Scriptiebank overzicht

My paper will discuss the results of my MA Thesis, defended at Ghent University. In this context, I will focus on the philological and linguistic outcomes, alongside a presentation of the sources and the methodology I adopted. In particular, my presentation will first introduce Saint Ignatius' Letter to the Romans alongside its Greek and Slavonic manuscript tradition.
Among the corpus of seven letters attributed to Ignatius of Antioch, a second-century bishop of Antioch, the Letter to the Romans (CPG 1025.4) is very interesting. It was addressed to the community in Rome after Ignatius, sentenced to death, had to travel to Rome. The Letter to the Romans differs from the others since it is the only letter embedded in the Martyrdom of Ignatius = Passio (BHG 0813) – given its content related to Ignatius’ visions on martyrdom. Furthermore, it is the sole Ignatius’ letter to have been translated into Slavonic. Nine manuscripts transmit the Passio Ignatii (BHG 0813) in Greek. Seventeen manuscripts, dated or datable between the fourteenth and the sixteenth century, preserve the Slavonic version of Ignatius’ Passio and are known in South Slavic and East Slavic redactions. Next to the Greek and Slavonic versions, it has Syriac, Arabic, Latin, Armenian and Georgian translations too. The poster also gives an account of the complex tradition of the Slavonic version(s). My focus is on the Pre-Metaphrastic version (BHG 0813), dated before the tenth-century revision of Symeon Metaphrastes (BHG 0815).
Among the Greek manuscripts, my presentation will concentrate on the so-termed Taurinensis (Torino, BNU, C.I.10 - Diktyon 63833) because, unlike other Greek manuscripts, it displays a remarkable closeness with the Slavonic manuscripts, especially with the witnesses of the earliest South Slavic version. These involve the Codex Athous Chilandaricus 644, an early fourteenth-century paper codex in Serbian orthography and the Manuscript of Vienna (Wien, ÖNB, Vindobonensis slav. 33), a late fourteenth-century reading also in Serbian orthography.
Furthermore, my thesis touches upon the methodologies I adopt to investigate my sources: palaeography, cultural linguistics, and translation theories. The palaeographic part entails comprehending the palaeographic and codicological characteristics of the manuscripts (deciphering, reading and dating a manuscript).

Mijn scriptie richt zich op het optimaliseren van forensische DNA-databanken, specifiek hoe DNA-matches beter kunnen worden beoordeeld in gevallen waar de overeenkomst niet volledig duidelijk is, oftewel de ‘grijze zone’. Er werd onderzocht of de toepassing van likelihood ratios (LR) als een alternatieve methode gebruikt kan worden om de betrouwbaarheid van DNA-matches te verbeteren.

In deze scriptie werd een onderdeel uit de cursus virologie (3e bachelor biomedische wetenschappen, UGent) omgezet naar stripformaat om leerlingen met dyslexie te helpen bij het studeren. De scriptie bestaat uit volgende onderdelen:
- Literatuuronderzoek: dyslexie, leesbaarheid van teksten (lettertype, vet drukken van tekst, hoofdlettergebruik, ...), lay-out die bevorderlijk is voor de leesbaarheid (bv. type papier, kleur van het papier, textuur, ...), geschiedenis en gebruik van stripverhalen.
- Toepassing van de literatuurstudie op het eindproduct.
- Omzetting van een deel van de cursus (bestaande uit PowerPointpresentaties) naar stripformaat. Hierbij werd gefocust op het behouden van de
leerstof, zonder de inhoud te vereenvoudigen.

Deze scriptie had aanvankelijk studenten met dyslexie op het oog als doelgroep, maar er werd al snel gemerkt dat dit werk mogelijks ook breder ingezet zou kunnen worden. Er wordt gehoopt de resultaten ook in te kunnen zetten voor studenten met ADHD, een OKAN-achtergrond, etc. en de doelgroep mogelijks ook uit te breiden met leerlingen uit het secundair onderwijs, patiënten, ...

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

Recentelijk wordt meer aandacht besteed aan de impact van micro- en nanoplastic (MNP) op het milieu. Onderzoek naar de impact op de menselijke gezondheid is nog steeds beperkt en er blijven veel onzekerheden bestaan. De ernst van de impact van MNP op de gezondheid van menselijke cellen en weefsels is nog niet bekend. Studies tonen aan dat MNP verschillende celorganellen beïnvloeden, waaronder de mitochondriën, het endoplasmatisch reticulum (ER) en lysozymen. Omdat deze celorganellen een belangrijke rol spelen in het cellulaire energiemetabolisme, verstoren MNP ook dit metabolisme.

Deze studie biedt inzicht in de veranderingen in het cellulaire metabolisme die worden veroorzaakt door behandelingen met MNP. Er werd gebruik gemaakt van een experimentele opstelling waarbij Caco-2-cellen langdurig behandeld werden met herhaalde dosissen van 100 nm polystyreen nanoplastic (PS-NP). Hierbij werden concentraties gebruikt die de werkelijkheid nabootsen. Bovendien werd een behandeling met silica partikels uitgevoerd om het fysische en chemische effect van de MNP te onderscheiden. De resultaten toonden aan dat chronische blootstelling aan een voor het milieu relevante dosis nanoplastic (NP) het cellulaire metabolisme beïnvloedt, wat leidt tot een verhoogd zuurstofverbruik, ophoping van lipiden en veranderde reacties op stress. Het duidt op een verschuiving naar een meer gestresseerd cellulair fenotype, dat uiteindelijk in verband kan worden gebracht met chronische ontstekingsziekten zoals obesitas. Vergelijkbare resultaten bij behandeling met silica partikels en NP geven aan dat de waargenomen effecten voornamelijk voortkomen uit de fysieke aanwezigheid van deze deeltjes en niet uit chemische interacties tussen elementen die aan het deeltje zijn gebonden en de cellen.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Core histones (H2A, H2B, H3, and H4) form nucleosomes, the basic units of chromatin, which compact DNA into chromatin fibers. Euchromatin, with loosely packed structure, facilitates transcription by allowing enzyme access to DNA, whereas heterochromatin's tight packing blocks transcription. Histone proteins contain tails rich in lysine and arginine residues, which undergo various posttranslational modifications (PTMs). These modifications influence the regulation of chromatin structure and gene activity. Post-translational modifications, such as histone lysine methylation, acetylation and phosphorylation are prevalent in various cancer types. The aim of the study is to detect and localize specific PTMs on histones by optimizing the existing method for nuclei isolation and sample purification. The research employs the OPM-2 cell line, for which sample preparation begins with the isolation and breakdown of the nuclei. Next, magnetic beads are utilized to purify the sample by binding the proteins and removing contaminants, followed by overnight digestion. After preparing the Evotips, the samples are injected into the Evosep One connected to the timsTOF HT for tandem MS analysis with trapped ion mobility. The addition of an extra washing step during nuclei isolation, which was tested during protocol adjustments, had no effect on the purity of the sample. Similarly, the separate addition of SDS and Benzonase during nuclei isolation showed no positive impact. When the effect of an additional protein purification step using 5 µl RPW cartridges was investigated, it led to a significant improvement in purity, with a lower total protein yield and histones being the most abundant proteins in the sample. With the latest optimization, nine peptides of interest on H3 could be detected. However, the evaluation of this optimized protocol is still ongoing and further optimization remains necessary.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

Porcine congenital splay leg syndrome (PCS), ook wel bekend als ‘zwemmers’, is de
nummer één oorzaak van kreupelheid in pasgeboren biggen. Getroffen dieren kunnen zich amper voortbewegen en sterven vaak op een tragische manier. Ondanks de aanzienlijke impact van deze aandoening op de varkenshouderij, blijven de precieze oorzaken nog grotendeels onbekend. Maar er is hoop! Door middel van genome-wide association studies (GWAS) kon een veelbelovend gen worden geïdentificeerd dat mogelijks de sleutel kan zijn tot het begrijpen van zwemmers. Deze kennis biedt mogelijkheden voor genetische selectie en kan op jaarlijkse basis het welzijn van tienduizenden varkens verbeteren!

In deze scriptie werd onderzocht of er een verband is tussen de genetische manipulatie van mensen en moraliteit.

Onderzoek naar een 'trivalent'-systeem, een polypeptide-geneesmiddelconjugaat dat gerichte afgifte aan mitochondriën mogelijk maakt voor de behandeling van aandoeningen zoals borstkanker. Het systeem bestaat uit drie componenten verbonden door een lysine, waaronder een mitochondriale gerichte groep (TPP), een polypeptidedrager (PLO), en een geneesmiddel of probe. Het onderzoek omvatte de synthese, karakterisering, en in-vitrotesten, evenals pogingen om de cellulaire toxiciteit te verminderen door de positieve ladingen te coaten met VLC3, wat potentieel veelbelovend is voor toekomstig gebruik in transfectiedoeleinden.

De studie focust zich op functionele en moleculaire karakterisatie van de interactie tussen MeCP2 en LEDGF. Dit eiwitcomplex heeft een invloed op de LINE-1 retrotranspositie. Retrotranspositie is een proces waarbij een DNA-fragment zich verplaatst naar een andere locatie in genoom en bij een niet correcte regulatie van dit proces, kan dit de oorzaak zijn van verschillende aandoeningen.

In deze scriptie wordt een pipeline geoptimaliseerd dat vertrekkende van publieke proteoomdata van cellijnen een model traint cellijnen te herkennen.

In deze masterscriptie werd de functie van Gata3, Gata2, Tfap2c en Tfap2a onderzocht in het kader van de vorming van het trophectoderm in muizenembryo's. Dit werd gedaan door gebruik te maken van het CRISPR/Cas9 genbewerkingssysteem .

Het Humaan Herpesvirus Type 7 (HHV-7) is een lid van de herpesviridae-familie en wordt geassocieerd met meerdere ziektes, variërend van dermatologische aandoeningen zoals exanthem subitem, tot ernstige neurologische defecten zoals encefalitis of meningitis. Toch is er weinig
bekend over zijn levenscyclus, en nog minder over zijn pathogene potentieel. Daarom hebben wij rood-fluorescente HHV-7 virussen gemaakt om visueel de infectie en replicatie van HHV-7 te kunnen volgen in verschillende celtypes.

Een vergelijkend onderzoek tussen het belang van de kunsten in de renaissance en de invloed die games nu uitoefenen op wetenschap, mens en maatschappij. De evolutie van de fijne kunsten tijdens de renaissance tonen een grote overeenkomst met de technologische evolutie bij videogames. De kracht van kunst in de renaissance is op een veelvoud aan individuele en wereldlijke vlakken terug te vinden bij het effect dat videogames en game mechanismen tegenwoordig vertonen. Een parallel is dan ook relatief vlot te maken en men kan desgewenst de titel 'videogamerenaissance' toekennen aan het huidige videogametijdperk.

Basisonderzoek naar de rol van LEDGF en MeCP2 in kader van LINE-1 retrotranspositie. De productie en validatie van LEDGF en MeCP2 knock-out cellijnen. In vivo productie van lokale LEDGF knock-out in neuronen en het effect op MeCP2.

Deze scriptie bevat onderzoek naar meer efficiënte en routinematige screening en kwantificatie-methoden voor Pyrrolizidine-alkaloïden in commerciële thee preparaten.

Eerstelijnszorg wordt gekenmerkt door een grote zorgvraag maar een beperkt aanbod. Hierdoor wordt er gezocht naar nieuwe vormen van multidisciplinaire samenwerking en taakherverdeling. Deze studie onderzoekt de impact van de implementatie van verpleegkundig geleide consultaties ten opzichte van huisarts geleide consultaties bij patiënten met acute infectieklachten.

Onderzoek naar de cryptische diversiteit in Enteromius, een zoetwater barbeel, in West-Afrika met behulp van een morphologische en genetische methode op formaline gefixeerde specimens.

Deze bachelorproef onderzoekt het gebruik van environmental DNA (eDNA) van tong (Solea solea) in de Noordzee als een alternatieve, niet-invasieve methode voor betrouwbare detectie en schatting van biomassa met behulp van digitale PCR (dPCR).

De meeste volwassen nieuwkomers in Vlaanderen moeten verplicht een cursus Maatschappelijke Oriëntatie volgen in het kader van hun inburgeringstraject. Deze scriptie onderzoekt wat de rol is van geschiedenis, erfgoed en herinneringseducatie in deze lessenreeks en in welke mate dit mee vormgeeft aan een burgerschap.

Dit onderzoek focust zich op de motieven van jonge ouders die er bewust voor kiezen om foto's en video's van hun kinderen onherkenbaar te delen op sociale media.

We merken een steeds grotere belangstelling op voor onderwerpen als de postkoloniale benadering, dekolonisatie en antiracisme in het Vlaamse culturele en academische milieu. Enkel met betrekking tot het Vlaams secundair (literatuur)onderwijs weten we niet in hoeverre de postkoloniale benadering reeds een plaats heeft kunnen opeisen. Om die reden onderzoek ik in deze scriptie in hoeverre de postkoloniale blik is doorgedrongen in het Vlaams secundair literatuuronderwijs, en dat op drie vlakken: op het vlak van (1) de behandelde literatuur, (2) de benadering van de literatuur en (3) de functies van het postkoloniale literatuuronderwijs. Enkel door de huidige stand van zaken over postkolonialisme in het secundair onderwijs na te gaan, kunnen we het postkoloniale literatuuronderwijs systematisch verbeteren en leerkrachten aanmoedigen om de voorgenoemde ideeën en voordelen in te zetten in hun lessen.

Dit onderzoek leidt tot een beter ontwerp en uitvoering van ondernemerschapsonderwijs door de achtergrond, het profiel van de studenten en de context te kennen. Het is duidelijk dat er in de toekomst meer ingezet moet worden op het geven van praktisch ondernemerschapsonderwijs wanneer het de bedoeling is om ondernemerschap te boosten. Verder moet er volgens dit onderzoek geen rekening gehouden worden met de eerdere ervaring aan ondernemerschap van de studenten.

Deze scriptie omvat de optimalisatie van kanker bio merker detectie in bloedstalen. Welke bloedbuis is nu het efficiëntste in het stabiliseren van de gebruikte bio merkers (hier extracellulaire vesikles. Kunnen deze pakketjes ook gevangen worden met bepaalde antilichamen tegen membraan proteïnen.

In dit onderzoek identificeerden we twaalf verschillende zeestersoorten in een onderbestudeerde regio (zuid-Chili) door identificatie doormiddel van morfologie en DNA barcoding te combineren. Soortenlijsten zijn belangrijk om soorten en regio's te monitoren en verandering door de klimaatopwarming te volgen. Bijkomend evalueerden we biogeografische patronen van deze zeesterren in de volledige Zuidelijke Oceaan.

Een kwantitatief onderzoek naar de moeilijkheden die internationale studenten ondervinden tijdens de zoektocht naar een kot in Gent.