Beïnvloedende factoren op weefselkwaliteit via RNA
Lichaamsmateriaal voor wetenschappelijk onderzoek! Dit kan meer inzicht leveren in het ontstaan van ziektes en hoe deze kunnen worden voorkomen. Dit onderzoek draagt bij aan de ontwikkeling van betere methoden, essentieel tot het stellen van betere behandelingswijzen, met de hieraan gekoppelde diagnose of prognose.
Om dit te achterhalen kunnen onderzoekers gebruik maken van gedoneerde dierlijke en menselijke stalen, zoals bloed, weefsels, urine, DNA, RNA enz. Het is van cruciaal belang om de kwaliteit van de stalen te behouden, voor verder klinisch- en biomedisch onderzoek. De kwaliteitsgarantie wordt bepaald door alle stappen en processen voorafgaande het uitvoeren van de eigenlijke analyses, met de hieraan inspelende factoren.
Jij, lezer, heeft u zich de volgende vragen al eens gesteld? Waar en hoe worden gedoneerde stalen bewaard? Hoe worden deze verwerkt? Welke factoren spelen een rol in de kwaliteit?
Laten we eerlijk zijn, wat zouden onderzoekers zijn/doen zonder hun donoren?!
Een bank met geld kent iedereen, maar een biobank?
In een biobank worden lichaamsmaterialen bewaard voor onbepaalde tijd, geschikt op elk moment voor onderzoek. Deze hebben als verantwoordelijkheid het collecteren, bewaren, verwerken en verdelen van biologisch materiaal en bijhorende data naar onderzoekscentra. Onderzoekers zijn in staat om de oorzaken, gevolgen, preventie, enz. van aandoeningen te achterhalen m.b.v. menselijke stalen.
Eén van de bekende biobanken uit België, is de ‘Bioresource center Ghent’. De centrale biobank van het Universitaire Ziekenhuis Gent. Hier wordt menselijk lichaamsmateriaal, alsook een beperkte hoeveelheid dierlijke materiaal, verwerkt en bewaard voor fundamenteel wetenschappelijk onderzoek naar klinisch onderzoek en omgekeerd. Momenteel worden hier ongeveer 290.000 klinische stalen uit verschillende onderzoeksdomeinen bewaard.
Belangrijke aspecten
Geen zin in gehakt vanavond? “Ik bewaar het in de diepvries”.
Ook voor donatiestalen in biobanken is de manier van bewaren belangrijk. Zo spelen de gebruikte bewaringsrecipiënten, invriesmethoden, tijdstippen een rol in het kwaliteitsbehoud.
Als bewaringsrecipiënten worden alucups (invriespotten) en cryovials (kleine polypropyleenbuizen) gebruikt, beide bestand tegen extreem lage temperaturen tot -196°C. Verder vindt de bewaring van de stalen plaats in diepvriezen (-20°C, -35°C, -80°C) en in stikstofvaten (-196°C).
Om de kwaliteit verder te garanderen kan men de stalen traag of snel invriezen. Bij traag invriezen zullen de stalen geleidelijk aan afkoelen m.b.v. een Coolcell™, waarbij de temperatuur daalt met 1°C per minuut. Tijdens snel invriezen wordt het weefsel bij een lage temperatuur (tussen -80°C en -196°C) op een korte periode ingevroren. De meest gebruikte standaardprocedure is snel invriezen met isopentaan in combinatie met droogijs (-80°C) of vloeibare stikstof (-196°C).
In dit onderzoek wordt er gefocust op een kwaliteitsbeoordeling van RNA. RNA is heel lijkend op DNA maar minder stabiel. Hierdoor kunnen snellere veranderingen in de kwaliteit worden waargenomen. In alle lichaamscellen zit erfelijk informatie opgeslagen, dat in DNA-vorm gebeurt. RNA speelt een belangrijke rol in het coderen, overbrengen, reguleren, interpreteren en tot expressie komen van genen.
Joepie, we hebben een onderzoeksdoel!
Achterhalen wat de vriesimpact is van de verschillende pre-analytische variabelen (PAV) op weefsel. Men onderzoekt welk weefselgrootte, invriestijdstip en invriesmethode de beste weefselkwaliteit opleveren.
Eindelijk, men kan beginnen
Voor een brede scala aan data, werd het onderzoek uitgevoerd op dierlijk varkensweefsel. Via dissectie werden long- en leverweefsel gepreleveerd.
In onderstaande tabel: long- en leverweefsel werden versneden en ingevroren via verschillende invriesmethoden, groottes en op drie tijdstippen.
Op alle stukken weefsel wordt een manuele RNA–extractie uitgevoerd aan de hand van een TRI Reagent-protocol. Via het toestel 2100 BioAnalyzer van Agilent, wordt RNA-integriteit nummer (RIN-score) verkregen die de kwaliteit van het totaal RNA weergeeft. Alsook wordt de optische densiteit (OD) ratio bepaald via spectrofotometrie, wat iets meer zegt over de zuiverheid.
Het geïsoleerde RNA kan verder worden gebruikt voor verschillende downstream toepassingen, inclusief real-time polymerase chain reaction (RT-PCR), amplificatie voor array-analyses, hybridisatiebepalingen of translatie in vitro.
Resultaten en discussie
PAV 1: weefselgrootte
De RNA-concentraties zijn bij de long, in tegenstelling tot bij de lever, over het algemeen hoger voor alucup dan voor cryovial. Mogelijks kan dit wijzen op betere kwaliteit van het weefsel in de alucups. Een andere mogelijkheid is dat het invriezen in verschillende weefselgroottes weefselafhankelijk is.
Voor beide weefsels worden betere RIN-scores verkregen bij alucup. Ook scoren de OD-ratio’s over de hele lijn goed.
PAV 2: Invriestijdstippen
Wanneer de RIN-scores van de 3 tijdstippen met elkaar vergeleken worden bij beide weefsels, ziet men een lichte daling naarmate de tijd tussen prelevatie en invriezen toeneemt. Er zal een betere RNA-kwaliteit worden verkregen bij een kortere koude ischemie tijd (KIT). De KIT is de tijd tussen weefselafname en invriezen.
PAV 3: Invriesmethoden
We zien voor de long bij zowel de alucup als de cryovial, dat de hoogste RNA-concentraties worden bekomen bij het gebruik van droogijs. De concentraties bij IV1 en IV2 zijn gelijkaardig of hoger dan bij IV3 en IV4. Dit valt niet binnen onze verwachtingen, want invriezen met vloeibare stikstof in combinatie met isopentaan wordt beschreven als de norm.
Voor de lever bij de alucup zien we dat vloeibare stikstof in combinatie met isopentaan de hoogste RNA-concentraties oplevert. Bij de cryovial is er geen duidelijke trend waarneembaar. Dit is volgens onze verwachtingen, aangezien vloeibare stikstof in combinatie met isopentaan wordt beschreven als de norm. Wat zal leiden tot minder weefsel- en RNA-degradatie.
Besluit
Uit dit onderzoek kunnen we besluiten dat een kleinere weefselgrootte bij een zo kort mogelijke koude ischemietijd de beste RNA-kwaliteit oplevert. Uit de bekomen OD-ratio blijkt dat bij alle PAV zuiver RNA wordt verkregen. Ook worden over het algemeen goede RIN-scores bekomen, wat wijst op goede RNA-kwaliteit. Echter werd bij alle onderdelen slechts een minimale hoeveelheid data verkregen. Omwille van deze reden is het aangeraden om verder onderzoek uit te voeren. Alsook is het aanbevolen om andere condities te onderzoeken, zoals andere tijdstippen, groottes enz. om de reproduceerbaarheid na te gaan.
Ben je een onderzoeker? Wordt een echte wetenschapper en voer dit onderzoek uit op uw manier en met de aanbevolen suggesties!
Bibliografie
3DHistech. (2018, 4 juni). Pannoramic 250 Flash III. Geraadpleegd op 27 maart 2020,van https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/APD/ProductGuides/US-Only-Pa…
Agilent. (2019, 30 april). Sample Quality Control, Electrophoresis, Bioanalyze. Geraadpleegd op 8 maart 2020, van https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/ bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument/2100-bioanalyzer-instrument228250
Agilent technologies. (2006). Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 Expert User’s Guide (2006ste editie). Geraadpleegd op 8 maart 2020, van http://www.ihb.cas.cn/fxcszx/fxcs_xgxz/201203/P02012032252986113926 0.pdf
Agilent technologies. (2017 februari). Using Your Chip Priming Station. Geraadpleegd op 9 juni 2020, van https://www.agilent.com/cs/ library/usermanuals/Public/chipPriming%20.pdf
Alpha. (s.d.). Droogijs bestellen bij Alpha. Geraadpleegd op 1 juni 2020, van https://www.alpha.be/nl/technologie/212714/droogijs-bestellen
Anderlik, M. R. (2003). Commercial Biobanks and Genetic Research. American Journal of PharmacoGenomics, 3(3), 203–215. Geraadpleegd op 9 mei 2020, van https://doi.org/10.2165/00129785-200303030-00006
Auer, H., Mobley, J., Ayers, L., Bowen, J., Chuaqui, R., Johnson, L., … Ramirez, N. (2014). The effects of frozen tissue storage conditions on the integrity of RNA and protein. Biotechnic & Histochemistry, 89(7), 518–528. Geraadpleegd op 30 mei, van https://doi.org/10.3109/ 10520295.2014.904927
Belgian cancer registry. (2009). The Belgian Virtual Tumourbank. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://kankerregister.org/tumourbank.aspx?url=BVT_home Betsou, F., Barnes, R., Burke, T., Coppola, D., DeSouza, Y., Eliason, J., … Gunter, E. (2009). Human Biospecimen Research: Experimental Protocol and Quality Control Tools. Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention, 18(4), 1017–1025. Geraadpleegd op 7 april 2020, van https://doi.org/10.1158/1055-9965.epi-08-1231
Betsou, F., Barnes, R., Burke, T., Coppola, D., DeSouza, Y., Eliason, J., … Gunter, E. (2009). Human Biospecimen Research: Experimental Protocol and Quality Control Tools. Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention, 18(4), 1017–1025. Geraadpleegd op 7 april 2020, van https://doi.org/10.1158/1055-9965.epi-08-1231
Betsou, F., Lehmann, S., Ashton, G., Barnes, M., Benson, E. E., Coppola, D., … Gunter, E. (2010). Standard Preanalytical Coding for Biospecimens: Defining the Sample PREanalytical Code. Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention, 19(4), 1004–1011. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://doi.org/10.1158/1055-9965.epi-09-1268
Bindhu, P., Krishnapillai, R., Thomas, P., & Jayanthi, P. (2013). Facts in artifacts. Journal of Oral and Maxillofacial Pathology, 17(3), 397. Geraadpleegd op 23 april 2020, van https://doi.org/10.4103/0973- 029x.125206
Biocision. (2013 oktober). Snap Freezing Using Dry Ice or Liquid Nitrogen. Geraadpleegd op 5 juni 2020, van https://biocision.com.s219960.gridserver.com/uploads/docs/appnote_snapf reezing_2013.pdf
Brooks life sciences. (s.d.). CryoPodTM Carrier For Cryogenic Sample Transport | Brooks Life Sciences. Geraadpleegd op 25 maart 2020, van https://www.brookslifesciences.com/products/cryopod-carrier
Bruce-Gregorios, J. (2006). Histophatologic Techniques (2de editie). Quezon City, Philippines: Goodwill Trading Co., Inc.
Budimir, D., Polašek, O., Marušić, A., Kolčić, I., Zemunik, T., Boraska, V., … Rudan, I. (2011). Ethical aspects of human biobanks: a systematic review. Croatian Medical Journal, 52(3), 262–279. Geraadpleegd op 4 april 2020, van https://doi.org/10.3325/cmj.2011.52.262
Carraro, P., Zago, T., & Plebani, M. (2012). Exploring the Initial Steps of the Testing Process: Frequency and Nature of Pre-analytic Errors. Clinical Chemistry, 58(3), 638–642. Geraadpleegd op 22 april 2020, https://doi.org/10.1373/clinchem.2011.175711
Children’s tumor foundation. (s.d.). Tissue Biobank. Geraadpleegd op 4 mei 2020, van https://www.ctf.org/understanding-nf/ctf-biobank
Chomczynski, P., & Sacchi, N. (2006). The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate–phenol–chloroform extraction: twentysomething years on. Nature Protocols, 1(2), 581–585. Geraadpleegd op 6 maart 2020, van https://doi.org/10.1038/nprot.2006.83
Clinical lab products. (2015, 17 december). Cryogenic Carrier Facilitates Transport of Specimens. Geraadpleegd op 25 maart 2020, van http://www.clpmag.com/2015/12/cryogenic-carrier-facilitates-transportsp…
Coppola, L., Cianflone, A., Grimaldi, A. M., Incoronato, M., Bevilacqua, P., Messina, F., … Salvatore, M. (2019). Biobanking in health care: evolution and future directions. Journal of Translational Medicine, 17(1). Geraadp leegd op 3 mei 2020, van https://doi.org/10.1186/s12967-019- 1922-3
Creative Diagnostics. (2007). Total Protein Extraction by TRIzol [Foto]. Geraadpleegd op 29 februari 2020, van https://www.creativediagnostics.com/total-protein-extraction-by-trizol…
Cutler, C. (2020, 25 maart). Overview Agilent Micro fluidics [Presentatieslides]. Geraadpleegd op 10 maart, van Https://www.agilent.com/cs/library/slidepresentation/Public/Overview%20Agile nt%20Microfluidics.pdf
Ellervik, C., & Vaught, J. (2015). Preanalytical Variables Affecting the Integrity of Human Biospecimens in Biobanking. Clinical Chemistry, 61(7), 914–934. Geraadpleegd op 3 mei, van https://doi.org/10.1373/clinchem.2014.228783
Europese patiëntenacademie. (2015, 17 november). P-waarde. Geraadpleegd op 30 mei 2020, van https://www.eupati.eu/nl/glossary/p-waarde/
Giri, D. (2020, 9 januari). Hematoxylin and Eosin staining : Principle, Procedure and Interpretation. Geraadpleegd op 8 maart 2020, van https://laboratoryinfo.com/hematoxylin-and-eosin-staining/
Glasa, J., Kollár, D., Čvapek, P., Glasová, H., Antošová, M., Pella, D., & Kvietiková, I. (2020). Establishing a national biobank. Biobanking infrastructure initiative in Slovakia - Public policy, legal and ethical issues. Health Policy and Technology, 9(1), 53–55. Geraadpleegd op 3 mei, van https://doi.org/10.1016/j.hlpt.2019.11.005
Grizzle, W. E., Bell, W. C., & Sexton, K. C. (2011). Issues in collecting, processing, and storing human tissues and associated information to support biomedical research. Cancer Biomarkers, 9(1–6), 531–549. Geraadpleegd op 22 april 2020, van https://doi.org/10.3233/cbm-2011- 0183
Grizzle, W. E., Otali, D., Sexton, K. C., & Atherton, D. S. (2016a). Effects of Cold Ischemia on Gene Expression: A Review and Commentary. Biopreservation and Biobanking, 14(6), 548–558. Geraadpleegd op 22 april 2020, van https://doi.org/10.1089/bio.2016.0013
Guerrera, F., Tabbò, F., Bessone, L., Maletta, F., Gaudiano, M., Ercole, E., … Inghirami, G. (2016). The Influence of Tissue Ischemia Time on RNA Integrity and Patient-Derived Xenografts (PDX) Engraftment Rate in a NonSmall Cell Lung Cancer (NSCLC) Biobank. PLOS ONE, 11(1), e0145100. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://doi.org/10.1371/journal.pone.0145100
Hansson, M. G. (2008). Ethics and biobanks. British Journal of Cancer, 100(1), 8–12. Geraadpleegd op 10 april, van https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6604795
Harati, M. D., Williams, R. R., Movassaghi, M., Hojat, A., Lucey, G. M., & Yong, W. H. (2018). An Introduction to Starting a Biobank. Methods in Molecular Biology, 7–16. Geraadpleegd op 10 april, van https://doi.org/10.1007/978- 1-4939-8935-5_2
Hiruz. (s.d.). Bioresource Center Ghent. Geraadpleegd op 8 maart 2020, van http://hiruz.be/service/brc/
Hiruz. (s.d.). Operational support: sample processing or storage needs? Geraadpleegd op 8 maart 2020, van http://hiruz.be/operationalsupport-sample-processing-or-storage-needs/
Huebinger, J., Han, H.-M., Hofnagel, O., Vetter, I. R., Bastiaens, P. I. H., & Grabenbauer, M. (2016). Direct Measurement of Water States in Cryopreserved Cells Reveals Tolerance toward Ice Crystallization. Biophysical Journal, 110(4), 840–849. Geraadpleegd op 30 maart 2020, van https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.09.029
IBM. (s.d.). Sign up for SPSS Statistics. Geraadpleegd op 9 juni 2020, van https://www.ibm.com/account/reg/be-en/signup?formid=urx-19774
ISO. (2018). Biotechnology - Biobanking - General requirements for biobanking. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://www.iso.org/obp/ui/#iso:std:iso:20387:ed-1:v1:en
Jang, T. H., Park, S. C., Yang, J. H., Kim, J. Y., Seok, J. H., Park, U. S., … Han, J. (2017). Cryopreservation and its clinical applications. Integrative Medicine Research, 6(1), 12–18. Geraadpleegd 7 april 2020, van https://doi.org/10.1016/j.imr.2016.12.001
Kap, M., Oomen, M., Arshad, S., de Jong, B., & Riegman, P. (2014). Fit for Purpose Frozen Tissue Collections by RNA Integrity Number-Based Quality Control Assurance at the Erasmus MC Tissue Bank. Biopreservation and Biobanking, 12(2), 81–90. Geraadpleegd 22 april, van https://doi.org/10.1089/bio.2013.0051
Kap, M., Sieuwerts, A. M., Kubista, M., Oomen, M., Arshad, S., & Riegman, P. (2015). The Influence of Tissue Procurement Procedures on RNA Integrity, Gene Expression, and Morphology in Porcine and Human Liver Tissue. Biopreservation and Biobanking, 13(3), 200–206. Geraadpleegd op 23 april 2020, van https://doi.org/10.1089/bio.2014.0076
Karlsson, J. O. M., & Toner, M. (1996). Long-term storage of tissues by cryopreservation: critical issues. Biomaterials, 17(3), 243–256. Geraadpleegd op 23 april 2020, van https://doi.org/10.1016/0142- 9612(96)85562-1
Kinkorová, J. (2015). B iobanks in the era of personalized medicine: objectives, challenges, and innovation. EPMA Journal, 7(1). Geraadpleegd op 5 april 2020, van https://doi.org/10.1186/s13167-016-0053-7
Kirwan, J. A., Brennan, L., Broadhurst, D., Fiehn, O., Cascante, M., Dunn, W. B., … Velagapudi, V. (2018). Preanalytical Processing and Biobanking Procedures of Biological Samples for Metabolomics Research: A White Paper, Community Perspective (for “Precision Medicine and Pharmacometabolomics Task Group”—The Metabolomics Society Initiative). Clinical Chemistry, 64(8), 1158–1182. Geraadpleegd op 22 april 2020, van https://doi.org/10.1373/clinchem.2018.287045
Klebe, R. J., Grant, G. M., Grant, A. M., Garcia, M. A., Giambernardi, T. A., & Taylor, G. P. (1996). RT-PCR Without RNA Isolation. BioTechniques, 21(6), 1094–1100. https://doi.org/10.2144/96216rr02
Liebeke, M., & Bundy, J. G. (2011). Tissue disruption and extraction methods for metabolic profiling of an invertebrate sentinel species. Metabolomics, 8(5), 819–830. Geraadpleegd op 6 maart 2020, van https://doi.org/10.1007/s11306-011-0377-1
Lightfoot, S. (2002, 1 augustus). Quantitation comparison of total RNA using the Agilent 2100 bioanalyzer, ribogreen analysis and UV spectrometry. Geraadpleegd op 25 maart 2020, va https://genome.duke.edu/sites/default/files/Quantitation%20with%20agile…
Lippi, G., Betsou, F., Cadamuro, J., Cornes, M., Fleischhacker, M., Fruekilde, P., … Simundic, A.-M. (2019). Preanalytical challenges – time for solutions. Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (CCLM), 57(7), 974–981. Geraadpleegd op 23 april 2020, van https://doi.org/10.1515/cclm-2018-1334
Loerting, T., Fuentes-Landete, V., Handle, P. H., Seidl, M., Amann-Winkel, K., Gainaru, C., & Böhmer, R. (2015). The glass transition in high-density amorphous ice. Journal of Non-Crystalline Solids, 407, 423–430. Geraadpleegd op 30 maart 2020, van https://doi.org/10.1016/j.jnoncrysol.2014.09.003
Lou, J. J., Mirsadraei, L., Sanchez, D. E., Wilson, R. W., Shabihkhani, M., Lucey, G. M., … Yong, W. H. (2014). A review of room temperature storage of biospecimen tissue and nucleic acids for anatomic pathology laboratories and biorepositories. Clinical Biochemistry, 47(4–5), 267–273. Geraadpleegd op 18 maart 2020, van https://doi.org/10.1016/j.clinbiochem.2013.12.011
Ma, Y., Dai, H., & Kong, X. (2012). Impact of warm ischemia on gene expression analysis in surgically removed biosamples. Analytical Biochemistry, 423(2), 229–235. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://doi.org/10.1016/j.ab.2012.02.003
Mayo clinic. (2019, 6 augustus). Center for Clinical and Translational Science (CCaTS). Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://www.mayo.edu/research/centers-programs/center-clinical-translat…
Micke, P., Ohshima, M., Tahmasebpoor, S., Ren, Z.-P., Östman, A., Pontén, F., & Botling, J. (2006). Biobanking of fresh frozen tissue: RNA is stable in nonfixed surgical specimens. Laboratory Investigation, 86(2), 202–211. Geraadpleegd op 3 mei 2020, van https://doi.org/10.1038/labinvest.3700372
Microchem laboratory. (s.d.). Freeze-Thaw Stability Testing | Microchem Laboratory. Geraadpleegd op 22 februari 2020, van http://microchemlab.com/test/freeze-thaw-stability-testing
Mitchell, D., Geissler, J., Parry-Jones, A., Keulen, H., Schmitt, D. C., Vavassori, R., & Matharoo-Ball, B. (2015). Biobanking from the patient perspective. Research Involvement and Engagement, 1(1). Geraadpleegd op 15 februari 2020, van https://doi.org/10.1186/s40900-015-0001-z
Mueller, O., Lightfoot, S., & Schroeder, A. (2016, 21 januari). RNA Integrity Number (RIN) – Standardization of RNA Quality Control. Geraadpleegd op 15 maart 2020, van https://www.agilent.com/cs/library/applications/5989-1165EN.pdf
Neumeister, V. M. (2014). Tools to assess tissue quality. Clinical Biochemistry, 47(4–5), 280–287. Geraadpleegd 26 februari 2020, van https://doi.org/10.1016/j.clinbiochem.2014.02.016
Novus biologicals. (s.d.). IHC Sample Preparation (Frozen vs. Paraffin). Geraadpleegd op 25 april 2020, van https://www.novusbio.com/sample-preparation-for-ihc-experiments
NYU Langone medical center. (2016, 16 december). Freezing tissues for histology. Geraadpleegd op 23 februari 2020, van https://med.nyu.edu/research/scientific-cores-shared-resources/sites/de…
Peakman, T., & Elliott, P. (2010). Current standards for the storage of human samples in biobanks. Genome Medicine, 2(10), 72. Geraadpleegd op 12 maart, van https://doi.org/10.1186/gm193
Pegg, D. E. (2010). The relevance of ice crystal formation for the cryopreservation of tissues and organs. Cryobiology, 60(3), S36–S44. https://doi.org/10.1016/j.cryobiol.2010.02.003
Perkampus, H. H. (1992). UV-VIS spectroscopy and its applications. Heidelberg, Duitsland: Springer Medizin Verlag.
Peters, S. (2011, 20 oktober). An Intro to Cryosectioning: The Art of Sectioning Frozen Tissue : Geraadpleegd op 25 april 2020, van https://www.leicabiosystems.com/knowledge-pathway/the-art-of-embedding-…
Radbout universiteit Wijnegem. (s.d.). Brekingsindex. Geraadpleegd op 25 maart 2020, van https://www.encyclo.nl/begrip/brekingsindex
Rastogi, V. (2013). Artefacts: A Diagnostic Dilemma – A Review. JOURNAL OF CLINICAL AND DIAGNOSTIC RESEARCH. Geraadpleegd op 23 april, van https://doi.org/10.7860/jcdr/2013/6170.3541
Reckamp, K. L., & Kernstine, K. H. (2010). Lung Cancer. New York, Verenigde Staten: Springer Publishing.
Rio, D. C., Ares, M., Hannon, G. J., & Nilsen, T. W. (2010). Purification of RNA Using TRIzol (TRI Reagent). Cold Spring Harbor Protocols, 2010(6), pdb.prot5439. Geraadpleegd op 29 februari 2020, van https://doi.org/10.1101/pdb.prot5439
Schroeder, A., Mueller, O., Stocker, S., Salowsky, R., Leiber, M., Gassmann, M., … Ragg, T. (2006). The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements. BMC Molecular Biology, 7(1). Geraadpleegd op 15 maart, van https://doi.org/10.1186/1471-2199-7-3
Shabihkhani, M., Lucey, G. M., Wei, B., Mareninov, S., Lou, J. J., Vinters, H. V., … Yong, W. H. (2014a). The procurement, storage, and quality assurance of frozen blood and tissue biospecimens in pathology, biorepository, and biobank settings. Clinical Biochemistry, 47(4–5), 258–266. Geraadpleegd op 8 mei, 2020, van https://doi.org/10.1016/j.clinbiochem.2014.01.002
Shen, C.-H. (2019). Extraction and Purification of Nucleic Acids and Proteins. Diagnostic Molecular Biology, 143–166. Geraadpleegd op 29 februari 2020, van https://doi.org/10.1016/b978-0-12-802823-0.00006-7
Smith, M. E., & Aufox, S. (2013). Biobanking: The Melding of Research with Clinical Care. Current Genetic Medicine Reports, 1(2), 122–128. Geraadpleegd op 2 mei 2020, van https://doi.org/10.1007/s40142-013-0014-6
Steu, S., Baucamp, M., von Dach, G., Bawohl, M., Dettwiler, S., Storz, M., … Schraml, P. (2008). A procedure for tissue freezing and processing applicable to both intra-operative frozen section diagnosis and tissue banking in surgical pathology. Virchows Archiv, 452(3), 305–312. Geraadpleegd op 27 april 2020, van https://doi.org/10.1007/s00428-008-0584-y
Suvarna, K. S., Layton, C., & Bancroft, J. D. (2018). Bancroft’s Theory and Practice of Histological Techniques (8ste editie). Maarssen, Nederland: Elsevier Gezondheidszorg.
Tan, S. C., & Yiap, B. C. (2009). DNA, RNA, and Protein Extraction: The Past and The Present. Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2009, 1–10. Geraadpleegd op 29 februari 2020, van https://doi.org/10.1155/2009/574398
Teen Kids News. (2018). How is glass made? [Foto]. Geraadpleegd op 28 maart van https://teenkidsnews.com/tkn-news/science/how-is-glass-made/
Thermofisher. (s.d.). Thaw Frozen Tissues Without Damaging RNA. Geraadpleegd op 16 april 2020, van https://www.thermofisher.com/nl/en/home/references/ambion-tech-support/…
ThermoFisher Scientific. (s.d.). Quantitating RNA. Geraadpleegd op 20 mei 2020, van https://www.thermofisher.com/nl/en/home/references/ambion-tech-support/…
T’Joen, V., Phlypo, S., & Bekaert, S. (2018). Bimetra Biobank: A High Quality Biobank Facility to Stimulate Translational Biomedical Research. Open Journal of Bioresources, 5. Geraadpleegd op 2 mei, van https://doi.org/10.5334/ojb.37
Transcendente Meditatie. (s.d.). Wat is een p-waarde? . Geraadpleegd op 30 mei 2020, van https://transcendentemeditatie.be/wat-is-een-p-waarde/
UK Biobank. (2019, 25 februari). Understanding genetic research | UK Biobank. Geraadpleegd op 4 mei 2020, van https://www.ukbiobank.ac.uk/understanding-genetic-research/
UMC Utrecht. (2017, 1 december). Biobank met levende borstkankercellen . Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://www.umcutrecht.nl/nl/nieuws/biobank-met-levende-borstkankercell…
University of Vigo. (2019, 24 juli). Histological techniques. 4. Sectioning. Geraadpleegd op 25 april 2020, van https://mmegias.webs.uvigo.es/02-english/6-tecnicas/4-criotomos.php
van Geest, Q. (2013, 11 april). Wetenschappelijk vertaalbureau. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://www.msweb.nl/actueel/columns/quinten-van-geest/wetenschappelijk…
Vasan, S. (2017, 5 augustus). Histopathology - CRYOSTAT [Presentatieslides]. Geraadpleegd op 28 februari, van https://www.slideshare.net/8056933252/histopathology-crtostat
Vora, T., & Thacker, N. (2015). Impacts of a biobank: Bridging the gap in translational cancer medicine. Indian Journal of Medical and Paediatric Oncology, 36(1), 17. Geraadpleegd op 3 mei, van https://doi.org/10.4103/0971-5851.151773
Walker, D. G., Whetzel, A. M., Serrano, G., Sue, L. I., Lue, L.-F., & Beach, T. G. (2016). Characterization of RNA isolated from eighteen different human tissues: results from a rapid human autopsy program. Cell and Tissue Banking, 17(3), 361–375. Geraadpleegd op 30 mei, van https://doi.org/10.1007/s10561-016-9555-8
Wallace, J. (2020, 25 februari). Frozen section methodology. Geraadpleegd op 1 juni 2020, van https://www.pathologyoutlines.com/topic/methodsfrozen.html?mobile=off&f…
Witec. (s.d.). CryoPodTM Carrier Automatic Filling Station. Geraadpleegd op 25 maart 2020, van https://www.witec.ch/products/molecular-microbiology/sample-cooling-mol…
Wowk, B. (2010). Thermodynamic aspects of vitrification. Cryobiology, 60(1), 11–22. Geraadpleegd op 16 april, van https://doi.org/10.1016/j.cryobiol.2009.05.007
Zika, E., Paci, D., Braun, A., Rijkers-Defrasne, S., Deschênes, M., Fortier, I., … Ibarreta, D. (2011). A European Survey on Biobanks: Trends and Issues. Public Health Genomics, 14(2), 96–103. Geraadpleegd op 8 mei 2020, van https://doi.org/10.1159/000296278
ZYMO. (2019, 17 juni). Optimizing RNA Extraction from Cells and Tissues with TRIzol®. Geraadpleegd op 1 juni 2020, van https://blog.quartzy.com/optimizing_rna_extraction_with_trizol_zymo_spo…
