Scriptiebank overzicht

Confidentieel -> thesis doorgestuurd via e-mail

De 5-HT2A-receptor is het belangrijkste aangrijpingspunt van klassieke psychedelica. Een recente studie suggereerde dat cannabidiol (CBD) die receptor kan dempen als negatieve allosterische modulator. Omdat allosterische effecten vaak sterk afhangen van de proefopzet, onderzocht deze masterproef hoe robuust dat effect is. Daarvoor werden HEK293-cellen gebruikt waarin het aantal receptoren via tetracycline instelbaar was, met Ca²⁺-mobilisatie als uitlezing.
Bij hoge receptorexpressie had CBD geen effect, evenmin als zijn spiegelbeeldvorm (+)-CBD, de metabolieten 6-OH-CBD en 7-COOH-CBD en de beschreven positieve modulatoren oleamide en JPC0323. Bij lagere expressie verminderde CBD de maximale serotonine-respons met ongeveer 26%, maar alleen na een uur voorbehandeling met 10 µM. Mescaline-responsen waren gevoeliger. De effecten zijn bescheiden en sterk contextafhankelijk, dus hun fysiologische relevantie blijft onzeker. Verdere assays en controles op CBD-aggregatie zijn nodig.

Deze bachelorproef onderzocht de invloed van extreme pH-waarden en blootstellingsduur op de infectiviteit van het geitenpokkenvirus. Het virus werd blootgesteld aan zure pH-waarden van 2 tot 5 en basische pH-waarden van 10 tot 13 gedurende 1, 30 en 60 minuten. Met PCR werd nagegaan of viraal DNA na de behandeling nog aanwezig was, terwijl infectiviteitstesten bepaalden of het virus nog cellen kon infecteren. De resultaten toonden aan dat vooral extreme pH-waarden een sterke invloed hadden op de infectiviteit. Ook de blootstellingsduur speelde een belangrijke rol. Deze studie vormt een eerste stap in het onderzoeken van de invloed van pH op de infectiviteit van het virus. Verder onderzoek onder meer realistische omstandigheden is nodig om na te gaan in welke mate deze resultaten naar de praktijk kunnen worden vertaald.

De verspreiding van multiresistente bacteriën heeft geleid tot een antibioticaresistentie-crisis. Hierdoor is er een noodzaak voor het ontwikkelen van nieuwe antimicrobiële strategieën en een mogelijke oplossing is het gebruik van faagtherapiën. Fagen zijn virussen die specifiek bacteriën aanvallen. Ze bezitten receptor-bindende proteïnen (RBPs) die tijdens een infectie worden gebruikt voor het herkennen en hechten aan hun gastheer. In deze thesis werd onderzocht hoe fagen kunnen getraind worden om hun RBPs aan te passen om beter gewenste bacteriën aan te vallen.

Deze bachelorproef onderzoekt de mogelijkheden van artificiële intelligentie (AI) binnen de oncologische diëtetiek om de werkdruk van oncologische diëtisten te verlagen. Probleemstelling: De aanleiding voor dit onderzoek is de toenemende zorgvraag binnen de oncologie, gecombineerd met een hoge administratieve belasting en beperkte tijd voor individuele begeleiding. Hoewel AI theoretisch veel mogelijkheden biedt binnen de gezondheidszorg, blijkt de implementatie in de praktijk momenteel nog beperkt.
Methode: In deze bachelorproef werd onderzocht hoe Large Language Models via gestructureerde prompt engineering op een betrouwbare manier kunnen worden ingezet binnen de oncologische voedingszorg. Hiervoor werd eerst een bevraging afgenomen bij oncologische diëtisten om huidige noden, werkdruk, AI-gebruik en bezorgdheden rond AI in kaart te brengen. Daarnaast werd een literatuuronderzoek uitgevoerd naar recente prompttechnieken zoals role prompting, few-shot prompting, Chain-of-Thought prompting en Retrieval Augmented Generation. Vervolgens werden verschillende prompts en AI-modellen met elkaar vergeleken op basis van zowel kwantitatieve als kwalitatieve evaluatiecriteria. Met al deze bekomen informatie werd een praktische promptgids ontwikkeld en een prototype gebouwd waarmee gepersonaliseerde voedingsschema’s gegenereerd kunnen worden op basis van patiëntengegevens en nutritionele richtlijnen.
Resultaten: Uit de resultaten bleek dat oncologische diëtisten een hoge werkdruk ervaren en momenteel slechts beperkt gebruikmaken van AI, voornamelijk door bezorgdheden rond betrouwbaarheid, privacy en transparantie. De vergelijking tussen verschillende prompttechnieken toonde aan dat gestructureerde prompts die gebruik maken van gerichte prompttechnieken duidelijk betere resultaten opleverden dan eenvoudige prompts. De aangepaste prompts genereerden accuratere en consistenter voedingsschema’s die beter aansloten bij de ESPEN-richtlijnen en de klinische context van de patiënt. Daarnaast werden verschillen vastgesteld tussen de onderzochte AI-modellen. Sommige modellen slaagden er beter in om richtlijnen, symptomen en voedingsvereisten correct te integreren, terwijl andere modellen meer inconsistenties en afwijkingen vertoonden.
Besluit: Deze bachelorproef toont aan dat artificiële intelligentie een waardevolle ondersteunende rol kan spelen binnen de oncologische diëtetiek. Gestructureerde prompt engineering kan bijdragen aan meer consistente en klinisch relevante output.

De voedingsindustrie legt een grote druk op de natuur en haar hulpbronnen. Vooral de druk die de
vleesproductie uitoefent, kan niet worden genegeerd. Er is behoefte aan plantaardige alternatieve
eiwitbronnen om deze druk te verminderen. Zeewier zou een van deze alternatieven kunnen zijn,
aangezien het een goede eiwitbron vormt en bovendien andere voordelen biedt. De grootschalige
teelt van zowel marien als op het land gekweekt zeewier kent echter haar eigen beperkingen. De
mariene teelt is gevoelig voor omgevingsfactoren en grootschalige teelt op het land vereist een hoog
energieverbruik. Thuis gekweekt zeewier zou een oplossing kunnen bieden, omdat het minder
gevoelig is voor omgevingsfactoren en minder energie vereist door de opstelling aan te passen aan
wat strikt noodzakelijk is. Dit proefschrift richt zich op de kansen, beperkingen en haalbaarheid van
het thuis kweken van zeewier door de economische aspecten, de milieu-impact en de
maatschappelijke vereisten te onderzoeken. Antwoorden worden gevormd door informatie te
verzamelen uit literatuuronderzoek, interviews en een casestudy, ondersteund door een lijst met
indicatoren om een duurzame aanpak te waarborgen. Geconcludeerd kan worden dat het technisch
haalbaar is om zeewier te kweken, maar dat er nog steeds beperkingen zijn. Verontreiniging is een van
de belangrijkste beperkingen van het kweken van zeewier thuis, wat resulteert in bezorgdheden
omtrent voedselveiligheid. Afhankelijk van het gebruikte materiaal kunnen ook de kosten en
verminderde opbrengst een barrière vormen. Het blijkt vooral belangrijk om de zeewiersoort
zorgvuldig te kiezen en omgevingsomstandigheden aan te passen. Kweek heeft vooral mogelijkheden
voor educatie en bewust zijn en kan gezien worden als hobby.

Deze masterproef onderzoekt hoe keratine uit veren kan worden verwerkt tot een nieuw materiaal. Commercieel keratinepoeder uit eendenveren werd gecombineerd met twee chemische verbindingsmiddelen: glutaaraldehyde en genipine, een natuurlijke stof uit fruit. Beide stoffen verbonden de korte eiwitfragmenten tot samenhangende films. Glutaaraldehyde leverde sterkere, minder rekbare films op. Met genipine ontstonden donkerblauwe, buigzamere films, waarvan de sterkte en taaiheid toenamen bij een hogere geteste concentratie. Hoewel de films nog gevoelig zijn voor water, toont het onderzoek aan dat versnipperde verenkeratine opnieuw een vast materiaal kan vormen. Dit biedt een vertrekpunt voor de verdere ontwikkeling van biogebaseerde materialen.

Deze bachelorproef onderzocht of het pH-gevoelige eiwit T-SorTag potentieel kan worden gebruikt voor nucleaire beeldvorming van solide tumoren. Veel tumoren hebben een zuurdere omgeving dan gezond weefsel. T-SorTag is ontwikkeld om op die lagere pH te reageren. In het onderzoek werd nagegaan hoe het eiwit van structuur verandert bij een zure pH en hoe sterk het bindt aan MC38-darmkankercellen bij verschillende pH-waarden. Daarnaast werd T-SorTag gekoppeld aan een chelator en radioactief gelabeld met gallium-68. De resultaten toonden aan dat T-SorTag sterker aan de onderzochte kankercellen bindt naarmate de omgeving zuurder wordt. Ook na radioactieve labeling bleef dit pH-afhankelijke gedrag zichtbaar. Verdere optimalisatie van onder andere de conjugatie, stabiliteit en radiolabeling is nodig voordat het eiwit verder in vivo kan worden onderzocht.

(Severe) Combined Immunodeficiency ((S)CID) comprises a heterogeneous group of inborn errors of immunity (IEI) characterized by impaired T cell development and/or function. Recently, my host lab identified bi-allelic variants in GTF3A, encoding transcription factor IIIA (TFIIIA), as a novel cause of (S)CID. TFIIIA is a unique transcription factor of 5S ribosomal RNA (rRNA). TFIIIA deficiency results in reduced nascent 5S rRNA transcription, suggesting that disturbed ribosomal function may underlie the disease pathogenesis, potentially linking TFIIIA deficiency to the broader spectrum of ribosomopathies. However, the in vivo consequences of TFIIIA deficiency and the functional impact of some patient-derived variants remain incompletely understood.
In this thesis, a zebrafish (Danio rerio) model was used to functionally characterize TFIIIA deficiency in vivo. First, an in vivo complementation assay was established by injecting CRISPR-Cas9-mediated Tg(lck:EGFP) gtf3aa crispants with wild-type (WT) human GTF3A mRNA. This complementation restores the thymic EGFP area and rescues severe developmental abnormalities in gtf3aa crispants, demonstrating a strong conservation between the human and zebrafish protein. These findings establish the in vivo complementation assay as a platform for functional variant analysis.
Next, the functional impact of multiple patient-derived TFIIIA variants was assessed in vivo. Complementation with known loss-of-function variants H120Y and ZF7KO completely fails to restore thymic EGFP area, confirming the robustness of the assay. The H64D variant similarly fails to rescue the thymic fluorescence, demonstrating its loss-of-function in an in vivo context. Interestingly, developmental phenotypes such as craniofacial abnormalities are more readily rescued than the T cell phenotype, indicating that T cell development might be particularly sensitive to reduced TFIIIA activity.
Overall, this thesis establishes a robust in vivo zebrafish complementation platform for functional assessment of TFIIIA variants and provides novel mechanistic insights into TFIIIA deficiency. The findings further support the hypothesis that TFIIIA deficiency can be classified as a ribosomopathy with prominent immunological manifestations and highlight a differential tissue sensitivity to TFIIIA deficiency, with T cell development being particularly vulnerable.

Fotocrosslinkbare gelatinederivaten worden veel gebruikt als biomaterialen voor lichtgebaseerde bioprinttechnieken. Tot de meest gevestigde materialen behoren gelatine-methacryloyl (GelMA) en gelatine-norborneen (GelNB), dankzij hun gunstige mechanische eigenschappen, goede verwerkbaarheid en biocompatibiliteit. Voortbouwend op de voordelen van beide systemen werd een dubbel photocrosslinkable gelatinederivaat ontwikkeld, gelatine-methacryloyl-norborneen (GelMANB), dat chain growth - en step growth-polymerisatie combineert. Hiermee wordt de afstembaarheid van het materiaal vergroot voor toepassingen binnen de longweefselengineering.

GelMANB werd gesynthetiseerd en gekarakteriseerd met protonkernspinresonantiespectroscopie (1H-NMR) om de substitutiegraden (DS) van zowel de methacryloyl- als de norborneengroepen te bepalen. Bioresins werden geformuleerd met verschillende polymeerconcentraties en gecrosslinkt met diverse thiolhoudende crosslinkers, waaronder dithiothreitol (DTT), polyethyleenglycoldithiol (PEG2SH), gethioleerde gelatine (GelSH) en een nieuw ontwikkeld gethioleerd elastine (ElnSH). De fysisch-chemische eigenschappen werden geëvalueerd aan de hand van photorheology, tensile test, frequentiesweepanalyses, gel-fractie- en zwelstudies. De verwerkbaarheid werd onderzocht met behulp van volumetric additive manufacturing (VAM). Daarnaast werden celbeladen GelMANB-bioresins gebioprint en werd de biocompatibiliteit geëvalueerd met MRC-5-fibroblasten via post-printing assays voor celviabiliteit en proliferatie.

1H-NMR-analyses bevestigden een succesvolle dubbele functionalisatie van gelatine met een afstembare substitutiegraad. GelMANB vertoonde een breed en controleerbaar spectrum aan mechanische eigenschappen, afhankelijk van de polymeerconcentratie en de gekozen crosslinker. De incorporatie van GelSH resulteerde in stijvere hydrogels, terwijl DTT en ElnSH materialen opleverden met mechanische eigenschappen die beter aansluiten bij die van longweefsel. Opmerkelijk was dat GelMANB/ElnSH-bioresins een hogere cytocompatibiliteit vertoonden dan GelMA-gebaseerde systemen.

Deze resultaten tonen aan dat GelMANB een veelzijdig en celvriendelijk fotocrosslinkbaar biomateriaal is voor lichtgebaseerde bioprinttechnieken. Dankzij de verbeterde afstembaarheid en verhoogde biologische relevantie biedt dit materiaal een veelbelovend platform voor de vervaardiging van fysiologisch relevante longweefselmodellen.

De toenemende vraag naar duurzame eiwitbronnen heeft de interesse in zeewieren als alternatieve ingrediënten
versterkt, onder meer vanwege hun lage milieu-impact en hun potentieel om tijdens gastro-intestinale vertering
bioactieve peptiden te genereren. In deze studie werden vier Ulva-soorten uit Europa en Zuid-Korea vergeleken op het
vlak van eiwitverteerbaarheid en peptidevrijstelling na gestandaardiseerde in vitro gastro-intestinale digestie
(INFOGEST 2.0), waarbij alle stalen onder identieke omstandigheden werden verwerkt om interspecifieke vergelijking
mogelijk te maken. De eiwitextracten werden geanalyseerd met biochemische assays en kwantitatieve confocale
laserscanning microscopie (CLSM). Er werden duidelijke interspecifieke verschillen vastgesteld, met een
eiwitverteerbaarheid tussen 38 en 83%, wat wijst op een sterke soortafhankelijkheid. Ulva australis (75.63% ± 8.77) en
Ulva linza (83.61% ± 4.58) vertoonden de hoogste verteerbaarheid en de meest gunstige peptidevrijstellingsprofielen,
wat duidt op een efficiëntere eiwitafbraak. Ulva fasciata daarentegen vertoonde consequent een lagere
verteerbaarheid (38.62% ± 10.09) en een meer resistente structurele organisatie na digestie, zoals bevestigd door CLSMobservaties. Deze resultaten tonen aan dat eiwitbenutting binnen Ulva sterk wordt bepaald door soortspecifieke
structurele eigenschappen. Samengevat benadrukken deze bevindingen duidelijke verschillen in digestieprestaties, die
van belang zijn voor de gerichte selectie van zeewierbiomassa voor toepassingen in functionele voeding en
eiwitvalorisatie.

Acute lymfatische leukemie (ALL) is de meest voorkomende kanker bij kinderen. Binnen deze groep is het hoog-hyperdiploïde subtype (HeH B-ALL) het meest voorkomende. Deze patiënten hebben een uniek biologisch kenmerk: hun kankercellen bevatten veel meer chromosomen dan de normale 46, doorgaans tussen 51 en 67. Hoewel 95% van deze kinderen aanvankelijk geneest, zijn zij toch verantwoordelijk voor het hoogste absolute aantal hervalgevallen van alle vormen van kinderkanker, omdat het om zo’n grote patiëntengroep gaat.

Naast de extra chromosomen werd recent ontdekt dat vrijwel elke patiënt met deze vorm van leukemie ook mutaties in RAS-eiwitten draagt. In een gezonde cel fungeren deze eiwitten als binaire aan-uit-schakelaars die de cel vertellen wanneer ze moet groeien en delen. In deze leukemiecellen zit de schakelaar echter permanent vast in de ‘aan’-stand. Een belangrijke theorie stelt dat de kankercellen dit constante groeisignaal nodig hebben om de interne stress te overleven die wordt veroorzaakt door hun extra chromosomen.

In dit onderzoek gingen we na of een nieuwe generatie geavanceerde geneesmiddelen deze vastgelopen RAS-schakelaars kan uitschakelen. Met behulp van een gespecialiseerd laboratoriummodel van B-cellen testten we verschillende geneesmiddelen die ontworpen zijn om verschillende onderdelen van de RAS-groeisignaalroute te blokkeren. Het doel was om behandelingen te vinden die de kanker doeltreffend kunnen stoppen en die patiënten in de toekomst hopelijk kunnen behoeden voor de zware bijwerkingen van standaard chemotherapie met meerdere geneesmiddelen.

De resultaten zijn veelbelovend. Geneesmiddelen zoals Daraxonrasib en Trametinib bleken bijzonder krachtig en stopten de proliferatie van de cellen al bij zeer lage concentraties. Sommige geneesmiddelen werken als specifieke sleutels voor specifieke sloten. Sotorasib was alleen werkzaam tegen één specifieke mutatie (G12C), terwijl BI-2865 de celgroei bij KRAS-mutaties kon blokkeren. Een nieuwe verbinding, ABD957, bleek werkzaam tegen een specifieke NRAS-variant die vaak bij deze patiënten voorkomt. Het belangrijkste is dat deze doelgerichte geneesmiddelen in onze tests geen schade toebrachten aan gezonde menselijke cellen, in tegenstelling tot traditionele chemotherapie.

Dit onderzoek legt de basis voor een meer gepersonaliseerde aanpak van de behandeling van kinderleukemie. Door het geneesmiddel af te stemmen op de specifieke genetische afwijking in de tumor van een kind, zouden artsen mogelijk doeltreffendere behandelingen met minder complicaties op lange termijn kunnen aanbieden. De volgende stap voor de best presterende geneesmiddelen is het testen ervan in geavanceerde modellen die de menselijke ziekte nog beter nabootsen. Zo komen we opnieuw een stap dichter bij toepassing in de kliniek.

Deze thesis onderzoekt hoe de watervlo Daphnia magna haar gedrag aanpast als reactie op de aanwezigheid van vis-predatoren, en welke genen daaraan ten grondslag liggen. Met een gedragsassay werd bij 101 klonen uit 20 Vlaamse vijvers gemeten hoe blootstelling aan chemische vis-signalen (kairomonen) de verticale positie in de waterkolom en de zwemsnelheid beïnvloedt. Klonen uit vijvers zonder historische vis-predatie vertoonden geen (of een omgekeerde) ontwijkingsrespons, wat wijst op verlies van plasticiteit bij afwezigheid van predatiedruk.

Een genoombrede associatiestudie (GWAS) koppelde de basale verticale positie aan een opsine-achtig gen, en plasticiteit in zwemsnelheid aan genen die lijken op Rotund-eiwitten, mogelijk betrokken bij geurwaarneming. Transcriptoomanalyse toonde daarnaast brede metabole en neurologische veranderingen na kairomoonblootstelling, en door dit te combineren met ATAC-seq-data werd een voorlopig genregulatorisch netwerk opgebouwd rond twee centrale transcriptiefactoren. Samen leveren deze resultaten nieuwe inzichten op in de moleculaire basis van gedragsplasticiteit bij predatiegevaar.

Deze masterthesis onderzoekt hoe endotheelcellen, die van nature niet gespecialiseerd zijn in antigeenpresentatie, toch een actieve rol kunnen spelen in de opwekking van anti-tumor T-celrespons. Wanneer kankercellen sterven via immunogene celdood (ICD), stoten ze specifieke signalen (DAMPs) uit die het omliggende weefsel activeren. Het onderzoek toont expliciet aan dat endotheelcellen, ondanks dat ze geen professionele antigeenpresenterende cellen (APC's) zijn zoals dendritische cellen, door deze ICD-signalen "opgeleid" kunnen worden om toch antigenen van tumorcellen op te nemen en te presenteren via MHC-moleculen. Zo fungeren ze als niet-professionele APC's die bijdragen aan de anti-tumor immuunrespons.
Met behulp van co-cultuursystemen (MS1 en HUVEC endotheelcellen), CRISPR-Cas9 knockouts (CD74, CD80, H2-D1) en in vivo vaccinatiemodellen werd onderzocht in welke mate deze niet-professionele antigeenpresentatie door endotheelcellen bijdraagt aan het activeren van T-cellen tegen tumoren. Dit werk draagt bij aan het begrijpen van de tumor micro-omgeving en biedt mogelijk nieuwe aanknopingspunten voor kankerimmuuntherapie.

De scriptie behandelt de CINtec PLUS Cytologietest (Roche), een diagnostische test voor het opsporen van cellen in baarmoederhalsuitstrijkjes met een verhoogd risico op kanker. De test detecteert de co-expressie van de biomarkers p16 en Ki‑67, die informatie geven over ongecontroleerde celgroei. Tijdens de implementatie bij het Institut de Pathologie et de Génétique (IPG) werd de test uitgebreid geverifieerd op juistheid, herhaalbaarheid, reproduceerbaarheid en robuustheid om de betrouwbaarheid te bevestigen. Het doel van de test is het aantal vals-positieve resultaten te verminderen, zodat onnodige vervolgonderzoeken en stress bij vrouwen beperkt worden.

Fibroblasten zijn een diverse groep cellen die zorgen voor het onderhoud van de extracellulaire matrix (ECM). Ze kunnen inactief zijn (quiescente fibroblasten) of actief (myofibroblasten). De actieve myofibroblast, herkenbaar aan het eiwit α-smooth muscle actin (αSMA), speelt een belangrijke rol bij wondgenezing en fibrose. Een speciale subgroep hiervan zijn de kanker-geassocieerde fibroblasten (CAFs), die in de tumoromgeving bijdragen aan tumorgroei en uitzaaiing. Hun activatie wordt gestimuleerd door factoren zoals TGF-β en mechanische spanning vanuit de ECM, wat een terugkoppelingslus creëert: spanning activeert CAFs, en CAFs versterken op hun beurt de spanning door ECM-remodellering.
In deze studie werd de mechanobiologie van CAFs onderzocht met behulp van een FRET-gebaseerde vinculine-tensiesensor, die mechanische krachten in focale adhesies meet. Er werd vergeleken tussen onbehandelde CAFs en met TGF-β geactiveerde (myofibroblast-achtige) CAFs. De geactiveerde cellen vertoonden hogere mechanische spanning in vinculine en meer adhesiecomplexen per cel, wat wijst op grotere contractiliteit.
Daarnaast werd geprobeerd een fluorescente reporter te ontwikkelen om de differentiatie in levende cellen te volgen. De gebruikte ACTA2-promotor bleek echter onvoldoende actief, maar het concept biedt aanknopingspunten voor verdere optimalisatie.
Conclusie: TGF-β zorgt voor snelle en efficiënte differentiatie van CAFs naar een meer contractiel, myofibroblastachtig type met verhoogde mechanische spanning in vinculine. Dit benadrukt het belang van mechanotransductie bij CAF-activatie en hun interactie met de tumoromgeving.

Recurrent glioblastoma (rGB) remains to have a 5-year survival of <10%. Current treatments consist of re-resection, re-irradiation and/or immunotherapy, but therapy resistance remains unresolved due to multiple factors, such as the blood-brain-barrier, high tumor heterogeneity and an immunosuppressive tumor microenvironment. In this context, CAR T-cell therapy is emerging as a promising approach. In particular, the use of nanobodies (Nbs) as the antigen binding moiety overcomes limitations such as tonic signaling and immunogenicity, commonly associated with scFv-based CARs. CAR T-cell therapies targeting B7-H3 showed promising results in the treatment of rGB, but in vivo toxicity has been recently described, highlighting the need for improved CAR designs. In this thesis, we developed an mRNA-based platform to identify the most efficient CAR design as an alternative to the laborious and time-consuming methods currently available. Briefly, we developed an mRNA-based approach for the production of mRNA encoding NanoCAR variants and the screening of NanoCAR functionality, comparing it to a plasmid-derived mRNA NanoCAR. We used our optimized workflow, to select previously evaluated NanoCAR T-cells which resulted in the same lead being selected. Therefore, we applied our technology to generate B7-H3 NanoCAR T-cells and selected four candidates for further development. Finally, we tested B7-H3 mRNA NanoCAR T-cells in vivo to evaluate if a transient expression would be sufficient to address the toxicity issue. Overall, we showed that our mRNA platform is a promising alternative to the current methods for CAR screening allowing us to select new B7-H3 NanoCAR T-cells and further proceed with their characterization.

Bekijken of er een verschil is in nutritionele samenstelling tussen goedkopere huismerken en duurdere A-merk vleesvervangers in België. Bevatten A-merk vleesvervangers een betere samenstelling of niet?

De steeds toenemende hoeveelheid voedselafval en de vraag naar alternatieve eiwitbronnen zorgen voor extra belangstelling in de industrialisering van de zwarte soldatenvlieg larven (BSFL) kweek. BSFL worden steeds meer erkend vanwege hun potentieel voor duurzaam afvalbeheer en als eiwitrijke voedselbron vanwege hun vermogen om organisch afval om te zetten in waardevolle biomassa. Echter is de invloed van hun darmmicrobiota op hun groei en ontwikkeling nog onvoldoende bekend.

Deze studie richt zich op de ontwikkeling en optimalisatie van een axenisch (kiemvrij)
model voor BSFL, Hermetia illucens, om de rol van de microbiota in de larvale ontwikkeling beter te begrijpen en de efficiëntie van op BSFL gebaseerde bioconversie-systemen
te verbeteren. De sterilisatie van BSFL-eieren werd uiteindelijk bereikt door afwisselende behandelingen met ethanol en natriumhypochloriet.

Vervolgens werden de axenische larven gekweekt op verschillende behandelingen en met elkaar vergeleken. De onderzochte behandelingen waren steriele, niet-steriele en voorgeïncubeerde vormen van kippenvoer en tarwezemelen. Door voorafgaande incubatie konden micro-organismen, voor sterilisatie, potentieel gunstige metabolieten produceren. Met deze proefopzet kon worden beoordeeld of deze microbiële metabolieten de groei konden ondersteunen zonder de aanwezigheid van levende micro-organismen. Hieruit is er dan gebleken dat de microbiële activiteit een positieve invloed heeft op de groei van axenische BSFL voor het minder kwaliteitsvolle tarwezemelen als kweeksubstraat.

Kippenvoer en tarwezemelen bieden echter een beperkte flexibiliteit bij het aanpassen van hun samenstelling. Hiervoor zijn op bouillon gebaseerde diëten een veelbelovende
oplossing. Echter is er gebleken dat de larven een driedimensionale structuur nodig hebben om hun natuurlijke kruip- en voedingsgedrag te ondersteunen. Uit de onderzochte bouillons en matrices, leverde vlas in combinatie met een eiwitrijke bouillon de beste resultaten op. Daarmee is dit dieet veelbelovend voor toekomstig onderzoek naar optimalisatie van de kweeksubstraten.

In woonzorgcentra gaan ondervoeding en voedselverspilling vaak hand in hand. Bewoners krijgen weliswaar uitgebalanceerde maaltijden, maar eten daar vaak slechts een deel van op. Het gevolg: ouderen krijgen te weinig voedingsstoffen binnen en grote hoeveelheden eten verdwijnen in de vuilnisbak. Bestaande opvolgsystemen bieden weinig soelaas: ze zijn arbeidsintensief, houden geen rekening met restjes, of falen bij gemixte en gepureerde maaltijden.

Daarom ontwikkelde ik LeftoVision, een computersysteem dat met behulp van beeldherkenning automatisch berekent hoeveel bewoners eten én hoeveel er wordt verspild. Het systeem vergelijkt foto’s van een maaltijd vóór en na consumptie, herkent de verschillende voedselcomponenten, schat hun gewicht en koppelt dit aan een voedingsdatabank. De resultaten worden bewaard in het Obelisk Core dataplatform en overzichtelijk weergegeven in een dashboard voor zorgverleners.

In tests behaalde LeftoVision een gemiddelde foutmarge van 22 gram per maaltijdonderdeel, voldoende nauwkeurig om kleine verschillen te detecteren. Het systeem vormt zo een belangrijke stap naar datagedreven zorg in woonzorgcentra, met als doel zowel de gezondheid van bewoners te verbeteren als voedselverspilling te beperken.

De studie richt zich op het optimaliseren van groeimedia voor darmbacteriën van honingbijen, die een cruciale rol spelen in de gezondheid van bijen en hun kolonies. Omdat standaard kweekmedia vaak niet geschikt zijn, is onderzocht welke aangepaste media nodig zijn voor verschillende bacteriesoorten zoals Commensalibacter, Gilliamella, Snodgrasella, Apibacter en Bombella.

Uit de resultaten blijkt dat toevoeging van charcoal de groei kan bevorderen door schadelijke stoffen te binden, maar dat elke bacteriesoort zijn eigen voorkeur heeft voor specifieke media. Er bestaat dus geen universeel groeimedium. Dit betekent dat toekomstig onderzoek zich moet richten op soorten-specifieke media of co-culturen die de natuurlijke darmomgeving nabootsen.

Het onderzoek is niet alleen technisch relevant, maar draagt ook bij aan betere inzichten in bijengezondheid, mogelijke probiotica voor bijen en breder microbioomonderzoek. De kernconclusie: de gezondheid van bijen begint bij hun darmmicroben, en hun bestudering begint bij het juiste groeimedium.

Vloeibaar water van hoge kwaliteit is een van de belangrijkste zaken op aarde. Deze moet koste wat het kost behouden blijven. Bedrijven en gemeenschappen dragen hieraan toe door hun afvalwater te zuiveren, alvorens het in de natuur te lozen. Hoewel dit proces zorgt voor natuurlijke wateren van hogere kwaliteit, heeft dit proces ook zijn keerzijde, namelijk de productie van enorme hoeveelheden afvalslib. Tot hiertoe is nog geen grootschalige toepassing gevonden voor het recycleren van deze afvalstroom. Met dit werk, wil ik graag kijken naar een mogelijke toepassing van het afvalslib, meer bepaald het gebruik van EPS als hydrogel. Hierbij wordt gekeken naar de verschillende stappen van dit proces.

In een eerste stap wordt gekeken welke componenten het meeste potentieel tonen om gebruikt te worden. in een bepaalde toepassing. Na een literatuurstudie blijkt dat de extracellulaire polymere substanties of EPS het meeste potentieel tonen. Het proces gaande van afvalslib naar toepassing van EPS bestaat echter uit heel wat verschillende stappen. Deze thesis focust op deze verschillende stappen, vertrekkend bij de extractie van EPS uit het afvalslib. In dit werk worden vier extractieprotocols met elkaar vergeleken, aan de hand van kwalitatieve en kwantitatieve criteria. Op basis hiervan is het meest optimale extractieprotocol geselecteerd.

In een volgende stap zijn dan EPS'en van verschillende bronnen chemisch gekarakteriseerd, om na te gaan of EPS van verschillende bronnen ook verschillende samenstellingen hebben. Met behulp van verschillende technieken blijkt dat de samenstelling van EPS soortafhankelijk is. Elke bron van EPS resulteert dus in materiaal met een unieke compositie.

Om vervolgens na te gaan wat voor effecten dit heeft op de toepassingen van EPS, zijn EPS van vier verschillende industriële slibben gebruikt om hydrogels te maken, aan de hand van een 3D-geprinte mal. Met behulp van reologie zijn dan de mechanische eigenschappen van deze hydrogels getest. Deze resultaten zijn vervolgens gebruikt om het mechanisch gedrag van de EPS te linken aan hunchemische samenstelling. Door de complexe compositie van de EPS was het vinden van zo'n relatie echter niet mogelijk.

Straling redt niet alleen kankerpatiënten, maar kan ook levensbedreigende hartritmestoornissen bestrijden. STAR, een nieuwe radiotherapietechniek, doet dit met één gerichte dosis volledig niet-invasief (zonder operatie!). Hoe STAR precies werkt, blijft een mysterie. Mijn onderzoek geeft voor het eerst inzicht in hoe het hart op deze radiotherapie reageert, en onthult een mogelijk werkingsmechanisme.

Immunohistochemie (IHC) is een essentiële techniek in de pathologie voor het detecteren van specifieke eiwitten in weefselmonsters. Dit onderzoek richt zich op de optimalisatie en validatie van de antilichamen humaan herpesvirus 8 (HHV8) en BRCA1-geassocieerd eiwit-1 (BAP1) op het geautomatiseerde Dako Omnis-systeem (Agilent Technologies), met als doel een betrouwbaar IHC-protocol te ontwikkelen voor diagnostisch gebruik. HHV8, een oncogeen virus geassocieerd met Kaposi’s sarcoom, en BAP1, een tumorsuppressoreiwit, spelen een belangrijke rol in de diagnostiek van
diverse maligniteiten. Het onderzoek omvat de analyse van 20 weefselstalen per antilichaam, verdeeld over positieve en negatieve stalen, en maakt gebruik van horseradish peroxidase (HRP) en diaminobenzidine (DAB) als detectiesystemen. De validatiecriteria omvatten de beoordeling van de juistheid, waarbij pathologen automatisch zowel de sensitiviteit als de specificiteit van de kleuringen evalueren.
De resultaten tonen aan dat de optimalisatie van het HHV8-protocol met een aangepaste incubatietijd resulteert in een betrouwbare kleuring van positieve controlemonsters. Evenzo werd het BAP1-protocol gevalideerd met succes, waarbij positieve expressie in epitheliale cellen werd waargenomen. De validatie van zowel HHV8 als BAP1 voldeed aan de gestelde aanvaardbaarheidscriteria, waardoor de toepasbaarheid van de IHC-kleuringen voor diagnostische doeleinden wordt bevestigd. Dit onderzoek levert een robuust en reproduceerbaar protocol voor beide antilichamen op het Dako Omnis-systeem, wat bijdraagt aan de verbetering van de diagnostische nauwkeurigheid in de pathologie. Daarnaast draagt dit protocol specifiek bij aan de optimalisatie van de diagnostische processen binnen het labo anatomo-pathologie in het Ziekenhuis Oost-Limburg (ZOL).

Introductie:
Deze bachelorproef richt zich op vijf veelvoorkomende aandoeningen: hypothyroïdie, hyperthyroïdie, hepatitis B, ijzergebreksanemie en chronische lymfatische leukemie (CLL). De pathofysiologie en diagnostiek van elke aandoening is verschillend. De medische laboratoriumdiagnostiek is essentieel om een diagnose vast te stellen, een behandeling op te starten of aan te passen en om het verloop van de ziekte op te volgen.
Doel:
Deze casusbespreking heeft als doel om beter te begrijpen hoe diverse laboratoriumdiagnostiek bijdraagt aan het stellen van diagnoses en het opvolgen van behandelingen. Door casussen te onderzoeken, wordt vastgesteld welke laboratoriumparameters afwijkend zijn, op welke manier ze verschillen per aandoening en wat hun klinische betekenis is.
Materiaal & methoden:
De laboratoriumtesten werden uitgevoerd op geavanceerde toestellen. De Cobas e801 (Roche) bepaalde laboratoriumparameters aan de hand van elektrochemiluminescente-immunoassays. Sommige parameters werden volgens het sandwich principe bepaald, terwijl andere parameters volgens het competitief principe werden bepaald. Daarnaast is er de Cobas c702 (Roche) die biologische parameters heeft gemeten aan de hand van fotometrie op twee manieren: turbidimetrisch of colorimetrisch enzymatisch. De hematologische aandoeningen werden voornamelijk bepaald door de Sysmex-XN. Deze automatische celteller heeft zowel erytrocytaire, trombocytaire als leukocytaire parameters gemeten. Bovendien maakte de Sysmex-SP bij een afwijkend resultaat steeds een bloeduitsrijkje. Deze bloeduitsrijkjes werden steeds geanalyseerd met de Cellavision DM.
Resultaten:
De resultaten van de casussen bevestigen de typische laboratoriumafwijkingen voor elke aandoening. Hypothyroïdie wordt gekenmerkt door een afname van FT4 en een toename van TSH, terwijl hyperthyroïdie wordt gekenmerkt door een verlaagde TSH en een toename van FT3 en FT4. De positieve uitslag voor HBsAg, anti-HBc en een verhoogd leverenzym ALT bevestigen de aanwezigheid van een hepatitis B infectie. CLL wordt gekarakteriseerd door een hoger aantal lymfocyten, abnormale morfologie en afwijkende scattergram. De lage waarden voor Hb, MCV, ferritine, ijzer en ijzersaturatie tonen aan dat het wel degelijk gaat om de aandoening ijzergebreksanemie.
Conclusie:
Deze bachelorproef laat zien dat laboratoriumdiagnostiek cruciaal is om diagnoses te stellen en om de voortgang van de bestudeerde aandoeningen op te volgen. Het toepassen van technologieën zoals de Cobas- en Sysmex- toestellen levert betrouwbare uitkomsten die essentieel zijn voor een nauwkeurige klinische beslissing. Het juist interpreteren van laboratoriumresultaten is cruciaal voor een doeltreffende behandeling van de patiënt.

Het ontdekken van nieuwe interacties tussen geneesmiddelen en proteïne-doelwitten (DTIs) is cruciaal voor therapeutische innovatie, maar experimentele validatie is kostelijk
en schaalt niet naar de astronomische omvang van chemische mogelijkheden. Heterogene, schaarse bindingsdata en beperkte diversiteit belemmeren robuuste voorspelling en de mogelijkheden voor in silico moleculaire ontwerp. Deze scriptie presenteert een geïntegreerd raamwerk dat data, representaties en modellen opschaalt voor DTI-voorspelling en doelwit-gestuurd de novo geneesmiddelontwerp.

Een gecombineerd DTI-corpus (339k interacties) en twee grote pretrainingsbronnen werden samengesteld om zowel supervised als unsupervised leerdoelen te ondersteunen. Centraal in het raamwerk is een flexibele, modulaire multi-branch architectuur: elke branch van het model (geneesmiddel of doelwit) kan geïnstantieerd worden als een encoder met enkele invoer, of als een multi-invoer-encoder die complementaire representaties fuseert (bijv. graaf, vingerafdruk, aminozuursequentie, DNA-signalen).
De geneesmiddel branch kan ook een variatie-sampling kop en een latent-gestuurde, discrete diffusie gebaseerde moleculaire graaf-generator omvatten. Branches kunnen
gezamenlijk getraind worden voor supervised DTI-voorspelling, of onafhankelijk met unsupervised/self-supervised leerdoelen om biologische voorkennis langs domeinen
heen in te brengen.

Resultaten tonen een regime-afhankelijk beeld: in data-arme regimes zijn foundationmodel embeddings het effectiefst, terwijl moleculaire vingerafdrukken de leiding hebben
wanneer data abundant zijn. Analyses tonen aan dat geneesmiddel-representaties de DTI-voorspellingsnauwkeurigheid sturen, met graaf-gebaseerde representaties als
meest invloedrijk; aminozuur- en DNA-signalen zijn complementair voor proteïnen. Algemeen verduidelijkt deze studie wanneer en hoe leren van meerdere representaties
en transfer learning helpen, biedt het een reproduceerbare basis voor DTI-voorspelling, en toont het de haalbaarheid aan van latent-gestuurde omgekeerde diffusie voor het
genereren van chemisch valide, doelwit-specifieke moleculen waarvan de farmacofore kenmerken consistent zijn met de bredere biochemische literatuur.

In mijn scriptie heb ik de correlatie gezocht tussen fosforylatie van AtEH1 bij 28 °C en het omhoogbewegen van de bladeren ten gevolge van temperatuur. Hiervoor heb ik overexpressielijnen getest, maar ook complementatielijnen. Het doel van de complementatielijnen was om te zien of er een nefast effect was wanneer de eiwitten gemuteerd werden om fosfodood of fosfonabootsend te zijn.

Voeding is altijd een belangrijk onderdeel van mensen hun leven geweest en meer dan ooit is er nood aan concrete en betrouwbare informatie over voeding op maat van de consument. Adviezen over wat ‘gezonde voeding’ nu juist inhoudt en modellen die mensen visueel helpen om tot een gezond voedingspatroon te komen, worden al meerdere decennia gepubliceerd. In België werd het eerste officiële voorlichtingsmodel, het Klavertje Vier, in de jaren 1960 gepubliceerd en de daaropvolgende jaren veranderden voedingsvoorlichtingsmodellen drastisch. Het doel is te achterhalen hoe deze modellen zijn geëvolueerd tot de Voedingsdriehoek zoals we hem vandaag kennen. En te kijken op welke informatie de Belgische en later de Vlaamse overheid zich baseerde om deze modellen te creëren.
Aan de hand van een uitgebreide literatuurstudie zijn we allereerst op zoek gegaan naar de evolutie van de voedingswetenschap omdat dit de basis is van voedingseducatie en voorlichtingsmodellen. De kennisbank van het CAG en (achtergronddocumenten van) Gezond Leven brachten waardevolle informatie aan. Vervolgens onderzochten we de oorsprong van voedingseducatie waarbij het CAG en artikels gepubliceerd door Peter Scholliers en historische kookboeken zoals ‘Ons Kookboek’ interessante bronnen waren. Voor de evolutie van de modellen hebben we diverse bronnen geraadpleegd: websites, boeken en kookboeken... Ook hebben we Erika Vanhauwaert geïnterviewd, zij stond namelijk aan de basis van de ontwikkeling van de Voedingsdriehoek, waardoor ze waardevolle ongepubliceerde informatie kon geven. Krantenartikels uit De Standaard en HLN, gaven ons een breed beeld van wat de reactie was op de modellen door het algemene publiek en experten.
Voedingsvoorlichtingmodellen zijn vaak veranderd in Vlaanderen doorheen de jaren. Sinds het begin van voedingsonderzoek in de late 19e eeuw tot nu is voedingsvoorlichting geëvolueerd van simpele brochures en boekjes om deficiëntieziekten te voorkomen, naar visuele modellen op voedingsmiddelenniveau om welvaartsaandoeningen te voorkomen en naar modellen die een zo holistisch mogelijk beeld proberen te schetsen van voedingspatronen. Voedingsadviezen werden eerst door zowat iedereen verspreid, maar vandaag de dag houdt de overheid zich bezig met de publicatie van een eenduidig voorlichtingsmodel. Ook het doelpubliek waartoe de modellen zich richtten veranderde, eerst waren het vooral educatietools voor gezondheidsprofessionals, waarna ze meer en meer voor de algemene bevolking werden ontwikkeld. Het onderzoek dat voorafgaat aan de publicatie van de modellen wordt steeds uitgebreider met de jaren om zoveel mogelijk factoren te implementeren voor een zo integraal mogelijk beeld op gezondheid. Ondanks dit uitgebreid onderzoek stuiten de modellen echter steeds op kritiek en is het duidelijk dat modellen geregeld herzien en aangepast moeten worden om te blijven voldoen aan veranderingen in de maatschappij.
Voeding is een snel evoluerende wetenschap en van fundamenteel belang voor de algemene gezondheid. Uit het verleden leren we dat het belangrijk is om duidelijke en onderbouwde voedingsadviezen en voorlichtingsmodellen de wereld in te sturen die makkelijk te begrijpen zijn voor de algemene bevolking en aangepast worden op basis van de nieuwste wetenschappelijke consensus.

In mijn thesis heb ik een nieuw model ontwikkeld om gerichter onconventionele autofagie uit te schakelen, zonder daarbij conventionele autofagie te verstoren. Hierdoor kunnen we deze methode in de toekomst verder gebruiken om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken en het fysiologische belang van dit proces verder aan te tonen. Meer bepaald heb ik tijdens mijn thesis-onderzoek het model gevalideerd met verschillende read-outs (co-immunoprecipitatie, LC3-lipidatie, TNF-geïnduceerde celdood en ferritine afbraak). Daarnaast toonde ik ook aan dat onconventionele autofagie betrokken is bij ferroptose, hetgeen bevestigt dat mijn model gebruikt kan worden om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken.

Listeria monocytogenes is een voedselpathogeen die listeriose veroorzaakt. Dit is een groot gezondheidsrisico voor ouderen, zwangeren, kinderen en immuungecompromitteerde patiënten. De detectie van Listeria monocytogenes in de voedingsindustrie is heel belangrijk. In mijn scriptie onderzoek ik of het mogelijk is om Listeria monocytogenes te detecteren met Fourier-Transformatie Infrarood spectroscopie.