Scriptiebank overzicht

The environmental microbiome plays a well-established role in influencing human health. While bacterial communities associated with hospital sinks have been extensively documented due to their relevance in infection control, the microbiome of sinks in non-clinical, domestic settings remains comparatively underexplored.
Therefore, the ongoing POEMBAKterie project in our research group aims to characterise the microbial composition of household kitchen sinks in Antwerp. In this thesis, a citizen science approach was employed to collect household kitchen sink samples and associated household metadata as part of the POEMBAKterie project.
Full-length 16S rRNA gene sequencing was performed to characterise bacterial community composition at high taxonomic resolution. In addition, cultivation-based methods using selective media were applied to detect viable opportunistic bacteria, with a focus on the detection of Escherichia coli. Sequencing data were analysed to assess
bacterial community composition, alpha and beta diversity and differences between sample types and households.
Sequencing revealed diverse microbial communities dominated by the phyla Pseudomonadota, Actinomycetota, Bacillota and Bacteroidota, consistent with previously described built-environment microbiomes. At the genus level, taxa such as Microbacterium, Acinetobacter, Paracoccus, Pseudomonas, Moraxella and Stenotrophomonas were most abundant, many of which have previously been associated with water systems, food-related environments, and human microbiota. Significant differences in bacterial community composition were observed between sample types, although substantial overlap and within-group variability were present. In contrast, variation between household locations was limited, likely due to the small sample size. Potential opportunistic bacterial taxa, including E. coli, were detected through both sequencing and cultivation-based approaches. However, overlap between the two methods was only partial, highlighting methodological differences related to viability assessment and methodological sensitivity. Importantly, the presence of these taxa alone is insufficient to infer pathogenicity or infection risk.
Overall, these findings indicate that kitchen sinks represent complex microbial ecosystems shaped by multiple environmental and human inputs and demonstrate the value of combining sequencing and cultivation to characterise both microbial diversity and viability.

Bonobo’s (Pan paniscus) staan bekend om hun frequente socioseksuele interacties, die een belangrijke rol spelen in sociale binding en spanningsregulatie. Toch is weinig bekend over hoe leeftijd en hormonale anticonceptie het socioseksuele gedrag en vaginale microbioom beïnvloeden, en hoe beide met elkaar samenhangen.
Deze studie onderzocht deze relaties bij 71 vrouwelijke bonobo’s uit acht Europese zoölogische instellingen. Socioseksueel gedrag werd gekwantificeerd aan de hand van gedragsobservaties en vaginale microbioomstalen werden geanalyseerd met shotgun metagenomische sequencing.
Leeftijd had geen duidelijk effect op socioseksueel gedrag, terwijl hormonale anticonceptie hier wel mee samenhing. Vrouwtjes die een pil met enkel progestageen (POP) kregen, vertoonden minder socioseksuele interacties en een trend naar minder seksuele partners dan vrouwtjes die een gecombineerde orale anticonceptiepil (COC) of geen hormonale anticonceptie gebruikten.
Leeftijd hing daarnaast samen met variatie in de samenstelling van het vaginale microbioom. POP-gebruik werd geassocieerd met een meer gelijkmatige verdeling van bacteriële taxa, terwijl dit patroon niet werd waargenomen bij COC-gebruikers. Vrouwtjes met meer seksuele partners en frequentere socioseksuele interacties hadden bovendien minder gelijkmatige microbiële gemeenschappen. Socioseksuele interactiefrequenties verklaarden echter geen microbiële gelijkenis tussen vrouwtjesparen.
Deze bevindingen tonen aan dat leeftijd en hormonale anticonceptie samenhangen met variatie in het socioseksuele gedrag en vaginale microbioom van vrouwelijke bonobo’s, en wijzen daarnaast op een verband tussen beide.

Kelpwouden – de weelderige onderwaterbossen die kustlijnen beschermen, CO₂ opslaan en onderdak bieden aan talloze zeeorganismen – staan onder druk door klimaatverandering en steeds hittegolven in de oceanen die alsmaar toenemen. Maar gelukkig is er hoop te vinden in de wateren van de oceanen. Nieuw onderzoek laat zien dat probiotische, oftewel “goede”, bacteriën kelp kunnen helpen om beter bestand te zijn tegen warmte en stress. Door samen te werken met deze natuurlijke microben versterken we de veerkracht van kelpwouden – van binnenuit, met de kracht van het leven zelf.

Verandering kunnen we helaas niet meer tegenhouden. Wat we wel kunnen doen? We kunnen leren ermee mee te bewegen. In de samenwerking tussen kelp en zijn microscopische bondgenoten schuilt misschien wel een blauwdruk voor hoe mens en natuur sámen de toekomst kunnen trotseren.

In mijn scriptie heb ik de compositie van het darmmicrobioom van beide captieve en wilde (gestrande) orca's geanalyseerd met behulp van verscheidene DNA sequencing technieken. Aan de hand van bio-informatica heb ik achterhaald welke genen aanwezig zijn die bijdragen tot de afbraak van door de mens geproduceerde organische polluenten.

Met het toenemende gebruik van pesticiden en de klimaatsverandering worden dieren blootgesteld aan een waaier van stressoren. Ze kunnen echter tolerantie verwerven tegen één of meerdere stressoren. Het onderhouden van tolerantie kost echter veel energie en kan soms nadelig zijn. In deze scriptie werd onderzocht wat het effect is van pesticiden en/of stijgende temperaturen op Daphnia magna, een watervlo. Er werd gekeken naar welk effect deze stressoren hadden op de overleving, het matuur worden en het aantal nakomelingen van watervlooien. Er werden vier verschillende tolerantie-types gebruikt van watervlooien: 1) controle watervlooien, 2) pesticide tolerante watervlooien, 3) hitte tolerante watervlooien en 4) watervlooien tolerant tegen zowel het pesticide als de hitte. Er werd een volledig factorieel ontwerp opgesteld en er werd ook gekeken naar het effect van de stressoren op de microbioom compositie van de verschillende tolerantie-types. We vonden een kost van tolerantie voor de pesticide-tolerante watervlooien wanneer blootgesteld aan 32 °C. We vonden ook dat wanneer de verschillende watervlooi types werden blootgesteld aan een stressor, ze meer bacteriën kregen die hun hielpen bij het omgaan met deze stressor. Ook zagen we dat in een omgeving met meerdere stressoren, het niet goed genoeg was om enkel tolerant te zijn tegen één van deze stressoren.

De studie richt zich op het optimaliseren van groeimedia voor darmbacteriën van honingbijen, die een cruciale rol spelen in de gezondheid van bijen en hun kolonies. Omdat standaard kweekmedia vaak niet geschikt zijn, is onderzocht welke aangepaste media nodig zijn voor verschillende bacteriesoorten zoals Commensalibacter, Gilliamella, Snodgrasella, Apibacter en Bombella.

Uit de resultaten blijkt dat toevoeging van charcoal de groei kan bevorderen door schadelijke stoffen te binden, maar dat elke bacteriesoort zijn eigen voorkeur heeft voor specifieke media. Er bestaat dus geen universeel groeimedium. Dit betekent dat toekomstig onderzoek zich moet richten op soorten-specifieke media of co-culturen die de natuurlijke darmomgeving nabootsen.

Het onderzoek is niet alleen technisch relevant, maar draagt ook bij aan betere inzichten in bijengezondheid, mogelijke probiotica voor bijen en breder microbioomonderzoek. De kernconclusie: de gezondheid van bijen begint bij hun darmmicroben, en hun bestudering begint bij het juiste groeimedium.

Parkinson's disease muismodel
Bacteriële live biotherapeutic products impact nagaan op Parkinson fenotype en pathologie

In een poging tot restauratie van gouden kelp populaties werd microbioom manipulatie uitgevoerd om jong kelp te bewapenen tegen hittegolven.

In deze scriptie werd er met behulp van een enquête gekeken wat de voedingsgewoontes waren voor honden met idiopatische epilepsie, voor en na de diagnose. Deze voedingsgewoontes werden ook vergeleken met gezonde honden. Deze studie had als doel om deze gewoontes in kaart te brengen als basis voor ander onderzoek en/of meer inzicht te hebben om het management van honden met idiopatische epilepsie met behulp van voeding te verbeteren.

In deze masterscriptie werd onderzocht of het vaginale microbioom van een moeder ook invloed heeft op dat van haar dochter op latere leeftijd. Ook de dynamiek van het vaginale microbioom tijdens de zwangerschap werd bestudeerd.

In natuurgebieden wordt steeds vaker met zware machines gemaaid, maar dit zorgt voor bodemverdichting. Daardoor verhogen de concentraties nutriënten en toxische elementen in de bodem, verandert de samenstelling van het bodemmicrobioom en treedt er plantensterfte op. Elk van deze effecten kan een negatieve invloed hebben op planten, waardoor handmatig maaien te verkiezen is boven maaien met zware machines.

Volatolomics-onderzoek naar semiochemicaliën die de terugkeer van overwinterende vliegen naar bepaalde Vlaamse gebouwen verklaren

Deze scriptie gaat over het effect van probiotische metabolieten op vaginale Candida infecties. Het effect van de gist Saccharomyces cerevisiae als probioticum tegen vaginale Candida infecties werd ook getest in een muismodel.

In vitro onderzoek naar het potentieel van Saccharomyces cerevisiae en Lactobacillus gebaseerde probiotica tegen vaginale candidiasis.

Deze scriptie onderzoekt het potentieel van microbioom analyse als bijkomend forensich bewijsmateriaal in zaken van seksueel geweld.

Deze scriptie onderzoekt aan de hand van een systematic review en een meta-analyse wat de effecten zijn van pre- en probiotica op het menselijk geheugen.

Metabarcoding studie naar de invloed van chitine op het microbioom van slaplanten, gevolgd door een genoomonderzoek van de schimmel Mortierella hyalina.

Het uitzaaien van kankercellen in het lichaam van de patiënt gaat nog steeds gepaard met een lage levensverwachting. Eén van de eerste stappen is het loskomen van de cellen uit de tumor (de epitheliale-naar-mesenchymale transitie) en wordt vaak geactiveerd door het gebrek aan zuurstof (hypoxie). Omdat een goed modelorganisme om deze transitie te bestuderen ontbreekt, introduceren we hier Daphnia magna, een invertebrate kreeftachtige, als nieuw model in kankeronderzoek.

Via het in vitro model werd de interactie tussen het orale microbioom en de humane epitheel cellen in behandeling van 5-FU getest bij zowel gezonde personen als mucositis patiënten. Daarnaast werd ook het probiotisch effect van een pure cultuur bekeken voor de eptiheliale wondeheling.

Last van zweetgeur? Probeer eens een okseltransplantatie.door Chris Callewaert, Frederiek Maarten Kerckhof, Tom Van De Wiele, Nico Boon en Murielle MeunierEen lichaamsgeurtje vlak voor dat ene stresserende examen, tijdens de file op een warme zomerdag of wanneer je je moest haasten om je trein te halen, het overkomt ons allemaal wel eens. Maar, de ene persoon kan er al wat meer last van hebben dan de andere. Sommige mensen lijden namelijk aan excessieve geurproductie, dit houdt in dat je meer stinkt dan iemand anders. Ligt dit wederom aan een onfortuinlijke verdeling van onze genen?