Scriptiebank overzicht

De Vlaamse Scriptiebank is een vrij toegankelijke online databank. Deze bevat alle artikels en full text scripties van deelnemende bachelors en masters aan de

Structural studies of HTLV-1 reverse transcriptase for antiviral drug design

KU Leuven
2024
Brecht
Bollaert
  • Adéla
    Novotná
Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.
Meer lezen

Petyr Baelish at work: Machiavellisme vanuit een VFM compound perspectief en de relatie met werkuitkomsten

Universiteit Gent
2022
Valerie
Vandamme
Een multidimensioneel vijffactoren model perspectief op Machiavellisme. Het multidimensionele perspectief bekijkt de relatie tussen de drie dimensies van Machiavellisme (antagonisme, agency en planmatigheid) met verschillende werkuitkomsten (CWB, carrière ambitie, objectief- en subjectief carrière succes).
Meer lezen

The influence of maize (Zea mays L.) roots, mycorrhizal fungi and agricultural soil management practices on the emission of soil volatile organic compounds

Universiteit Antwerpen
2022
Alain
Clement
Vluchtige organische stoffen zijn secundaire metabolieten die geproduceerd worden door planten, dieren en microben. Hun uitstoot is goed onderzocht in bovengrondse ecosystemen, maar niet in de bodem. In dit onderzoek werd er geprobeerd een methode te vinden om deze stoffen te meten.
Meer lezen

COMPARISON OF DIFFERENT STATIONARY PHASES IN SUPERCRITICAL FLUID CHROMATOGRAPHY TO PREDICT THE SKIN PERMEABILITY OF PHARMACEUTICAL COMPOUNDS

Vrije Universiteit Brussel
2021
Rosemarie
Verellen
De vergelijking van meerdere stationaire fasen in superkritische vloeistofchromatografie om de huidpermeabiliteit te voorspellen.
Meer lezen

Modificaties van polyacrylaatverdikker voor gebruik in textielcompounds

KU Leuven
2017
Lien
Ceulebroeck
In dit project lag de focus op de optimalisatie van de werking van een verdikker (hydrophobically-modified alkali-swellable emulsion, HASE). Hiervoor werd ingespeeld op drie factoren: de monomeren, de surfactants en de molaire massa. De verdikker was bedoeld voor een compound voor gebruik in de textielindustrie (tapijt).
Meer lezen

Studie naar de toepasbaarheid van herstelmortels en scheurinjectiesystemen in de wegenbouw

KU Leuven
2015
Jens
Breynaert
  • Michaël
    Godaert
Samenvatting masterproef “Studie naar de toepasbaarheid van herstelmortels en scheurinjectiesystemen in de wegenbouw”Om een herstelling duurzaam te kunnen uitvoeren, is een goede materiaalkeuze cruciaal. Een voorstudie die de schadeoorzaak aan het licht brengt dient uitgevoerd te worden. Een duurzame herstelling is het resultaat van een grondige analyse van de schade, de keuze van het juiste product, aangepast aan de situatie en een goede uitvoering.De masterproef gaat in op de verschillende schadegevallen die kunnen optreden bij platenbeton.
Meer lezen

Synthesis of glycerol carbonate from glycerol and urea using gold-supported catalysts

Universiteit Gent
2015
Marilien
Van Oudenhove
Au/MgO-type catalysts for the carbonylation of glycerol with urea. Effect of the morphology and macro/meso-porous structure of the supportM. Van Oudenhove1, W.Y. Hernández2*, A. Verberckmoes1 and P.
Meer lezen

Compound culture revisited

KU Leuven
2014
Anke
Vandenbempt
  • Stef
    Turelinckx
  • Eva
    Van Puyvelde
Compound-wooncultuur in Tema, Ghana: verleden of toekomst?De westerse wooncultuur heeft een onmiskenbare invloed op de traditionele compoundcultuur in Tema, een industriële havenstad in Ghana. Is er nog toekomst voor de traditionele manier van wonen of nemen binnen enkele jaren villa’s en hoogbouw het straatbeeld over? Kortom kunnen nieuw aangebrachte standaarden en comfort worden verenigd met traditie en zo ja, op welke manier?Voor- en nadelen van compoundwoningen afgewogenNiet enkel de Ghanese woningbouw maar ook de cultuur en levenswijze in het algemeen zijn sterk beïnvloed door compounds.
Meer lezen

Optimalisatie van een industriële case study in vlasvezelversterkte compound via numerieke simulaties.

KU Leuven
2014
Yannick
Van Haver
Hernieuwbare materialen voor een duurzame toekomst“Nieuwe toekomst voor Vlaams vlas als composietmateriaal”, zo klonk de inleiding van een boeiend nieuwsitem op het televisiejournaal van 17 september 2013. Men kan zich terecht de vraag stellen wat hiervan nu de meerwaarde is in ons leven. Het milieu en alles daarrond wordt meer en meer gelinkt aan de opwarming van de aarde. Het gevolg hiervan is een dagdagelijks gespreksonderwerp terwijl er nochtans bitter weinig concrete initiatieven worden ondernomen om hieraan iets te doen. Daarnaast is jobcreatie een andere topprioriteit.
Meer lezen

De octrooiering van pharmaceutische producten

Universiteit Antwerpen
2009
Lindsey
Clare
                                                                                                                                                                            Lindsey CLARE
Aspirine: ook nog een andere werking? Hoe intellectueelrechtelijk beschermen?
Het gebeurt wel vaker dat men een farmacologische werking van een chemische stof uitvindt, die men eerder nog niet kende. Of nog, dat men merkt dat een geneesmiddel ook nog voor andere aandoeningen, dan deze waarvoor het bedoeld is, gebruikt kan worden. Maar hoe bescherm je dat als uitvinder?
Meer lezen