Scriptiebank overzicht

Kanker is nog steeds de belangrijkste doodsoorzaak wereldwijd. Lectinen, één van de belangrijkste groepen van suiker-bindende eiwitten, zijn veelbelovend als kankertherapie. Voortbouwend op dit potentieel werden tijdens deze thesis de effecten van het mannose-specifieke Dioclea megacarpa lectine (DmegA) en het galactose-specifieke Vatairea lundellii lectine (VLL) op verschillende kankercellen onderzocht. Vijf menselijke cellijnen werden geëxamineerd, namelijk de HeLa-, (baarmoederhalskanker), HT-1080- (fibrosarcoma), PANC-1- (pancreaskanker), MCF-7- (borstkanker) en NHDF-cellijnen (fibroblasten). Op basis van levensvatbaarheid, motiliteit en maatschappelijk belang, werden volgende cellijn-lectine combinaties gekozen: DmegA toegediend
aan PANC-1-cellen en VLL toegediend aan HT-1080-cellen.

De lectinen worden geïnternaliseerd in beide cellijnen. Deze observatie in combinatie met een verhoging in ROS-productie, caspase-9 activiteit en PUMA-expressie wijst op de activatie van de intrinsieke apoptose route. Bovendien onthulde de qPCR-analyse een verhoogde expressie van EDEM, een gen van belang in ER-stress. De cellulaire locatie van DmegA in PANC-1-cellen stemt hiermee overeen. Verder duidt het binden van de lectinen aan het celoppervlak, in combinatie met een verhoogde caspase-8 activiteit op de simultane activatie van de extrinsieke apoptose route.
Morfologische veranderingen van de cellen, namelijk vesikels aan het celoppervlak van HT-1080-cellen, en afbraak van de kern en afname van het celvolume van PANC-1-cellen, stroken verder met de activatie van deze routes. De qPCR-analyse impliceert ook de activatie van pyroptose in beide cellijnen, en mitofagie in de HT-1080-cellijn. DmegA en VLL zijn dus lectinen die apoptose en ERstress kunnen induceren in fibrosarcoma- en pancreaskankercellen.

Inleiding: Idiopathische nodulaire glomerulosclerose (ING) is een zeldzame glomerulaire aandoening die gediagnosticeerd wordt op basis van (typisch nodulaire) mesangiale matrix expansie op licht- en elektronenmicroscopie in afwezigheid van diabetes mellitus. Aangezien ING en DN histologisch moeilijk van elkaar onderscheiden kunnen worden, werden in deze studie ING-patiënten zowel klinisch als histologisch vergeleken met DN-patiënten. Daarnaast werden de algemene overleving, een composiet eindpunt (dialyse/transplantatie/dood/verdubbeling van serumcreatinine) en de longitudinale evolutie van de nierfunctie (eGFR) geanalyseerd om zo de progressie van deze twee entiteiten te onderzoeken.

Methodologie: Alle nierbiopten (n = 4553), die beschikbaar waren in de Vlaamse FCGG-NBVN databank tussen januari 2017 en maart 2023 en de nierbiopten die beschikbaar waren in het Universitair Ziekenhuis Gent tussen oktober 2022 en maart 2023, werden gescreend op de aanwezigheid van de primaire diagnose ING en DN, resulterend in 13 ING-patiënten en 63 DN-patiënten. Deze patiënten werden onderverdeeld in vier groepen gebaseerd op de aanwezigheid van histologische kenmerken: ING nodulair, ING diffuus, DN nodulair en DN diffuus. De klinische kenmerken werden vergeleken voor zowel de ING- en DN-groepen als voor de vier groepen gebaseerd op hun histologische kenmerken. Kaplan-meier overlevingsanalyses en longitudinale data analyses voor eGFR werden uitgevoerd om de klinische en renale progressie van de twee entiteiten te onderzoeken. Daarnaast werd elke ING-patiënt gematcht aan een DN-patiënt op basis van geslacht, leeftijd (met een range van 5 jaar) en type mesangiale expansie (diffuus of nodulair), resulterend in 11 DN-patiënten die gematcht konden worden aan 13 ING-patiënten. Voor deze subset van ING- en DN-patiënten werden histologische analyses uitgevoerd.

Resultaten: ING-patiënten waren ouder en hadden frequenter een voorgeschiedenis van roken dan DN-patiënten. Dit verschil was echter niet significant. Bij het vergelijken van de vier subgroepen gebaseerd op de histologische kenmerken (ING nodulair, ING diffuus, DN nodulair, DN diffuus), werd een significant verschil in serum albumine vastgesteld.
Er werden significant meer gecollabeerde laesies gezien in de ING-biopten dan in de DN-biopten op lichtmicroscopie. Er was een significant verschil in distributie van de aberrante vaten: 61.6% van de aberrante vaten bij de ING-patiënten werden geobserveerd aan de glomerulaire vaatpool vergeleken met 9.1% bij de DN-patiënten.
In het algemeen was er geen significant verschil in overleving in functie van tijd tot event voor het composiet eindpunt dialyse, transplantatie, dood of verdubbeling van serumcreatinine tussen ING- en DN-patiënten. Toch was de overleving van de ING-patiënten significant lager dan de overleving van DN-patiënten in de actieve rokers groep wanneer de analyse gestratificeerd werd op basis van actief roken.
De lineaire mixed model analyse toonde een significant snellere eGFR daling van -5.94 ml/min/1.73m² per jaar voor DN-patiënten vergeleken met ING-patiënten, die een eGFR daling van -3.61 ml/min/1.73m² per jaar kenden. Wanneer actieve rokers met niet-rokers over de twee groepen (DN en ING) werden vergeleken, toonden de actieve rokers een significant snellere eGFR daling dan de niet-rokers.

Discussie: Met uitzondering van het frequenter voorkomen van de aberrante vaten aan de vaatpool en de gecollabeerde laesies in de ING-groep, hebben ING en DN veel histologische gelijkenissen. Toch werd er in deze studie klinische verschillen in progressie tussen deze twee aandoeningen geobserveerd. Ondanks dat DN-patiënten een slechtere renale progressie van de eGFR over tijd hebben (met een follow-up tijd van 4 jaar), hebben ING-patiënten een slechtere algemene overleving op basis van het composiet eindpunt dialyse, transplantatie, dood en/of verdubbeling van serumcreatinine. Hierdoor stellen wij dat DN en ING twee verschillende entiteiten zijn. ING-patiënten hebben namelijk meer risicofactoren zoals hypertensie, obesitas en roken waardoor ze een verschillende klinische progressie vertonen. Daarnaast wordt in deze studie de negatieve invloed van actief roken op de progressie van beide ziekten opnieuw benadrukt.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

Onderzoek naar consolidatieproducten voor lacque burgauté op een unieke Barokke pronktafel van Louis XIV.

Onderzoek naar een 'trivalent'-systeem, een polypeptide-geneesmiddelconjugaat dat gerichte afgifte aan mitochondriën mogelijk maakt voor de behandeling van aandoeningen zoals borstkanker. Het systeem bestaat uit drie componenten verbonden door een lysine, waaronder een mitochondriale gerichte groep (TPP), een polypeptidedrager (PLO), en een geneesmiddel of probe. Het onderzoek omvatte de synthese, karakterisering, en in-vitrotesten, evenals pogingen om de cellulaire toxiciteit te verminderen door de positieve ladingen te coaten met VLC3, wat potentieel veelbelovend is voor toekomstig gebruik in transfectiedoeleinden.

Hartcellen zijn gekweekt vanuit stamcellen van patiënten met een aandoening van het hart en onderzocht via microscopie en kleuring.

Elektronen energieverlies spectroscopie (EELS) is een populaire analytische techniek die zeer direct informatie levert over de chemische samenstelling van een materiaal. Deze thesis gebruikt deep learning en en eigen gesimuleerde EELS dataset om automatisch EELS data te vertalen naar chemische info. Hierbij wordt de tussenkomst van een menselijke expert overbodig.

Pesticiden worden veelvuldig gebruikt in de landbouw, echter brengen deze veel problemen met zich mee, zoals het vergiftigen van ons leefmilieu. Een mogelijke vervanger hiervoor zijn biostimulanten: biologische substanties die allerhande effecten hebben op de besproeide plant. In deze scriptie werden 6 verschillende biostimulanten getest op pathogeen reducerende effecten gebruik makende van Arabidopsis thaliana als modelplant en Hyaloperonospora arabidopsidis als model plantpathogeen.

De black-box synthese van epoxide-gebaseerde dunne film composiet membranen kon beter bergrepen worden door uitgebreide karakterisatie van membranen die werden gesynthetiseerd met strategisch uitgekozen tertiaire amine initiatoren. Zo werden belangrijke initiator eigenschappen duidelijk, alsook welke stappen in de synthese het belangrijkste zijn om zout selectieve membranen te vormen.

De ziekte van Charcot-Marie-Tooth type 1A (CMT1A) is de meest voorkomende genetische zenuwziekte van het perifere zenuwstelsel, waar tot op heden nog geen therapie voor bestaat. In deze scriptie werd er gekeken naar de ziekte-gerelateerde Schwann cellen en hun verandering in membraan- en veteigenschappen in onze humane stam cell modellen. De experimenten van deze scriptie verduidelijken een belangrijk aspect van de CMT1A pathologie.

24 Scorpaena porcus stalen werden onderzocht op de aanwezigheid van nematodes, meer specifiek Ascarophis sp. De identificatie van Ascarophis sp. leidde tot de ontdekking van de aanwezigheid van Ascarophis filiformis samen met een nieuwe gastheer en locatie.

De ziekte van Niemann-Pick type C1 is een ziekte waarvoor tot op heden enkel symptomatische behandelingen beschikbaar zijn. In deze scriptie wordt een behandeling gebaseerd op mesenchymale stamcel-afgeleide extracellulaire vesikels getest.

Bouwen met de cellen van het lichaam? Rode bloedcellen zijn in staat zich te organiseren in treintjes en zelfs om heuse percolatienetwerken te bouwen!

Deze thesis analyseert de mensheid zijn relatie met de zee in de overgangsperiode door de lens en aanwijzingen beschikbaar in Lord Jim, en extrapoleert vanwege het intersectionele moment van Conrads schrijven hoe we de zee in de moderne samenleving bekijken.

Dit project onderzocht de rol van ubiquitinatie op de toxiciteit en het aggregeren van alfa-synucleïne en synphilin-1 in gehumaniseerde gistmodellen voor de ziekte van Parkinson.

In dit werk werd de optimale methode gevonden om de beweging van een minuscuul spiegeltje op veren te meten, door er licht op af te sturen. Door met minder licht de beweging preciezer te meten, kan de beweging ook tegengewerkt worden. Als het spiegeltje bijna stilstaat, kan het in een kwantumtoestand gebracht worden: een toestand waarbij het op twee plaatsen tegelijk kan zijn.

Een onderzoek naar de mogelijkheid om therapieresistente kanker te behandelen door normalisatie van de bloedvatfunctionaliteit.

Inzicht in zowel het groeimechanisme van zeolieten als in de condities die dit mechanisme tot stand brengen, is essentieel om de synthese van zeolieten met een specifieke grootte, vorm en functionaliteit mogelijk te maken. In deze scriptie werden de groeimechanismen van MER-, UTL-, OKO- en IWW-type zeolieten onderzocht door de aanwezige oppervlaktestructuren te identificeren met behulp van atoomkractmicroscopie (Atomic Force Microscopy in het Engels of kortweg AFM). Bovendien werden verschillende mechanische nabehandelingen op deze materialen uitgevoerd om zo de totale beschikbare oppervlakte van de zeolietpartikels te vergroten.

Deze masterproef gaat na of het mogelijk is om zinkvonken (EDM) toe te passen op koolstofcomposiet (CFRP). Er is over dit onderwerp weinig literatuur beschikbaar. Daarom wordt gestart met enkele experimenten. Deze tonen aan dat industrieel CFRP (???? = 0,01Ωcm) bewerkbaar is met vonkerosie. Een ruimer opgezet experimenteel onderzoek, bestudeert in tweede instantie de optredende materiaalafnamemechanismen en de invloed van het vonkproces op het materiaal. De volgende experimentele randvoorwaarden zijn daarbij van toepassing: een koperelektrode (Ø = 10mm) met negatieve polarisatie die 1mm diep vonkt. Een parameterbereik met stroom van 1 tot 65A en pulsduur van 0,8 tot 200µs. Verder wordt een machinefunctionaliteit gebruikt waardoor overige parameters automatisch optimaal worden geregeld. Het resultaat wordt onderzocht via een spaananalyse en microscopie, en SEM en EDX analyses toegepast op bewerkte doorsneden en oppervlakken. Dit laat toe om vier mogelijke optredende materiaalafnamemechanismen te verklaren. De verschillende experimenten resulteren ook in twee optimale vonktechnologieën. Met een statistische analyse wordt de relatie tussen de procesparameters en een aantal uitgangsgrootheden (MRR, Ra en randkwaliteit) onderzocht. De studie wordt afgerond met het onderzoeken van het effect van polarisatie; de invloed van een grafietelektrode; en een analyse van stroom en spanningspulsen via pulsmonitoring.

De rol van biofilm in middenoorontsteking met effusie1. InleidingHet is bekend dat middenoorontstekingen vaak voorkomen bij kinderen. Middenoorontsteking met effusie (otitis media met effusie, OME) is een bijzondere vorm van middenoorontsteking die gekarakteriseerd wordt door een ophoping van vloeistof achter een gesloten trommelvlies, maar die niet gepaard gaat met koorts en pijn. OME is één van de meest voorkomende redenen voor huisartsbezoeken, gebruik van antibiotica en chirurgie tijdens de eerste kinderjaren.

De rol van biofilm in middenoorontsteking met effusie1. InleidingHet is bekend dat middenoorontstekingen vaak voorkomen bij kinderen. Middenoorontsteking met effusie (otitis media met effusie, OME) is een bijzondere vorm van middenoorontsteking die gekarakteriseerd wordt door een ophoping van vloeistof achter een gesloten trommelvlies, maar die niet gepaard gaat met koorts en pijn. OME is één van de meest voorkomende redenen voor huisartsbezoeken, gebruik van antibiotica en chirurgie tijdens de eerste kinderjaren.

Een kleine stap richting gentherapie met DNA-bindende peptidenHet verstarren van peptiden, een methode waarbij de 3D-structuur van de molecule wordt vastgezet, gebruikt men al enkele jaren binnen de medicinale chemie om een betere binding aan eiwitten te verkrijgen en om het peptide te beschermen tegen enzymatische afbraak.

Hoe kiezelalgen geschiedenis schrijvenWe bevinden ons in een tijd van snelle en ingrijpende milieuveranderingen als gevolg van de door de onszelf veroorzaakte klimaatsverandering. Maar hoe kunnen we de huidige impact van de klimaatsopwarming inschatten? Hoe kunnen we weten in welke mate onze omgeving al veranderd is? Waar metereologische waarnemingen niet beschikbaar zijn, kunnen kiezelalgen een tipje van de sluier oplichten!Kiezelalgen of diatomeeën zijn eencellige algen die gekenmerkt worden door een geelbruine pigmentatie en celwanden (schaaltjes) opgebouwd uit kiezel (siliciumdioxide).

 3D elektronenmicroscopie, ofwel ... big data op microschaal “If we have data, let’s look at data. If all we have are opinions, let’s go with mine.” – Jim Barksdale, former Netscape CEO Ongetwijfeld kent u wel iemand met de ziekte van Alzheimer of Parkinson, dementie, groeistoornissen, diabetes of het chronisch vermoeidheidssyndroom. De oorzaak van deze ziekten/stoornissen/aandoeningen is algemeen bekeken te herleiden naar een slecht functionerende energiehuishouding van het menselijk lichaam. Metaforisch zou men bv.

Longaandoeningen in de kijker: de rol van beeldvorming in het onderzoek naar longfibrose en cryptococcose.Wereldwijd lijden miljoenen mensen aan een chronische longziekte. Het is vaak moeilijk om te achterhalen waarom een patiënt ziek is geworden en hoe de ziekte zich verder zal ontwikkelen. Omdat er nog weinig geweten is, bestaan er voor veel van deze longziektes nog steeds geen goede behandelingen. Tot op vandaag sterven dan ook zeer veel patiënten als gevolg van een longziekte.

 VAN JUWELEN TOT KANKERBESTRIJDINGGOUD NANODEELTJES DOOR DE OGEN VAN EEN ELECTRONENMICROSCOOPOp macroscopische schaal wordt goud vaak gebruikt bij het creëren van juwelen. Echter, goud nanodeeltjes hebben een veelvoud aan toepassingen. Zo kunnen ze bijvoorbeeld in de medische wereld gebruikt worden in de strijd tegen kanker. In de toekomst zullen de mogelijkheden van het gebruik van deze deeltjes toenemen. Hiervoor moet onder andere de structuur van de deeltjes grondig geanalyseerd worden. Moderne elektronenmicroscopie is daarbij van cruciaal belang.

Voorgoed verlost van recidiverende tandvleesontstekingen            Een tandvleesontsteking lijkt een banaal probleem. Op lange termijn kan het onbehandeld echter leiden tot toegenomen tandmobiliteit en tanduitval. Verschillende geneesmiddelformulaties werden reeds ontwikkeld met tot doel het bestrijden van deze steeds terugkomende inflammatie. Vele bleken niet succesvol te zijn omwille van de technisch complexe aard waaraan de formulaties dienen te voldoen. Een nieuwe geneesmiddel vrijstellingstechniek, liquid crystals, kan de oplossing bieden.

 Grote stappen voorwaarts in de wetenschap gebeuren niet altijd door steeds dieper in te gaan op een steeds smaller wordend onderzoeksdomein - dit is wat we bedoelen met het begrip specialisatie. Vaak is het echter zeer nuttig door een stap terug te nemen en verschillende takken van de wetenschap met elkaar te combineren. Verschillende disciplines kunnen elkaar helpen en kunnen dezelfde problemen op een andere maar even juiste manier benaderen.Het werk in de Masterthesis van D.

 Hoe herken je een valse robijn? Het geheim ontrafeld.Al van in de tijd van de Egyptenaren wordt aan edelstenen een zeer hoge waarde toegekend. Deze is te verklaren door het te lage aanbod dat de vraag niet kan volgen. In de modernere tijden zijn synthetische edelstenen op de markt gekomen met dezelfde samenstelling en eigenschappen om dit gat in de markt op te vullen. Deze synthetische stenen worden nu verkocht aan de prijs van de authentieke edelstenen hoewel deze minder kosten in productie en op zich lager in waarde geacht worden omdat ze namaak zijn.

 

Benjamien Moeyaert
 
Scherper beeld dankzij fluorescente proteïnen.
 
Wie vandaag langs de kusten van Friday Harbor in Washington wandelt en zich aan een snorkelpartij in het frisse water waagt, heeft veel kans om grote scholen lichtgevende kwallen in het visier te krijgen. Dat was niet anders in de zestiger jaren, toen Osamu Shimomura, een Japans onderzoeker, naar de universiteit van Princeton trok om onderzoek te doen naar deze merkwaardige waterorganismen.