Scriptiebank overzicht

In dit project vertrekken we vanuit de VDJ db. Dit is een publiekelijke data bank met TCR epitoop koppels waarvoor er een binding werd gedetecteerd. Deze data bank wordt gebruikt om machine learning en deep learning modellen te bouwen. Het ultieme doel is uiteindelijk om 1) voor een nieuw TCR epitoop koppel, de kans op een binding te bepalen en 2) voor een epitoop een geschikte TCR te bouwen zodanig dat de kans op de binding tussen het epitoop en de gebouwde TCR groot is.

De ziekte van Charcot-Marie-Tooth type 1A (CMT1A) is de meest voorkomende genetische zenuwziekte van het perifere zenuwstelsel, waar tot op heden nog geen therapie voor bestaat. In deze scriptie werd er gekeken naar de ziekte-gerelateerde Schwann cellen en hun verandering in membraan- en veteigenschappen in onze humane stam cell modellen. De experimenten van deze scriptie verduidelijken een belangrijk aspect van de CMT1A pathologie.

In vitro onderzoek naar het potentieel van Saccharomyces cerevisiae en Lactobacillus gebaseerde probiotica tegen vaginale candidiasis.

Er wordt onderzocht of een verbod op commercieel draagmoederschap noodzakelijk is vanuit mensenrechtelijk en rechtsvergelijkend perspectief. Uiteindelijk wordt een aanbevelend voorstel geschreven.

Door middel van een literatuuronderzoek werd er onderzocht of vrouwen met pre-eclampsie tijdens de zwangerschap een verhoogde kans hebben op het krijgen van een kind met autismespectrumstoornis. Het werkingsmechanisme op de hersenontwikkeling wordt bondig uitgelegd. Bovendien kon de masterproef aantonen dat er een verhoogd risico op autismespectrumstoornis is.

Het doel van de uitgevoerde validatie is nagaan of GGO’s ook met digital droplet PCR (ddPCR) op een betrouwbare manier gekwantificeerd kunnen worden, net zoals met real-time PCR. Er werd onderzocht of de real-time PCR-methoden in digital droplet PCR-formaat kunnen toegepast worden.

In deze scriptie bespreek ik vier van de meest voorkomende ethische bezwaren tegen de nieuwe revolutionaire techniek CRISPR.

Analyse van de internationalisatie van het academische onderzoek aan de Vlaamse universiteiten. Analyse vanuit het Science Diplomacy/wetenschapsdiplomatie domein.

De beslissing over te gaan tot donorconceptie brengt heel wat vragen en uitdagingen met zich mee. Ook tijdens het opgroeien van het kind kunnen zich (nieuwe) vragen voordoen. Waar kunnen (wens)ouders en hun donorgezinnen terecht met al deze vragen? Fertiliteitscentra richten zich voornamelijk tot de (psychologische) begeleiding voor en tijdens de behandeling. Er lijkt dan ook nood te zijn aan en laagdrempelig expertisecentrum. Hier kan elke (wens)ouder en zijn donorgezin terecht tijdens elke fase van de gezinsuitbreiding en nog lang nadien. Binnen de begeleiding staat het (toekomstige) kind en zijn belangen centraal.

Het is van mondiaal belang om alternatieve antibiotica te ontwikkelen om de antibioticaresistentie tegen te gaan. In dit onderzoek werd een stappenplan ontwikkeld om met hoge efficiëntie uitgebreid metagenomen te kunnen screenen voor lysines en dus lysine-bouwblokken. Met een techniek die vergeleken kan worden met Legoblokjes zal het mogelijk zijn om geoptimaliseerde lysines te maken die ingezet kunnen worden tegen tal van gevaarlijke bacteriën.

Met het optreden van borstkanker zijn een aantal risicofactoren geassocieerd. In deze scriptie werd gefocust op de genetische risicofactoren en hun rol bij het optreden van familiaal overerfbare borstkanker. Er wordt ook ingegaan op risicobepaling voor het optreden van dit soort kanker.

Deze script heeft tot doel de genomische diversiteit van B. fragilis te karakteriseren om de tegengestelde eigenschappen ervan beter te begrijpen door middel van een grootschalige studie die de populatiestructuur van meer dan 1.000 openbaar beschikbare B. fragilis-genomen analyseert. We identificeren welke afstammingslijnen aanwezig in de populatie van B. fragilis geassocieerd zijn met specifieke functionele eigenschappen of mobiele elementen. De detectie van samenvallende genen, evenals recombinante regio's, zijn nodig om mobiele elementen te identificeren, maar ook de invloed van mobiele elementen en recombinatie op de evolutie van B. fragilis.

Met behulp van een metabolische netwerkmodel werden de beste genetische ingrepen gezocht die het metabolisme van de bacterie Bacillus subtilis optimaliseren voor biologische ammoniakproductie uit proteïnes. Op die manier kan dit bijdragen aan het sluiten van de menselijke stikstofcyclus.

De gelijkenissen en de verschillen tussen de bekende bloedtransfusies en orgaantransplantaties. Wat de valkuilen zijn bij spierweefseltransplantaties en hoe deze valkuilen kunnen worden aangepakt.

Wat zijn de veranderingen in het gangpatroon en spierkracht van de onderste ledematen bij ouder worden kinderen met de ziekte van Duchenne? En hoe is het pathologische gangpatroon gelinkt aan de onderliggende spiermechanismes? Deze vragen bestudeerden we in onze masterproef met een longitudinaal design.

Onderzoek naar de geschiedenis en de meest voorkomende aandoeningen bij de Hongaarse Vizsla en de mogelijke invloeden op deze aandoeningen. Met de kennis zouden fokkers deze aandoeningen beter moeten kunnen terugdringen.

Ouderbegeleiding wordt steeds belangrijker binnen de logopedische taalinterventie. Momenteel zijn er slechts weinig ouderbegeleidingsprogramma's voorhanden. Om aan die noodzaak te voldoen heeft de VVL het ouderbegeleidingsprogramma Hand in Hand ontwikkeld. In dit bachelorproefproject werden twee observatielijsten opgesteld om na te gaan of het programma effectief is.

Ik bestudeerde de interactie van twee genen die van belang zijn voor het 16p11.2 deletiesyndroom in zebravissen. Door het kijken naar hun gedrag bleek dat de GABA-ergische inhibitorische neuronen een belangrijke rol spelen in het veroorzaken van symptomen.

Inflammatoire darmziekten komen steeds vaker voor en hebben ook een grote invloed op het leven van de patiënt. IBD heeft vooral gevolgen voor de opvoeding van de kinderen en om deze gevolgen te minimaliseren werd er een educatieboekje omtrent IBD gemaakt voor kinderen.

This project examines the contribution of a specific brain region, the posterior paralaminar nuclei of the thalamus (PPnT), to innate stopping behavior in mice. We found that inhibition of the PPnT facilitates habituation to repeated stimulation of NTSR neurons in the superior colliculus. These results have implications for understanding and treating similar circuits involved in human disease, such as in post-traumatic stress disorder.

Bepaling van de fundamentele aspecten die nodig zijn voor de reversibele immortalisatie van humane corneale endotheelcellen met de focus op gen introductie.

Metabarcoding studie naar de invloed van chitine op het microbioom van slaplanten, gevolgd door een genoomonderzoek van de schimmel Mortierella hyalina.

Biotechnologische oplossing voor waterschaarste met behulp van synthetische biologie. Een projectvoorstel om deel te nemen aan iGEM, een internationale competitie. Ons uiteindelijk doel is de creatie van een alternatief middel voor cloud seeding.

Deze scriptie geeft een overzicht van ZFN, TALENs, CRISPR-Cas9 en CRISPRi, dit allemaal toegepast op het zebravis modelorganisme

Zowel het diagnoseproces als de behandeling van Trombotische Trombocytopenische Purpura (TTP) blijven een struikelblok. Daarom handelt deze studie over beide aspecten van deze zeldzame maar levensbedreigende ziekte.

In deze studie wordt het positief effect vastgesteld van groene infrastructuur bij het restauratieproces van kalkgraslanden in zuidelijk België.

Sinds april 2014 worden er in verschillende heidegebieden rondom Brugge bemonsterd door medewerkers van het KBIN. In deze scriptie wordt er onderzocht wat voor effect het recente heidebeheer in Brugge heeft op de lokale Orthoptera (sprinkhanen en krekel) populatie.

Door het simuleren van individuele geologische processen, verkrijgt men meer inzicht in de evolutie van het carbonaatplatform van de Malediven. Het resulterende 3D model, geeft de opbouw en samenstelling van de ondergrond weer tussen verschillende controlepunten.

Structurele optimalisatie wordt al enkele decennia onderzocht, met als motivatie het besparen van materiaal en ingenieurstijd bij het ontwerp van de draagstructuur van een bouwwerk. Hoewel de methodes in de wetenschappelijke literatuur erg veelbelovend zijn, blijft de toepassing ervan in de praktijk uit. In dit onderzoek wordt de haalbaarheid van een gewichtsminimalisatie in een realistische context nagegaan d.m.v. een representatieve ‘case study’.

Het grootste probleem voor mensen die een levensreddende longtransplantatie nodig hebben blijft een nijpend orgaantekort. De techniek van ex vivo long perfusie waarbij longen op lichaamstemperatuur worden bewaard, geanalyseerd en hersteld speelt een steeds grotere rol in het onderzoek om het aantal donorlongen te vergroten. Wij beschrijven deze techniek en alle mogelijke hulpstoffen die suboptimale longen toch geschikt voor transplantatie kunnen maken.