Scriptiebank overzicht

Deze masterthesis onderzoekt hoe endotheelcellen, die van nature niet gespecialiseerd zijn in antigeenpresentatie, toch een actieve rol kunnen spelen in de opwekking van anti-tumor T-celrespons. Wanneer kankercellen sterven via immunogene celdood (ICD), stoten ze specifieke signalen (DAMPs) uit die het omliggende weefsel activeren. Het onderzoek toont expliciet aan dat endotheelcellen, ondanks dat ze geen professionele antigeenpresenterende cellen (APC's) zijn zoals dendritische cellen, door deze ICD-signalen "opgeleid" kunnen worden om toch antigenen van tumorcellen op te nemen en te presenteren via MHC-moleculen. Zo fungeren ze als niet-professionele APC's die bijdragen aan de anti-tumor immuunrespons.
Met behulp van co-cultuursystemen (MS1 en HUVEC endotheelcellen), CRISPR-Cas9 knockouts (CD74, CD80, H2-D1) en in vivo vaccinatiemodellen werd onderzocht in welke mate deze niet-professionele antigeenpresentatie door endotheelcellen bijdraagt aan het activeren van T-cellen tegen tumoren. Dit werk draagt bij aan het begrijpen van de tumor micro-omgeving en biedt mogelijk nieuwe aanknopingspunten voor kankerimmuuntherapie.

De scriptie behandelt de CINtec PLUS Cytologietest (Roche), een diagnostische test voor het opsporen van cellen in baarmoederhalsuitstrijkjes met een verhoogd risico op kanker. De test detecteert de co-expressie van de biomarkers p16 en Ki‑67, die informatie geven over ongecontroleerde celgroei. Tijdens de implementatie bij het Institut de Pathologie et de Génétique (IPG) werd de test uitgebreid geverifieerd op juistheid, herhaalbaarheid, reproduceerbaarheid en robuustheid om de betrouwbaarheid te bevestigen. Het doel van de test is het aantal vals-positieve resultaten te verminderen, zodat onnodige vervolgonderzoeken en stress bij vrouwen beperkt worden.

Fibroblasten zijn een diverse groep cellen die zorgen voor het onderhoud van de extracellulaire matrix (ECM). Ze kunnen inactief zijn (quiescente fibroblasten) of actief (myofibroblasten). De actieve myofibroblast, herkenbaar aan het eiwit α-smooth muscle actin (αSMA), speelt een belangrijke rol bij wondgenezing en fibrose. Een speciale subgroep hiervan zijn de kanker-geassocieerde fibroblasten (CAFs), die in de tumoromgeving bijdragen aan tumorgroei en uitzaaiing. Hun activatie wordt gestimuleerd door factoren zoals TGF-β en mechanische spanning vanuit de ECM, wat een terugkoppelingslus creëert: spanning activeert CAFs, en CAFs versterken op hun beurt de spanning door ECM-remodellering.
In deze studie werd de mechanobiologie van CAFs onderzocht met behulp van een FRET-gebaseerde vinculine-tensiesensor, die mechanische krachten in focale adhesies meet. Er werd vergeleken tussen onbehandelde CAFs en met TGF-β geactiveerde (myofibroblast-achtige) CAFs. De geactiveerde cellen vertoonden hogere mechanische spanning in vinculine en meer adhesiecomplexen per cel, wat wijst op grotere contractiliteit.
Daarnaast werd geprobeerd een fluorescente reporter te ontwikkelen om de differentiatie in levende cellen te volgen. De gebruikte ACTA2-promotor bleek echter onvoldoende actief, maar het concept biedt aanknopingspunten voor verdere optimalisatie.
Conclusie: TGF-β zorgt voor snelle en efficiënte differentiatie van CAFs naar een meer contractiel, myofibroblastachtig type met verhoogde mechanische spanning in vinculine. Dit benadrukt het belang van mechanotransductie bij CAF-activatie en hun interactie met de tumoromgeving.

Recurrent glioblastoma (rGB) remains to have a 5-year survival of <10%. Current treatments consist of re-resection, re-irradiation and/or immunotherapy, but therapy resistance remains unresolved due to multiple factors, such as the blood-brain-barrier, high tumor heterogeneity and an immunosuppressive tumor microenvironment. In this context, CAR T-cell therapy is emerging as a promising approach. In particular, the use of nanobodies (Nbs) as the antigen binding moiety overcomes limitations such as tonic signaling and immunogenicity, commonly associated with scFv-based CARs. CAR T-cell therapies targeting B7-H3 showed promising results in the treatment of rGB, but in vivo toxicity has been recently described, highlighting the need for improved CAR designs. In this thesis, we developed an mRNA-based platform to identify the most efficient CAR design as an alternative to the laborious and time-consuming methods currently available. Briefly, we developed an mRNA-based approach for the production of mRNA encoding NanoCAR variants and the screening of NanoCAR functionality, comparing it to a plasmid-derived mRNA NanoCAR. We used our optimized workflow, to select previously evaluated NanoCAR T-cells which resulted in the same lead being selected. Therefore, we applied our technology to generate B7-H3 NanoCAR T-cells and selected four candidates for further development. Finally, we tested B7-H3 mRNA NanoCAR T-cells in vivo to evaluate if a transient expression would be sufficient to address the toxicity issue. Overall, we showed that our mRNA platform is a promising alternative to the current methods for CAR screening allowing us to select new B7-H3 NanoCAR T-cells and further proceed with their characterization.

Bekijken of er een verschil is in nutritionele samenstelling tussen goedkopere huismerken en duurdere A-merk vleesvervangers in België. Bevatten A-merk vleesvervangers een betere samenstelling of niet?

De steeds toenemende hoeveelheid voedselafval en de vraag naar alternatieve eiwitbronnen zorgen voor extra belangstelling in de industrialisering van de zwarte soldatenvlieg larven (BSFL) kweek. BSFL worden steeds meer erkend vanwege hun potentieel voor duurzaam afvalbeheer en als eiwitrijke voedselbron vanwege hun vermogen om organisch afval om te zetten in waardevolle biomassa. Echter is de invloed van hun darmmicrobiota op hun groei en ontwikkeling nog onvoldoende bekend.

Deze studie richt zich op de ontwikkeling en optimalisatie van een axenisch (kiemvrij)
model voor BSFL, Hermetia illucens, om de rol van de microbiota in de larvale ontwikkeling beter te begrijpen en de efficiëntie van op BSFL gebaseerde bioconversie-systemen
te verbeteren. De sterilisatie van BSFL-eieren werd uiteindelijk bereikt door afwisselende behandelingen met ethanol en natriumhypochloriet.

Vervolgens werden de axenische larven gekweekt op verschillende behandelingen en met elkaar vergeleken. De onderzochte behandelingen waren steriele, niet-steriele en voorgeïncubeerde vormen van kippenvoer en tarwezemelen. Door voorafgaande incubatie konden micro-organismen, voor sterilisatie, potentieel gunstige metabolieten produceren. Met deze proefopzet kon worden beoordeeld of deze microbiële metabolieten de groei konden ondersteunen zonder de aanwezigheid van levende micro-organismen. Hieruit is er dan gebleken dat de microbiële activiteit een positieve invloed heeft op de groei van axenische BSFL voor het minder kwaliteitsvolle tarwezemelen als kweeksubstraat.

Kippenvoer en tarwezemelen bieden echter een beperkte flexibiliteit bij het aanpassen van hun samenstelling. Hiervoor zijn op bouillon gebaseerde diëten een veelbelovende
oplossing. Echter is er gebleken dat de larven een driedimensionale structuur nodig hebben om hun natuurlijke kruip- en voedingsgedrag te ondersteunen. Uit de onderzochte bouillons en matrices, leverde vlas in combinatie met een eiwitrijke bouillon de beste resultaten op. Daarmee is dit dieet veelbelovend voor toekomstig onderzoek naar optimalisatie van de kweeksubstraten.

In woonzorgcentra gaan ondervoeding en voedselverspilling vaak hand in hand. Bewoners krijgen weliswaar uitgebalanceerde maaltijden, maar eten daar vaak slechts een deel van op. Het gevolg: ouderen krijgen te weinig voedingsstoffen binnen en grote hoeveelheden eten verdwijnen in de vuilnisbak. Bestaande opvolgsystemen bieden weinig soelaas: ze zijn arbeidsintensief, houden geen rekening met restjes, of falen bij gemixte en gepureerde maaltijden.

Daarom ontwikkelde ik LeftoVision, een computersysteem dat met behulp van beeldherkenning automatisch berekent hoeveel bewoners eten én hoeveel er wordt verspild. Het systeem vergelijkt foto’s van een maaltijd vóór en na consumptie, herkent de verschillende voedselcomponenten, schat hun gewicht en koppelt dit aan een voedingsdatabank. De resultaten worden bewaard in het Obelisk Core dataplatform en overzichtelijk weergegeven in een dashboard voor zorgverleners.

In tests behaalde LeftoVision een gemiddelde foutmarge van 22 gram per maaltijdonderdeel, voldoende nauwkeurig om kleine verschillen te detecteren. Het systeem vormt zo een belangrijke stap naar datagedreven zorg in woonzorgcentra, met als doel zowel de gezondheid van bewoners te verbeteren als voedselverspilling te beperken.

De studie richt zich op het optimaliseren van groeimedia voor darmbacteriën van honingbijen, die een cruciale rol spelen in de gezondheid van bijen en hun kolonies. Omdat standaard kweekmedia vaak niet geschikt zijn, is onderzocht welke aangepaste media nodig zijn voor verschillende bacteriesoorten zoals Commensalibacter, Gilliamella, Snodgrasella, Apibacter en Bombella.

Uit de resultaten blijkt dat toevoeging van charcoal de groei kan bevorderen door schadelijke stoffen te binden, maar dat elke bacteriesoort zijn eigen voorkeur heeft voor specifieke media. Er bestaat dus geen universeel groeimedium. Dit betekent dat toekomstig onderzoek zich moet richten op soorten-specifieke media of co-culturen die de natuurlijke darmomgeving nabootsen.

Het onderzoek is niet alleen technisch relevant, maar draagt ook bij aan betere inzichten in bijengezondheid, mogelijke probiotica voor bijen en breder microbioomonderzoek. De kernconclusie: de gezondheid van bijen begint bij hun darmmicroben, en hun bestudering begint bij het juiste groeimedium.

Vloeibaar water van hoge kwaliteit is een van de belangrijkste zaken op aarde. Deze moet koste wat het kost behouden blijven. Bedrijven en gemeenschappen dragen hieraan toe door hun afvalwater te zuiveren, alvorens het in de natuur te lozen. Hoewel dit proces zorgt voor natuurlijke wateren van hogere kwaliteit, heeft dit proces ook zijn keerzijde, namelijk de productie van enorme hoeveelheden afvalslib. Tot hiertoe is nog geen grootschalige toepassing gevonden voor het recycleren van deze afvalstroom. Met dit werk, wil ik graag kijken naar een mogelijke toepassing van het afvalslib, meer bepaald het gebruik van EPS als hydrogel. Hierbij wordt gekeken naar de verschillende stappen van dit proces.

In een eerste stap wordt gekeken welke componenten het meeste potentieel tonen om gebruikt te worden. in een bepaalde toepassing. Na een literatuurstudie blijkt dat de extracellulaire polymere substanties of EPS het meeste potentieel tonen. Het proces gaande van afvalslib naar toepassing van EPS bestaat echter uit heel wat verschillende stappen. Deze thesis focust op deze verschillende stappen, vertrekkend bij de extractie van EPS uit het afvalslib. In dit werk worden vier extractieprotocols met elkaar vergeleken, aan de hand van kwalitatieve en kwantitatieve criteria. Op basis hiervan is het meest optimale extractieprotocol geselecteerd.

In een volgende stap zijn dan EPS'en van verschillende bronnen chemisch gekarakteriseerd, om na te gaan of EPS van verschillende bronnen ook verschillende samenstellingen hebben. Met behulp van verschillende technieken blijkt dat de samenstelling van EPS soortafhankelijk is. Elke bron van EPS resulteert dus in materiaal met een unieke compositie.

Om vervolgens na te gaan wat voor effecten dit heeft op de toepassingen van EPS, zijn EPS van vier verschillende industriële slibben gebruikt om hydrogels te maken, aan de hand van een 3D-geprinte mal. Met behulp van reologie zijn dan de mechanische eigenschappen van deze hydrogels getest. Deze resultaten zijn vervolgens gebruikt om het mechanisch gedrag van de EPS te linken aan hunchemische samenstelling. Door de complexe compositie van de EPS was het vinden van zo'n relatie echter niet mogelijk.

Straling redt niet alleen kankerpatiënten, maar kan ook levensbedreigende hartritmestoornissen bestrijden. STAR, een nieuwe radiotherapietechniek, doet dit met één gerichte dosis volledig niet-invasief (zonder operatie!). Hoe STAR precies werkt, blijft een mysterie. Mijn onderzoek geeft voor het eerst inzicht in hoe het hart op deze radiotherapie reageert, en onthult een mogelijk werkingsmechanisme.

Immunohistochemie (IHC) is een essentiële techniek in de pathologie voor het detecteren van specifieke eiwitten in weefselmonsters. Dit onderzoek richt zich op de optimalisatie en validatie van de antilichamen humaan herpesvirus 8 (HHV8) en BRCA1-geassocieerd eiwit-1 (BAP1) op het geautomatiseerde Dako Omnis-systeem (Agilent Technologies), met als doel een betrouwbaar IHC-protocol te ontwikkelen voor diagnostisch gebruik. HHV8, een oncogeen virus geassocieerd met Kaposi’s sarcoom, en BAP1, een tumorsuppressoreiwit, spelen een belangrijke rol in de diagnostiek van
diverse maligniteiten. Het onderzoek omvat de analyse van 20 weefselstalen per antilichaam, verdeeld over positieve en negatieve stalen, en maakt gebruik van horseradish peroxidase (HRP) en diaminobenzidine (DAB) als detectiesystemen. De validatiecriteria omvatten de beoordeling van de juistheid, waarbij pathologen automatisch zowel de sensitiviteit als de specificiteit van de kleuringen evalueren.
De resultaten tonen aan dat de optimalisatie van het HHV8-protocol met een aangepaste incubatietijd resulteert in een betrouwbare kleuring van positieve controlemonsters. Evenzo werd het BAP1-protocol gevalideerd met succes, waarbij positieve expressie in epitheliale cellen werd waargenomen. De validatie van zowel HHV8 als BAP1 voldeed aan de gestelde aanvaardbaarheidscriteria, waardoor de toepasbaarheid van de IHC-kleuringen voor diagnostische doeleinden wordt bevestigd. Dit onderzoek levert een robuust en reproduceerbaar protocol voor beide antilichamen op het Dako Omnis-systeem, wat bijdraagt aan de verbetering van de diagnostische nauwkeurigheid in de pathologie. Daarnaast draagt dit protocol specifiek bij aan de optimalisatie van de diagnostische processen binnen het labo anatomo-pathologie in het Ziekenhuis Oost-Limburg (ZOL).

Introductie:
Deze bachelorproef richt zich op vijf veelvoorkomende aandoeningen: hypothyroïdie, hyperthyroïdie, hepatitis B, ijzergebreksanemie en chronische lymfatische leukemie (CLL). De pathofysiologie en diagnostiek van elke aandoening is verschillend. De medische laboratoriumdiagnostiek is essentieel om een diagnose vast te stellen, een behandeling op te starten of aan te passen en om het verloop van de ziekte op te volgen.
Doel:
Deze casusbespreking heeft als doel om beter te begrijpen hoe diverse laboratoriumdiagnostiek bijdraagt aan het stellen van diagnoses en het opvolgen van behandelingen. Door casussen te onderzoeken, wordt vastgesteld welke laboratoriumparameters afwijkend zijn, op welke manier ze verschillen per aandoening en wat hun klinische betekenis is.
Materiaal & methoden:
De laboratoriumtesten werden uitgevoerd op geavanceerde toestellen. De Cobas e801 (Roche) bepaalde laboratoriumparameters aan de hand van elektrochemiluminescente-immunoassays. Sommige parameters werden volgens het sandwich principe bepaald, terwijl andere parameters volgens het competitief principe werden bepaald. Daarnaast is er de Cobas c702 (Roche) die biologische parameters heeft gemeten aan de hand van fotometrie op twee manieren: turbidimetrisch of colorimetrisch enzymatisch. De hematologische aandoeningen werden voornamelijk bepaald door de Sysmex-XN. Deze automatische celteller heeft zowel erytrocytaire, trombocytaire als leukocytaire parameters gemeten. Bovendien maakte de Sysmex-SP bij een afwijkend resultaat steeds een bloeduitsrijkje. Deze bloeduitsrijkjes werden steeds geanalyseerd met de Cellavision DM.
Resultaten:
De resultaten van de casussen bevestigen de typische laboratoriumafwijkingen voor elke aandoening. Hypothyroïdie wordt gekenmerkt door een afname van FT4 en een toename van TSH, terwijl hyperthyroïdie wordt gekenmerkt door een verlaagde TSH en een toename van FT3 en FT4. De positieve uitslag voor HBsAg, anti-HBc en een verhoogd leverenzym ALT bevestigen de aanwezigheid van een hepatitis B infectie. CLL wordt gekarakteriseerd door een hoger aantal lymfocyten, abnormale morfologie en afwijkende scattergram. De lage waarden voor Hb, MCV, ferritine, ijzer en ijzersaturatie tonen aan dat het wel degelijk gaat om de aandoening ijzergebreksanemie.
Conclusie:
Deze bachelorproef laat zien dat laboratoriumdiagnostiek cruciaal is om diagnoses te stellen en om de voortgang van de bestudeerde aandoeningen op te volgen. Het toepassen van technologieën zoals de Cobas- en Sysmex- toestellen levert betrouwbare uitkomsten die essentieel zijn voor een nauwkeurige klinische beslissing. Het juist interpreteren van laboratoriumresultaten is cruciaal voor een doeltreffende behandeling van de patiënt.

Het ontdekken van nieuwe interacties tussen geneesmiddelen en proteïne-doelwitten (DTIs) is cruciaal voor therapeutische innovatie, maar experimentele validatie is kostelijk
en schaalt niet naar de astronomische omvang van chemische mogelijkheden. Heterogene, schaarse bindingsdata en beperkte diversiteit belemmeren robuuste voorspelling en de mogelijkheden voor in silico moleculaire ontwerp. Deze scriptie presenteert een geïntegreerd raamwerk dat data, representaties en modellen opschaalt voor DTI-voorspelling en doelwit-gestuurd de novo geneesmiddelontwerp.

Een gecombineerd DTI-corpus (339k interacties) en twee grote pretrainingsbronnen werden samengesteld om zowel supervised als unsupervised leerdoelen te ondersteunen. Centraal in het raamwerk is een flexibele, modulaire multi-branch architectuur: elke branch van het model (geneesmiddel of doelwit) kan geïnstantieerd worden als een encoder met enkele invoer, of als een multi-invoer-encoder die complementaire representaties fuseert (bijv. graaf, vingerafdruk, aminozuursequentie, DNA-signalen).
De geneesmiddel branch kan ook een variatie-sampling kop en een latent-gestuurde, discrete diffusie gebaseerde moleculaire graaf-generator omvatten. Branches kunnen
gezamenlijk getraind worden voor supervised DTI-voorspelling, of onafhankelijk met unsupervised/self-supervised leerdoelen om biologische voorkennis langs domeinen
heen in te brengen.

Resultaten tonen een regime-afhankelijk beeld: in data-arme regimes zijn foundationmodel embeddings het effectiefst, terwijl moleculaire vingerafdrukken de leiding hebben
wanneer data abundant zijn. Analyses tonen aan dat geneesmiddel-representaties de DTI-voorspellingsnauwkeurigheid sturen, met graaf-gebaseerde representaties als
meest invloedrijk; aminozuur- en DNA-signalen zijn complementair voor proteïnen. Algemeen verduidelijkt deze studie wanneer en hoe leren van meerdere representaties
en transfer learning helpen, biedt het een reproduceerbare basis voor DTI-voorspelling, en toont het de haalbaarheid aan van latent-gestuurde omgekeerde diffusie voor het
genereren van chemisch valide, doelwit-specifieke moleculen waarvan de farmacofore kenmerken consistent zijn met de bredere biochemische literatuur.

In mijn scriptie heb ik de correlatie gezocht tussen fosforylatie van AtEH1 bij 28 °C en het omhoogbewegen van de bladeren ten gevolge van temperatuur. Hiervoor heb ik overexpressielijnen getest, maar ook complementatielijnen. Het doel van de complementatielijnen was om te zien of er een nefast effect was wanneer de eiwitten gemuteerd werden om fosfodood of fosfonabootsend te zijn.

Voeding is altijd een belangrijk onderdeel van mensen hun leven geweest en meer dan ooit is er nood aan concrete en betrouwbare informatie over voeding op maat van de consument. Adviezen over wat ‘gezonde voeding’ nu juist inhoudt en modellen die mensen visueel helpen om tot een gezond voedingspatroon te komen, worden al meerdere decennia gepubliceerd. In België werd het eerste officiële voorlichtingsmodel, het Klavertje Vier, in de jaren 1960 gepubliceerd en de daaropvolgende jaren veranderden voedingsvoorlichtingsmodellen drastisch. Het doel is te achterhalen hoe deze modellen zijn geëvolueerd tot de Voedingsdriehoek zoals we hem vandaag kennen. En te kijken op welke informatie de Belgische en later de Vlaamse overheid zich baseerde om deze modellen te creëren.
Aan de hand van een uitgebreide literatuurstudie zijn we allereerst op zoek gegaan naar de evolutie van de voedingswetenschap omdat dit de basis is van voedingseducatie en voorlichtingsmodellen. De kennisbank van het CAG en (achtergronddocumenten van) Gezond Leven brachten waardevolle informatie aan. Vervolgens onderzochten we de oorsprong van voedingseducatie waarbij het CAG en artikels gepubliceerd door Peter Scholliers en historische kookboeken zoals ‘Ons Kookboek’ interessante bronnen waren. Voor de evolutie van de modellen hebben we diverse bronnen geraadpleegd: websites, boeken en kookboeken... Ook hebben we Erika Vanhauwaert geïnterviewd, zij stond namelijk aan de basis van de ontwikkeling van de Voedingsdriehoek, waardoor ze waardevolle ongepubliceerde informatie kon geven. Krantenartikels uit De Standaard en HLN, gaven ons een breed beeld van wat de reactie was op de modellen door het algemene publiek en experten.
Voedingsvoorlichtingmodellen zijn vaak veranderd in Vlaanderen doorheen de jaren. Sinds het begin van voedingsonderzoek in de late 19e eeuw tot nu is voedingsvoorlichting geëvolueerd van simpele brochures en boekjes om deficiëntieziekten te voorkomen, naar visuele modellen op voedingsmiddelenniveau om welvaartsaandoeningen te voorkomen en naar modellen die een zo holistisch mogelijk beeld proberen te schetsen van voedingspatronen. Voedingsadviezen werden eerst door zowat iedereen verspreid, maar vandaag de dag houdt de overheid zich bezig met de publicatie van een eenduidig voorlichtingsmodel. Ook het doelpubliek waartoe de modellen zich richtten veranderde, eerst waren het vooral educatietools voor gezondheidsprofessionals, waarna ze meer en meer voor de algemene bevolking werden ontwikkeld. Het onderzoek dat voorafgaat aan de publicatie van de modellen wordt steeds uitgebreider met de jaren om zoveel mogelijk factoren te implementeren voor een zo integraal mogelijk beeld op gezondheid. Ondanks dit uitgebreid onderzoek stuiten de modellen echter steeds op kritiek en is het duidelijk dat modellen geregeld herzien en aangepast moeten worden om te blijven voldoen aan veranderingen in de maatschappij.
Voeding is een snel evoluerende wetenschap en van fundamenteel belang voor de algemene gezondheid. Uit het verleden leren we dat het belangrijk is om duidelijke en onderbouwde voedingsadviezen en voorlichtingsmodellen de wereld in te sturen die makkelijk te begrijpen zijn voor de algemene bevolking en aangepast worden op basis van de nieuwste wetenschappelijke consensus.

In mijn thesis heb ik een nieuw model ontwikkeld om gerichter onconventionele autofagie uit te schakelen, zonder daarbij conventionele autofagie te verstoren. Hierdoor kunnen we deze methode in de toekomst verder gebruiken om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken en het fysiologische belang van dit proces verder aan te tonen. Meer bepaald heb ik tijdens mijn thesis-onderzoek het model gevalideerd met verschillende read-outs (co-immunoprecipitatie, LC3-lipidatie, TNF-geïnduceerde celdood en ferritine afbraak). Daarnaast toonde ik ook aan dat onconventionele autofagie betrokken is bij ferroptose, hetgeen bevestigt dat mijn model gebruikt kan worden om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken.

Listeria monocytogenes is een voedselpathogeen die listeriose veroorzaakt. Dit is een groot gezondheidsrisico voor ouderen, zwangeren, kinderen en immuungecompromitteerde patiënten. De detectie van Listeria monocytogenes in de voedingsindustrie is heel belangrijk. In mijn scriptie onderzoek ik of het mogelijk is om Listeria monocytogenes te detecteren met Fourier-Transformatie Infrarood spectroscopie.

Recent onderzoek heeft aangetoond dat het innemen van ketonen na het sporten en voor het
slapengaan tijdens een intensief trainingsprogramma, symptomen van overbelasting vermindert, de
tolereerbare trainingsbelasting aan het einde van het programma verhoogt en de uithoudingsprestatie
met 15% verbetert. Maar kunnen ketonen ook de prestaties verbeteren tijdens een gebalanceerd
trainingsprogramma zonder overbelastingssymptomen?
Een nieuwe studie onderzocht deze vraag door 28 recreatief getrainde mannelijke wielrenners te laten
deelnemen aan een acht weken durend duurtrainingsprogramma. Ze kregen hierbij ofwel een ketonen
supplement ofwel een placebosupplement onmiddellijk na het sporten en 30 minuten voor het
slapengaan. Gedurende de studie werden op vier momenten, namelijk voor de trainingsperiode, na
drie weken, na zeven weken, en na de trainingsperiode, experimentele testen uitgevoerd, waaronder
een 30-minuten durende tijdrit en verschillende bloed- en spierstalen.
De resultaten tonen aan dat het innemen van ketonen leidt tot een duidelijke toename van ketonen
concentraties in het bloed. De deelnemers die ketonen innamen presteerden hierdoor 4% beter op de
30-minuten durende tijdrit dan de placebogroep en vertoonden daarbij ook een grotere stijging in de
maximale zuurstofopnamecapaciteit. Deze verbeteringen gingen gepaard met een toename in de
enzymactiviteit van citraatsynthase, een cruciaal enzyme voor de energieproductie in de
mitochondriën van de spieren.
We kunnen vervolgens concluderen dat, in afwezigheid van overbelastingssymptomen, ketonen
supplementatie de prestaties bij duurtraining verbetert door positieve veranderingen in de
mitochondriale inhoud te bewerkstelligen. Ketonen zijn daarmee een waardevolle aanvulling voor
atleten die hun uithoudingsprestatie willen verbeteren.

Deze bachelorproef onderzoekt het op maat 3D-printen van een gezonde snack op basis van eendenkroos, een eiwitrijk en duurzaam ingrediënt. Het onderzoek richt zich op het ontwikkelen van een personaliseerbaar recept dat kan worden aangepast aan de voedingsbehoeften van de consument. Het doel is een innovatieve snack te creëren die zowel voedzaam, milieuvriendelijk als afgestemd op individuele voorkeuren is.

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Achtergrond: 80-90% van de leverkankers worden beschouwd als een hepatocellulair carcinoom (HCC). Dit is een primaire tumor die ontstaat in de hepatocyten. Doordat HCC wordt geassocieerd met levercirrose en er een groot risico op metastasering bestaat, bedraagt de overlevingskans van patiënten slechts 50-70% binnen de vijf jaar. Een tumormerker om HCC te detecteren, is Glypican-3.

Doel: Het doel van deze bachelorproef omvat het optimaliseren en valideren van het monoklonaal antilichaam Glypican-3, zodat HCC in een vroeg stadium gedetecteerd kan worden in formol-gefixeerd humaan weefsel.

Methode: Om dit doel te bereiken, werd gebruik gemaakt van immuunhistochemie (IHC). Hierbij zal het antigen GPC3 opgespoord worden in weefsels, met behulp van het antilichaam. Het toestel dat voor deze proef gebruikt werd, is de Dako Omnis van Agilent. De kleuring werd vervolgens gevalideerd door de patholoog-anatoom aan de hand van vooropgestelde scoringscriteria en verwachtingen van NordiQC. Er kon eveneens een onderscheid gemaakt worden tussen resultaten van het ready-to-use (RTU) antilichaam en het geconcentreerd antilichaam.

Resultaten: De verkregen data geven aan dat het geconcentreerde antilichaam voldoet aan de gewenste criteria om de test succesvol te volbrengen. Bij het positieve controleweefsel kan het antigen-antilichaam complex gevisualiseerd worden door de bruine neerslag van 3‘3 diaminobenzidine. Bij de negatieve controleweefsels was, zoals gewenst, enkel de tegenkleuring van hematoxyline waarneembaar. Het RTU-antilichaam voldoet niet aan de eisen en is afgekeurd voor verder gebruik.

Conclusie: Het geconcentreerd antilichaam werd goedgekeurd voor routinematig gebruik op de Dako Omnis. Aan de hand van Glypican-3 kunnen de pathologen een duidelijk onderscheid maken tussen gezond leverweefsel en HCC. Glypican-3 is dus geschikt om HCC in een vroeg stadium op te sporen.

Kanker is nog steeds de belangrijkste doodsoorzaak wereldwijd. Lectinen, één van de belangrijkste groepen van suiker-bindende eiwitten, zijn veelbelovend als kankertherapie. Voortbouwend op dit potentieel werden tijdens deze thesis de effecten van het mannose-specifieke Dioclea megacarpa lectine (DmegA) en het galactose-specifieke Vatairea lundellii lectine (VLL) op verschillende kankercellen onderzocht. Vijf menselijke cellijnen werden geëxamineerd, namelijk de HeLa-, (baarmoederhalskanker), HT-1080- (fibrosarcoma), PANC-1- (pancreaskanker), MCF-7- (borstkanker) en NHDF-cellijnen (fibroblasten). Op basis van levensvatbaarheid, motiliteit en maatschappelijk belang, werden volgende cellijn-lectine combinaties gekozen: DmegA toegediend
aan PANC-1-cellen en VLL toegediend aan HT-1080-cellen.

De lectinen worden geïnternaliseerd in beide cellijnen. Deze observatie in combinatie met een verhoging in ROS-productie, caspase-9 activiteit en PUMA-expressie wijst op de activatie van de intrinsieke apoptose route. Bovendien onthulde de qPCR-analyse een verhoogde expressie van EDEM, een gen van belang in ER-stress. De cellulaire locatie van DmegA in PANC-1-cellen stemt hiermee overeen. Verder duidt het binden van de lectinen aan het celoppervlak, in combinatie met een verhoogde caspase-8 activiteit op de simultane activatie van de extrinsieke apoptose route.
Morfologische veranderingen van de cellen, namelijk vesikels aan het celoppervlak van HT-1080-cellen, en afbraak van de kern en afname van het celvolume van PANC-1-cellen, stroken verder met de activatie van deze routes. De qPCR-analyse impliceert ook de activatie van pyroptose in beide cellijnen, en mitofagie in de HT-1080-cellijn. DmegA en VLL zijn dus lectinen die apoptose en ERstress kunnen induceren in fibrosarcoma- en pancreaskankercellen.

Na een dwarslaesie worden B-cellen geactiveerd in de periferie, migreren ze naar het ruggenmerg en dragen ze bij aan een inflammatoire en autoreactieve immuunrespons die leidt tot verdere schade. Recentelijk hebben we verhoogde frequenties van CD74-positieve B-cellen aangetoond bij dwarslaesiepatiënten. CD74 fungeert als een receptor voor macrofaag migratie inhibitie factor (MIF) en in de aanwezigheid van accessoire eiwitten, waaronder de co-receptor CD44, activeert de binding van MIF aan CD74 signaalcascades die pro-inflammatoire B-celfuncties stimuleren. Desondanks is de MIF/CD74-as niet onderzocht in B-cellen na een dwarslaesie. Daarom hadden we als doel het immuunprofiel na SCI te bestuderen, evenals de expressie en bijdrage van de MIF/CD74-as aan B-celactivatie bij gezonde individuen en dwarslaesiepatiënten. Met behulp van flowcytometrie observeerden we hogere aantallen B-cellen en lagere NK-cel aantallen in de acute fase vergeleken met de subacute en chronische fasen na het letsel, wat suggereert dat ze respectievelijk betrokken zijn bij de vroege en latere fasen van een dwarslaesie. Bovendien werd een flowcytometriepanel geoptimaliseerd om de expressie van de MIF/CD74-as in B-cellen en andere immuuncellen te bestuderen. In B-cellen van gezonde individuen, observeerden we significante verminderingen in proliferatie en expressie van activatiemarkers CD80 en CD86 na CD44-blokkering, evenals een sterke dalende trend in B-celproliferatie bij MIF-remming. Al met al suggereren onze resultaten een rol voor B-cellen en de MIF/CD74-as bij het optreden van een dwarslaesie.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

In mijn scriptie kijken we naar een nieuwe behandeling tegen een glioblastoom, een kwaadaardige tumor in het steunweefsel van de hersenen.

Dit rapport gaat over de studie naar de ziekte van Alzheimer, specifiek naar de giftige effecten van amyloïde-bèta 42 (Aβ42) oligomeren, een eiwit betrokken bij deze ziekte. We hebben een single-domain antilichaam, genaamd DesAb-O, getest, dat specifiek deze Aβ42 oligomeren bindt. De resultaten tonen aan dat DesAb-O in staat is om de giftige effecten van deze oligomeren, zoals oxidatieve stress en mitochondriale disfunctie, te verminderen. Dit wijst erop dat DesAb-O veel potentieel heeft als diagnostisch hulpmiddel en mogelijk als behandeling voor Alzheimer.

Organen geprint op een 3D-bioprinter vereisen net als de organen in ons lichaam een functioneel netwerk van bloedvaten. In deze scriptie werd een nieuwe elastine-rijke bio-inkt ontwikkeld dat de bloedvatvorming zou toelaten. Dit resulteerde uit talrijke printbaarheidsevaluaties en fysiologische testen. Verder werd ook het potentieel van VEGF-producerende cellen geëvalueerd om de vorming van bloedvaten te stimuleren in 3D-gefabriceerde organen. Meer bepaald werden de eiwit productie en overleving van de cellen gekarakteriseerd. Dit werd gevolgd door een test-print waarin de aanwezigheid van VEGF-producerende cellen resulteerde in bloedvatvorming uit een bloedvatcellen aggregaat.

Core histones (H2A, H2B, H3, and H4) form nucleosomes, the basic units of chromatin, which compact DNA into chromatin fibers. Euchromatin, with loosely packed structure, facilitates transcription by allowing enzyme access to DNA, whereas heterochromatin's tight packing blocks transcription. Histone proteins contain tails rich in lysine and arginine residues, which undergo various posttranslational modifications (PTMs). These modifications influence the regulation of chromatin structure and gene activity. Post-translational modifications, such as histone lysine methylation, acetylation and phosphorylation are prevalent in various cancer types. The aim of the study is to detect and localize specific PTMs on histones by optimizing the existing method for nuclei isolation and sample purification. The research employs the OPM-2 cell line, for which sample preparation begins with the isolation and breakdown of the nuclei. Next, magnetic beads are utilized to purify the sample by binding the proteins and removing contaminants, followed by overnight digestion. After preparing the Evotips, the samples are injected into the Evosep One connected to the timsTOF HT for tandem MS analysis with trapped ion mobility. The addition of an extra washing step during nuclei isolation, which was tested during protocol adjustments, had no effect on the purity of the sample. Similarly, the separate addition of SDS and Benzonase during nuclei isolation showed no positive impact. When the effect of an additional protein purification step using 5 µl RPW cartridges was investigated, it led to a significant improvement in purity, with a lower total protein yield and histones being the most abundant proteins in the sample. With the latest optimization, nine peptides of interest on H3 could be detected. However, the evaluation of this optimized protocol is still ongoing and further optimization remains necessary.

Porcine congenital splay leg syndrome (PCS), ook wel bekend als ‘zwemmers’, is de
nummer één oorzaak van kreupelheid in pasgeboren biggen. Getroffen dieren kunnen zich amper voortbewegen en sterven vaak op een tragische manier. Ondanks de aanzienlijke impact van deze aandoening op de varkenshouderij, blijven de precieze oorzaken nog grotendeels onbekend. Maar er is hoop! Door middel van genome-wide association studies (GWAS) kon een veelbelovend gen worden geïdentificeerd dat mogelijks de sleutel kan zijn tot het begrijpen van zwemmers. Deze kennis biedt mogelijkheden voor genetische selectie en kan op jaarlijkse basis het welzijn van tienduizenden varkens verbeteren!