Scriptiebank overzicht

In mijn scriptie heb ik de compositie van het darmmicrobioom van beide captieve en wilde (gestrande) orca's geanalyseerd met behulp van verscheidene DNA sequencing technieken. Aan de hand van bio-informatica heb ik achterhaald welke genen aanwezig zijn die bijdragen tot de afbraak van door de mens geproduceerde organische polluenten.

Deze thesis vergelijkt de milieu-impact van drie alternatieve systemen die de dienst van geneesmiddelentoediening met een niet-kritisch medisch hulpmiddel leveren, met name een plastic geneesmiddelentoedieningsbekertje. Het doel is om de hypothese te toetsen of het vervangen van het huidige wegwerpsysteem in het Universitair Ziekenhuis Gent door een hergebruikssysteem via desinfectie van het bekertje leidt tot een lagere milieu-impact. Voor het herbruikbare systeem worden twee types desinfectie geëvalueerd en vergeleken met het wegwerpsysteem aan de hand van een attributionele milieugerichte Levenscyclusanalyse (LCA). De eerste vorm van desinfectie gebeurt met een gebruiksklare desinfecterende polyesterdoek van Clinell®. De tweede methode betreft geautomatiseerd wassen en desinfecteren in een thermodesinfector van Miele®. Primaire data zijn verzameld in nauwe samenwerking met het Universitair Ziekenhuis Gent en aangevuld met secundaire data, zoals uit de ecoinvent-database. De impacten zijn beoordeeld met behulp van de software SimaPro 9.5.0.1 en de ReCiPe2016 v1.07-methode. In het basisscenario (gemiddeld 270 keer hergebruikt) vertoont het systeem met het herbruikbare bekertje dat wordt gedesinfecteerd in de thermodesinfector de laagste netto-impact op vier van de zeven hotspot-middenindicatoren en op alle drie de eindpuntindicatoren. Daarentegen blijkt het herbruikbare systeem met natte doekjes minder gunstig, voornamelijk omdat het gebruik van wegwerpdoekjes voor herbruikbare bekertjes de milieulast verschuift van het ene product naar het andere. Bovendien worden de doekjes geproduceerd in China, wat extra impact veroorzaakt door transport. Wel kunnen gewijzigde aannames over de productie en de afvalverwerking van de thermodesinfector, evenals het aantal keren hergebruik de voorkeur voor dit systeem verminderen.

Biotische factoren, zoals landbouwplagen, dragen wereldwijd aanzienlijk bij aan oogst- en voedselverliezen. Momenteel worden synthetische pesticiden nog vaak ingezet om deze organismen te bestrijden. Vanwege problemen met persistente residuvorming, risico’s voor de volksgezondheid en het ontstaan van resistentie, gecombineerd met een toenemende stimulans voor geïntegreerde plaagbeheersing, is een geleidelijke vervanging door nieuwe, veilige bestrijdingsstrategieën, zoals RNAi, noodzakelijk. Om complicaties met genetische modificatie te vermijden, kan een sproei-gebaseerde aanpak worden toegepast. Echter, hierbij blijft er onwetendheid bestaan. Deze scriptie onderzocht de potentie van de polymeren PAEMA en PGUMA, in verschillende configuraties, om deze uitdagingen te helpen overwinnen aan de hand van vier functionele parameters: de stabiliteit van dsRNA in larvale darmextracten via ex vivo degradatie-assays, niet-doelwit toxiciteit via in vitro assays, en cellulaire opname alsook polyplexvrijgave middels confocale microscopie.

Vloeibaar water van hoge kwaliteit is een van de belangrijkste zaken op aarde. Deze moet koste wat het kost behouden blijven. Bedrijven en gemeenschappen dragen hieraan toe door hun afvalwater te zuiveren, alvorens het in de natuur te lozen. Hoewel dit proces zorgt voor natuurlijke wateren van hogere kwaliteit, heeft dit proces ook zijn keerzijde, namelijk de productie van enorme hoeveelheden afvalslib. Tot hiertoe is nog geen grootschalige toepassing gevonden voor het recycleren van deze afvalstroom. Met dit werk, wil ik graag kijken naar een mogelijke toepassing van het afvalslib, meer bepaald het gebruik van EPS als hydrogel. Hierbij wordt gekeken naar de verschillende stappen van dit proces.

In een eerste stap wordt gekeken welke componenten het meeste potentieel tonen om gebruikt te worden. in een bepaalde toepassing. Na een literatuurstudie blijkt dat de extracellulaire polymere substanties of EPS het meeste potentieel tonen. Het proces gaande van afvalslib naar toepassing van EPS bestaat echter uit heel wat verschillende stappen. Deze thesis focust op deze verschillende stappen, vertrekkend bij de extractie van EPS uit het afvalslib. In dit werk worden vier extractieprotocols met elkaar vergeleken, aan de hand van kwalitatieve en kwantitatieve criteria. Op basis hiervan is het meest optimale extractieprotocol geselecteerd.

In een volgende stap zijn dan EPS'en van verschillende bronnen chemisch gekarakteriseerd, om na te gaan of EPS van verschillende bronnen ook verschillende samenstellingen hebben. Met behulp van verschillende technieken blijkt dat de samenstelling van EPS soortafhankelijk is. Elke bron van EPS resulteert dus in materiaal met een unieke compositie.

Om vervolgens na te gaan wat voor effecten dit heeft op de toepassingen van EPS, zijn EPS van vier verschillende industriële slibben gebruikt om hydrogels te maken, aan de hand van een 3D-geprinte mal. Met behulp van reologie zijn dan de mechanische eigenschappen van deze hydrogels getest. Deze resultaten zijn vervolgens gebruikt om het mechanisch gedrag van de EPS te linken aan hunchemische samenstelling. Door de complexe compositie van de EPS was het vinden van zo'n relatie echter niet mogelijk.

Het stedelijk hitte-eiland en thermisch ongemak vormen steeds grotere uitdagingen in Europese steden naarmate de klimaatverandering en verstedelijking toenemen. Deze thesis onderzoekt de microklimatologische en thermische comfort effecten van de omvorming van een verharde parkeerplaats tot een begroeid stadspark (Zuidpark, Antwerpen). Aan de hand van een combinatie van veldmetingen en ENVI-met-modellering werden drie scenario's vergeleken: een volledig verharde parkeerplaats (vroeger), de huidige situatie met jonge begroeiing (nu) en een toekomstscenario
met volledig ontwikkelde boomkruinen.

De resultaten tonen meetbare verkoelende effecten aan, met een gemiddelde daling van de luchttemperatuur overdag van 0,6 °C in het huidig scenario en 1,1 °C in het toekomstscenario. De gemiddelde daling tijdens piekuren gaat tot 1,2 °C. De fysiologische equivalente temperatuur (PET) daalde met gemiddeld 1,2 °C in het huidige scenario en gemiddeld 4,6 °C in het toekomstscenario, waardoor periodes van extreme hittestress werden uitgesteld en verkort.

Deze analyse benadrukt het belang van volgroeide boomkruinen en ventilatiecorridors voor het maximaliseren van de afkoeling, maar toont ook de beperkingen van het model
aan wat betreft de nauwkeurigheid van de luchttemperatuur in vergelijking met de stralingstemperatuur. Deze bevindingen bevestigen de waarde van stedelijke vergroening als een op de natuur gebaseerde oplossing voor het verminderen van het stedelijke
hitte-eilandeffect en het verbeteren van het thermisch comfort. De studie biedt inzichten voor stedenbouwkundigen, beleidsmakers en volksgezondheidsinstanties bij het ontwerpen van klimaatbestendige steden.

While the extraction of metals is essential for sustainable energy technologies, they pose environmental challenges due to the toxic materials used in their production and the hazardous waste they generate. The presence of waste containing metals and organic compounds on Earth is increasing, and Europe holds large amounts of metals locked up in industrial process residues, such as tailings, metallurgical sludges, slags, dust, and ashes. The waste or secondary material may contain critical raw materials and base metals with application in the energetic transition. These factors highlight the urgent need for effective recycling practices to manage mine waste and recover valuable secondary raw materials, addressing both environmental and economic challenges.

This thesis investigates the optimal conditions for effective bioleaching of pyrite mine wastes and modern slags from the Achada do Gamo Sulfur factory in the São Domingos Mine area, focusing particularly on Manganese and Zinc recovery to address sustainability concerns. Using Response Surface Methodology (RSM), the study evaluates the impact and relationship between pulp density, initial pH, and initial ferrous iron concentration evaluated through a Box-Behnken design (BBD). Direct bioleaching experiments were conducted on altered and crushed pyrite, pyrite ashes, and modern slags using a thermophilic microbial culture consisting of Sb. thermosulfidooxidans, L. ferriphillum, and At. caldus (SLA), which utilized elemental sulfur and ferrous iron as energy sources, driving the oxidation of ferrous to ferric iron and the conversion of sulfur to sulfuric acid in the leaching medium.

Results showed that SLA culture is less effective bioleaching in pyrite wastes than slag, although ORP measurements indicated microbial iron oxidation for all materials. This study successfully optimized the recovery of metals from slag samples, indicating a maximum efficiency of metal solubilization under the conditions of 2.32% (w/v) solid load, pH 1.90, and ferrous iron supplementation of 60 mM. The maximum metal recovery achieved was 86.9% Zn, 81.4% Mn, 65% Cu, and 66.4% Co.

For crushed pyrite, under the conditions of pH 1.66, 54 mM supplementation of iron and 2% (w/v) pulp density was estimated to achieve moderate to high recovery of Mn (>53.8%) and Zn (>8.0%). However, the values obtained were not within the 95% confidence interval and the null hypothesis could not be rejected, indicating the proposed model does not apply to the practical application; consequently, an optimized condition was not defined. The application of the same conditions obtained in the model for crushed pyrite was applied to pyrite ash material, which did not result in satisfactory results. Hence, to better recover metals from pyrite ashes and crushed pyrite, further optimization is needed.

Deze thesis onderzoekt de allelopathische effecten van drie roodwieren—Acrochaetium
secundatum, Gracilaria gracilis en Palmaria palmata—op de groei van twee microalgen: Tisochrysis lutea (Haptophyta) en Phaeodactylum tricornutum (Bacillariophyta). Van elk wier werden drie types extracten bereid: een polair extract, een apolair extract van het zeewieroppervlak, en een apolair extract van het gehele wier. De extracten werden getest in concentratiereeksen om hun effect op microalgengroei te evalueren.
Naast groeiremming werd ook de chemische samenstelling van de extracten geanalyseerd om potentiële allelochemicaliën te karakteriseren. Er werd een volledig spectrofotometrisch profiel genomen van het polaire extract, waarbij fycoërythrine en fycocyanine werden gekwantificeerd. Verder werd de vetzuursamenstelling in de apolaire extracten bepaald met GC-MS. Het meest dominante vetzuur in de extracten, eicosapentaeenzuur (EPA), werd afzonderlijk getest op de microalgen om het specifieke effect ervan te evalueren. Tot slot werd ook de mogelijke rol van oxidatieve stress onderzocht via een DPPH-radicaalassay.
De resultaten tonen dat de roodwierextracten soort- en extract-specifieke groeiremming veroorzaken. T. lutea bleek over het algemeen gevoeliger dan P. tricornutum. De sterkste inhibitie werd waargenomen bij het apolaire totaalextract van P. palmata. Uit de extra test met EPA, bleek EPA op zich de remming niet volledig te verklaren. Polaire extracten, vooral van A. secundatum, vertoonden ook duidelijke remming, vermoedelijk door fycobiliproteïnen zoals fycoërythrine en fycocyanine. Deze pigmenten kunnen echter ook indirecte effecten veroorzaken via lichtabsorptie.
Deze studie benadrukt het belang van gecombineerde chemische en biologische analyses om actieve componenten en hun werking te identificeren, met oog op zowel ecologische als biotechnologische toepassingen.

Introductie:
Deze bachelorproef richt zich op vijf veelvoorkomende aandoeningen: hypothyroïdie, hyperthyroïdie, hepatitis B, ijzergebreksanemie en chronische lymfatische leukemie (CLL). De pathofysiologie en diagnostiek van elke aandoening is verschillend. De medische laboratoriumdiagnostiek is essentieel om een diagnose vast te stellen, een behandeling op te starten of aan te passen en om het verloop van de ziekte op te volgen.
Doel:
Deze casusbespreking heeft als doel om beter te begrijpen hoe diverse laboratoriumdiagnostiek bijdraagt aan het stellen van diagnoses en het opvolgen van behandelingen. Door casussen te onderzoeken, wordt vastgesteld welke laboratoriumparameters afwijkend zijn, op welke manier ze verschillen per aandoening en wat hun klinische betekenis is.
Materiaal & methoden:
De laboratoriumtesten werden uitgevoerd op geavanceerde toestellen. De Cobas e801 (Roche) bepaalde laboratoriumparameters aan de hand van elektrochemiluminescente-immunoassays. Sommige parameters werden volgens het sandwich principe bepaald, terwijl andere parameters volgens het competitief principe werden bepaald. Daarnaast is er de Cobas c702 (Roche) die biologische parameters heeft gemeten aan de hand van fotometrie op twee manieren: turbidimetrisch of colorimetrisch enzymatisch. De hematologische aandoeningen werden voornamelijk bepaald door de Sysmex-XN. Deze automatische celteller heeft zowel erytrocytaire, trombocytaire als leukocytaire parameters gemeten. Bovendien maakte de Sysmex-SP bij een afwijkend resultaat steeds een bloeduitsrijkje. Deze bloeduitsrijkjes werden steeds geanalyseerd met de Cellavision DM.
Resultaten:
De resultaten van de casussen bevestigen de typische laboratoriumafwijkingen voor elke aandoening. Hypothyroïdie wordt gekenmerkt door een afname van FT4 en een toename van TSH, terwijl hyperthyroïdie wordt gekenmerkt door een verlaagde TSH en een toename van FT3 en FT4. De positieve uitslag voor HBsAg, anti-HBc en een verhoogd leverenzym ALT bevestigen de aanwezigheid van een hepatitis B infectie. CLL wordt gekarakteriseerd door een hoger aantal lymfocyten, abnormale morfologie en afwijkende scattergram. De lage waarden voor Hb, MCV, ferritine, ijzer en ijzersaturatie tonen aan dat het wel degelijk gaat om de aandoening ijzergebreksanemie.
Conclusie:
Deze bachelorproef laat zien dat laboratoriumdiagnostiek cruciaal is om diagnoses te stellen en om de voortgang van de bestudeerde aandoeningen op te volgen. Het toepassen van technologieën zoals de Cobas- en Sysmex- toestellen levert betrouwbare uitkomsten die essentieel zijn voor een nauwkeurige klinische beslissing. Het juist interpreteren van laboratoriumresultaten is cruciaal voor een doeltreffende behandeling van de patiënt.

In dit werk wordt het zuurgevoelige gedrag van zeolitic imidazolate framework‑8 (ZIF‑8) onderzocht en benut voor de ontwikkeling van een nieuwe aanpak voor de zuivering, hantering en dosering van goudnanodeeltjes (AuNPs). Daartoe worden AuNPs ingekapseld in ZIF‑8, waardoor hybride AuNP@ZIF‑8‑poeders ontstaan. Deze poeders vergemakkelijken het werken met AuNPs, maken efficiënte zuivering mogelijk via centrifugatie bij lage g‑krachten, en vertonen uitstekende resuspensie na zuur‑geïnduceerde afbraak van ZIF‑8. De inkapselingsstrategie bleek zeer effectief: na drie zuiveringscycli werd meer dan 80 % van het goud behouden, terwijl dit voor niet‑ingekapselde AuNPs slechts 25 % was. Bovendien maakt de inkapseling het mogelijk om ongezuiverde colloïdale AuNP‑systemen om te zetten in robuuste, resuspendeerbare poeders die geschikt zijn voor transport en langdurige opslag.

De masterthesis, getiteld "Ecosysteemdiensten van biodivers beheerde gras/bloemenstroken", richt zich op hoe het maaibeheer van bloemenstroken in landbouwgebieden kunnen bijdragen aan het herstel van biodiversiteit en de bevordering van nuttige insecten zoals bestuivers en natuurlijke vijanden van plagen. In het onderzoek worden twee soorten maaibeheersystemen vergeleken: het gefaseerde reguliere beheer en het vernieuwende driebandbeheer. Het doel was om te bepalen welk maaibeheer het beste de biodiversiteit ondersteunt.

Door middel van veldonderzoek, waaronder transect walks en kleefvallen, werd de impact van deze beheersystemen gemeten. De resultaten toonden aan dat het driebandbeheer effectiever was in het aantrekken van bestuivers zoals bijen en zweefvliegen, evenals nuttige insecten voor plaagbestrijding. Bovendien werd vastgesteld dat het gebruik van kunstmatige intelligentie (AI) bij kleefvallen een efficiënte manier biedt om insecten te identificeren.

De conclusie van de thesis is dat het driebandbeheer, door variabele maailijnen en bloei, een veelbelovende aanpak is om de biodiversiteit op landbouwpercelen te verbeteren, wat op zijn beurt bijdraagt aan een duurzamer landbouwsysteem.

Metacognition, the ability to think about one's thinking processes, is vital for
professional performance, academic achievement, and mental health. However, its
ambiguous nature and subjective measurement techniques across various fields have
posed significant challenges to research. Cognitive neuroscience offers a unique
solution by providing objective measurements that link metacognition to brain activity,
thereby establishing a ground truth. Recently, the convergence of explainable artificial
intelligence (XAI) and perceptual decision-making, a subsection of metacognition
within cognitive neuroscience, has led to the development of the WaveFusion
framework. This innovative framework holds the potential to contribute to the
unification of the fragmented metacognition research fields.
The aim of this thesis was to enhance the WaveFusion framework, an explainable
deep learning model, to classify metacognitive sensitivity and confidence using EEG
data. The objectives were (1) to achieve a classification accuracy of 95% for
metacognitive sensitivity, (2) to improve the accuracy for metacognitive confidence to
97.5%, and (3) to identify key ambiguities and limitations in metacognition research.
This study utilized an EEG dataset with event-related potentials (ERP) responselocked for type 1 decisions. Data preprocessing addressed dataset imbalances
through augmentation and balanced batch sampling. EEG samples were transformed
into spectrograms and processed using the deep learning architecture comprising a
Lightweight Convolutional Neural Network (LWCNN), a Squeeze and Excitation
Network (SEN), and a classification network. The model was pre-trained using Subject
Aware Contrastive loss (SAC) and trained with binary cross-entropy loss. SEN
facilitated the models explainability by visualizing the created attention weights
through topoplots, providing insights into brain areas used for classification.
The WaveFusion model achieved high classification accuracy, reaching 99.7% for
metacognitive confidence and 99.1% for metacognitive sensitivity. These
improvements were due to a larger selection of electrodes, response-locked ERP
data, and increased dataset size. The WaveFusion model not only demonstrates high
classification accuracy but also offers enhanced explainability. This allows the
framework to contribute to three major ambiguities: (1) the relationship between
metacognition and executive functions, (2) its connection to consciousness, and (3)
the domain generality of metacognition. By leveraging the WaveFusion framework, we
can overcome limitations in cognitive neuroscience research through (1) utilizing
transfer learning to compare relationships, (2) employing automatic classification to
investigate ecological validity, and (3) expanding the framework for multimodality to
integrate insights across various fields.
Future research should focus on increasing data variability, addressing outlier
performances, and improving interpretability through advanced visualization
techniques to enhance the WaveFusion model’s robustness and applicability across
cognitive neuroscience domains.

De fotosynthetische capaciteit van verschillende boomsoorten en lianen werd voor de allereerste keer vergeleken tussen twee sites in het Amazonewoud enerzijds en één site in het Centraal-Afrikaanse regenwoud anderzijds. De fotosynthese was opvallend hoger in het Afrikaanse bos. We zouden dus best verschillende parameters gebruiken voor beide regenwouden in vegetatiemodellen. Zo kunnen we klimaatverandering en de impact ervan beter voorspellen. Dit onderzoek kan helpen om meer aandacht te vestigen op het vaak vergeten Afrikaanse regenwoud.

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Climate change has a significant impact on agricultural production because of its reliance on
environmental factors. Like in most parts of the world, the climate in Belgium is changing with
projections of increase in winter precipitation and decrease in summer precipitation. With
accompanying higher temperatures, evaporation will increase, and water availability will decrease,
especially in summer. It then becomes necessary to efficiently manage soil water for sustainable
crop production. While conservation agriculture is a promising climate smart agricultural
technology, it is often considered with less focus on mulching, one of the pillars of CA. In cases
where mulching has been studied, it was mostly under conventional tillage system, and about yield
and greenhouse gases emission. Since there is no one-size-fits all on soil water management. It is
imperative to conduct strategies suitable to local conditions. Potato is a staple crop in Belgium,
and it is drought sensitive. This makes it susceptible to effects of climate change. Therefore, this
research studied the impacts of mulching, under reduced tillage, on soil water balance and potato
growth as an adaptation strategy to climate change in the Flemish agricultural context.
A field experiment was conducted on a bio-parcel of the Flanders research institute for agriculture,
fisheries and food in Melle, East Flanders, Blegium. This study evaluated the effects of two
different mulch thickness (6 cm and 12 cm) against bare soil (no mulch) on evapotranspiration
(ET), potato growth, yield and water use efficiency (WUE). An adapted soil water balance
equation was used to determine ET; plant height and leaf area index (LAI) were used as parameter
of crop growth; and WUE was determined as a quotient of yield and ET. Data collected were
subjected to analysis of variance and significantly different means were separated using Tukey’s
Honestly Significant Difference (HSD) at 5% level of significance.
This study revealed that soil structural quality and soil water content improved under mulch; 12
cm mulch performed best in preventing drought stress during low rainfall; ET increased with
increasing mulch thickness though not significantly; 12 cm mulch significantly increased LAI
compared to other treatments; and yield and WUE were not significantly different among the
treatments though 6 cm and 12 cm mulch increased yield by 7.4% and 10.9% respectively.

Lianen zijn structurele parasieten die bomen beklimmen om toegang te krijgen tot de bovenste bladerdaklaag. Hun abundantie en biomassa nemen toe in de Neotropen, wat waarschijnlijk de werking van deze tropische gebieden beïnvloedt. Lianen hebben minder structureel weefsel en beperken de groei van bomen, waar door de aangetaste bossen minder koolstof vastleggen. Hun bladreflectie is gemiddeld hoger dan die van bomen, wat de spectrale signatuur van de tropische bossen verandert.
Deze studie onderzoekt de structurele en biochemische bladkenmerken van lianen en bomen in een secundair tropisch regenwoud in Panama. De onderzochte kenmerken omvatten bladdikte, equivalente waterdikte (C), bladmassadichtheid (LMA) en koolstof- en stikstofgehalte, evenals hun stabiele isotopen δ13C en δ15N. Daarnaast wordt de bladreflectie tussen 350 en 2500 nm onderzocht, met de focus op verschillen tussen de twee groeivormen en hoe deze kenmerken variëren met seizoensveranderingen. Door een combinatie van bladkenmerkmetingen en hyperspectrale reflectiegegevens, werden statistische testen en lineaire gemengde effectenmodellen gebruikt om de gegevens te analyseren.
De resultaten onthullen significant lagere LMA, C en δ13C-gehalte voor lianen dan voor bomen. Seizoensgebondenheid heeft geen significant effect op de bladkenmerken. De reflectie van lianenbladeren is significant hoger dan die van bomen in twee van de vier waterbanden in het kortgolvig infraroodgebied en het groene gebied. Daarnaast beïnvloeden seizoensvariaties de reflectie-eigenschappen van bomen. Ze blijken significant verschillende reflecties te hebben tussen seizoenen in de twee overgebleven waterbanden en het nabij-infraroodgebied. Lianen daarentegen worden niet significant beïnvloed door seizoensgebondenheid in de vooraf bepaalde banden. De Kullback-Leiber divergentie van de reflectiespectra tussen seizoenen is meer dan 4 keer groter voor bomen dan voor lianen. Deze bevindingen suggereren dat onderzoek naar de reflectie van boombladeren seizoensgebondenheid in aanmerking moet nemen. Voor lianen daarentegen lijkt de reflectie weinig beïnvloed door seizoensgebondenheid. Zowel de bladkenmerken als de reflectie van lianen lijken stabiel te zijn gedurende het natte en droge seizoen.
Onze bevindingen suggereren dat de onderscheidende structurele en biochemische kenmerken van lianen en bomen een cruciale rol spelen in hun ecologische strategieën en interacties binnen het bosecosysteem. Verder benadrukt de studie het potentieel van hyperspectrale reflectie als een proxy voor het monitoren van blad v kenmerken. Deze inzichten dragen bij aan een beter begrip van de ecologische rollen van lianen en bomen en hun reacties op milieuveranderingen, wat essentieel is voor het voorspellen van de gevolgen van klimaatverandering voor tropische bosecosystemen

Kanker is nog steeds de belangrijkste doodsoorzaak wereldwijd. Lectinen, één van de belangrijkste groepen van suiker-bindende eiwitten, zijn veelbelovend als kankertherapie. Voortbouwend op dit potentieel werden tijdens deze thesis de effecten van het mannose-specifieke Dioclea megacarpa lectine (DmegA) en het galactose-specifieke Vatairea lundellii lectine (VLL) op verschillende kankercellen onderzocht. Vijf menselijke cellijnen werden geëxamineerd, namelijk de HeLa-, (baarmoederhalskanker), HT-1080- (fibrosarcoma), PANC-1- (pancreaskanker), MCF-7- (borstkanker) en NHDF-cellijnen (fibroblasten). Op basis van levensvatbaarheid, motiliteit en maatschappelijk belang, werden volgende cellijn-lectine combinaties gekozen: DmegA toegediend
aan PANC-1-cellen en VLL toegediend aan HT-1080-cellen.

De lectinen worden geïnternaliseerd in beide cellijnen. Deze observatie in combinatie met een verhoging in ROS-productie, caspase-9 activiteit en PUMA-expressie wijst op de activatie van de intrinsieke apoptose route. Bovendien onthulde de qPCR-analyse een verhoogde expressie van EDEM, een gen van belang in ER-stress. De cellulaire locatie van DmegA in PANC-1-cellen stemt hiermee overeen. Verder duidt het binden van de lectinen aan het celoppervlak, in combinatie met een verhoogde caspase-8 activiteit op de simultane activatie van de extrinsieke apoptose route.
Morfologische veranderingen van de cellen, namelijk vesikels aan het celoppervlak van HT-1080-cellen, en afbraak van de kern en afname van het celvolume van PANC-1-cellen, stroken verder met de activatie van deze routes. De qPCR-analyse impliceert ook de activatie van pyroptose in beide cellijnen, en mitofagie in de HT-1080-cellijn. DmegA en VLL zijn dus lectinen die apoptose en ERstress kunnen induceren in fibrosarcoma- en pancreaskankercellen.

Bij het simultaan inzetten van meerdere biologische bestrijders in teelten, treden er interacties op tussen de bestrijders. Deze
interacties kunnen worden ingedeeld als zijnde synergetisch, neutraal of antagonistisch. In deze masterproef werd het
mechanisme van de interactie tussen de mier Crematogaster scutellaris (Olivier) en de roofmijt Amblyseius swirskii (Athias
Henriot) bij predatie op de trips Frankliniella occidentalis (Pergande) onderzocht. Het onderzoek werd in een labo- en
serreomgeving uitgevoerd. Enerzijds, werd nagegaan of beide predatoren jagen op verschillende levensstadia van F. occidentalis.
Anderzijds, werd het effect van een schuilplaats voor tripsen op de predatie-efficiëntie van beide predatoren en hun combinatie
onderzocht. Een eerste laboproef toonde aan dat C. scutellaris jaagde op poppen en adulten van F. occidentalis, terwijl A. swirskii
eerder predeerde op poppen en nimfen. Een tweede laboproef illustreerde dat C. scutellaris tijdens het jagen op F. occidentalis
werd gehinderd door de aanwezigheid van een schuilplaats voor deze tripsen. Het combineren van C. scutellaris en A. swirskii bood
hiervoor een oplossing. Roofmijten kunnen namelijk wel foerageren in deze kleine schuilplaatsen. Ook bleek uit de spreiding van
de bladschade dat de aanwezigheid van mieren ervoor zorgde dat tripsen zich gaan verschuilen. De efficiëntie van C. scutellaris
gecombineerd met A. swirskii werd verder getest in een serreproef. Er kon geen uitsluitsel worden bekomen of de combinatie van
de predatoren al dan niet voor een synergetisch effect zorgt in meer praktijkgerichte omstandigheden. Er kon wel worden
bevestigd dat voornamelijk roofmijten van belang zijn bij predatie op tripsnimfen.

Porcine congenital splay leg syndrome (PCS), ook wel bekend als ‘zwemmers’, is de
nummer één oorzaak van kreupelheid in pasgeboren biggen. Getroffen dieren kunnen zich amper voortbewegen en sterven vaak op een tragische manier. Ondanks de aanzienlijke impact van deze aandoening op de varkenshouderij, blijven de precieze oorzaken nog grotendeels onbekend. Maar er is hoop! Door middel van genome-wide association studies (GWAS) kon een veelbelovend gen worden geïdentificeerd dat mogelijks de sleutel kan zijn tot het begrijpen van zwemmers. Deze kennis biedt mogelijkheden voor genetische selectie en kan op jaarlijkse basis het welzijn van tienduizenden varkens verbeteren!

Anthropogenic activities across various land uses (e.g. roadsides, industrial areas,
agricultural zones) have introduced xenobiotics, substances not natural to the
ecosystem, in the environment, affecting soil physiochemical characteristics and soil
bacterial communities. To adapt to this changing environment, bacteria have evolved
to withstand these harsh conditions. Insertion sequences (IS) can form composite
transposons that recruit and carry along passenger genes, including those involved in
the degradation of organic pollutants. However, studies examining IS elements
abundance and its cargo in bacterial communities within their natural context is limited.
The purpose of this thesis is to improve our knowledge of the role of the IS element
IS6100 in genetic adaptation within soil bacterial communities. This research focused
on two parts, the first part on Pakistani soil samples that determined how bacterial
community structure and abundance of IS6100 associates with land uses, spatial, and
environmental factors. Land use and location exerted significant influence on alpha
and beta diversity in soil ecosystems, notably with agricultural soil demonstrating
higher diversity due to increased disturbance. While environmental factors such as Cu,
total nitrogen, As, Cd, and total carbon contribute to soil bacterial community variability,
their impact is relatively small compared to land use in shaping soil bacterial
composition. Nevertheless, 86% unexplained variability suggests the presence of
additional important factors that were not measured in our study. IS6100 is
widespread, with no differences in abundance across various geographic Pakistani
samples with differing land use. While effects of environmental factors including
community diversity was low, some toxic contaminants like DiPCB and TriPCB
exhibited a negative correlation with IS6100 abundance. The second part examined
contaminated soils in Belgium, assessing IS6100 abundance by qPCR. Moreover, a
new long-range PCR (LR-PCR) method was applied to amplify the cargo of IS6100
associated CTs for functional analysis by nanopore sequencing. IS6100 was present
across all samples, with significant variations in relative abundance between soils.
Particularly, soil samples continuously exposed to pesticides exhibited elevated
IS6100 abundances compared to those with less clear contaminants. Regarding cargo
genes identification, clear bands in the AGE for every sample suggested that the LR
PCR IS6100 cargo genes were successfully and reproducibly amplified. The amplicons
were successfully sequenced by nanopore sequencing for future functional analysis.

Volatolomics-onderzoek naar semiochemicaliën die de terugkeer van overwinterende vliegen naar bepaalde Vlaamse gebouwen verklaren