Scriptiebank overzicht

De verspreiding van multiresistente bacteriën heeft geleid tot een antibioticaresistentie-crisis. Hierdoor is er een noodzaak voor het ontwikkelen van nieuwe antimicrobiële strategieën en een mogelijke oplossing is het gebruik van faagtherapiën. Fagen zijn virussen die specifiek bacteriën aanvallen. Ze bezitten receptor-bindende proteïnen (RBPs) die tijdens een infectie worden gebruikt voor het herkennen en hechten aan hun gastheer. In deze thesis werd onderzocht hoe fagen kunnen getraind worden om hun RBPs aan te passen om beter gewenste bacteriën aan te vallen.

Deze bachelorproef gaat over de ontwikkeling en optimalisatie van een specifiek protocol om mutaties in het PSEN1 gen kostenefficiënter te identificeren bij patiënten met erfelijke Alzheimer. Een betrouwbare identificatie van deze genetische varianten is cruciaal voor een tijdige diagnose, maar huidige screeningsmethoden zijn vaak erg duur en moeilijk toegankelijk.
Om een goedkoper alternatief te bieden, is in dit onderzoek een nieuwe methode ontworpen en getest. Hierbij wordt het specifieke PSEN1 gen eerst doelgericht gefilterd, waarna een techniek die lange stukken DNA in één keer afleest (long-read sequencing) wordt ingezet.
De eerste resultaten tonen aan dat deze gerichte aanpak potentie biedt om de diagnostische kosten te verlagen en het opsporen van genetische foutjes toegankelijker te maken. Wel bleek uit dit onderzoek dat er nog verdere optimalisatie van het protocol nodig is om de betrouwbaarheid en efficiëntie volledig te waarborgen.
Hiermee legt deze bachelorproef een belangrijke basis voor het vervolgonderzoek naar een betaalbare en geoptimaliseerde klinische diagnostische test voor deze zwaar getroffen patiëntengroep.

Acute lymfatische leukemie (ALL) is de meest voorkomende kanker bij kinderen. Binnen deze groep is het hoog-hyperdiploïde subtype (HeH B-ALL) het meest voorkomende. Deze patiënten hebben een uniek biologisch kenmerk: hun kankercellen bevatten veel meer chromosomen dan de normale 46, doorgaans tussen 51 en 67. Hoewel 95% van deze kinderen aanvankelijk geneest, zijn zij toch verantwoordelijk voor het hoogste absolute aantal hervalgevallen van alle vormen van kinderkanker, omdat het om zo’n grote patiëntengroep gaat.

Naast de extra chromosomen werd recent ontdekt dat vrijwel elke patiënt met deze vorm van leukemie ook mutaties in RAS-eiwitten draagt. In een gezonde cel fungeren deze eiwitten als binaire aan-uit-schakelaars die de cel vertellen wanneer ze moet groeien en delen. In deze leukemiecellen zit de schakelaar echter permanent vast in de ‘aan’-stand. Een belangrijke theorie stelt dat de kankercellen dit constante groeisignaal nodig hebben om de interne stress te overleven die wordt veroorzaakt door hun extra chromosomen.

In dit onderzoek gingen we na of een nieuwe generatie geavanceerde geneesmiddelen deze vastgelopen RAS-schakelaars kan uitschakelen. Met behulp van een gespecialiseerd laboratoriummodel van B-cellen testten we verschillende geneesmiddelen die ontworpen zijn om verschillende onderdelen van de RAS-groeisignaalroute te blokkeren. Het doel was om behandelingen te vinden die de kanker doeltreffend kunnen stoppen en die patiënten in de toekomst hopelijk kunnen behoeden voor de zware bijwerkingen van standaard chemotherapie met meerdere geneesmiddelen.

De resultaten zijn veelbelovend. Geneesmiddelen zoals Daraxonrasib en Trametinib bleken bijzonder krachtig en stopten de proliferatie van de cellen al bij zeer lage concentraties. Sommige geneesmiddelen werken als specifieke sleutels voor specifieke sloten. Sotorasib was alleen werkzaam tegen één specifieke mutatie (G12C), terwijl BI-2865 de celgroei bij KRAS-mutaties kon blokkeren. Een nieuwe verbinding, ABD957, bleek werkzaam tegen een specifieke NRAS-variant die vaak bij deze patiënten voorkomt. Het belangrijkste is dat deze doelgerichte geneesmiddelen in onze tests geen schade toebrachten aan gezonde menselijke cellen, in tegenstelling tot traditionele chemotherapie.

Dit onderzoek legt de basis voor een meer gepersonaliseerde aanpak van de behandeling van kinderleukemie. Door het geneesmiddel af te stemmen op de specifieke genetische afwijking in de tumor van een kind, zouden artsen mogelijk doeltreffendere behandelingen met minder complicaties op lange termijn kunnen aanbieden. De volgende stap voor de best presterende geneesmiddelen is het testen ervan in geavanceerde modellen die de menselijke ziekte nog beter nabootsen. Zo komen we opnieuw een stap dichter bij toepassing in de kliniek.

Sarcomen zijn zeldzame kankers die ontstaan in bindweefsel zoals bot, spier en vet. Door hun grote genetische diversiteit is een correcte diagnose vaak complex en vereist ze meerdere aparte moleculaire testen (FISH, copy number-analyse, RNA-sequencing), die elk maar een deel van het genetische plaatje tonen.
Deze masterthesis onderzocht of Optical Genome Mapping (OGM), een nieuwe techniek die het DNA rechtstreeks visualiseert in plaats van het uit te lezen, dit diagnostische traject kan vereenvoudigen. OGM werd toegepast op rhabdomyosarcoom-cellijnen en op patiënt-afgeleide tumoroïden, en de resultaten werden vergeleken met de klassieke cytogenetische technieken. Daarnaast werd het protocol voor het isoleren van ultra-hoogmoleculair DNA uit primair tumorweefsel geoptimaliseerd, aangezien dit de belangrijkste praktische hindernis bleek voor een betrouwbare toepassing van de techniek.
De resultaten tonen dat OGM klinisch relevante afwijkingen kan detecteren in één enkele test, waaronder de kenmerkende PAX3::FOXO1-fusie bij rhabdomyosarcoom en complexe genomische herschikkingen bij een maligne perifere zenuwschedetumor (MPNST), met volledige overeenstemming met de standaardtechnieken. Tegelijk bleek de kwaliteit van het DNA sterk af te hangen van weefseltype, staalgrootte en de tijd tussen operatie en invriezing, factoren die nu voor het eerst systematisch in kaart werden gebracht.
Deze thesis toont aan dat OGM een waardevolle aanvulling kan zijn op de bestaande diagnostische aanpak bij sarcomen, en legt de basis voor verdere optimalisatie richting klinische implementatie.

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

In deze scriptie wordt een pipeline geoptimaliseerd dat vertrekkende van publieke proteoomdata van cellijnen een model traint cellijnen te herkennen.

Een studie naar cyclische antifungale therapie gebaseerd op collaterale sensitiviteit, een trade-off mechanisme waarin resistentie tegen een geneesmiddel gepaard gaat met een verhoogde sensitiviteit, en het onderzoeken van resistentie mechanismen in Candida auris.

Deze scriptie omvat de optimalisatie van kanker bio merker detectie in bloedstalen. Welke bloedbuis is nu het efficiëntste in het stabiliseren van de gebruikte bio merkers (hier extracellulaire vesikles. Kunnen deze pakketjes ook gevangen worden met bepaalde antilichamen tegen membraan proteïnen.

Met het optreden van borstkanker zijn een aantal risicofactoren geassocieerd. In deze scriptie werd gefocust op de genetische risicofactoren en hun rol bij het optreden van familiaal overerfbare borstkanker. Er wordt ook ingegaan op risicobepaling voor het optreden van dit soort kanker.

Met behulp van een metabolische netwerkmodel werden de beste genetische ingrepen gezocht die het metabolisme van de bacterie Bacillus subtilis optimaliseren voor biologische ammoniakproductie uit proteïnes. Op die manier kan dit bijdragen aan het sluiten van de menselijke stikstofcyclus.

Bepaling van de fundamentele aspecten die nodig zijn voor de reversibele immortalisatie van humane corneale endotheelcellen met de focus op gen introductie.

Een overzicht van de reeds gekende literatuur over de rol van het eiwit coderend gen CRISPLD2 in schisis. De noodzaak van onderzoek naar schisis, het CRISPLD2-gen zelf en mogelijke denkpistes naar de toekomst toe worden uitvoerig besproken.

Mijn masterpaper gaat over het belang van genen in een specifieke huidziekte bij kinderen. Ik ging op zoek in de literatuur over hoe bepaalde genmutaties het verdere verloop van de ziekte kunnen voorspellen en hoe de behandeling meer specifiek kan aangepast worden.

Tijdens het thesisonderzoek maakten we gebruik van hTau.P301S muizen. Deze muizen expressen humaan Tau met een P301S mutatie, waardoor Tau-klonters gevormd worden binnenin zenuwcellen en de muizen dementiestoornissen ontwikkelen. In die muizen hebben we een temporele analyse gemaakt van microglia en diens functie.

in deze masterproef wordt onderzocht welke genmutaties het vaakst voorkomen bij koppels met subfertiliteit en bij mannen met azoöspermie of oligoasthenoteratozoöspermie. Dit gebeurde aan de hand van een literatuur studie en aan de hand van een retrograde studie van 877 dossiers van koppels die consulteerde in het Leuvens universitair Fertiliteitscentum..

Rood en verwerkt vlees werden reeds gecorreleerd met colonkanker ontwikkeling, en we zijn op zoek naar goede methodes om deze complexe relatie te bestuderen. In mijn thesis werd een uniek model ontwikkeld op basis van darmcellen waarbij op latere stadia van colonkanker progressie, met name proliferatie, metastase en invasie, ingezoomd wordt. Bovendien is ook de lange termijn impact van de micro-omgeving van tumorcellen, zoals bepaald door rood/verwerkt vlees consumptie, grotendeels onbekend vandaag de dag, en het nieuwe model zou hier in de toekomst kunnen bijdragen tot nieuwe perspectieven.

Een studie rond de expressie en de stabiliteit van een LPMO. Het beoogde doel is het stabiliseren van het enzym, teneinde het gebruik in enzymmixen voor cellulose afbraak tot fermenteerbare suikereenheden. Zodanig kan cellulose gebruikt worden als hernieuwbare grondstof.

Van het DNA-polymerase TherminatorTM zijn verschillende varianten (verschillende sequentie) tot stand gebracht. Deze varianten werden geselecteerd op activiteit voor de incorporatie van gemodificeerde nucleotiden met aspartaat als uittredende groep. Dit geniet in de praktijk van een grote belangstelling in de geneeskunde als anti-virale en/of anti-kankercomponenten, maar ook in de biotechnologie omwille van een hogere resistentie tegen degradatie.

In deze scriptie probeert men het impact van de fokpraktijken, de rasstandaarden en de gesloten stamboeken op het welzijn van de rashonden aan te tonen. Er worden zes belangrijke aandoeningen bij de Duitse herder besproken die het welzijn van dit ras serieus kan aantasten.

De moleculaire biologie kan via het Y-chromosoom de genetica achter genealogie bestuderen. Het Y-chromosoom wordt net als de familienaam grotendeels onveranderd doorgegeven van vader op zoon. De focus van deze studie ligt op de aanwezigheid van buitenechtelijkheid of extra paar vaderschap (EPP).

Morfologische en genetische ontwikkeling van de nier, met nadruk op de genen die in mutante vorm aanleiding geven tot niercortexhypoplasie

De tolerantie voor andere interactiepartners binnen het pKaH regulerend motief van een recent ontdekte, veelbelovende DNAzyme werd onderzocht door nucleobasepermutaties uit te voeren. De analyse werd gebaseerd op zowel 1D als 2D NMR technieken en smelttemperatuuranalyse. Hieruit konden design regels geëxtraheerd worden die specifiek ontwerp van DNAzymes mogelijk maakt.

Zo helpen we mee om plotse dood bij jonge sporters te voorkomen Tom is een 17-jarige competitievoetballer die vandaag zijn laatste match van het seizoen speelt. Na de pauze staan ze 1-0 achter en steekt hij een tandje bij. Plots voelt hij zich tijdens het lopen kortademig en zakt ineen. Er wordt onmiddellijk medische hulp geroepen. Ze snellen naar de jongen toe maar constateren dat deze getroffen is door een hartstilstand. Ondanks onmiddellijke reanimatie, overlijdt hij in het ziekenhuis.Het overlijden van ouderen als gevolg van een hartaandoening is iets waar we niet steeds van opkijken.

Heupdysplasie en het genetisch onderzoek naar een blijvend probleem binnen de hondenpopulatie.In het ministerieel besluit van 3 maart 2015 werd een aanpassing doorgevoerd met betrekking tot de fokkerij van honden. Hieruit is gebleken dat steeds meer hondenrassen dienen getest te worden op heupdysplasie (HD) alvorens ze worden ingezet in de fokkerij. Dit omdat de erfelijkheidsgraad van HD wordt geschat op 40-50%. Maar wat is heupdysplasie? Hoe wordt deze aandoening het beste gediagnosticeerd? Is HD een aandoening dat genetisch bepaald wordt en welke genen zouden hierbij een rol kunnen spelen?

Collageen, meer dan cosmetica“Look 10 years younger with collagen cream” ~ BRTC Medi Stem Collagen CreamIedereen kent de reclames wel waarin cosmetica met collageen worden aangeprezen om beginnende rimpels weg te werken. Collageen komt echter niet alleen voor in de huid en tekort aan collageen kan, indien aangeboren, grote gevolgen hebben.CollageenHet menselijk lichaam is naast spierweefsel, epitheel, bloed en zenuwen opgebouwd uit bindweefsel (figuur 1).

Ontrafeling en genezing van vroegtijdige veroudering: genetisch gewijzigde cellenDe vroegtijdige verouderingsziekte HGPS (Hutchinson-Gilford Progeria Syndroom) of simpelweg progeria zorgt ervoor dat je lichaam acht keer sneller oud wordt dan normaal. De ziekte wordt veroorzaakt door een kleine verandering in het DNA, een mutatie. Waarom dit leidt tot vroegtijdige veroudering is nog grotendeels onduidelijk. Om dit beter te kunnen onderzoeken wordt de ziekte nagebootst in dieren en cellen. In deze masterproef werden genetische veranderingen aangebracht in cellen met zeer moderne technieken.

Ontdekking nieuw gen geeft hoop in ontrafeling pancreaskanker.Wat hebben Luciano Pavarotti, Steve Jobbs, Patrick Swayze en Joan Crawford met elkaar gemeen op hun bekendheid na? Ze stierven allen aan pancreaskanker. Hoewel pancreaskanker niet behoort tot de top 10 van de meest voorkomende kankergevallen in België, is het de 4de hoogste kanker-gerelateerde doodsoorzaak in de wereld. Kersvers VUB-alumnus Mathias Van Bulck legde zijn master thesis jaar af aan het gerenommeerde Australische ‘Garvan Institute of Medical Research’ waar hij onder leiding van Prof. Dr.

Tak, tik. Uit de maat maakt dikVele biologische processen in het menselijk lichaam verlopen automatisch volgens een bepaald ritme. Een inwendige 'klok' regelt de slaap-waak cyclus, de variaties in lichaamstemperatuur, bloeddruk en hormoonsecretie, alsook de snelheid en werking van ons metabolisme. De alomtegenwoordige levensstijl van weinig en onregelmatig slapen verstoort het intern ritme.

Voorspellen van Oogproblemen: Fictie of realiteit?Pseudoxanthoma Elasticum (PXE) is een zeldzame erfelijke aandoening waar tussen 1/25.000 en 1/100.000 mensen aan lijden. De meest frequent aangetaste lichaamsdelen zijn de ogen, de huid en het hart- en bloedvatenstelsel. Hoewel al veel vooruitgang is geboekt in de ontrafeling van dit ziektebeeld, zijn er nog steeds veel vraagtekens over het ontstaan en ziekteverloop van PXE; zo is genezing nog lang niet mogelijk en kan slechts geprobeerd worden om de symptomen aan te pakken wanneer deze zich voordoen.

Ons genoom op de vuilnisbeltElk levend wezen heeft zijn eigen blauwdruk, het genoom. Hierin staat alle nodige informatie om een cel te maken, namelijk de genen. Deze beschrijven hoe proteïnen gemaakt worden welke vervolgens hun functie in de cel vervullen. Echter tussen al deze vitale info zit veel non-sense. Maar liefst 80% van ons genoom bestaat uit DNA waarvan we niet weten wat het doet. We noemen het rommel- of junk DNA. Maar waarom is het er? Evolutie dicteert dat eigenschappen verdwijnen als ze niet bijdragen aan de overleving van het organisme.