Scriptiebank overzicht

Confidentieel -> thesis doorgestuurd via e-mail

Deze bachelorproef onderzoekt hoe verpleegkundigen postoperatieve ileus (POI) na abdominale chirurgie tijdig kunnen herkennen en met gerichte interventies kunnen bijdragen aan preventie en behandeling. POI is een tijdelijke verstoring van de darmbewegingen die gepaard kan gaan met een opgezette buik, misselijkheid, braken, verminderde voedingstolerantie en het uitblijven van windjes of stoelgang. Deze complicatie kan het herstel vertragen en de ziekenhuisopname verlengen.

Via een literatuurstudie van tien wetenschappelijke publicaties werden klinische signalen, verpleegkundige interventies en de rol van Enhanced Recovery After Surgery (ERAS) onderzocht. De bevindingen benadrukken het belang van systematische observatie en het gezamenlijk beoordelen van symptomen en hun verloop. Daarnaast staan vroege mobilisatie, aangepaste voedingsopbouw, opvolging van de vochtbalans en goede pijnzorg met beperking van opioïden waar mogelijk centraal. Kauwgom kan als aanvullende maatregel worden overwogen.

ERAS verbindt deze aandachtspunten in een samenhangend zorgtraject met duidelijke hersteldoelen en evaluatiemomenten. Verpleegkundigen spelen hierin een belangrijke rol door patiënten te begeleiden, uitleg te geven, veranderingen op te merken en tijdig te overleggen met het behandelteam.

Om de literatuur naar de praktijk te vertalen, werd een digitale verpleegkundige screeningshulp ontwikkeld. Dit prototype bundelt informatie over de operatie, klinische signalen en herstel volgens ERAS. Het geeft een signaalniveau met suggesties voor verdere opvolging. De tool ondersteunt het verpleegkundig oordeel, maar stelt geen diagnose en is nog niet klinisch gevalideerd. Een implementatieplan beschrijft hoe een pilootfase kan worden voorbereid, uitgevoerd en geëvalueerd.

De bachelorproef benadrukt dat samenhangende verpleegkundige zorg binnen ERAS kan bijdragen aan tijdige herkenning van POI en ondersteuning van het postoperatieve herstel.

Colorectal cancer (CRC) is increasingly diagnosed at younger ages, with early-onset CRC (EO-CRC) rising despite declining incidence among older adults. These early diagnoses form the lower tail of the age-at-diagnosis distribution, where observations are sparse and may be difficult to predict accurately using models fitted to the full distribution. Extreme value theory (EVT) provides a framework for directly modelling this tail behaviour.

Using SEER data, a Weibull accelerated failure time (AFT) model fitted to the full distribution was compared with a generalized Pareto distribution (GPD) fitted to threshold exceedances below age 50. The Weibull systematically underestimated early-diagnosis quantiles by one to two years, whereas the GPD closely tracked empirical quantiles across the tail, supporting the use of EVT for direct modelling of the lower tail.

The GPD framework was then applied to the GECCO consortium to investigate whether genetic burden contributes to earlier diagnosis. Eleven genetic variants were forward-selected by AIC as covariates on the scale parameter, and were summarized into a genetic scale score. This score was used to compute theoretical endpoint and expected age at diagnosis across representative percentiles of its distribution. Genetic burden was associated with progressively earlier EO-CRC diagnosis: individuals in the 90th percentile of the genetic scale score had a theoretical endpoint age 8.8 years younger (95% CI: 6.6, 11.0) and an expected age 3.3 years younger (95% CI: 2.5, 4.4) than those in the 10th percentile.

Applied to an external test cohort, the model retained good calibration, and the genetic
scale score discriminated early-onset from late-onset CRC (AUC = 0.618, 95% CI: 0.549, 0.688). Separately, an interaction test confirmed that the genetic effect was specific to CRC cases rather than age in general.

These findings demonstrate that EVT offers a more accurate characterization of the lower tail of the CRC age-at-diagnosis distribution than conventional bulk models, and that genetic burden measurably alters the timing of diagnosis within the early-onset range, with potential relevance for personalized screening.

The environmental microbiome plays a well-established role in influencing human health. While bacterial communities associated with hospital sinks have been extensively documented due to their relevance in infection control, the microbiome of sinks in non-clinical, domestic settings remains comparatively underexplored.
Therefore, the ongoing POEMBAKterie project in our research group aims to characterise the microbial composition of household kitchen sinks in Antwerp. In this thesis, a citizen science approach was employed to collect household kitchen sink samples and associated household metadata as part of the POEMBAKterie project.
Full-length 16S rRNA gene sequencing was performed to characterise bacterial community composition at high taxonomic resolution. In addition, cultivation-based methods using selective media were applied to detect viable opportunistic bacteria, with a focus on the detection of Escherichia coli. Sequencing data were analysed to assess
bacterial community composition, alpha and beta diversity and differences between sample types and households.
Sequencing revealed diverse microbial communities dominated by the phyla Pseudomonadota, Actinomycetota, Bacillota and Bacteroidota, consistent with previously described built-environment microbiomes. At the genus level, taxa such as Microbacterium, Acinetobacter, Paracoccus, Pseudomonas, Moraxella and Stenotrophomonas were most abundant, many of which have previously been associated with water systems, food-related environments, and human microbiota. Significant differences in bacterial community composition were observed between sample types, although substantial overlap and within-group variability were present. In contrast, variation between household locations was limited, likely due to the small sample size. Potential opportunistic bacterial taxa, including E. coli, were detected through both sequencing and cultivation-based approaches. However, overlap between the two methods was only partial, highlighting methodological differences related to viability assessment and methodological sensitivity. Importantly, the presence of these taxa alone is insufficient to infer pathogenicity or infection risk.
Overall, these findings indicate that kitchen sinks represent complex microbial ecosystems shaped by multiple environmental and human inputs and demonstrate the value of combining sequencing and cultivation to characterise both microbial diversity and viability.

Deze bachelorproef onderzocht de invloed van extreme pH-waarden en blootstellingsduur op de infectiviteit van het geitenpokkenvirus. Het virus werd blootgesteld aan zure pH-waarden van 2 tot 5 en basische pH-waarden van 10 tot 13 gedurende 1, 30 en 60 minuten. Met PCR werd nagegaan of viraal DNA na de behandeling nog aanwezig was, terwijl infectiviteitstesten bepaalden of het virus nog cellen kon infecteren. De resultaten toonden aan dat vooral extreme pH-waarden een sterke invloed hadden op de infectiviteit. Ook de blootstellingsduur speelde een belangrijke rol. Deze studie vormt een eerste stap in het onderzoeken van de invloed van pH op de infectiviteit van het virus. Verder onderzoek onder meer realistische omstandigheden is nodig om na te gaan in welke mate deze resultaten naar de praktijk kunnen worden vertaald.

De verspreiding van multiresistente bacteriën heeft geleid tot een antibioticaresistentie-crisis. Hierdoor is er een noodzaak voor het ontwikkelen van nieuwe antimicrobiële strategieën en een mogelijke oplossing is het gebruik van faagtherapiën. Fagen zijn virussen die specifiek bacteriën aanvallen. Ze bezitten receptor-bindende proteïnen (RBPs) die tijdens een infectie worden gebruikt voor het herkennen en hechten aan hun gastheer. In deze thesis werd onderzocht hoe fagen kunnen getraind worden om hun RBPs aan te passen om beter gewenste bacteriën aan te vallen.

In deze studie werd onderzocht in welke mate environmental DNA (eDNA) geschikt is om de biodiversiteit van vissen in Keniaanse koraalriffen te bestuderen. In totaal werden er 41 vissenfamilies en 71 soorten gedetecteerd. De geografische liggen van de riffen had een duidelijke invloed op de soortensamenstelling, terwijl beschermingsstatus geen significant effect vertoonde. Bovendien bleek eDNA-metabarcoding in staat om soorten te detecteren die tijdens visuele tellingen niet werden opgenomen. Hoewel beide methoden een vergelijkbare aantal taxa identificeerden, verschilde ze in de soorten die ze detecteren. Deze resultaten toonden aan dat beide methoden elkaar aanvullen en dat eDNA een veelbelovende en minder invasieve techniek is voor de monitoring van koraalriffen, ondanks de technische beperkingen ondervonden in deze studie.

Beschermingsstatus had geen duidelijk effect op de soortengemeenschappen in tegenstelling tot geografische locatie. Bovendien bleek eDNA meer succesvol in het detecteren van taxa dan visuele tellingen die tijdens het verzamelen van de stalen plaatsvonden. Beide methoden vonden wel een gelijkaardig aantal taxa, maar namen riffen op een fundamentele manier anders waar. Deze studie toonde aan dat beide methoden elkaar complementeerde en dat eDNA een veelbelovende en minder invasieve methode voorsteld voor het monitoiren van koraalriffen ondanks de technische beperkingen ondervonden in deze thesis.

Deze bachelorproef onderzoekt de koolstofopslag in de bodem van campus Schoonmeersen (HOGENT), en de wijze waarop bodemkoolstof meegenomen kan worden in het klimaatbeleid.

Mijn masterthesis onderzoekt innovatieve hydrogels als stralingsbescherming voor toekomstige ruimtemissies. Daarnaast werd een menselijk driedimensionaal huidmodel ontwikkeld om de biologische effecten van ruimtestraling te bestuderen en in de toekomst de beschermende werking van deze hydrogels te evalueren.

Mijn bachelorproef onderzoekt hoe RFID-technologie het materiaalbeheer bij StandPlus kan verbeteren. StandPlus is een standenbouwer uit Roeselare en werkt met meer dan 3.000 herbruikbare aluminium BeMatrix-kaders. Die worden vandaag voor vertrek manueel door twee medewerkers geteld, en bij retour gebeurt er geen systematische controle. Dat kost tijd, leidt tot fouten en zorgt voor een onbetrouwbare voorraadregistratie.

Het onderzoek combineert literatuurstudie met praktijkonderzoek. Eerst werd het huidige proces in kaart gebracht en werden de manuele controles met een stopwatch gemeten. Daarna werd samen met Geartracking een RFID-pilot opgezet, met 100 getagde kaders. Omdat metaal RFID-signalen verstoort, werden verschillende labels en tagposities getest. Een on-metal sticker net onder de klittenband aan de buitenkant van het kader gaf een betrouwbare detectie.

RFID-scanning bleek de controletijd met meer dan 85 procent te verminderen, en de controle kan door één persoon gebeuren in plaats van twee. In nagebootste scenario's werden ontbrekende, extra en vermengde items meteen gedetecteerd. Uit de kosten-batenanalyse blijkt een investering van ongeveer €12.677, tegenover een jaarlijkse besparing van €1.280 aan arbeidskosten. De grootste meerwaarde ligt echter in betere controle, foutreductie en voorraadnauwkeurigheid. Aanbevolen wordt om RFID gefaseerd in te voeren: eerst de kaders, daarna andere materialen.

De voedingsindustrie legt een grote druk op de natuur en haar hulpbronnen. Vooral de druk die de
vleesproductie uitoefent, kan niet worden genegeerd. Er is behoefte aan plantaardige alternatieve
eiwitbronnen om deze druk te verminderen. Zeewier zou een van deze alternatieven kunnen zijn,
aangezien het een goede eiwitbron vormt en bovendien andere voordelen biedt. De grootschalige
teelt van zowel marien als op het land gekweekt zeewier kent echter haar eigen beperkingen. De
mariene teelt is gevoelig voor omgevingsfactoren en grootschalige teelt op het land vereist een hoog
energieverbruik. Thuis gekweekt zeewier zou een oplossing kunnen bieden, omdat het minder
gevoelig is voor omgevingsfactoren en minder energie vereist door de opstelling aan te passen aan
wat strikt noodzakelijk is. Dit proefschrift richt zich op de kansen, beperkingen en haalbaarheid van
het thuis kweken van zeewier door de economische aspecten, de milieu-impact en de
maatschappelijke vereisten te onderzoeken. Antwoorden worden gevormd door informatie te
verzamelen uit literatuuronderzoek, interviews en een casestudy, ondersteund door een lijst met
indicatoren om een duurzame aanpak te waarborgen. Geconcludeerd kan worden dat het technisch
haalbaar is om zeewier te kweken, maar dat er nog steeds beperkingen zijn. Verontreiniging is een van
de belangrijkste beperkingen van het kweken van zeewier thuis, wat resulteert in bezorgdheden
omtrent voedselveiligheid. Afhankelijk van het gebruikte materiaal kunnen ook de kosten en
verminderde opbrengst een barrière vormen. Het blijkt vooral belangrijk om de zeewiersoort
zorgvuldig te kiezen en omgevingsomstandigheden aan te passen. Kweek heeft vooral mogelijkheden
voor educatie en bewust zijn en kan gezien worden als hobby.

(Severe) Combined Immunodeficiency ((S)CID) comprises a heterogeneous group of inborn errors of immunity (IEI) characterized by impaired T cell development and/or function. Recently, my host lab identified bi-allelic variants in GTF3A, encoding transcription factor IIIA (TFIIIA), as a novel cause of (S)CID. TFIIIA is a unique transcription factor of 5S ribosomal RNA (rRNA). TFIIIA deficiency results in reduced nascent 5S rRNA transcription, suggesting that disturbed ribosomal function may underlie the disease pathogenesis, potentially linking TFIIIA deficiency to the broader spectrum of ribosomopathies. However, the in vivo consequences of TFIIIA deficiency and the functional impact of some patient-derived variants remain incompletely understood.
In this thesis, a zebrafish (Danio rerio) model was used to functionally characterize TFIIIA deficiency in vivo. First, an in vivo complementation assay was established by injecting CRISPR-Cas9-mediated Tg(lck:EGFP) gtf3aa crispants with wild-type (WT) human GTF3A mRNA. This complementation restores the thymic EGFP area and rescues severe developmental abnormalities in gtf3aa crispants, demonstrating a strong conservation between the human and zebrafish protein. These findings establish the in vivo complementation assay as a platform for functional variant analysis.
Next, the functional impact of multiple patient-derived TFIIIA variants was assessed in vivo. Complementation with known loss-of-function variants H120Y and ZF7KO completely fails to restore thymic EGFP area, confirming the robustness of the assay. The H64D variant similarly fails to rescue the thymic fluorescence, demonstrating its loss-of-function in an in vivo context. Interestingly, developmental phenotypes such as craniofacial abnormalities are more readily rescued than the T cell phenotype, indicating that T cell development might be particularly sensitive to reduced TFIIIA activity.
Overall, this thesis establishes a robust in vivo zebrafish complementation platform for functional assessment of TFIIIA variants and provides novel mechanistic insights into TFIIIA deficiency. The findings further support the hypothesis that TFIIIA deficiency can be classified as a ribosomopathy with prominent immunological manifestations and highlight a differential tissue sensitivity to TFIIIA deficiency, with T cell development being particularly vulnerable.

Deze bachelorproef gaat over de ontwikkeling en optimalisatie van een specifiek protocol om mutaties in het PSEN1 gen kostenefficiënter te identificeren bij patiënten met erfelijke Alzheimer. Een betrouwbare identificatie van deze genetische varianten is cruciaal voor een tijdige diagnose, maar huidige screeningsmethoden zijn vaak erg duur en moeilijk toegankelijk.
Om een goedkoper alternatief te bieden, is in dit onderzoek een nieuwe methode ontworpen en getest. Hierbij wordt het specifieke PSEN1 gen eerst doelgericht gefilterd, waarna een techniek die lange stukken DNA in één keer afleest (long-read sequencing) wordt ingezet.
De eerste resultaten tonen aan dat deze gerichte aanpak potentie biedt om de diagnostische kosten te verlagen en het opsporen van genetische foutjes toegankelijker te maken. Wel bleek uit dit onderzoek dat er nog verdere optimalisatie van het protocol nodig is om de betrouwbaarheid en efficiëntie volledig te waarborgen.
Hiermee legt deze bachelorproef een belangrijke basis voor het vervolgonderzoek naar een betaalbare en geoptimaliseerde klinische diagnostische test voor deze zwaar getroffen patiëntengroep.

Deze bachelorproef onderzoekt de rechtsgeldigheid van een DNA-databank voor forensisch onderzoek, specifiek gericht op het Y-chromosoom. De focus van mijn eindwerk lag op het vinden van een wettelijke manier om vrijwilligers te kunnen inzetten voor het oplossen van cold cases, door middel van vrijwillige DNA-donatie aan de CSY-databank van doctor Sofie Claerhout.

Deze bachelorproef onderzoekt het gebruik van lentivirale partikels voor de productie van CD70-gerichte CAR-T-cellen. CAR-T-celtherapie is een innovatieve vorm van immuuntherapie waarbij T-cellen van een patiënt genetisch worden aangepast om kankercellen gericht te herkennen en te vernietigen. Lentivirale partikels worden hierbij gebruikt als vector voor de overdracht van het CAR-gen naar de T-cellen.

In deze studie werd een productieproces voor lentivirale partikels opgezet in HEK293SF-3F6-cellen door transfectie met vier plasmiden (CAR, Gag/Pol, VSV-G en REV). De fysieke titer van de geproduceerde lentivirale partikels werd bepaald met behulp van een HIV-1 p24-ELISA. Daarnaast werd onderzocht welke omstandigheden voor de benzonasebehandeling het meest geschikt zijn om vrij DNA af te breken, en wat het effect hiervan is op de steriele filtratie van de virusoogst.

De geproduceerde lentivirale partikels behaalden fysieke titers tussen 1,47 × 10⁹ en 2,62 × 10⁹ partikels. De benzonasebehandeling bleek onder alle geteste omstandigheden effectief voor de afbraak van residueel DNA. Bij de steriele filtratie gaf de PES-filter de hoogste opbrengst, terwijl celluloseacetaatfilters nauwelijks lentivirale partikels doorlieten. Opvallend was dat de benzonasebehandeling leidde tot een lagere opbrengst na filtratie, wat afwijkt van bevindingen uit de literatuur. De resultaten dragen bij aan de verdere optimalisatie van productieprocessen voor lentivirale vectoren binnen CAR-T-celtherapie.

Acute lymfatische leukemie (ALL) is de meest voorkomende kanker bij kinderen. Binnen deze groep is het hoog-hyperdiploïde subtype (HeH B-ALL) het meest voorkomende. Deze patiënten hebben een uniek biologisch kenmerk: hun kankercellen bevatten veel meer chromosomen dan de normale 46, doorgaans tussen 51 en 67. Hoewel 95% van deze kinderen aanvankelijk geneest, zijn zij toch verantwoordelijk voor het hoogste absolute aantal hervalgevallen van alle vormen van kinderkanker, omdat het om zo’n grote patiëntengroep gaat.

Naast de extra chromosomen werd recent ontdekt dat vrijwel elke patiënt met deze vorm van leukemie ook mutaties in RAS-eiwitten draagt. In een gezonde cel fungeren deze eiwitten als binaire aan-uit-schakelaars die de cel vertellen wanneer ze moet groeien en delen. In deze leukemiecellen zit de schakelaar echter permanent vast in de ‘aan’-stand. Een belangrijke theorie stelt dat de kankercellen dit constante groeisignaal nodig hebben om de interne stress te overleven die wordt veroorzaakt door hun extra chromosomen.

In dit onderzoek gingen we na of een nieuwe generatie geavanceerde geneesmiddelen deze vastgelopen RAS-schakelaars kan uitschakelen. Met behulp van een gespecialiseerd laboratoriummodel van B-cellen testten we verschillende geneesmiddelen die ontworpen zijn om verschillende onderdelen van de RAS-groeisignaalroute te blokkeren. Het doel was om behandelingen te vinden die de kanker doeltreffend kunnen stoppen en die patiënten in de toekomst hopelijk kunnen behoeden voor de zware bijwerkingen van standaard chemotherapie met meerdere geneesmiddelen.

De resultaten zijn veelbelovend. Geneesmiddelen zoals Daraxonrasib en Trametinib bleken bijzonder krachtig en stopten de proliferatie van de cellen al bij zeer lage concentraties. Sommige geneesmiddelen werken als specifieke sleutels voor specifieke sloten. Sotorasib was alleen werkzaam tegen één specifieke mutatie (G12C), terwijl BI-2865 de celgroei bij KRAS-mutaties kon blokkeren. Een nieuwe verbinding, ABD957, bleek werkzaam tegen een specifieke NRAS-variant die vaak bij deze patiënten voorkomt. Het belangrijkste is dat deze doelgerichte geneesmiddelen in onze tests geen schade toebrachten aan gezonde menselijke cellen, in tegenstelling tot traditionele chemotherapie.

Dit onderzoek legt de basis voor een meer gepersonaliseerde aanpak van de behandeling van kinderleukemie. Door het geneesmiddel af te stemmen op de specifieke genetische afwijking in de tumor van een kind, zouden artsen mogelijk doeltreffendere behandelingen met minder complicaties op lange termijn kunnen aanbieden. De volgende stap voor de best presterende geneesmiddelen is het testen ervan in geavanceerde modellen die de menselijke ziekte nog beter nabootsen. Zo komen we opnieuw een stap dichter bij toepassing in de kliniek.

De scriptie onderzoekt of artificiële intelligentie en publieke 4G/5G-netwerken kunnen worden ingezet om blinde en slechtziende personen in real time te ondersteunen bij het volgen van wandelpaden. Een camera maakt beelden van de omgeving, waarna een AI-model het begaanbare pad herkent en omzet in eenvoudige richtingsinformatie, zoals links, rechts of rechtdoor. Daarbij wordt onderzocht of die beeldanalyse best lokaal op een klein toestel gebeurt of op een krachtige computer op afstand.

Uit de experimenten blijkt dat een energiezuinig toestel zoals een Raspberry Pi 5 onvoldoende snel is voor lokale real-time beeldsegmentatie, terwijl verwerking op een externe GPU via een publiek 5G-netwerk wel voldoende snel kan reageren. Tijdens veldmetingen werd een gemiddelde 5G-latency van ongeveer 24 ms gemeten en bleef de totale reactietijd bij geschikte instellingen onder ongeveer 200 ms, wat bruikbaar is voor begeleiding aan wandelsnelheid.

De scriptie ontwikkelt daarnaast een veilige en reproduceerbare testmethode met een digitaal park in Unreal Engine en vormde de technische basis voor de smartphone-app Stay On Trails en het vervolgproject BlindNavParks, dat steun kreeg van de Koning Boudewijnstichting.

Kort samengevat: de scriptie toont aan dat cloudondersteunde AI via bestaande 5G-netwerken technisch haalbaar is als basis voor betaalbare assistieve navigatie voor mensen met een visuele beperking.

Deze thesis onderzoekt hoe de watervlo Daphnia magna haar gedrag aanpast als reactie op de aanwezigheid van vis-predatoren, en welke genen daaraan ten grondslag liggen. Met een gedragsassay werd bij 101 klonen uit 20 Vlaamse vijvers gemeten hoe blootstelling aan chemische vis-signalen (kairomonen) de verticale positie in de waterkolom en de zwemsnelheid beïnvloedt. Klonen uit vijvers zonder historische vis-predatie vertoonden geen (of een omgekeerde) ontwijkingsrespons, wat wijst op verlies van plasticiteit bij afwezigheid van predatiedruk.

Een genoombrede associatiestudie (GWAS) koppelde de basale verticale positie aan een opsine-achtig gen, en plasticiteit in zwemsnelheid aan genen die lijken op Rotund-eiwitten, mogelijk betrokken bij geurwaarneming. Transcriptoomanalyse toonde daarnaast brede metabole en neurologische veranderingen na kairomoonblootstelling, en door dit te combineren met ATAC-seq-data werd een voorlopig genregulatorisch netwerk opgebouwd rond twee centrale transcriptiefactoren. Samen leveren deze resultaten nieuwe inzichten op in de moleculaire basis van gedragsplasticiteit bij predatiegevaar.

Sarcomen zijn zeldzame kankers die ontstaan in bindweefsel zoals bot, spier en vet. Door hun grote genetische diversiteit is een correcte diagnose vaak complex en vereist ze meerdere aparte moleculaire testen (FISH, copy number-analyse, RNA-sequencing), die elk maar een deel van het genetische plaatje tonen.
Deze masterthesis onderzocht of Optical Genome Mapping (OGM), een nieuwe techniek die het DNA rechtstreeks visualiseert in plaats van het uit te lezen, dit diagnostische traject kan vereenvoudigen. OGM werd toegepast op rhabdomyosarcoom-cellijnen en op patiënt-afgeleide tumoroïden, en de resultaten werden vergeleken met de klassieke cytogenetische technieken. Daarnaast werd het protocol voor het isoleren van ultra-hoogmoleculair DNA uit primair tumorweefsel geoptimaliseerd, aangezien dit de belangrijkste praktische hindernis bleek voor een betrouwbare toepassing van de techniek.
De resultaten tonen dat OGM klinisch relevante afwijkingen kan detecteren in één enkele test, waaronder de kenmerkende PAX3::FOXO1-fusie bij rhabdomyosarcoom en complexe genomische herschikkingen bij een maligne perifere zenuwschedetumor (MPNST), met volledige overeenstemming met de standaardtechnieken. Tegelijk bleek de kwaliteit van het DNA sterk af te hangen van weefseltype, staalgrootte en de tijd tussen operatie en invriezing, factoren die nu voor het eerst systematisch in kaart werden gebracht.
Deze thesis toont aan dat OGM een waardevolle aanvulling kan zijn op de bestaande diagnostische aanpak bij sarcomen, en legt de basis voor verdere optimalisatie richting klinische implementatie.

Deze masterthesis onderzoekt hoe endotheelcellen, die van nature niet gespecialiseerd zijn in antigeenpresentatie, toch een actieve rol kunnen spelen in de opwekking van anti-tumor T-celrespons. Wanneer kankercellen sterven via immunogene celdood (ICD), stoten ze specifieke signalen (DAMPs) uit die het omliggende weefsel activeren. Het onderzoek toont expliciet aan dat endotheelcellen, ondanks dat ze geen professionele antigeenpresenterende cellen (APC's) zijn zoals dendritische cellen, door deze ICD-signalen "opgeleid" kunnen worden om toch antigenen van tumorcellen op te nemen en te presenteren via MHC-moleculen. Zo fungeren ze als niet-professionele APC's die bijdragen aan de anti-tumor immuunrespons.
Met behulp van co-cultuursystemen (MS1 en HUVEC endotheelcellen), CRISPR-Cas9 knockouts (CD74, CD80, H2-D1) en in vivo vaccinatiemodellen werd onderzocht in welke mate deze niet-professionele antigeenpresentatie door endotheelcellen bijdraagt aan het activeren van T-cellen tegen tumoren. Dit werk draagt bij aan het begrijpen van de tumor micro-omgeving en biedt mogelijk nieuwe aanknopingspunten voor kankerimmuuntherapie.

In mijn scriptie heb ik de compositie van het darmmicrobioom van beide captieve en wilde (gestrande) orca's geanalyseerd met behulp van verscheidene DNA sequencing technieken. Aan de hand van bio-informatica heb ik achterhaald welke genen aanwezig zijn die bijdragen tot de afbraak van door de mens geproduceerde organische polluenten.

Mijn masterproef omvat een onderzoek naar welke ESG criteria reeds zijn opgenomen in de Belgische Corporate Governance Code en hoe deze laatste kan worden verbeterd opdat ESG de nieuwe bedrijfsfilosofie wordt.

Fibroblasten zijn een diverse groep cellen die zorgen voor het onderhoud van de extracellulaire matrix (ECM). Ze kunnen inactief zijn (quiescente fibroblasten) of actief (myofibroblasten). De actieve myofibroblast, herkenbaar aan het eiwit α-smooth muscle actin (αSMA), speelt een belangrijke rol bij wondgenezing en fibrose. Een speciale subgroep hiervan zijn de kanker-geassocieerde fibroblasten (CAFs), die in de tumoromgeving bijdragen aan tumorgroei en uitzaaiing. Hun activatie wordt gestimuleerd door factoren zoals TGF-β en mechanische spanning vanuit de ECM, wat een terugkoppelingslus creëert: spanning activeert CAFs, en CAFs versterken op hun beurt de spanning door ECM-remodellering.
In deze studie werd de mechanobiologie van CAFs onderzocht met behulp van een FRET-gebaseerde vinculine-tensiesensor, die mechanische krachten in focale adhesies meet. Er werd vergeleken tussen onbehandelde CAFs en met TGF-β geactiveerde (myofibroblast-achtige) CAFs. De geactiveerde cellen vertoonden hogere mechanische spanning in vinculine en meer adhesiecomplexen per cel, wat wijst op grotere contractiliteit.
Daarnaast werd geprobeerd een fluorescente reporter te ontwikkelen om de differentiatie in levende cellen te volgen. De gebruikte ACTA2-promotor bleek echter onvoldoende actief, maar het concept biedt aanknopingspunten voor verdere optimalisatie.
Conclusie: TGF-β zorgt voor snelle en efficiënte differentiatie van CAFs naar een meer contractiel, myofibroblastachtig type met verhoogde mechanische spanning in vinculine. Dit benadrukt het belang van mechanotransductie bij CAF-activatie en hun interactie met de tumoromgeving.

Dilated cardiomyopathy (DCM) is a leading cause of heart failure worldwide, and is
characterized by a dysfunctional and dilated left ventricle. Approximately 1 in 250 individuals develop DCM in their lifetime. DCM is highly heritable, with around 50 associated genes. However, 60-75% of families that show a heritable DCM pattern have no genetic diagnosis. Thus, identifying novel DCM-associated genes is imperative to help diagnose patients earlier and provide personalized treatments based on genotype-phenotype associations. Previously, whole exome sequencing data from idiopathic DCM patients at Maastricht Hospital was analyzed, leading to the identification of three potentially DCM-causing genes, found in seven patients. In the current study, these genes were analyzed using the zebrafish model. It was hypothesized that the targeted knockout of LAPTM4B, PIGV, or ANKHD1 in zebrafish embryos leads to functional and morphological changes resembling DCM. With F0 screening, a CRISPR/Cas9 based method, functional knockouts were created showing mild/moderate edema in approximately 40% of embryos in each genetic knockout. Heart videos were made to assess functional changes, with laptm4b showing a decrease in heart rate and an increase in ejection fraction, pigv showing a decrease in relaxation time and ventricle size, and ankhd1 showing an increase in ventricle size. In conclusion, the F0 screening should be further optimized to fully assess the role of these genes in cardiomyopathy. This study gives a proof of concept, showing that LAPTM4B, PIGV, and ANKHD1 play a role in the function and morphology of the heart and should be researched further.

Recurrent glioblastoma (rGB) remains to have a 5-year survival of <10%. Current treatments consist of re-resection, re-irradiation and/or immunotherapy, but therapy resistance remains unresolved due to multiple factors, such as the blood-brain-barrier, high tumor heterogeneity and an immunosuppressive tumor microenvironment. In this context, CAR T-cell therapy is emerging as a promising approach. In particular, the use of nanobodies (Nbs) as the antigen binding moiety overcomes limitations such as tonic signaling and immunogenicity, commonly associated with scFv-based CARs. CAR T-cell therapies targeting B7-H3 showed promising results in the treatment of rGB, but in vivo toxicity has been recently described, highlighting the need for improved CAR designs. In this thesis, we developed an mRNA-based platform to identify the most efficient CAR design as an alternative to the laborious and time-consuming methods currently available. Briefly, we developed an mRNA-based approach for the production of mRNA encoding NanoCAR variants and the screening of NanoCAR functionality, comparing it to a plasmid-derived mRNA NanoCAR. We used our optimized workflow, to select previously evaluated NanoCAR T-cells which resulted in the same lead being selected. Therefore, we applied our technology to generate B7-H3 NanoCAR T-cells and selected four candidates for further development. Finally, we tested B7-H3 mRNA NanoCAR T-cells in vivo to evaluate if a transient expression would be sufficient to address the toxicity issue. Overall, we showed that our mRNA platform is a promising alternative to the current methods for CAR screening allowing us to select new B7-H3 NanoCAR T-cells and further proceed with their characterization.

De limieten op het aantal nakomelingen per donor (de donorquota) werden bepaald in een context van geheimhouding en anonimiteit rond donorconceptie. Ze zijn voornamelijk ingegeven door medische redenen, zoals het voorkomen van consanguïniteit. De opkomst van het internet en DNA-databanken, in combinatie met een maatschappelijke verschuiving naar meer openheid en recente wetswijzigingen, maakt het mogelijk dat nakomelingen van eenzelfde donor met elkaar in contact kunnen komen. Hierdoor is duidelijk geworden dat de wetten en richtlijnen in het verleden niet altijd nageleefd werden en dat er een gebrek is aan internationale wetgeving waardoor donorkinderen soms geconfronteerd worden met een onverwacht aantal donor half-sibilings. Deze onvoorziene contacten brengen nieuwe vragen en uitdagingen met zich mee, waardoor de psychosociale aspecten van het aantal nakomelingen per donor steeds meer op de voorgrond komen te staan.

In deze masterproef werd onderzocht hoe donorkinderen genetische verwanten die ontstaan zijn uit donaties van dezelfde donor beleven, binnen het bredere maatschappelijke vraagstuk rond donorquota. Om een diepgaand inzicht te verkrijgen in deze belevingen werd gekozen voor een explorerende, kwalitatieve onderzoeksbenadering. Semigestructureerde interviews werden afgenomen en geanalyseerd aan de hand van een thematische analyse, gebaseerd op de aanpak van Braun en Clarke (2006). Aan het onderzoek namen twaalf personen deel uit alleenstaande-moeder, moeder-moeder en moeder-vader gezinnen. Uit de analyse van de interviews blijkt dat de beleving van de deelnemende donorkinderen gevarieerd en complex is en zich situeert op verschillende niveaus: individueel (bewustzijn rondom donor half-siblings, impact op identiteit), interpersoonlijk (woordgebruik, betekenis van genen en verwantschap, vormgeven aan de relatie, relationele dynamieken, familiale grenzen) en beleidsmatig (kindperspectief, centraal register, donorquota). De deelnemers gaven aan een sterke behoefte te ervaren naar vrijheid om zelf betekenis en vorm te mogen geven aan de genetische connectie met hun donor half-siblings, zonder zich te moeten verdedigen voor hun gevoelens en gedachten. Tegelijkertijd was er ook een duidelijke behoefte aan informatie en ondersteuning, mede doordat er weinig sociale kaders bestaan om deze relaties te duiden. De meerderheid van de deelnemers vond dat er een internationaal, centraal register moet komen dat transparantie en overzicht biedt over het aantal nakomelingen per donor. Daarnaast was er unanimiteit over de noodzaak van een duidelijk donorquotum dat nageleefd en opgevolgd wordt.

Binnen de klinische praktijk is het belangrijk om begeleiding en ondersteuning te bieden aan donorkinderen bij het verkennen van mogelijke betekenissen van de genetische connectie met donor half-siblings, zonder deze voor hen in te vullen. Daarnaast spraken deelnemers de wens uit om het onderbelichte kindperspectief centraal te stellen in het maatschappelijke en politieke debat rond de praktijk van donorconceptie. Ze voelden daarbij een nood aan erkenning van donorkinderen als personen met eigen rechten en informatiebehoeften.

Biotische factoren, zoals landbouwplagen, dragen wereldwijd aanzienlijk bij aan oogst- en voedselverliezen. Momenteel worden synthetische pesticiden nog vaak ingezet om deze organismen te bestrijden. Vanwege problemen met persistente residuvorming, risico’s voor de volksgezondheid en het ontstaan van resistentie, gecombineerd met een toenemende stimulans voor geïntegreerde plaagbeheersing, is een geleidelijke vervanging door nieuwe, veilige bestrijdingsstrategieën, zoals RNAi, noodzakelijk. Om complicaties met genetische modificatie te vermijden, kan een sproei-gebaseerde aanpak worden toegepast. Echter, hierbij blijft er onwetendheid bestaan. Deze scriptie onderzocht de potentie van de polymeren PAEMA en PGUMA, in verschillende configuraties, om deze uitdagingen te helpen overwinnen aan de hand van vier functionele parameters: de stabiliteit van dsRNA in larvale darmextracten via ex vivo degradatie-assays, niet-doelwit toxiciteit via in vitro assays, en cellulaire opname alsook polyplexvrijgave middels confocale microscopie.

Presumptieve testen zijn snelle, goedkope en eenvoudige indicatieve testen die op een plaats delict uitgevoerd worden. Hedendaags dienen deze testen allemaal afzonderlijk gehanteerd te worden, dit kan resulteren in een reeks van vele testen om een uiteindelijke indicatie te verkrijgen. Hierdoor is minder sample over voor eventuele nabewerking.
Deze studie richt zich tot de integratie van verschillende presumptieve testen tot één multiplex paper-based device. Hierbij wordt rekening gehouden met de individuele eigenschappen van de verschillende testen. Door de individuele optimalisatie van de verschillende protocollen, konden eigenschappen zoals gevoeligheid, bewaring en houdbaarheid onderling vergeleken worden alvorens de testen samengevoegd werden. Gebruik makend van positieve controles (10² verdund bloed, zwarte thee, speeksel en urine) en dH2O als negatieve controle werden de verschillende testen uitgevoerd. Het device werd aangemaakt door gebruik te maken van wax-printing om een hydrofobe barrière te creëren.
Verkregen resultaten tonen aan dat interpretatie na toevoeging van het sample onmiddellijk dient te gebeuren om vals positieve reacties te vermijden.
Het is bijgevolg mogelijk om diverse testen succesvol te combineren door rekening te houden met individuele beperkingen. Echter is verdere optimalisatie nodig om huidige gebreken en onvolledigheden te verhelpen en te focussen op veldtoepassingen.

Probleemstelling: De snelle vooruitgang in genetisch onderzoek en de toenemende integratie van genetische toepassingen in de eerstelijnszorg stellen hoge eisen aan de kennis en competenties van toekomstige artsen. Hoewel genetica is opgenomen in het Vlaamse geneeskundecurriculum, blijft onduidelijk in welke mate laatstejaarsstudenten beschikken over voldoende feitelijke genetische kennis en in hoeverre hun zelfinschatting hiermee overeenkomt. Psychologische factoren zoals motivatie en zelfeffectiviteit kunnen hierin een rol spelen, maar worden zelden in samenhang onderzocht.
Methode: In deze masterpraktijkproef werd een vragenlijst ontwikkeld die peilt naar zelfgepercipieerde en feitelijke genetische kennis bij Vlaamse laatstejaarsstudenten geneeskunde. Daarnaast bevat het instrument metingen van motivatie, zelfeffectiviteit en zekerheidsinschatting. Het onderzoek heeft een kwantitatief, cross-sectioneel ontwerp en richt zich uitsluitend op de constructie en theoretische onderbouwing van het meetinstrument. De inhoud is gebaseerd op bestaande gevalideerde instrumenten, waaronder de International Genetic Literacy and Attitudes Survey (iGLAS), de General Self-Efficacy Scale (GSES) en de Intrinsic Motivation Inventory (IMI). De afname en data-analyse maken geen deel uit van deze masterpraktijkproef, maar kunnen plaatsvinden in vervolgonderzoek.
Resultaten en Conclusie: Het eindresultaat is een theoretisch onderbouwd en praktijkgericht meetinstrument dat genetische competenties benadert vanuit zowel inhoudelijke als psychologische invalshoeken. Door de integratie van diverse cognitieve niveaus en inhoudsdomeinen biedt de vragenlijst een breed inzetbaar kader voor toekomstig onderzoek naar genetische kennis bij geneeskundestudenten. Het instrument is beschikbaar in het Nederlands en het Engels en is klaar voor vervolgonderzoek.

Het ontdekken van nieuwe interacties tussen geneesmiddelen en proteïne-doelwitten (DTIs) is cruciaal voor therapeutische innovatie, maar experimentele validatie is kostelijk
en schaalt niet naar de astronomische omvang van chemische mogelijkheden. Heterogene, schaarse bindingsdata en beperkte diversiteit belemmeren robuuste voorspelling en de mogelijkheden voor in silico moleculaire ontwerp. Deze scriptie presenteert een geïntegreerd raamwerk dat data, representaties en modellen opschaalt voor DTI-voorspelling en doelwit-gestuurd de novo geneesmiddelontwerp.

Een gecombineerd DTI-corpus (339k interacties) en twee grote pretrainingsbronnen werden samengesteld om zowel supervised als unsupervised leerdoelen te ondersteunen. Centraal in het raamwerk is een flexibele, modulaire multi-branch architectuur: elke branch van het model (geneesmiddel of doelwit) kan geïnstantieerd worden als een encoder met enkele invoer, of als een multi-invoer-encoder die complementaire representaties fuseert (bijv. graaf, vingerafdruk, aminozuursequentie, DNA-signalen).
De geneesmiddel branch kan ook een variatie-sampling kop en een latent-gestuurde, discrete diffusie gebaseerde moleculaire graaf-generator omvatten. Branches kunnen
gezamenlijk getraind worden voor supervised DTI-voorspelling, of onafhankelijk met unsupervised/self-supervised leerdoelen om biologische voorkennis langs domeinen
heen in te brengen.

Resultaten tonen een regime-afhankelijk beeld: in data-arme regimes zijn foundationmodel embeddings het effectiefst, terwijl moleculaire vingerafdrukken de leiding hebben
wanneer data abundant zijn. Analyses tonen aan dat geneesmiddel-representaties de DTI-voorspellingsnauwkeurigheid sturen, met graaf-gebaseerde representaties als
meest invloedrijk; aminozuur- en DNA-signalen zijn complementair voor proteïnen. Algemeen verduidelijkt deze studie wanneer en hoe leren van meerdere representaties
en transfer learning helpen, biedt het een reproduceerbare basis voor DTI-voorspelling, en toont het de haalbaarheid aan van latent-gestuurde omgekeerde diffusie voor het
genereren van chemisch valide, doelwit-specifieke moleculen waarvan de farmacofore kenmerken consistent zijn met de bredere biochemische literatuur.