Scriptiebank overzicht

Deze thesis integreert biofysische modellen van het werkgeheugen in taalkundige theorieën binnen het Minimalisme, met de focus op de Select-functie – het ophalen van Lexicale Elementen vanuit het langetermijngeheugen naar het kortetermijngeheugen. Ik vertaal eerst het traditionele feature- systeem naar een vectoren-gebaseerd mechanisme, waar de (on)interpreteerbaarheid als een vectoronderdeel gemodelleerd wordt. Deze verschuiving van een symbolisch naar een vector-systeem vangt niet alleen kenmerken van de Transfer-operatie, maar brengt het model ook in rooilijn met neurale populatiecodes. Daarna stel ik een hippocampus-gebasseerd biophysisch model van Lexicale Ophaling voor, waar neurodynamische principes statische features activeren en hun ophalen bepalen. Binnen dit framework vormt interpreteerbaarheid een neveneffect van het model en kan het [iF]-[uX]-mechanisme van Deal (2015) op natuurlijke wijze afgeleid worden as een vorm van sterk symmetrische paarophaling.

Obesitas is een wereldwijd toenemend gezondheidsprobleem dat nauw samenhangt met metabole verstoringen en vruchtbaarheidsproblemen. Incretine-gebaseerde geneesmiddelen winnen snel aan belang als een veelbelovende behandelingsstrategie in de strijd tegen deze obesitaspandemie, dankzij hun klinisch bewezen effectiviteit in gewichtsverlies en het verbeteren van systemische metabole parameters. In het bijzonder duale incretine-receptoragonisten, zoals Tirzepatide, hebben klinisch superieure resultaten aangetoond. Deze metabole voordelen maken Tirzepatide interessant in de context van preconception care interventions (PCCi). Obesitas wordt namelijk in verband gebracht met verminderde fertiliteit, voornamelijk als gevolg van een verminderde eicelkwaliteit en mitochondriale disfunctie in de eicel. Gezien Tirzepatide’s gunstige effecten op de metabole gezondheid, zou het mogelijk ook een positieve invloed hebben op eicelkwaliteit, aangezien de maternale metabole status de eicelkwaliteit beïnvloedt. Bovendien suggereren studies dat Tirzepatide de mitochondriale functies in somatische cellen beïnvloedt. Hoewel bestaande PCCi-strategieën, voornamelijk gefocust op gewichtsverlies en dieet normalisatie, enige verbetering in eicelkwaliteit tonen, blijkt uit studies dat de eicel en de mitochondriale functie niet volledig wordt hersteld. Dit benadrukt de noodzaak voor nieuwe PCCi-strategieën die zich specifiek richten op de ondersteuning van de eicel. Dit project onderzoekt daarom het potentieel van Tirzepatide als aanvullende therapie bij preconceptie dieetnormalisatie. Het richt zich op de vraag of Tirzepatide de eicel- en mitochondriale kwaliteit verder kan verbeteren dan bestaande dieetinterventies daar momenteel toe in staat zijn, en kan bijdragen aan het herstel van de mitochondriale functie in eicellen.

Deze masterproef ontwikkelt en onderzoekt een nieuw audioverwerkingsalgoritme voor cochleaire implantaten, met als doel de geluidswaarneming dichter bij het normaal gehoor te brengen. Hiervoor werd een gesloten-lusarchitectuur ontworpen waarin een model van een normaalhorend systeem wordt vergeleken met een slechthorend systeem met implantaat. Via deep learning wordt het verschil tussen beide systemen geminimaliseerd, zodat het implantaatmodel geoptimaliseerd kan worden.

Straling redt niet alleen kankerpatiënten, maar kan ook levensbedreigende hartritmestoornissen bestrijden. STAR, een nieuwe radiotherapietechniek, doet dit met één gerichte dosis volledig niet-invasief (zonder operatie!). Hoe STAR precies werkt, blijft een mysterie. Mijn onderzoek geeft voor het eerst inzicht in hoe het hart op deze radiotherapie reageert, en onthult een mogelijk werkingsmechanisme.

While chemotherapy is a key component of cancer treatment, it often damages healthy gastrointestinal cells, resulting in toxicity marked by symptoms such as diarrhea, pain, and impaired nutrient absorption. The damage disrupts the gut mucosal barrier integrity and epithelial function, compromising the patient well-being and treatment continuity. These side effects limit chemotherapy’s effectiveness and highlight the need for protective strategies targeting the gut. This study investigates the
potential protective effect of melatonin in mitigating chemotherapy-induced gastrointestinal toxicity.

Presumptieve testen zijn snelle, goedkope en eenvoudige indicatieve testen die op een plaats delict uitgevoerd worden. Hedendaags dienen deze testen allemaal afzonderlijk gehanteerd te worden, dit kan resulteren in een reeks van vele testen om een uiteindelijke indicatie te verkrijgen. Hierdoor is minder sample over voor eventuele nabewerking.
Deze studie richt zich tot de integratie van verschillende presumptieve testen tot één multiplex paper-based device. Hierbij wordt rekening gehouden met de individuele eigenschappen van de verschillende testen. Door de individuele optimalisatie van de verschillende protocollen, konden eigenschappen zoals gevoeligheid, bewaring en houdbaarheid onderling vergeleken worden alvorens de testen samengevoegd werden. Gebruik makend van positieve controles (10² verdund bloed, zwarte thee, speeksel en urine) en dH2O als negatieve controle werden de verschillende testen uitgevoerd. Het device werd aangemaakt door gebruik te maken van wax-printing om een hydrofobe barrière te creëren.
Verkregen resultaten tonen aan dat interpretatie na toevoeging van het sample onmiddellijk dient te gebeuren om vals positieve reacties te vermijden.
Het is bijgevolg mogelijk om diverse testen succesvol te combineren door rekening te houden met individuele beperkingen. Echter is verdere optimalisatie nodig om huidige gebreken en onvolledigheden te verhelpen en te focussen op veldtoepassingen.

In deze masterproef staat één vraag centraal: hoe kan complexe biomedische leerstof toegankelijker worden gemaakt voor studenten met dyslexie? Het Hepatitis D-virus (HDV), behandeld in het vak Microbiologie in de derde bachelor Biomedische Wetenschappen aan de UGent, werd gebruikt als inhoudelijk voorbeeld. Het doel was om de bestaande, sterk tekstgerichte cursus om te zetten in een educatief stripverhaal dat de leerstof begrijpelijker en toegankelijker maakt.

De keuze voor een stripvorm is gebaseerd op wetenschappelijke literatuur. Studies tonen aan dat studenten met dyslexie vaak beter leren via visueel en verhalend materiaal. Dit verlaagt de cognitieve belasting en maakt de kerninhoud duidelijker. Traditionele cursussen zijn daarentegen vaak compact en tekstueel zwaar, waardoor ze voor studenten met dyslexie een extra drempel vormen. Met dit project werd gezocht naar een alternatief dat de wetenschappelijke correctheid behoudt, maar tegelijk de toegang tot de leerstof vergroot.

Het ontwikkelproces verliep in drie stappen. Eerst werd een literatuurstudie uitgevoerd naar dyslexie in het hoger onderwijs en de rol van visueel ondersteunde leermiddelen. Daaruit bleek dat graphic learning en stripverhalen een waardevolle aanvulling kunnen zijn, mits ze zorgvuldig ontworpen worden. Vervolgens werd bestaand cursusmateriaal, zoals PowerPointpresentaties en lesopnames, geanalyseerd om de kerninhouden te selecteren. In de laatste fase werd een volledig script geschreven waarin het HDV als personage optreedt en de leerstof verwerkt wordt in dialogen en herkenbare casussen.
Bij het schrijven is rekening gehouden met de specifieke noden van studenten met dyslexie. Lange tekstblokken werden vermeden, kernconcepten herhaald en de informatie verdeeld over korte, overzichtelijke scènes. Hoewel het project nog niet geïllustreerd is, bevat het script gedetailleerde aanwijzingen voor de visuele uitwerking, zoals sfeer, typografie en lay-out, afgestemd op een dyslexievriendelijke benadering.
Het resultaat is een script dat bruikbaar is als aanvullend studiemateriaal, maar ook breder kan worden ingezet. Het laat zien dat complexe academische inhoud ook in een creatieve en toegankelijke vorm kan worden aangeboden, zonder verlies van wetenschappelijke accuraatheid. Daarmee draagt de masterproef bij aan een inclusiever hoger onderwijs, waarin uiteenlopende leerprofielen niet als obstakel worden gezien, maar als uitgangspunt voor kwaliteitsvol en toegankelijk onderwijs.

De ziekte van Hirschsprung (HD) is een zeldzame aangeboren darmaandoening waarbij zenuwcellen (ganglioncellen) ontbreken in een deel van de dikke darm. Dit veroorzaakt een stilgevallen darmwerking met ernstige gevolgen voor pasgeborenen. Een correcte en snelle diagnose is van cruciaal belang, maar vormt een uitdaging doordat weefselstructuren bij baby’s vaak onrijp zijn en foutieve interpretaties tot verkeerde behandelingen kunnen leiden.

In mijn bachelorproef onderzocht ik in samenwerking met het CHU Brugmann ziekenhuis in Brussel vijf patiëntencasussen waarbij rectumbiopten werden geanalyseerd met drie microscopische technieken: de klassieke hematoxyline-eosine-saffraan (HES)-kleuring, acetylcholinesterase (AChE)-histochemie en calretinine-immunohistochemie. Uit dit onderzoek bleek dat calretinine de meest betrouwbare methode is om ganglioncellen zichtbaar te maken, vooral bij jonge baby’s of technisch moeilijke stalen. Bovendien biedt calretinine praktische voordelen doordat het toepasbaar is op paraffinecoupes, in tegenstelling tot AChE dat vriescoupes vereist.

De resultaten tonen aan dat een gestandaardiseerde combinatie van technieken nodig is om foutieve diagnoses te vermijden. Vooral calretinine-IHC als basis, aangevuld met HES of AChE, blijkt een krachtige strategie. Daarmee draagt dit onderzoek bij aan een snellere, betrouwbaardere en wereldwijd toegankelijkere diagnostiek van Hirschsprung, wat rechtstreeks het leven van getroffen kinderen kan redden of verbeteren.

Inleiding:

Pijn is één van de meest voorkomende en invaliderende symptomen bij oncologische patiënten en heeft een aanzienlijke impact op hun fysieke, emotionele en sociale welzijn. Ondanks de beschikbaarheid van pijnmedicatie, blijft pijn vaak onvoldoende onder controle gehouden en onderbehandeld, wat de kwaliteit van leven aanzienlijk vermindert. Als oncologisch verpleegkundige ben je werkzaam in de directe klinische zorg en speel je een belangrijke rol in het signaleren, beoordelen en behandelen van pijn, en dragen hierdoor actief bij aan het optimaliseren van de zorgervaring.

Doelstelling:

Het doel van deze bachelorproef is om na te gaan hoe verpleegkundig pijnmanagement de kwaliteit van leven bij oncologische patiënten beïnvloedt, en welke farmacologische en niet-farmacologische interventies hierin het meest effectief zijn. De nadruk ligt vooral op een holistische patiëntgerichte aanpak die verder gaat dan enkel de medicamenteuze pijnstilling die men nu gebruikt.

Methodologie:

Er werd aan de hand van een systematische literatuurstudie gezocht in wetenschappelijke databanken zoals PubMed, waarbij de PICO- methode gebruikt werd om de onderzoeksvraag scherp te stellen. Verder werden inclusiecriteria gehanteerd die focussen op oncologische patiënten, niet-medicamenteuze interventies en uitkomsten zoals verminderde pijnbeleving, verbeterde slaap, mobiliteit en psychisch welzijn. Uiteindelijk werden acht relevante studies diepgaand geanalyseerd, waaronder systematische reviews en randomized controlled trials. Daarnaast werden andere artikels geïncludeerd ter aanvulling.

Resultaten:

Resultaten tonen aan dat een combinatie van farmacologische en complementaire interventies het meest doeltreffend is voor het verbeteren van de levenskwaliteit. Interventies zoals mindfulness, muziektherapie, aromatherapie, virtual reality en cognitieve gedragstherapie blijken significante effecten te hebben op pijnreductie en emotioneel welzijn. Verder kwam naar voor dat effectieve communicatie, educatie van verpleegkundigen en multidisciplinaire samenwerking van belang zijn voor een succesvol pijnmanagement. Een praktische ervaring op de afdeling hematologie van UZ Leuven bevestigde deze bevindingen en illustreerde verder de impact van verpleegkundig handelen binnen de dagelijkse praktijk.

Conclusie:

Verpleegkundig pijnmanagement heeft een directe invloed op de levenskwaliteit van oncologische patiënten. Door in te zetten op een multidimensionele en patiëntgerichte aanpak, waarbij zowel farmacologische als niet- farmacologische strategieën worden toegepast, kunnen verpleegkundigen bijdragen aan een menswaardigere en effectieve pijnzorg. Binnen deze bachelorproef wordt het belang van kennis, communicatie en samenwerking binnen het verpleegkundig domein onderstreept, en word er gepleit voor meer aandacht en opleiding rond pijnbehandeling binnen een oncologische setting.
De verpleegkundige is kortom de belangrijkste schakel tussen patiënt en arts waar zowel de fysieke als de mentale aandachtspunten van de patiënt hoog in het vaandel staan en waarbij we zorgen dat patiënten correct en gericht doorverwezen worden.

Referentie(s):

(Mestdagh et al., 2023; Wu et al., 2023; Bouya et al., 2018; Warth et al., 2020; Nijs, 2021; Van Veen et al., 2024; Wang et al., 2023; Ghavami et al., 2022)

Immunohistochemie (IHC) is een essentiële techniek in de pathologie voor het detecteren van specifieke eiwitten in weefselmonsters. Dit onderzoek richt zich op de optimalisatie en validatie van de antilichamen humaan herpesvirus 8 (HHV8) en BRCA1-geassocieerd eiwit-1 (BAP1) op het geautomatiseerde Dako Omnis-systeem (Agilent Technologies), met als doel een betrouwbaar IHC-protocol te ontwikkelen voor diagnostisch gebruik. HHV8, een oncogeen virus geassocieerd met Kaposi’s sarcoom, en BAP1, een tumorsuppressoreiwit, spelen een belangrijke rol in de diagnostiek van
diverse maligniteiten. Het onderzoek omvat de analyse van 20 weefselstalen per antilichaam, verdeeld over positieve en negatieve stalen, en maakt gebruik van horseradish peroxidase (HRP) en diaminobenzidine (DAB) als detectiesystemen. De validatiecriteria omvatten de beoordeling van de juistheid, waarbij pathologen automatisch zowel de sensitiviteit als de specificiteit van de kleuringen evalueren.
De resultaten tonen aan dat de optimalisatie van het HHV8-protocol met een aangepaste incubatietijd resulteert in een betrouwbare kleuring van positieve controlemonsters. Evenzo werd het BAP1-protocol gevalideerd met succes, waarbij positieve expressie in epitheliale cellen werd waargenomen. De validatie van zowel HHV8 als BAP1 voldeed aan de gestelde aanvaardbaarheidscriteria, waardoor de toepasbaarheid van de IHC-kleuringen voor diagnostische doeleinden wordt bevestigd. Dit onderzoek levert een robuust en reproduceerbaar protocol voor beide antilichamen op het Dako Omnis-systeem, wat bijdraagt aan de verbetering van de diagnostische nauwkeurigheid in de pathologie. Daarnaast draagt dit protocol specifiek bij aan de optimalisatie van de diagnostische processen binnen het labo anatomo-pathologie in het Ziekenhuis Oost-Limburg (ZOL).

Introductie:
Deze bachelorproef richt zich op vijf veelvoorkomende aandoeningen: hypothyroïdie, hyperthyroïdie, hepatitis B, ijzergebreksanemie en chronische lymfatische leukemie (CLL). De pathofysiologie en diagnostiek van elke aandoening is verschillend. De medische laboratoriumdiagnostiek is essentieel om een diagnose vast te stellen, een behandeling op te starten of aan te passen en om het verloop van de ziekte op te volgen.
Doel:
Deze casusbespreking heeft als doel om beter te begrijpen hoe diverse laboratoriumdiagnostiek bijdraagt aan het stellen van diagnoses en het opvolgen van behandelingen. Door casussen te onderzoeken, wordt vastgesteld welke laboratoriumparameters afwijkend zijn, op welke manier ze verschillen per aandoening en wat hun klinische betekenis is.
Materiaal & methoden:
De laboratoriumtesten werden uitgevoerd op geavanceerde toestellen. De Cobas e801 (Roche) bepaalde laboratoriumparameters aan de hand van elektrochemiluminescente-immunoassays. Sommige parameters werden volgens het sandwich principe bepaald, terwijl andere parameters volgens het competitief principe werden bepaald. Daarnaast is er de Cobas c702 (Roche) die biologische parameters heeft gemeten aan de hand van fotometrie op twee manieren: turbidimetrisch of colorimetrisch enzymatisch. De hematologische aandoeningen werden voornamelijk bepaald door de Sysmex-XN. Deze automatische celteller heeft zowel erytrocytaire, trombocytaire als leukocytaire parameters gemeten. Bovendien maakte de Sysmex-SP bij een afwijkend resultaat steeds een bloeduitsrijkje. Deze bloeduitsrijkjes werden steeds geanalyseerd met de Cellavision DM.
Resultaten:
De resultaten van de casussen bevestigen de typische laboratoriumafwijkingen voor elke aandoening. Hypothyroïdie wordt gekenmerkt door een afname van FT4 en een toename van TSH, terwijl hyperthyroïdie wordt gekenmerkt door een verlaagde TSH en een toename van FT3 en FT4. De positieve uitslag voor HBsAg, anti-HBc en een verhoogd leverenzym ALT bevestigen de aanwezigheid van een hepatitis B infectie. CLL wordt gekarakteriseerd door een hoger aantal lymfocyten, abnormale morfologie en afwijkende scattergram. De lage waarden voor Hb, MCV, ferritine, ijzer en ijzersaturatie tonen aan dat het wel degelijk gaat om de aandoening ijzergebreksanemie.
Conclusie:
Deze bachelorproef laat zien dat laboratoriumdiagnostiek cruciaal is om diagnoses te stellen en om de voortgang van de bestudeerde aandoeningen op te volgen. Het toepassen van technologieën zoals de Cobas- en Sysmex- toestellen levert betrouwbare uitkomsten die essentieel zijn voor een nauwkeurige klinische beslissing. Het juist interpreteren van laboratoriumresultaten is cruciaal voor een doeltreffende behandeling van de patiënt.

De overgang van zitten naar staan (sit-to-stand, STS) is een fundamentele dagelijkse activiteit die essentieel is voor het behoud van zelfstandigheid en mobiliteit. Voor ouderen en mensen die een beroerte hebben gehad, wordt deze beweging echter steeds moeilijker door verminderde spierkracht en balans, waardoor het risico op vallen toeneemt. Hoewel er passieve exoskeletten voor de onderste ledematen bestaan die gericht zijn op looprevalidatie, zijn specifieke toestellen die STS-assistentie bieden nog niet beschikbaar op de markt en bevinden ze zich in een vroege ontwikkelingsfase.

Deze thesis presenteert het ontwerp en de evaluatie van een nieuw passief, ontkoppelbaar knie-exoskelet dat de fysieke inspanning tijdens het rechtstaan wil verminderen door gerichte mechanische ondersteuning te bieden. Het systeem maakt gebruik van een veermechanisme in combinatie met een mechanische koppeling, opgebouwd met een fietsschijfrem en twee fietsremklauwen. Tijdens het gaan zitten wordt energie opgeslagen doordat de bovenste remklauw de schijf blokkeert. Wanneer de gebruiker neerzit, schakelt de koppeling over: de onderste remklauw houdt de schijf vast zodat de energie in de veren wordt opgespaard, terwijl het been toch vrij kan bewegen. Bij het rechtstaan wordt deze opgeslagen energie vrijgegeven om de gebruiker te ondersteunen.

Mechanische testen bevestigden dat de koppeling betrouwbaar werkte en niet doorslipte, zelfs onder verhoogde spanning. Hoewel gebruikers positieve feedback gaven en het werkingsprincipe succesvol werd aangetoond, leverden de eerste fysiologische metingen met oppervlakte-EMG gemengde resultaten op. Waarschijnlijk spelen factoren zoals de pasvorm van de braces en variatie in de beweging van proefpersonen hierbij een rol.

Dit onderzoek legt een veelbelovende basis voor de verdere ontwikkeling van hulpmiddelen die de zit-naar-sta beweging ondersteunen en zo bijdragen aan de dagelijkse mobiliteit.

De toenemende digitalisering van de gezondheidszorg verandert de manier waarop zorg wordt aangeboden en beleefd, en biedt nieuwe kansen voor patiëntgerichte zorg en innovatie. In dit veranderende landschap nemen patiënten een actievere rol op in hun eigen zorg, waarvoor het beschikken over voldoende digitale gezondheidsgeletterdheid (DGG) als een belangrijke hefboom fungeert. Helaas blijft een gebrek aan DGG in de bevolking bestaan.

Daarnaast kan het betrekken van het perspectief van patiënten in de ontwikkeling van digitale gezondheidstechnologieën (DGT) de toegankelijkheid en gebruiksvriendelijkheid van nieuwe, innovatieve technologieën bevorderen. Toch kan de technische complexiteit van ontwikkelingsfases zinvolle betrokkenheid van lekenpatiënten bemoeilijken.

De verschuiving naar inclusieve en duurzame gezondheidsinnovatie benadrukt de noodzaak om beter te begrijpen hoe patiënten ondersteund kunnen worden in het verwerven van de vaardigheden en kennis die nodig zijn om betrokken te worden bij hun zorg en bij co-creatieprocessen.

Deze thesis onderzoekt de belangrijkste noden en uitdagingen met betrekking tot de voorbereiding van Belgische patiënten op betrokkenheid bij de ontwikkeling van DGT, met bijzondere aandacht voor DGG als een hefboom voor empowerment en inclusie.

In mijn thesis heb ik een nieuw model ontwikkeld om gerichter onconventionele autofagie uit te schakelen, zonder daarbij conventionele autofagie te verstoren. Hierdoor kunnen we deze methode in de toekomst verder gebruiken om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken en het fysiologische belang van dit proces verder aan te tonen. Meer bepaald heb ik tijdens mijn thesis-onderzoek het model gevalideerd met verschillende read-outs (co-immunoprecipitatie, LC3-lipidatie, TNF-geïnduceerde celdood en ferritine afbraak). Daarnaast toonde ik ook aan dat onconventionele autofagie betrokken is bij ferroptose, hetgeen bevestigt dat mijn model gebruikt kan worden om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken.

INLEIDING: Nieuwsites die rapporteren over medicatie bereiken een groot deel van de bevolking. Een volledige en gebalanceerde berichtgeving hierbij is belangrijk. Onderzoek ontbrak tot op heden binnen het Nederlandstalig medialandschap. Een concreet startpunt waaruit een debat kan voortvloeien tussen de verschillende actoren van de Vlaamse gezondheidscommunicatie ontbrak daarom. Dit onderzoek gebruikt hiervoor de communicatie over alzheimermedicatie en onderzoekt of die volledig en gebalanceerd was.

METHODEN: De berichtgeving rond alzheimermedicatie wordt onderzocht aan de hand van een retrospectieve kwantitatieve inhoudsanalyse op nieuwsartikelen gepubliceerd op de websites van de zeven grootste Vlaamse nieuwssites tussen 1 januari 2012 en 31 december 2023. De analyse omvatte het verzamelen van bibliografische gegevens, het beoordelen van de volledigheid aan de hand van vooraf gedefinieerde vragen, en tot slot het beoordelen van de balans van de berichtgeving door het gebruik van superlatieven en vermelding van tegenslagen te analyseren.

RESULTATEN: 172 artikels werden onderzocht (130 unieke teksten en 42 dubbele teksten). De communicatie over bijwerkingen (41%, 53/130) en kostprijs (18%, 23/130) was beperkt. In 38% (50/130) van de artikels werd iets vermeld over goedkeuring, waarvan 20% (26/130) van de gevallen specifiek goedkeuring in Europa. Superlatieven werden zelden gebruikt. 63% (82/130) van de artikels vermeldde dat alzheimeronderzoek gepaard ging met tegenslagen.

DISCUSSIE: De communicatie over alzheimermedicatie blijkt regelmatig onvolledig. Het taalgebruik lijkt wel gebalanceerd. Die communicatie is een gedeelde verantwoordelijkheid tussen experten, bedrijven, persagentschappen en journalisten. Deze studie kan dienen als startpunt voor een debat tussen de verschillende belanghebbenden over hoe zij de huidige communicatie over geneesmiddelen kunnen verbeteren.

Mijn scriptie richt zich op het optimaliseren van forensische DNA-databanken, specifiek hoe DNA-matches beter kunnen worden beoordeeld in gevallen waar de overeenkomst niet volledig duidelijk is, oftewel de ‘grijze zone’. Er werd onderzocht of de toepassing van likelihood ratios (LR) als een alternatieve methode gebruikt kan worden om de betrouwbaarheid van DNA-matches te verbeteren.

Listeria monocytogenes is een voedselpathogeen die listeriose veroorzaakt. Dit is een groot gezondheidsrisico voor ouderen, zwangeren, kinderen en immuungecompromitteerde patiënten. De detectie van Listeria monocytogenes in de voedingsindustrie is heel belangrijk. In mijn scriptie onderzoek ik of het mogelijk is om Listeria monocytogenes te detecteren met Fourier-Transformatie Infrarood spectroscopie.

Deze studie presenteert een nieuw, eenvoudig te gebruiken augmented reality (AR)-systeem dat chirurgen begeleidt tijdens kaakchirurgie. In tegenstelling tot de huidige methoden, die fysieke gidsen gebruiken en vaak kostbaar en tijdrovend zijn, maakt dit systeem gebruik van digitale hologrammen en de Microsoft HoloLens 2-headset. Het volgt de kaak van de patiënt in real-time, zonder dat fysieke markeringen nodig zijn. Tests met vier chirurgen toonden aan dat dit AR-systeem zeer nauwkeurig is, met een foutmarge van minder dan 1,08 mm. Deze nieuwe benadering kan een kosteneffectievere, eenvoudigere en minder ingrijpende manier bieden om de precisie van de chirurgie te verbeteren.

Dengue, een door muggen overgedragen virus, vormt een belangrijke wereldwijde bedreiging voor de gezondheid, vooral in tropische en subtropische gebieden. Met een toenemende incidentie en geografische verspreiding zijn effectieve vaccinatiestrategieën cruciaal voor het beperken van de gevolgen. Dit proefschrift onderzoekt het gebruik van
multi-objectieve multi-armed bandit (MOMAB) algoritmen om optimale vaccintoewijzing te identificeren voor de onderdrukking van dengue-epidemieën, waarbij medische werkzaamheid en monetaire kosten tegen elkaar worden afgewogen.

Het onderzoek gaat na of MOMAB-algoritmen efficiënt een subset van optimale vaccinatiestrategieën kunnen identificeren op basis van stochastische simulaties. Door het dengue-model van Recker et al. uit 2009 uit te breiden met ondersteuning voor vaccinatiestrategieën en leeftijdsheterogeniteit, simuleerden we de effecten van 53 verschillende strategieën.

We pasten verschillende MOMAB-algoritmen aan voor Pareto Front Identification (PFI) en stellen ook een volledig nieuw Top-two Pareto Front Thompson Sampling (TTPFTS) algoritme voor de PFI setting. Om de kwaliteit van de aanbevelingen van de beschouwde algoritmen te evalueren, hebben we drie metrieken ontwikkeld: de Bernoulli metriek, de Jaccard similarity metriek en de Hypervolume metriek.

Uit tests over 100 experimentele herhalingen met een beperkt budget van 30.000
simulaties bleek dat de algoritmen Pareto UCB1, TTPFTS en Pareto Thompson Sampling
consistent uitstekend presteerden in termen van efficiëntie en stabiliteit, en drastisch beter presteerden dan de momenteel gebruikte Uniform Sampling-methode.

De bevindingen tonen aan dat PFI MOMAB-algoritmen effectief zijn in het identificeren van optimale vaccinatiestrategieën voor de bestrijding van dengue op een efficiënte manier. Dit onderzoek draagt bij aan de optimalisatie van vaccinatieprogramma's en biedt een robuust besluitvormingskader voor volksgezondheidsfunctionarissen die geconfronteerd worden met de uitdaging van dengue-epidemieën. Het onderzoek onderstreept het potentieel van MOMAB-algoritmen om de strategische inzet van vaccins, ziektebeheer, en ziektebestrijding te verbeteren.

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Bijna tien procent van de Belgen lijdt aan gehoorverlies. Gelukkig kunnen gehoorapparaten vaak helpen, maar wat als die niet langer voldoende zijn? In dat geval kunnen gehoorimplantaten, en meer specifiek cochleaire implantaten, personen met ernstig gehoorverlies opnieuw laten horen. Net als de sterkte van je brilglazen moet je zulke gehoorimplantaten nauwkeurig afstellen op de noden van de drager. Deze scriptie onderzoekt hoe je dat automatisch kan doen, zodat echt iedereen met een cochleair implantaat geholpen kan worden.

Epilepsie is een veelvoorkomende neurologische aandoening (>70 miljoen mensen wereldwijd), gekenmerkt door terugkerende epileptische aanvallen. Een derde van alle patiënten met epilepsie worden niet aanvalsvrij met de huidige anti-epileptica. Verder onderzoek naar nieuwe, efficiëntere anti-epileptica is noodzakelijk. Recent is er een interesse ontstaan in het noradrenerge neurotransmissiesysteem en de rol ervan bij epileptische aanvallen. Het onderzoeken van het noradrenalinesysteem en het testen van noradrenerge medicatie (bv. atipamezole) gebeurt in proefdieren, waaronder zebravissen. Atipamezole blijkt in zebravissen de epileptische aanvallen te onderdrukken, hoewel de precieze mechanismen hiervan in verder onderzoek moeten worden aangetoond.

Diabetes Mellitus is een complexe aandoening die een multidisciplinaire aanpak vereist waarbij apothekers een belangrijke rol spelen. Kwaliteitsindicatoren en de combinatie hiervan met audit en feedback kunnen helpen om de zorg voor diabetespatiënten te verbeteren. Echter zijn de bestaande richtlijnen voor diabeteszorg door apothekers niet gevalideerd in België waardoor onmiddellijk gebruik als indicator niet mogelijk is. Dit onderzoek had als doel een set gevalideerde kwaliteitsindicatoren te ontwikkelen om de zorgkwaliteit door Belgische apothekers aan diabetespatiënten te evalueren. Met behulp van de RAND-gemodificeerde Delphi-methode werden aanbevelingen uit nationale en internationale richtlijnen beoordeeld door een multidisciplinair panel. Dit resulteerde in 14 procesindicatoren waarvan er momenteel 3 volledig te extraheren zijn uit het gedeelde farmaceutische dossier. Deze zijn gericht op vaccinatie, patiënteneducatie en levensstijlmanagement. Voordat de indicatoren in de praktijk kunnen worden uitgerold, zijn verdere implementatiestudies vereist.

Achtergrond: 80-90% van de leverkankers worden beschouwd als een hepatocellulair carcinoom (HCC). Dit is een primaire tumor die ontstaat in de hepatocyten. Doordat HCC wordt geassocieerd met levercirrose en er een groot risico op metastasering bestaat, bedraagt de overlevingskans van patiënten slechts 50-70% binnen de vijf jaar. Een tumormerker om HCC te detecteren, is Glypican-3.

Doel: Het doel van deze bachelorproef omvat het optimaliseren en valideren van het monoklonaal antilichaam Glypican-3, zodat HCC in een vroeg stadium gedetecteerd kan worden in formol-gefixeerd humaan weefsel.

Methode: Om dit doel te bereiken, werd gebruik gemaakt van immuunhistochemie (IHC). Hierbij zal het antigen GPC3 opgespoord worden in weefsels, met behulp van het antilichaam. Het toestel dat voor deze proef gebruikt werd, is de Dako Omnis van Agilent. De kleuring werd vervolgens gevalideerd door de patholoog-anatoom aan de hand van vooropgestelde scoringscriteria en verwachtingen van NordiQC. Er kon eveneens een onderscheid gemaakt worden tussen resultaten van het ready-to-use (RTU) antilichaam en het geconcentreerd antilichaam.

Resultaten: De verkregen data geven aan dat het geconcentreerde antilichaam voldoet aan de gewenste criteria om de test succesvol te volbrengen. Bij het positieve controleweefsel kan het antigen-antilichaam complex gevisualiseerd worden door de bruine neerslag van 3‘3 diaminobenzidine. Bij de negatieve controleweefsels was, zoals gewenst, enkel de tegenkleuring van hematoxyline waarneembaar. Het RTU-antilichaam voldoet niet aan de eisen en is afgekeurd voor verder gebruik.

Conclusie: Het geconcentreerd antilichaam werd goedgekeurd voor routinematig gebruik op de Dako Omnis. Aan de hand van Glypican-3 kunnen de pathologen een duidelijk onderscheid maken tussen gezond leverweefsel en HCC. Glypican-3 is dus geschikt om HCC in een vroeg stadium op te sporen.

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

In mijn scriptie onderzocht ik de processen onderliggend aan tekorten in de snelheid van informatieverwerking bij mensen met multiple sclerose. Dankzij magnetische hersenmetingen tijdens een cognitieve test, gecombineerd met een datagedreven analysemethode gebaseerd op artificiële intelligentie, kon ik voor het eerst een zeer gedetailleerde beschrijving geven van de hersennetwerken die betrokken zijn bij de snelheid van informatieverwerking.

Na een dwarslaesie worden B-cellen geactiveerd in de periferie, migreren ze naar het ruggenmerg en dragen ze bij aan een inflammatoire en autoreactieve immuunrespons die leidt tot verdere schade. Recentelijk hebben we verhoogde frequenties van CD74-positieve B-cellen aangetoond bij dwarslaesiepatiënten. CD74 fungeert als een receptor voor macrofaag migratie inhibitie factor (MIF) en in de aanwezigheid van accessoire eiwitten, waaronder de co-receptor CD44, activeert de binding van MIF aan CD74 signaalcascades die pro-inflammatoire B-celfuncties stimuleren. Desondanks is de MIF/CD74-as niet onderzocht in B-cellen na een dwarslaesie. Daarom hadden we als doel het immuunprofiel na SCI te bestuderen, evenals de expressie en bijdrage van de MIF/CD74-as aan B-celactivatie bij gezonde individuen en dwarslaesiepatiënten. Met behulp van flowcytometrie observeerden we hogere aantallen B-cellen en lagere NK-cel aantallen in de acute fase vergeleken met de subacute en chronische fasen na het letsel, wat suggereert dat ze respectievelijk betrokken zijn bij de vroege en latere fasen van een dwarslaesie. Bovendien werd een flowcytometriepanel geoptimaliseerd om de expressie van de MIF/CD74-as in B-cellen en andere immuuncellen te bestuderen. In B-cellen van gezonde individuen, observeerden we significante verminderingen in proliferatie en expressie van activatiemarkers CD80 en CD86 na CD44-blokkering, evenals een sterke dalende trend in B-celproliferatie bij MIF-remming. Al met al suggereren onze resultaten een rol voor B-cellen en de MIF/CD74-as bij het optreden van een dwarslaesie.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

In mijn scriptie kijken we naar een nieuwe behandeling tegen een glioblastoom, een kwaadaardige tumor in het steunweefsel van de hersenen.