Is parotid saliva sterile on entry to the oral cavity? Acta Oto-Laryngologica. 2017 Jul 3;137(7):762– 4.

  1. Segata N, Haake SK, Mannon P, Lemon KP, Waldron L, Gevers D, et al. Composition of the adult digestive tract bacterial microbiome based on seven mouth surfaces, tonsils, throat and stool samples. Genome biology. 2012;13(6).

  2. Zhou J, Jiang N, Wang S, Hu X, Jiao K, He X, et al. Exploration of human salivary microbiomesâ€"insights into the novel characteristics of microbial community structure in caries and caries-free subjects. PLoS ONE. 2016 Jan 1;11(1).

  3. Leake SL, Pagni M, Falquet L, Taroni F, Greub G. The salivary microbiome for differentiating individuals: proof of principle. Microbes and Infection. 2016 Jun 1;18(6):399–405.

  4. Shaw L, Ribeiro ALR, Levine AP, Pontikos N, Balloux F, Segal AW, et al. The Human Salivary Microbiome Is Shaped by Shared Environment Rather than Genetics: Evidence from a Large Family of Closely Related Individuals [Internet]. 2017. Available from: http://mbio.asm.org/

  5. Kodukula K, Faller D v., Harpp DN, Kanara I, Pernokas J, Pernokas M, et al. Gut Microbiota and Salivary Diagnostics: The Mouth Is Salivating to Tell Us Something. Vol. 6, BioResearch Open Access. Mary Ann Liebert Inc.; 2017. p. 123–32.

  6. Sensoa. Ongewenste intimiteiten [Internet]. [cited 2020 Dec 1]. Available from: https://www.allesoverseks.be/ongewenste-intimiteiten

  7. Kort R, Caspers M, van de Graaf A, van Egmond W, Keijser B, Roeselers G. Shaping the oral microbiota through intimate kissing. Microbiome. 2014 Nov 17;2(1).

  8. Sanger F, Air GM, Fiddes JC, Coulson AR, Brownt NL, Barrell BG. Nucleotide sequence of bacteriophage <DX174 DNA. Nature. 1977;265.

  9. Fakruddin M, Chowdhury A. under a Creative Commons Attribution Pyrosequencing-An Alternative to Traditional Sanger Sequencing. American Journal of Biochemistry and Biotechnology [Internet]. 2012;8(1):14–20. Available from: http://www.pyrosequencing.

  10. Gilbert JA, Dupont CL. Microbial metagenomics: Beyond the genome. Annual Review of Marine Science. 2011;3:347–71.

  11. MacLean D, Jones JDG, Studholme DJ. Application of “next-generation” sequencing technologies to microbial genetics. Vol. 7, Nature Reviews Microbiology. 2009. p. 287– 96.

  12. Liu L, Li Y, Li S, Hu N, He Y, Pong R, et al. Comparison of next-generation sequencing systems. Vol. 2012, Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2012.

  13. Miller JR, Koren S, Sutton G. Assembly algorithms for next-generation sequencing data. Vol. 95, Genomics. 2010. p. 315–27.

  14. Brumfield KD, Huq A, Colwell RR, Olds JL, Leddy MB. Microbial resolution of whole genome shotgun and 16S amplicon metagenomic sequencing using publicly available NEON data. PLoS ONE. 2020 Feb 1;15(2).

  1. Ranjan R, Rani A, Metwally A, McGee HS, Perkins DL. Analysis of the microbiome: Advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2016 Jan 22;469(4):967–77.

  2. Yarza P, Yilmaz P, Pruesse E, Glöckner FO, Ludwig W, Schleifer KH, et al. Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences. Nature Reviews Microbiology. 2014;12(9):635–45.

  3. Langille MGI, Zaneveld J, Caporaso JG, McDonald D, Knights D, Reyes JA, et al. Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences. Nature Biotechnology. 2013 Sep;31(9):814–21.

  4. Bartram AK, Lynch MDJ, Stearns JC, Moreno-Hagelsieb G, Neufeld JD. Generation of multimillion-sequence 16S rRNA gene libraries from complex microbial communities by assembling paired-end illumina reads. Vol. 77, Applied and Environmental Microbiology. 2011. p. 5569.

  5. Cox MJ, Cookson WOCM, Moffatt MF. Sequencing the human microbiome in health and disease. Human Molecular Genetics. 2013 Oct;22(R1).

  6. Schmidt TM, Delong EF, Pace NR. Analysis of a Marine Picoplankton Community by 16S rRNA Gene Cloning and Sequencing [Internet]. Vol. 173, JOURNAL OF BACTERIOLOGY. 1991. Available from: http://jb.asm.org/

  7. Ranjan R, Rani A, Metwally A, McGee HS, Perkins DL. Analysis of the microbiome: Advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2016 Jan 22;469(4):967–77.

  8. Brumfield KD, Huq A, Colwell RR, Olds JL, Leddy MB. Microbial resolution of whole genome shotgun and 16S amplicon metagenomic sequencing using publicly available NEON data. PLoS ONE. 2020 Feb 1;15(2).

  9. VRT. KLAAR: Wat is catcalling? [Internet]. [cited 2020 Dec 4]. Available from: https://www.vrt.be/vrtnws/nl/2019/07/18/wat-is-catcalling/

  10. Universiteit Gent. Sexpert — Vakgroep Experimenteel-Klinische en Gezondheidspsychologie [Internet]. [cited 2020 Dec 6]. Available from: https://www.ugent.be/pp/ekgp/nl/onderzoek/onderzoeksgroepen/relatie-en- gezinsstudies/sexpert

  11. Sensoa. Cijfers over seksueel misbruik in België [Internet]. [cited 2020 Dec 5]. Available from: https://www.sensoa.be/seksueel-grensoverschrijdend-gedrag-bij-jongeren-…- volwassenen-feiten-en-cijfers

  12. Amnesty International. Seksueel geweld in België is een prangend mensenrechtenprobleem dat een doortastende, effectieve en gecoördineerde aanpak vraagt op alle beleidsniveaus [Internet]. 2019 [cited 2020 Dec 7]. Available from:

https://www.amnesty-international.be/nieuws/nieuwe-enquete-over-seksuee…-

in-belgie-nood-aan-betere-preventie-nazorg-en-vervolging

  1. European Union agency for fundamental rights. Violence against women: an EU-wide

    survey Main results Violence against women: an EU-wide survey.

  2. Eurostat. Violent sexual crimes recorded in the EU - Products Eurostat News [Internet]. [cited 2020 Dec 9]. Available from: https://ec.europa.eu/eurostat/web/products-

    eurostat-news/-/EDN-20171123-1?inheritRedirect=true

  3. Europäische Union Agentur für Grundrechte. Violence against women : an EU-wide

    survey ; main results. Publications Office of the EU; 2014.

  4. Evans A. #MeToo: A Study on Sexual Assault as Reported in the New York Times.

    Occam’s Razor [Internet]. 2018;8:2018. Available from:

    https://cedar.wwu.edu/orwwuhttps://cedar.wwu.edu/orwwu/vol8/iss1/3

  5. Amnesty International. MeToo en mensenrechten [Internet]. [cited 2020 Dec 9].

    Available from: https://www.amnesty.nl/encyclopedie/metoo-en-mensenrechten

  6. Prof. Janice Fiamengo. #MeToo: Justice or Lynch Mob? [Internet]. 2018. [cited 2020

    Dec 11]. Available from: https://www.youtube.com/watch?v=ivHi2oaFVcc

  7. Geens K. Ministriële richtlijn betreffende de Seksuele Agressie Set (S.A.S.). 2017..

  8. Taeymans M, Defour M-E, Gengoux V, Marcotte A. Eindrapport evaluatie van de COL

    10/2005 inzake de Seksuele Agressieset Dienst voor het Strafrechtelijk beleid [Internet].

    2005. Available from: www.dsb-spc.be

  9. Jina R, Thomas LS. Health consequences of sexual violence against women. Vol. 27,

    Best Practice and Research: Clinical Obstetrics and Gynaecology. Bailliere Tindall Ltd;

    2013. p. 15–26.

  10. United Nations. Division for the Advancement of Women., Joint International Law

    Program. Ending violence against women : from words to action. United Nations; 2006.

    190.

  11. Keygnaert I. Naar een holistische aanpak van seksueel geweld: zijn referentie-

    ziekenhuizen seksueel geweld in de provincie Oost-Vlaanderen een haalbaar en

    wenselijk model? 2015.

  12. Bari S, Jawad R. Management of sexual assault and the importance of Sexual Assault

    Referral Centres (SARCs). Vol. 36, Journal of Family Planning and Reproductive Health

    Care. Royal College of Obstetricians and Gynaecologists; 2010. p. 115–6.

  13. McCune B, Grace JB. Analysis of ecological communities. Gleneden Beach : MjM

    Software Design; 2002.

  14. Snead MC, Kourtis AP, Black CM, Mauck CK, Brown TM, Penman-Aguilar A, et al.

    Effect of topical vaginal products on the detection of prostate-specific antigen, a biomarker of semen exposure, using ABAcards. Contraception. 2013 Sep;88(3):382–6.

  1. Kulczycki A, Brill I, Snead MC, Macaluso M. Prostate-specific antigen concentration in vaginal fluid after exposure to semen [Internet]. Vol. 2, Indonesian Journal of Legal and Forensic Sciences. 2012. Available from: http://ojs.unud.ac.id/index.php/ijlfs

  2. Ogai K, Nagase S, Mukai K, Iuchi T, Mori Y, Matsue M, et al. A comparison of techniques for collecting skin microbiome samples: Swabbing versus tape-stripping. Frontiers in Microbiology. 2018 Oct 2;9(OCT).

  3. Mcbain AJ, O’neill CA, Amezquita A, Price LJ, Faust K, Tett A, et al. Consumer Safety Considerations of Skin and Oral Microbiome Perturbation. 2019; Available from: https://doi.org/10.1128/CMR

  4. Tackmann J, Arora N, Schmidt TSB, Rodrigues JFM, von Mering C. Ecologically informed microbial biomarkers and accurate classification of mixed and unmixed samples in an extensive cross-study of human body sites 06 Biological Sciences 0605 Microbiology. Microbiome. 2018 Oct 24;6(1).

Download scriptie (11.61 KB)
Universiteit of Hogeschool
KU Leuven
Thesis jaar
2021
Promotor(en)
Prof. Ronny Decorte, Prof. Sarah Lebeer