Scriptiebank overzicht

In mijn scriptie heb ik de compositie van het darmmicrobioom van beide captieve en wilde (gestrande) orca's geanalyseerd met behulp van verscheidene DNA sequencing technieken. Aan de hand van bio-informatica heb ik achterhaald welke genen aanwezig zijn die bijdragen tot de afbraak van door de mens geproduceerde organische polluenten.

Mijn masterproef omvat een onderzoek naar welke ESG criteria reeds zijn opgenomen in de Belgische Corporate Governance Code en hoe deze laatste kan worden verbeterd opdat ESG de nieuwe bedrijfsfilosofie wordt.

Fibroblasten zijn een diverse groep cellen die zorgen voor het onderhoud van de extracellulaire matrix (ECM). Ze kunnen inactief zijn (quiescente fibroblasten) of actief (myofibroblasten). De actieve myofibroblast, herkenbaar aan het eiwit α-smooth muscle actin (αSMA), speelt een belangrijke rol bij wondgenezing en fibrose. Een speciale subgroep hiervan zijn de kanker-geassocieerde fibroblasten (CAFs), die in de tumoromgeving bijdragen aan tumorgroei en uitzaaiing. Hun activatie wordt gestimuleerd door factoren zoals TGF-β en mechanische spanning vanuit de ECM, wat een terugkoppelingslus creëert: spanning activeert CAFs, en CAFs versterken op hun beurt de spanning door ECM-remodellering.
In deze studie werd de mechanobiologie van CAFs onderzocht met behulp van een FRET-gebaseerde vinculine-tensiesensor, die mechanische krachten in focale adhesies meet. Er werd vergeleken tussen onbehandelde CAFs en met TGF-β geactiveerde (myofibroblast-achtige) CAFs. De geactiveerde cellen vertoonden hogere mechanische spanning in vinculine en meer adhesiecomplexen per cel, wat wijst op grotere contractiliteit.
Daarnaast werd geprobeerd een fluorescente reporter te ontwikkelen om de differentiatie in levende cellen te volgen. De gebruikte ACTA2-promotor bleek echter onvoldoende actief, maar het concept biedt aanknopingspunten voor verdere optimalisatie.
Conclusie: TGF-β zorgt voor snelle en efficiënte differentiatie van CAFs naar een meer contractiel, myofibroblastachtig type met verhoogde mechanische spanning in vinculine. Dit benadrukt het belang van mechanotransductie bij CAF-activatie en hun interactie met de tumoromgeving.

Dilated cardiomyopathy (DCM) is a leading cause of heart failure worldwide, and is
characterized by a dysfunctional and dilated left ventricle. Approximately 1 in 250 individuals develop DCM in their lifetime. DCM is highly heritable, with around 50 associated genes. However, 60-75% of families that show a heritable DCM pattern have no genetic diagnosis. Thus, identifying novel DCM-associated genes is imperative to help diagnose patients earlier and provide personalized treatments based on genotype-phenotype associations. Previously, whole exome sequencing data from idiopathic DCM patients at Maastricht Hospital was analyzed, leading to the identification of three potentially DCM-causing genes, found in seven patients. In the current study, these genes were analyzed using the zebrafish model. It was hypothesized that the targeted knockout of LAPTM4B, PIGV, or ANKHD1 in zebrafish embryos leads to functional and morphological changes resembling DCM. With F0 screening, a CRISPR/Cas9 based method, functional knockouts were created showing mild/moderate edema in approximately 40% of embryos in each genetic knockout. Heart videos were made to assess functional changes, with laptm4b showing a decrease in heart rate and an increase in ejection fraction, pigv showing a decrease in relaxation time and ventricle size, and ankhd1 showing an increase in ventricle size. In conclusion, the F0 screening should be further optimized to fully assess the role of these genes in cardiomyopathy. This study gives a proof of concept, showing that LAPTM4B, PIGV, and ANKHD1 play a role in the function and morphology of the heart and should be researched further.

Recurrent glioblastoma (rGB) remains to have a 5-year survival of <10%. Current treatments consist of re-resection, re-irradiation and/or immunotherapy, but therapy resistance remains unresolved due to multiple factors, such as the blood-brain-barrier, high tumor heterogeneity and an immunosuppressive tumor microenvironment. In this context, CAR T-cell therapy is emerging as a promising approach. In particular, the use of nanobodies (Nbs) as the antigen binding moiety overcomes limitations such as tonic signaling and immunogenicity, commonly associated with scFv-based CARs. CAR T-cell therapies targeting B7-H3 showed promising results in the treatment of rGB, but in vivo toxicity has been recently described, highlighting the need for improved CAR designs. In this thesis, we developed an mRNA-based platform to identify the most efficient CAR design as an alternative to the laborious and time-consuming methods currently available. Briefly, we developed an mRNA-based approach for the production of mRNA encoding NanoCAR variants and the screening of NanoCAR functionality, comparing it to a plasmid-derived mRNA NanoCAR. We used our optimized workflow, to select previously evaluated NanoCAR T-cells which resulted in the same lead being selected. Therefore, we applied our technology to generate B7-H3 NanoCAR T-cells and selected four candidates for further development. Finally, we tested B7-H3 mRNA NanoCAR T-cells in vivo to evaluate if a transient expression would be sufficient to address the toxicity issue. Overall, we showed that our mRNA platform is a promising alternative to the current methods for CAR screening allowing us to select new B7-H3 NanoCAR T-cells and further proceed with their characterization.

De limieten op het aantal nakomelingen per donor (de donorquota) werden bepaald in een context van geheimhouding en anonimiteit rond donorconceptie. Ze zijn voornamelijk ingegeven door medische redenen, zoals het voorkomen van consanguïniteit. De opkomst van het internet en DNA-databanken, in combinatie met een maatschappelijke verschuiving naar meer openheid en recente wetswijzigingen, maakt het mogelijk dat nakomelingen van eenzelfde donor met elkaar in contact kunnen komen. Hierdoor is duidelijk geworden dat de wetten en richtlijnen in het verleden niet altijd nageleefd werden en dat er een gebrek is aan internationale wetgeving waardoor donorkinderen soms geconfronteerd worden met een onverwacht aantal donor half-sibilings. Deze onvoorziene contacten brengen nieuwe vragen en uitdagingen met zich mee, waardoor de psychosociale aspecten van het aantal nakomelingen per donor steeds meer op de voorgrond komen te staan.

In deze masterproef werd onderzocht hoe donorkinderen genetische verwanten die ontstaan zijn uit donaties van dezelfde donor beleven, binnen het bredere maatschappelijke vraagstuk rond donorquota. Om een diepgaand inzicht te verkrijgen in deze belevingen werd gekozen voor een explorerende, kwalitatieve onderzoeksbenadering. Semigestructureerde interviews werden afgenomen en geanalyseerd aan de hand van een thematische analyse, gebaseerd op de aanpak van Braun en Clarke (2006). Aan het onderzoek namen twaalf personen deel uit alleenstaande-moeder, moeder-moeder en moeder-vader gezinnen. Uit de analyse van de interviews blijkt dat de beleving van de deelnemende donorkinderen gevarieerd en complex is en zich situeert op verschillende niveaus: individueel (bewustzijn rondom donor half-siblings, impact op identiteit), interpersoonlijk (woordgebruik, betekenis van genen en verwantschap, vormgeven aan de relatie, relationele dynamieken, familiale grenzen) en beleidsmatig (kindperspectief, centraal register, donorquota). De deelnemers gaven aan een sterke behoefte te ervaren naar vrijheid om zelf betekenis en vorm te mogen geven aan de genetische connectie met hun donor half-siblings, zonder zich te moeten verdedigen voor hun gevoelens en gedachten. Tegelijkertijd was er ook een duidelijke behoefte aan informatie en ondersteuning, mede doordat er weinig sociale kaders bestaan om deze relaties te duiden. De meerderheid van de deelnemers vond dat er een internationaal, centraal register moet komen dat transparantie en overzicht biedt over het aantal nakomelingen per donor. Daarnaast was er unanimiteit over de noodzaak van een duidelijk donorquotum dat nageleefd en opgevolgd wordt.

Binnen de klinische praktijk is het belangrijk om begeleiding en ondersteuning te bieden aan donorkinderen bij het verkennen van mogelijke betekenissen van de genetische connectie met donor half-siblings, zonder deze voor hen in te vullen. Daarnaast spraken deelnemers de wens uit om het onderbelichte kindperspectief centraal te stellen in het maatschappelijke en politieke debat rond de praktijk van donorconceptie. Ze voelden daarbij een nood aan erkenning van donorkinderen als personen met eigen rechten en informatiebehoeften.

Biotische factoren, zoals landbouwplagen, dragen wereldwijd aanzienlijk bij aan oogst- en voedselverliezen. Momenteel worden synthetische pesticiden nog vaak ingezet om deze organismen te bestrijden. Vanwege problemen met persistente residuvorming, risico’s voor de volksgezondheid en het ontstaan van resistentie, gecombineerd met een toenemende stimulans voor geïntegreerde plaagbeheersing, is een geleidelijke vervanging door nieuwe, veilige bestrijdingsstrategieën, zoals RNAi, noodzakelijk. Om complicaties met genetische modificatie te vermijden, kan een sproei-gebaseerde aanpak worden toegepast. Echter, hierbij blijft er onwetendheid bestaan. Deze scriptie onderzocht de potentie van de polymeren PAEMA en PGUMA, in verschillende configuraties, om deze uitdagingen te helpen overwinnen aan de hand van vier functionele parameters: de stabiliteit van dsRNA in larvale darmextracten via ex vivo degradatie-assays, niet-doelwit toxiciteit via in vitro assays, en cellulaire opname alsook polyplexvrijgave middels confocale microscopie.

Presumptieve testen zijn snelle, goedkope en eenvoudige indicatieve testen die op een plaats delict uitgevoerd worden. Hedendaags dienen deze testen allemaal afzonderlijk gehanteerd te worden, dit kan resulteren in een reeks van vele testen om een uiteindelijke indicatie te verkrijgen. Hierdoor is minder sample over voor eventuele nabewerking.
Deze studie richt zich tot de integratie van verschillende presumptieve testen tot één multiplex paper-based device. Hierbij wordt rekening gehouden met de individuele eigenschappen van de verschillende testen. Door de individuele optimalisatie van de verschillende protocollen, konden eigenschappen zoals gevoeligheid, bewaring en houdbaarheid onderling vergeleken worden alvorens de testen samengevoegd werden. Gebruik makend van positieve controles (10² verdund bloed, zwarte thee, speeksel en urine) en dH2O als negatieve controle werden de verschillende testen uitgevoerd. Het device werd aangemaakt door gebruik te maken van wax-printing om een hydrofobe barrière te creëren.
Verkregen resultaten tonen aan dat interpretatie na toevoeging van het sample onmiddellijk dient te gebeuren om vals positieve reacties te vermijden.
Het is bijgevolg mogelijk om diverse testen succesvol te combineren door rekening te houden met individuele beperkingen. Echter is verdere optimalisatie nodig om huidige gebreken en onvolledigheden te verhelpen en te focussen op veldtoepassingen.

Probleemstelling: De snelle vooruitgang in genetisch onderzoek en de toenemende integratie van genetische toepassingen in de eerstelijnszorg stellen hoge eisen aan de kennis en competenties van toekomstige artsen. Hoewel genetica is opgenomen in het Vlaamse geneeskundecurriculum, blijft onduidelijk in welke mate laatstejaarsstudenten beschikken over voldoende feitelijke genetische kennis en in hoeverre hun zelfinschatting hiermee overeenkomt. Psychologische factoren zoals motivatie en zelfeffectiviteit kunnen hierin een rol spelen, maar worden zelden in samenhang onderzocht.
Methode: In deze masterpraktijkproef werd een vragenlijst ontwikkeld die peilt naar zelfgepercipieerde en feitelijke genetische kennis bij Vlaamse laatstejaarsstudenten geneeskunde. Daarnaast bevat het instrument metingen van motivatie, zelfeffectiviteit en zekerheidsinschatting. Het onderzoek heeft een kwantitatief, cross-sectioneel ontwerp en richt zich uitsluitend op de constructie en theoretische onderbouwing van het meetinstrument. De inhoud is gebaseerd op bestaande gevalideerde instrumenten, waaronder de International Genetic Literacy and Attitudes Survey (iGLAS), de General Self-Efficacy Scale (GSES) en de Intrinsic Motivation Inventory (IMI). De afname en data-analyse maken geen deel uit van deze masterpraktijkproef, maar kunnen plaatsvinden in vervolgonderzoek.
Resultaten en Conclusie: Het eindresultaat is een theoretisch onderbouwd en praktijkgericht meetinstrument dat genetische competenties benadert vanuit zowel inhoudelijke als psychologische invalshoeken. Door de integratie van diverse cognitieve niveaus en inhoudsdomeinen biedt de vragenlijst een breed inzetbaar kader voor toekomstig onderzoek naar genetische kennis bij geneeskundestudenten. Het instrument is beschikbaar in het Nederlands en het Engels en is klaar voor vervolgonderzoek.

Het ontdekken van nieuwe interacties tussen geneesmiddelen en proteïne-doelwitten (DTIs) is cruciaal voor therapeutische innovatie, maar experimentele validatie is kostelijk
en schaalt niet naar de astronomische omvang van chemische mogelijkheden. Heterogene, schaarse bindingsdata en beperkte diversiteit belemmeren robuuste voorspelling en de mogelijkheden voor in silico moleculaire ontwerp. Deze scriptie presenteert een geïntegreerd raamwerk dat data, representaties en modellen opschaalt voor DTI-voorspelling en doelwit-gestuurd de novo geneesmiddelontwerp.

Een gecombineerd DTI-corpus (339k interacties) en twee grote pretrainingsbronnen werden samengesteld om zowel supervised als unsupervised leerdoelen te ondersteunen. Centraal in het raamwerk is een flexibele, modulaire multi-branch architectuur: elke branch van het model (geneesmiddel of doelwit) kan geïnstantieerd worden als een encoder met enkele invoer, of als een multi-invoer-encoder die complementaire representaties fuseert (bijv. graaf, vingerafdruk, aminozuursequentie, DNA-signalen).
De geneesmiddel branch kan ook een variatie-sampling kop en een latent-gestuurde, discrete diffusie gebaseerde moleculaire graaf-generator omvatten. Branches kunnen
gezamenlijk getraind worden voor supervised DTI-voorspelling, of onafhankelijk met unsupervised/self-supervised leerdoelen om biologische voorkennis langs domeinen
heen in te brengen.

Resultaten tonen een regime-afhankelijk beeld: in data-arme regimes zijn foundationmodel embeddings het effectiefst, terwijl moleculaire vingerafdrukken de leiding hebben
wanneer data abundant zijn. Analyses tonen aan dat geneesmiddel-representaties de DTI-voorspellingsnauwkeurigheid sturen, met graaf-gebaseerde representaties als
meest invloedrijk; aminozuur- en DNA-signalen zijn complementair voor proteïnen. Algemeen verduidelijkt deze studie wanneer en hoe leren van meerdere representaties
en transfer learning helpen, biedt het een reproduceerbare basis voor DTI-voorspelling, en toont het de haalbaarheid aan van latent-gestuurde omgekeerde diffusie voor het
genereren van chemisch valide, doelwit-specifieke moleculen waarvan de farmacofore kenmerken consistent zijn met de bredere biochemische literatuur.

Deze scriptie onderzoekt het juridische landschap rond post-mortem genetische gegevens binnen de Europese Unie (EU) en gaat in op de vraag hoe individuen na hun overlijden controle kunnen houden over hun genetische gegevens. Hoewel de Algemene Verordening Gegevensbescherming (AVG, GDPR) in de eerste plaats de rechten van levende personen beschermt, zorgt het relationele karakter van genetische gegevens, waarbij genetische informatie over overledenen ook informatie over biologische familieleden kan onthullen, voor unieke uitdagingen voor het beheer van postmortale gegevens.
Het onderzoek analyseert het gefragmenteerde juridische landschap in de EU-lidstaten en benadrukt het gebrek aan geharmoniseerde wetgeving en de daaruit voortvloeiende onzekerheid over de bescherming van postmortale genetische gegevens. Door nationale wetten, EU-richtlijnen en relevante jurisprudentie te bekijken, identificeert het proefschrift hiaten in zowel de wettelijke bescherming als de handhaving.
Het onderzoek maakt gebruik van een gemengde methodologie, waarbij juridisch doctrinair onderzoek, vergelijkende juridische analyse en casestudy's worden gecombineerd om een uitgebreide analyse te bieden. Belangrijke rechterlijke uitspraken van het Europees Hof voor de Rechten van de Mens (EHRM) en het Hof van Justitie van de Europese Unie (HvJ-EU) worden geanalyseerd om inzicht te krijgen in de voortdurend evoluerende beginselen rond de bescherming van postmortale genetische gegevens.
Technologische ontwikkelingen, zoals geavanceerde toestemmingsbeheersystemen en privacyversterkende technologieën, worden geëvalueerd op hun potentieel om de controle op postmortale gegevens te verbeteren. De integratie van deze instrumenten in bestaande wettelijke kaders blijft echter onduidelijk. Deze thesis concludeert met de aanbeveling voor een meer coherente Europese aanpak, waarbij juridische verduidelijking, technologische waarborgen en betrokkenheid van belanghebbenden worden gecombineerd om ervoor te zorgen dat genetische privacy postmortaal wordt gerespecteerd.

In dit werk wordt het zuurgevoelige gedrag van zeolitic imidazolate framework‑8 (ZIF‑8) onderzocht en benut voor de ontwikkeling van een nieuwe aanpak voor de zuivering, hantering en dosering van goudnanodeeltjes (AuNPs). Daartoe worden AuNPs ingekapseld in ZIF‑8, waardoor hybride AuNP@ZIF‑8‑poeders ontstaan. Deze poeders vergemakkelijken het werken met AuNPs, maken efficiënte zuivering mogelijk via centrifugatie bij lage g‑krachten, en vertonen uitstekende resuspensie na zuur‑geïnduceerde afbraak van ZIF‑8. De inkapselingsstrategie bleek zeer effectief: na drie zuiveringscycli werd meer dan 80 % van het goud behouden, terwijl dit voor niet‑ingekapselde AuNPs slechts 25 % was. Bovendien maakt de inkapseling het mogelijk om ongezuiverde colloïdale AuNP‑systemen om te zetten in robuuste, resuspendeerbare poeders die geschikt zijn voor transport en langdurige opslag.

Feline Infectieuze Peritonitis Virus (FIPV) is een mutatie van het Feline Coronavirus (FCoV) en veroorzaakt een dodelijke ziekte bij katten. Deze bachelorproef richt zich op de optimalisatie van PCR-testen voor de detectie van FIPV om de diagnostische nauwkeurigheid te verbeteren. Het onderzoek focust zich op de M1058L-mutatie in het S-gen, dat geassocieerd wordt met de ontwikkeling van FIPV. De aanpak omvat het optimaliseren van RNA-extractiemethoden, het ontwerpen van specifieke primers en probes, en het verfijnen van qPCR-protocollen. Daarnaast worden verschillende PCR-technieken, waaronder klassieke PCR, qPCR en dPCR, vergeleken op hun effectiviteit in het detecteren van de M1058L-mutatie. De resultaten tonen een verbeterde gevoeligheid en specificiteit van de geoptimaliseerde PCR-testen. Verder onderzoek is nodig om de klinische toepasbaarheid te valideren en de test te verfijnen voor verschillende FCoV-stammen.

My paper will discuss the results of my MA Thesis, defended at Ghent University. In this context, I will focus on the philological and linguistic outcomes, alongside a presentation of the sources and the methodology I adopted. In particular, my presentation will first introduce Saint Ignatius' Letter to the Romans alongside its Greek and Slavonic manuscript tradition.
Among the corpus of seven letters attributed to Ignatius of Antioch, a second-century bishop of Antioch, the Letter to the Romans (CPG 1025.4) is very interesting. It was addressed to the community in Rome after Ignatius, sentenced to death, had to travel to Rome. The Letter to the Romans differs from the others since it is the only letter embedded in the Martyrdom of Ignatius = Passio (BHG 0813) – given its content related to Ignatius’ visions on martyrdom. Furthermore, it is the sole Ignatius’ letter to have been translated into Slavonic. Nine manuscripts transmit the Passio Ignatii (BHG 0813) in Greek. Seventeen manuscripts, dated or datable between the fourteenth and the sixteenth century, preserve the Slavonic version of Ignatius’ Passio and are known in South Slavic and East Slavic redactions. Next to the Greek and Slavonic versions, it has Syriac, Arabic, Latin, Armenian and Georgian translations too. The poster also gives an account of the complex tradition of the Slavonic version(s). My focus is on the Pre-Metaphrastic version (BHG 0813), dated before the tenth-century revision of Symeon Metaphrastes (BHG 0815).
Among the Greek manuscripts, my presentation will concentrate on the so-termed Taurinensis (Torino, BNU, C.I.10 - Diktyon 63833) because, unlike other Greek manuscripts, it displays a remarkable closeness with the Slavonic manuscripts, especially with the witnesses of the earliest South Slavic version. These involve the Codex Athous Chilandaricus 644, an early fourteenth-century paper codex in Serbian orthography and the Manuscript of Vienna (Wien, ÖNB, Vindobonensis slav. 33), a late fourteenth-century reading also in Serbian orthography.
Furthermore, my thesis touches upon the methodologies I adopt to investigate my sources: palaeography, cultural linguistics, and translation theories. The palaeographic part entails comprehending the palaeographic and codicological characteristics of the manuscripts (deciphering, reading and dating a manuscript).

Mijn scriptie richt zich op het optimaliseren van forensische DNA-databanken, specifiek hoe DNA-matches beter kunnen worden beoordeeld in gevallen waar de overeenkomst niet volledig duidelijk is, oftewel de ‘grijze zone’. Er werd onderzocht of de toepassing van likelihood ratios (LR) als een alternatieve methode gebruikt kan worden om de betrouwbaarheid van DNA-matches te verbeteren.

In deze scriptie werd een onderdeel uit de cursus virologie (3e bachelor biomedische wetenschappen, UGent) omgezet naar stripformaat om leerlingen met dyslexie te helpen bij het studeren. De scriptie bestaat uit volgende onderdelen:
- Literatuuronderzoek: dyslexie, leesbaarheid van teksten (lettertype, vet drukken van tekst, hoofdlettergebruik, ...), lay-out die bevorderlijk is voor de leesbaarheid (bv. type papier, kleur van het papier, textuur, ...), geschiedenis en gebruik van stripverhalen.
- Toepassing van de literatuurstudie op het eindproduct.
- Omzetting van een deel van de cursus (bestaande uit PowerPointpresentaties) naar stripformaat. Hierbij werd gefocust op het behouden van de
leerstof, zonder de inhoud te vereenvoudigen.

Deze scriptie had aanvankelijk studenten met dyslexie op het oog als doelgroep, maar er werd al snel gemerkt dat dit werk mogelijks ook breder ingezet zou kunnen worden. Er wordt gehoopt de resultaten ook in te kunnen zetten voor studenten met ADHD, een OKAN-achtergrond, etc. en de doelgroep mogelijks ook uit te breiden met leerlingen uit het secundair onderwijs, patiënten, ...

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

Recentelijk wordt meer aandacht besteed aan de impact van micro- en nanoplastic (MNP) op het milieu. Onderzoek naar de impact op de menselijke gezondheid is nog steeds beperkt en er blijven veel onzekerheden bestaan. De ernst van de impact van MNP op de gezondheid van menselijke cellen en weefsels is nog niet bekend. Studies tonen aan dat MNP verschillende celorganellen beïnvloeden, waaronder de mitochondriën, het endoplasmatisch reticulum (ER) en lysozymen. Omdat deze celorganellen een belangrijke rol spelen in het cellulaire energiemetabolisme, verstoren MNP ook dit metabolisme.

Deze studie biedt inzicht in de veranderingen in het cellulaire metabolisme die worden veroorzaakt door behandelingen met MNP. Er werd gebruik gemaakt van een experimentele opstelling waarbij Caco-2-cellen langdurig behandeld werden met herhaalde dosissen van 100 nm polystyreen nanoplastic (PS-NP). Hierbij werden concentraties gebruikt die de werkelijkheid nabootsen. Bovendien werd een behandeling met silica partikels uitgevoerd om het fysische en chemische effect van de MNP te onderscheiden. De resultaten toonden aan dat chronische blootstelling aan een voor het milieu relevante dosis nanoplastic (NP) het cellulaire metabolisme beïnvloedt, wat leidt tot een verhoogd zuurstofverbruik, ophoping van lipiden en veranderde reacties op stress. Het duidt op een verschuiving naar een meer gestresseerd cellulair fenotype, dat uiteindelijk in verband kan worden gebracht met chronische ontstekingsziekten zoals obesitas. Vergelijkbare resultaten bij behandeling met silica partikels en NP geven aan dat de waargenomen effecten voornamelijk voortkomen uit de fysieke aanwezigheid van deze deeltjes en niet uit chemische interacties tussen elementen die aan het deeltje zijn gebonden en de cellen.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Core histones (H2A, H2B, H3, and H4) form nucleosomes, the basic units of chromatin, which compact DNA into chromatin fibers. Euchromatin, with loosely packed structure, facilitates transcription by allowing enzyme access to DNA, whereas heterochromatin's tight packing blocks transcription. Histone proteins contain tails rich in lysine and arginine residues, which undergo various posttranslational modifications (PTMs). These modifications influence the regulation of chromatin structure and gene activity. Post-translational modifications, such as histone lysine methylation, acetylation and phosphorylation are prevalent in various cancer types. The aim of the study is to detect and localize specific PTMs on histones by optimizing the existing method for nuclei isolation and sample purification. The research employs the OPM-2 cell line, for which sample preparation begins with the isolation and breakdown of the nuclei. Next, magnetic beads are utilized to purify the sample by binding the proteins and removing contaminants, followed by overnight digestion. After preparing the Evotips, the samples are injected into the Evosep One connected to the timsTOF HT for tandem MS analysis with trapped ion mobility. The addition of an extra washing step during nuclei isolation, which was tested during protocol adjustments, had no effect on the purity of the sample. Similarly, the separate addition of SDS and Benzonase during nuclei isolation showed no positive impact. When the effect of an additional protein purification step using 5 µl RPW cartridges was investigated, it led to a significant improvement in purity, with a lower total protein yield and histones being the most abundant proteins in the sample. With the latest optimization, nine peptides of interest on H3 could be detected. However, the evaluation of this optimized protocol is still ongoing and further optimization remains necessary.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

Porcine congenital splay leg syndrome (PCS), ook wel bekend als ‘zwemmers’, is de
nummer één oorzaak van kreupelheid in pasgeboren biggen. Getroffen dieren kunnen zich amper voortbewegen en sterven vaak op een tragische manier. Ondanks de aanzienlijke impact van deze aandoening op de varkenshouderij, blijven de precieze oorzaken nog grotendeels onbekend. Maar er is hoop! Door middel van genome-wide association studies (GWAS) kon een veelbelovend gen worden geïdentificeerd dat mogelijks de sleutel kan zijn tot het begrijpen van zwemmers. Deze kennis biedt mogelijkheden voor genetische selectie en kan op jaarlijkse basis het welzijn van tienduizenden varkens verbeteren!

In deze scriptie werd onderzocht of er een verband is tussen de genetische manipulatie van mensen en moraliteit.

Onderzoek naar een 'trivalent'-systeem, een polypeptide-geneesmiddelconjugaat dat gerichte afgifte aan mitochondriën mogelijk maakt voor de behandeling van aandoeningen zoals borstkanker. Het systeem bestaat uit drie componenten verbonden door een lysine, waaronder een mitochondriale gerichte groep (TPP), een polypeptidedrager (PLO), en een geneesmiddel of probe. Het onderzoek omvatte de synthese, karakterisering, en in-vitrotesten, evenals pogingen om de cellulaire toxiciteit te verminderen door de positieve ladingen te coaten met VLC3, wat potentieel veelbelovend is voor toekomstig gebruik in transfectiedoeleinden.

De studie focust zich op functionele en moleculaire karakterisatie van de interactie tussen MeCP2 en LEDGF. Dit eiwitcomplex heeft een invloed op de LINE-1 retrotranspositie. Retrotranspositie is een proces waarbij een DNA-fragment zich verplaatst naar een andere locatie in genoom en bij een niet correcte regulatie van dit proces, kan dit de oorzaak zijn van verschillende aandoeningen.

In deze scriptie wordt een pipeline geoptimaliseerd dat vertrekkende van publieke proteoomdata van cellijnen een model traint cellijnen te herkennen.

In deze masterscriptie werd de functie van Gata3, Gata2, Tfap2c en Tfap2a onderzocht in het kader van de vorming van het trophectoderm in muizenembryo's. Dit werd gedaan door gebruik te maken van het CRISPR/Cas9 genbewerkingssysteem .

Het Humaan Herpesvirus Type 7 (HHV-7) is een lid van de herpesviridae-familie en wordt geassocieerd met meerdere ziektes, variërend van dermatologische aandoeningen zoals exanthem subitem, tot ernstige neurologische defecten zoals encefalitis of meningitis. Toch is er weinig
bekend over zijn levenscyclus, en nog minder over zijn pathogene potentieel. Daarom hebben wij rood-fluorescente HHV-7 virussen gemaakt om visueel de infectie en replicatie van HHV-7 te kunnen volgen in verschillende celtypes.