Scriptiebank overzicht

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

Elk kunstwerk is onderhevig aan degradatie die veroorzaakt kan worden door een verscheidenheid aan factoren. De risico's die werken lopen zijn afhankelijk van de technieken en materialen die gebruikt werden door de kunstenaar. Conservatiemaatregelen proberen de degradatie van kunstwerken als gevolg van ouderdom of omgevingsfactoren te beperken door de opslag- en tentoonstellingsomstandigheden te controleren. Periodieke beeldvorming en fysisch-chemisch onderzoek zijn belangrijke conservatietaken. De meeste erfgoedinstellingen verzamelen en bewaren de vergaarde informatie over hun kunstcollecties digitaal. Deze data in combinatie met machine learning kan dienen als een essentiële bron van informatie en als een niet-invasieve methode voor diepgaande analyses van kunstwerken. De meeste conservatoren hebben echter niet voldoende kennis over machine learning om dit zelf te implementeren, wat betekent dat samenwerking met ingenieurs noodzakelijk is. Zij begrijpen op hun beurt niet altijd de uitdagingen binnen conservatieonderzoek. Deze masterthesis is dan ook bedoeld als een startpunt voor zowel conservatoren als ingenieurs die meer willen weten over de toepassingen van machine learning in kunstconservering. De focus ligt op vier grote thema’s binnen de conservatie van schilderijen: de leesbaarheid van technische beelden verbeteren, pigmentanalyse, detectie van schade, en voorspellen van schade.

Om te groeien zetten bomen koolstofdioxide (CO2) om in biomassa met behulp van
energie die ze halen uit licht (fotosynthese). Dit proces wordt ook wel koolstofvastlegging
genoemd en zo absorberen bossen zo’n 27% van de jaarlijkse wereldwijde uitstoot van
fossiele brandstoffen. CO2 is een broeikasgas dat warmte vasthoudt en door een enorme
stijging in onnatuurlijke uitstoot in de laatste decennia, zoals door industrialisatie en
ontbossing, is het een cruciale factor in klimaatverandering. Bomen absorberen niet enkel
koolstof uit de lucht, ze houden die ook vast voor een erg lange tijd, bijvoorbeeld in hun
boven- en ondergrondse biomassa. Zo’n 45% van de koolstof op aarde is opgeslagen in
bossen. Daarom bieden bossen veelbelovende toepassingen in de wereldwijde
initiatieven tegen klimaatopwarming. Het beheer van deze bossen speelt hierin een
sleutelrol, maar wetenschappers zijn het nog niet eens of het in deze context juist beter
is om bossen wel of niet te beheren. In deze thesis werden geavanceerde teledetectietechnieken gebruikt om de bovengrondse koolstofvoorraden in een Atlantisch (Nationaal
Park Brabantse Wouden, Vlaanderen, België) en Mediterraan (Catalonië, Spanje)
studiegebied te modelleren, gebaseerd op veldmetingen die als referentie dienden. Paren
en tripletten van beheerde en onbeheerde bossen werden vergeleken om vier
onderzoeksvragen te beantwoorden: 1) Is de combinatie van meerdere teledetectiebronnen superieur voor het schatten van de bovengrondse koolstofvoorraad? 2) Wat is
het effect van bosbeheer op de koolstofvoorraad? 3) Wat is het effect van bosbeheer op
koolstofvastlegging? 4) Wat is het effect van de koolstofvoorraad en het bosbeheer op de
kwetsbaarheid voor kruinbranden? De combinatie van verschillende teledetectiebronnen
bleek voordelig om koolstofopslag te voorspellen, vooral voor hoge biomassa’s. Uit de
veldgegevens in België bleek vervolgens dat onbeheerde bossen een hogere
koolstofopslag hebben dan beheerde bossen. Hoewel het bekomen model accuraat
genoeg voorspellingen maakte, werd dit verschil echter niet succesvol gedetecteerd door
het teledetectie-model, o.a. door saturatie bij signaaldetectie. In Spanje werd geen
verschil in koolstofopslag gemeten, en werd geen succesvol model verkregen. Het
gevarieerde reliëf, het tekort aan observaties en de technologische tekortkomingen
bieden hiervoor een verklaring. Vervolgens werd de koolstofopslag in België geschat voor
alle jaren tussen 2017 en 2023 volgens het finale model, om vervolgens de
koolstofvastlegging doorheen de tijd te berekenen. Hierbij werd geen verschil gevonden
tussen beheerde en onbeheerde bossen, mogelijks omdat ze nog niet lang genoeg
onbeheerd waren of het verschil niet gedetecteerd werd door teledetectie. Klimaatrampen
zoals bosbranden vormen een grote bedreiging voor de koolstofopslag in bossen, zeker
in droogtegevoelige regio’s zoals Spanje. In dit studiegebied werd een kwalitatieve
analyse gedaan naar het verband tussen koolstofopslag, bosbeheer, en de gevoeligheid
voor kruinbranden (waarbij het vuur zich via de kruin aan hoge snelheid verspreidt).
Beheerde bossen zijn over het algemeen minder gevoelig voor kruinbranden, maar er
werd geen verband gevonden met de totale koolstofopslag. Echter, hoe meer biomassa
in kleine bomen opgeslagen is, hoe gevoeliger, omdat het vuur via deze lage vegetatie
de kruin kan bereiken. Verder onderzoek naar de invloed van concrete beheersregimes
kan leiden tot meer specifieke beheersrichtlijnen.

Achtergrond
Ultra High Performance Liquid Chromatography (UHPLC) gekoppeld aan tandem massa spectrometrie
(MS/MS) is een uitermate geschikte techniek voor het uitvoeren van gerichte analyses op een brede
waaier aan moleculen. De techniek kent zowel kwantitatieve als kwalitatieve toepassingen en wordt
gekarakteriseerd door zijn hoge gevoeligheid, selectiviteit, precisie en nauwkeurigheid.
Doel
Het doel van dit onderzoekswerk is om een LC-MS/MS methode te ontwikkelen en te valideren dat
gebruikt kan worden voor de detectie en de kwantificatie van cafeïne in verschillende soorten koffie
en thee.
Methode
Het proces van de LC-MS/MS methodeontwikkeling werd stapsgewijs uitgevoerd. Eerst werden de MS
parameters geoptimaliseerd voor de detectie van cafeïne en de interne standaard paracetamol.
Vervolgens werd de chromatografische methode ontwikkeld met als doel de geschikte combinatie van
mobiele en stationaire fases te vinden, alsook een goede flowsnelheid, eventuele gradiënt en
analysetijd. Tot slot werden de lineariteit, carryover, reproduceerbaarheid, selectiviteit, sensitiviteit,
precisie en nauwkeurigheid van de methode nagegaan volgens de ICH Q2 richtlijnen.
Resultaten
De transities die gekozen werden voor de kwantificatie van cafeïne en paracetamol waren
respectievelijk 195/138 en 152/93. Verder werden de transities 195/110 en 152/110 gebruikt als
kwalitatieve controle. De finale chromatografische analysemethode maakte gebruik van een Kinetex©
C8 (100 x 2,1 mm) analytische kolom als stationaire fase, 10 mM ammoniumformaat + 0,1%
methaanzuur in water als mobiele fase A, methanol als mobiele fase B, respectievelijk ingesteld op
75% en 25%. De flowsnelheid werd ingesteld op 0,4 mL/min, het injectievolume en de analysetijd
bedroegen 2 µL en 3,0 minuten. De validatieparameters waren allemaal binnen de acceptatiegrenzen,
behalve de carryover.
Conclusie
Het doel van dit onderzoekswerk werd bereikt door een LC-MS/MS analysemethode te ontwikkelen
die gebruikt kan worden voor de kwantificatie van cafeïne in koffie en thee. De validatie was nagenoeg
volledig conform aan de Q2 en M10 richtlijnen van het ICH en geeft blijk dat de methode geschikt is
voor gebruik.

Core histones (H2A, H2B, H3, and H4) form nucleosomes, the basic units of chromatin, which compact DNA into chromatin fibers. Euchromatin, with loosely packed structure, facilitates transcription by allowing enzyme access to DNA, whereas heterochromatin's tight packing blocks transcription. Histone proteins contain tails rich in lysine and arginine residues, which undergo various posttranslational modifications (PTMs). These modifications influence the regulation of chromatin structure and gene activity. Post-translational modifications, such as histone lysine methylation, acetylation and phosphorylation are prevalent in various cancer types. The aim of the study is to detect and localize specific PTMs on histones by optimizing the existing method for nuclei isolation and sample purification. The research employs the OPM-2 cell line, for which sample preparation begins with the isolation and breakdown of the nuclei. Next, magnetic beads are utilized to purify the sample by binding the proteins and removing contaminants, followed by overnight digestion. After preparing the Evotips, the samples are injected into the Evosep One connected to the timsTOF HT for tandem MS analysis with trapped ion mobility. The addition of an extra washing step during nuclei isolation, which was tested during protocol adjustments, had no effect on the purity of the sample. Similarly, the separate addition of SDS and Benzonase during nuclei isolation showed no positive impact. When the effect of an additional protein purification step using 5 µl RPW cartridges was investigated, it led to a significant improvement in purity, with a lower total protein yield and histones being the most abundant proteins in the sample. With the latest optimization, nine peptides of interest on H3 could be detected. However, the evaluation of this optimized protocol is still ongoing and further optimization remains necessary.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

De toenemende adoptie van elektrische voertuigen brengt nieuwe uitdagingen met zich mee op het gebied van fraudepreventie en -detectie. Dit onderzoek richt zich op het ontwikkelen van AI- ondersteunde datavisualisatietechnieken binnen een webapplicatie, om frauduleuze activiteiten, zoals 'vehicle-to-grid'-detectie, 'charge pass fraud', en abnormaal gebruik, te identificeren en te analyseren binnen de groeiende markt van elektrische voertuigen en oplaadinfrastructuur.
De methodologie omvat een literatuurstudie naar machinelearningalgoritmen en frameworks voor zowel de frontend als de backend van de webapplicatie. Relaties in de database werden opgezet met foreign keys en kolommen werden geïndexeerd om prestaties te verbeteren. Er werd een visuele data-analyse uitgevoerd, een isolation forest-algoritme werd ontwikkeld om anomalieën te detecteren, en een API werd gecreëerd voor toegang tot data en resultaten. Tot slot werd een webapplicatie ontwikkeld voor de visualisatie van anomalieën.
De resultaten van dit onderzoek omvatten de ontwikkeling van een operationele webapplicatie met behulp van het Vue.js framework en een REST API gemaakt met FastAPI. Deze webapplicatie is in staat om frauduleuze activiteiten te detecteren en te visualiseren met behulp van het isolation forest AI-algoritme. Deze resultaten dragen bij aan een betere detectie van frauduleuze activiteiten binnen het EV-oplaadecosysteem, wat essentieel is voor het behoud van de integriteit van de oplaadinfrastructuur en het vertrouwen van gebruikers.

Deze scriptie vertrekt vanuit de vraag die Liesbeth Bries van de stad Genk aan ons heeft gesteld: "Is er een mogelijkheid om aan talentdetectie te doen in de kunsten?”. Deze vraag bracht ook een aantal criteria met zich mee, waaronder een specifieke doelgroep. Om dit onderzoek te starten, zijn we vertrokken vanuit de volgende onderzoeksvraag: “Hoe kan de stad Genk op een actieve manier bijdragen aan het ontdekken van artistiek talent bij kinderen?”.

In ons onderzoek zullen we ons laten inspireren door het werk van Danielle Krekels en Luc de Wulf om een eigen definitie te kunnen vormen voor wat de term "Talent" precies inhoudt. Door dit onderzoek zal duidelijk worden dat creativiteit onlosmakelijk deel uitmaakt van artistiek talent. We zullen de theorieën van Viktor Lowenfeld en James Melvin Rhodes gebruiken, om onze eigen visie vorm te geven op wat creativiteit teweeg moet brengen bij kinderen. Daarnaast worden de termen "flow" en "motivatie" gedefinieerd en geconstateerd als cruciale elementen voor talentontwikkeling.
Vervolgens wordt ook de rol en invloed van de sociale omgeving waarin het kind opgroeit onderzocht. Hierdoor wordt duidelijk dat ouders veel invloed hebben op de artistieke ontwikkeling van hun kinderen. Danielle Krekels benadrukt het belang van het vrijwillig uitvoeren van activiteiten. Ouders moeten daarentegen eerst hun eigen talenten herkennen voordat ze hun kinderen kunnen begeleiden. Het zal duidelijk worden dat het een delicate oefening is om kinderen aan te moedigen zonder er te veel druk op uit te oefenen. We zullen ook vaststellen dat er uitdagingen zijn die het ontwikkelen van artistiek talent bemoeilijken. Om dit in kaart te brengen, wordt er een beroep gedaan op een model dat is ontwikkeld door: Piessens, Hermans en Vettenburg; de 7 B's van toegankelijkheid. Saskia de Bruyn’s opvatting over het 'aanbod' zal ons helpen om de verschillende organisaties in Genk te categoriseren en ze zo op hun toegankelijkheid te kunnen beoordelen.

Als laatste, op basis van ons onderzoek, kunnen we drie detectie tools voorstellen die het potentieel mogelijk maken om artistiek talent bij kinderen van het beoogde doelpubliek te detecteren. Deze zijn: Een interactief platform met een applicatie waar informatie over de activiteiten in terug te vinden is, een vriendenboekje met een interactief verhaal die zelfontdekking mogelijk maakt, en als laatste een sociaal artistiek atelier geïnspireerd op het ABC-Huis in Brussel.

Ons onderzoek zal aantonen dat “Talent” een complex begrip is met veel interpretaties. Echter, zal het onderzoek in staat zijn om artistiek talent bij kinderen beter te kunnen begrijpen. De detectietools dienen als aanbevelingen voor de stad Genk en kunnen helpen om het artistieke potentieel van kinderen te ontdekken en te ontwikkelen.

Deze scriptie onderzocht de rol van witte stof op de taalvaardigheden van kleuters met autisme.

Nucleaire fusie kan de toekomst van schone energie zijn, maar er zijn problemen met iets genaamd ELMs. Dit zijn plotselinge uitbarstingen van energie die de reactorwand kunnen beschadigen, vergelijkbaar met stoom die vrijkomt uit een snelkookpan. Deze thesis gebruikt AI om ELMs te vinden, wat onderzoek naar fusie-energie gemakellijker maakt.

Bloedbaaninfecties zijn een groot probleem. Je wordt er niet alleen ziek van, ze kunnen ook dodelijk zijn zonder de juiste behandeling. Deze scriptie gaat over het ontwerpen van mogelijke verbeteringen aan een testapparaat voor het opsporen van bloedbaaninfecties.

Beperkt onderzoek aangevuld met literatuurstudie rond pathogenen aanwezig bij een specifieke kolonie vleermuizen, met doel hen in te zetten als insectenbestrijders in varkensstallen met buitenbeloop.

Deze scriptie handelt rond het beleid van grensoverschrijdend gedrag op de werkvloer binnen de zorgsector. Nog steeds worden te veel medewerkers geconfronteerd met dergelijk gedrag. Hierbij dient het beleid binnen de instelling te worden uitgebreid. Deze scriptie geeft, weliswaar op kleine schaal, een eerste aanzet tot grote veranderingen.

Lees hieronder hoe wij hoofd-hals kankerpatiënten een beter vooruitzicht kunnen bieden!
De huidige behandeling voor hoofd-hals kankerpatiënten schiet tekort. Wij proberen deze door de toevoeging van niet-thermisch plasma te verbeteren, en dat door het activeren van het immuunsysteem. In deze scriptie toonden wij aan dat onze innovatieve combinatietherapie zeer veelbelovend is en groot potentieel houdt om hoofd-hals kankerpatiënten bij te staan in de toekomst.

In mijn thesis werd onderzocht wat de detectielimiet is voor verschillende types supernovae met de geplande Einstein Telescope, gevoelig voor zwaartekrachtsgolven. Verder werd er onderzocht in hoeverre machine learning de verschillende eigenschappen van de supernovae kan achterhalen door te kijken naar hun zwaartekrachtsgolfsignaal. Er werd geconcludeerd dat er niet genoeg supernova modellen bestaan om machine learning op dit moment al toe te passen, maar dat als de training set wel groot genoeg is, dit wel mogelijk moet zijn.

Deze scriptie belicht eetproblemen bij jonge kinderen en schetst de impact op gezinnen. Het tekort in het huidige zorglandschap wordt daarbij aangekaart én opgevuld. Het is een scriptie met impact op het Vlaamse zorglandschap.

Deze literatuurstudie beschrijft de mogelijke complicaties die kunnen ontstaan na een overbruggingsoperatie van het hart op intensieve zorgen. Hierbij zijn verpleegkundigen belangrijk om deze snel te herkennen. Daarvoor werden er bij elke complicatie de aandachtspunten voor verpleegkundigen beschreven.

Deze studie toont aan dat thermografie potentieel heeft als toekomstige detectiemethode voor huidtumoren. De onderhuidse parameters van huidtumoren worden voorspeld, wat voordelen biedt bij de detectie en behandeling ervan.

Deze bachelorproef onderzoekt het gebruik van environmental DNA (eDNA) van tong (Solea solea) in de Noordzee als een alternatieve, niet-invasieve methode voor betrouwbare detectie en schatting van biomassa met behulp van digitale PCR (dPCR).

Detectie van exoplaneten door middel van 1.) uitbreiding van Principal Component Analysis in Angular en Spectral Differential Imaging technieken en 2.) vooronderzoek naar de mitigatie van een onderdrukkend signaalartefact.

Is het toeval dat ten midden van een volle energietransitie democratie overal ter wereld onder druk komt te staan? Het samengaan van de opkomst en verval van fossiele brandstoffen en democratie in de wereldgeschiedenis doen vermoeden van niet. Via een link tussen individuele energiebudgetten en waardenpatronen wordt de beschikbare hoeveelheid energie en de verdeling hiervan als de nodige en voldoende voorwaarde onderscheiden waarin democratie een mogelijkheid wordt. Óf, net zoals in de evolutieleer een niet-deterministisch voordeel krijgt. Aan de hand hiervan zijn de grote trends in de wereld te vatten in vier toekomstscenario's.

Deze bijdrage zet het kader rond het thema ouderenmis(be)handeling in combinatie met het beroepsgeheim van de (eerstelijns)hulpverlener uiteen. Binnen deze bachelorproef zal er vooral gefocust worden op het onderdeel ouder(be)mishandeling in relatie met het beroepsgeheim.

Opkomst en verval van fossiele brandstoffen en democratie gaan samen in de wereldgeschiedenis. Met energieoverschot als nodige, en de verspreiding van dit overschot als voldoende voorwaarde lijkt biedt dit een nieuw politiek perspectief op de transitie.

Het trainen van tamme ratten om MAP bacteriën - de veroorzaker van paratuberculose bij herkauwers - op te sporen in geitenbiest en de ratten dus aan te leren om positieve stalen van negatieve stalen te discrimineren.

Autisme is een complexe en heterogene ontwikkelingsstoornis die moeilijk te diagnosticeren is op jonge leeftijd. Kunnen we a.d.h.v. hersengolven en machine learning achterhalen welke kinderen een risico lopen op het ontwikkelen van autisme?

Deze scriptie omvat de optimalisatie van kanker bio merker detectie in bloedstalen. Welke bloedbuis is nu het efficiëntste in het stabiliseren van de gebruikte bio merkers (hier extracellulaire vesikles. Kunnen deze pakketjes ook gevangen worden met bepaalde antilichamen tegen membraan proteïnen.

Aan de hand van machine learning algoritmes wordt informatie gehaald uit gesimuleerde waarnemingen van zwaartekrachtsgolven afkomstig van supernovae. Het slagen hiervan bewijst dat het mogelijk is om de nodige zaken te leren uit een detectie, ook al kan er op voorhand geen exact passend model voor worden opgesteld.

Validatie van magneto-encefalografie in de preheelkundige evaluatie van patiënten met refractaire epilepsie tegen resultaten van intracraniële elektro-encefalografie en epilepsiechirurgie.

Speurhonden in het algemeen en ecologische zoekhonden in het bijzonder worden ook in Europa steeds vaker ingezet bij wetenschappelijk onderzoek naar beschermde en zeldzame fauna en flora. Ze inzetten in het onderzoek naar de wolf, een soort die sinds kort opnieuw zijn intrede deed in Vlaanderen, lijkt dus een logische stap. Aangezien de wolf een beschermde diersoort is, is het immers noodzakelijk om de soort op een niet-invasieve manier te bestuderen. Aangezien de zoekhond al succesvol werd ingezet bij het zoeken naar andere beschermde diersoorten in Vlaanderen, is het interessant om te bekijken of hij er ook in slaagt om wolvenmest te vinden. Maar hoe kan men bepalen of een hond in staat is om ingezet te worden als ecologische zoekhond voor het speuren naar wolvenmest? In deze bachelorproef wordt een gemotiveerd antwoord geformuleerd op die vraag. Er worden vier soorten praktijktesten georganiseerd binnen en buiten, zowel in een gecontroleerde omgeving als in een gebied waar effectief wilde wolven leven. Enerzijds wordt aangetoond dat een ecologische zoekhond efficiënter is in het zoeken naar wolvenmest dan de mens. Anderzijds worden de tests zelf kritisch bekeken om zo tot een ultieme testmethode te komen die zal bepalen of een hond kan gecertificeerd worden als ‘ecologische zoekhond voor wolvenmest’.

Het doel van de uitgevoerde validatie is nagaan of GGO’s ook met digital droplet PCR (ddPCR) op een betrouwbare manier gekwantificeerd kunnen worden, net zoals met real-time PCR. Er werd onderzocht of de real-time PCR-methoden in digital droplet PCR-formaat kunnen toegepast worden.