Scriptiebank overzicht

In mijn thesis heb ik een nieuw model ontwikkeld om gerichter onconventionele autofagie uit te schakelen, zonder daarbij conventionele autofagie te verstoren. Hierdoor kunnen we deze methode in de toekomst verder gebruiken om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken en het fysiologische belang van dit proces verder aan te tonen. Meer bepaald heb ik tijdens mijn thesis-onderzoek het model gevalideerd met verschillende read-outs (co-immunoprecipitatie, LC3-lipidatie, TNF-geïnduceerde celdood en ferritine afbraak). Daarnaast toonde ik ook aan dat onconventionele autofagie betrokken is bij ferroptose, hetgeen bevestigt dat mijn model gebruikt kan worden om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken.

INLEIDING: Nieuwsites die rapporteren over medicatie bereiken een groot deel van de bevolking. Een volledige en gebalanceerde berichtgeving hierbij is belangrijk. Onderzoek ontbrak tot op heden binnen het Nederlandstalig medialandschap. Een concreet startpunt waaruit een debat kan voortvloeien tussen de verschillende actoren van de Vlaamse gezondheidscommunicatie ontbrak daarom. Dit onderzoek gebruikt hiervoor de communicatie over alzheimermedicatie en onderzoekt of die volledig en gebalanceerd was.

METHODEN: De berichtgeving rond alzheimermedicatie wordt onderzocht aan de hand van een retrospectieve kwantitatieve inhoudsanalyse op nieuwsartikelen gepubliceerd op de websites van de zeven grootste Vlaamse nieuwssites tussen 1 januari 2012 en 31 december 2023. De analyse omvatte het verzamelen van bibliografische gegevens, het beoordelen van de volledigheid aan de hand van vooraf gedefinieerde vragen, en tot slot het beoordelen van de balans van de berichtgeving door het gebruik van superlatieven en vermelding van tegenslagen te analyseren.

RESULTATEN: 172 artikels werden onderzocht (130 unieke teksten en 42 dubbele teksten). De communicatie over bijwerkingen (41%, 53/130) en kostprijs (18%, 23/130) was beperkt. In 38% (50/130) van de artikels werd iets vermeld over goedkeuring, waarvan 20% (26/130) van de gevallen specifiek goedkeuring in Europa. Superlatieven werden zelden gebruikt. 63% (82/130) van de artikels vermeldde dat alzheimeronderzoek gepaard ging met tegenslagen.

DISCUSSIE: De communicatie over alzheimermedicatie blijkt regelmatig onvolledig. Het taalgebruik lijkt wel gebalanceerd. Die communicatie is een gedeelde verantwoordelijkheid tussen experten, bedrijven, persagentschappen en journalisten. Deze studie kan dienen als startpunt voor een debat tussen de verschillende belanghebbenden over hoe zij de huidige communicatie over geneesmiddelen kunnen verbeteren.

Mijn scriptie richt zich op het optimaliseren van forensische DNA-databanken, specifiek hoe DNA-matches beter kunnen worden beoordeeld in gevallen waar de overeenkomst niet volledig duidelijk is, oftewel de ‘grijze zone’. Er werd onderzocht of de toepassing van likelihood ratios (LR) als een alternatieve methode gebruikt kan worden om de betrouwbaarheid van DNA-matches te verbeteren.

Listeria monocytogenes is een voedselpathogeen die listeriose veroorzaakt. Dit is een groot gezondheidsrisico voor ouderen, zwangeren, kinderen en immuungecompromitteerde patiënten. De detectie van Listeria monocytogenes in de voedingsindustrie is heel belangrijk. In mijn scriptie onderzoek ik of het mogelijk is om Listeria monocytogenes te detecteren met Fourier-Transformatie Infrarood spectroscopie.

Deze studie presenteert een nieuw, eenvoudig te gebruiken augmented reality (AR)-systeem dat chirurgen begeleidt tijdens kaakchirurgie. In tegenstelling tot de huidige methoden, die fysieke gidsen gebruiken en vaak kostbaar en tijdrovend zijn, maakt dit systeem gebruik van digitale hologrammen en de Microsoft HoloLens 2-headset. Het volgt de kaak van de patiënt in real-time, zonder dat fysieke markeringen nodig zijn. Tests met vier chirurgen toonden aan dat dit AR-systeem zeer nauwkeurig is, met een foutmarge van minder dan 1,08 mm. Deze nieuwe benadering kan een kosteneffectievere, eenvoudigere en minder ingrijpende manier bieden om de precisie van de chirurgie te verbeteren.

Dengue, een door muggen overgedragen virus, vormt een belangrijke wereldwijde bedreiging voor de gezondheid, vooral in tropische en subtropische gebieden. Met een toenemende incidentie en geografische verspreiding zijn effectieve vaccinatiestrategieën cruciaal voor het beperken van de gevolgen. Dit proefschrift onderzoekt het gebruik van
multi-objectieve multi-armed bandit (MOMAB) algoritmen om optimale vaccintoewijzing te identificeren voor de onderdrukking van dengue-epidemieën, waarbij medische werkzaamheid en monetaire kosten tegen elkaar worden afgewogen.

Het onderzoek gaat na of MOMAB-algoritmen efficiënt een subset van optimale vaccinatiestrategieën kunnen identificeren op basis van stochastische simulaties. Door het dengue-model van Recker et al. uit 2009 uit te breiden met ondersteuning voor vaccinatiestrategieën en leeftijdsheterogeniteit, simuleerden we de effecten van 53 verschillende strategieën.

We pasten verschillende MOMAB-algoritmen aan voor Pareto Front Identification (PFI) en stellen ook een volledig nieuw Top-two Pareto Front Thompson Sampling (TTPFTS) algoritme voor de PFI setting. Om de kwaliteit van de aanbevelingen van de beschouwde algoritmen te evalueren, hebben we drie metrieken ontwikkeld: de Bernoulli metriek, de Jaccard similarity metriek en de Hypervolume metriek.

Uit tests over 100 experimentele herhalingen met een beperkt budget van 30.000
simulaties bleek dat de algoritmen Pareto UCB1, TTPFTS en Pareto Thompson Sampling
consistent uitstekend presteerden in termen van efficiëntie en stabiliteit, en drastisch beter presteerden dan de momenteel gebruikte Uniform Sampling-methode.

De bevindingen tonen aan dat PFI MOMAB-algoritmen effectief zijn in het identificeren van optimale vaccinatiestrategieën voor de bestrijding van dengue op een efficiënte manier. Dit onderzoek draagt bij aan de optimalisatie van vaccinatieprogramma's en biedt een robuust besluitvormingskader voor volksgezondheidsfunctionarissen die geconfronteerd worden met de uitdaging van dengue-epidemieën. Het onderzoek onderstreept het potentieel van MOMAB-algoritmen om de strategische inzet van vaccins, ziektebeheer, en ziektebestrijding te verbeteren.

Spatial transcriptomics was deemed Nature’s method of the year in 2020. Because of these novel technologies, it is now possible to analyze subcellular RNA localization in a systematic and large scale manner. This will allow us to answer interesting fundamental biological questions in a variety of biological domains, in health and disease. However, computational methods to characterize subcellular RNA localization are still in their infancy. We therefore aim to tackle the following questions as part of this master thesis study:
How does one automatically classify whether a gene shows a subcellular localized expression pattern or not?
● Using supervised classification
○ Which classification algorithm is best suited? And how do we train it optimally
○ What is the performance of the optimal model?
○ Can we aggregate model classifications of a gene over every cell, and can we create a reliable statistical test to discern the probability that a gene localizes non-randomly?
○ If we can classify patterns from non-patterns, can we classify which specific pattern it is?
● Can we infer subcellular localization directly from the latent space embedding of an in-house developed neural network model, without training a classifier first?
● Do these results on simulated data generalize to real biological/experimental data?

Bijna tien procent van de Belgen lijdt aan gehoorverlies. Gelukkig kunnen gehoorapparaten vaak helpen, maar wat als die niet langer voldoende zijn? In dat geval kunnen gehoorimplantaten, en meer specifiek cochleaire implantaten, personen met ernstig gehoorverlies opnieuw laten horen. Net als de sterkte van je brilglazen moet je zulke gehoorimplantaten nauwkeurig afstellen op de noden van de drager. Deze scriptie onderzoekt hoe je dat automatisch kan doen, zodat echt iedereen met een cochleair implantaat geholpen kan worden.

Epilepsie is een veelvoorkomende neurologische aandoening (>70 miljoen mensen wereldwijd), gekenmerkt door terugkerende epileptische aanvallen. Een derde van alle patiënten met epilepsie worden niet aanvalsvrij met de huidige anti-epileptica. Verder onderzoek naar nieuwe, efficiëntere anti-epileptica is noodzakelijk. Recent is er een interesse ontstaan in het noradrenerge neurotransmissiesysteem en de rol ervan bij epileptische aanvallen. Het onderzoeken van het noradrenalinesysteem en het testen van noradrenerge medicatie (bv. atipamezole) gebeurt in proefdieren, waaronder zebravissen. Atipamezole blijkt in zebravissen de epileptische aanvallen te onderdrukken, hoewel de precieze mechanismen hiervan in verder onderzoek moeten worden aangetoond.

Diabetes Mellitus is een complexe aandoening die een multidisciplinaire aanpak vereist waarbij apothekers een belangrijke rol spelen. Kwaliteitsindicatoren en de combinatie hiervan met audit en feedback kunnen helpen om de zorg voor diabetespatiënten te verbeteren. Echter zijn de bestaande richtlijnen voor diabeteszorg door apothekers niet gevalideerd in België waardoor onmiddellijk gebruik als indicator niet mogelijk is. Dit onderzoek had als doel een set gevalideerde kwaliteitsindicatoren te ontwikkelen om de zorgkwaliteit door Belgische apothekers aan diabetespatiënten te evalueren. Met behulp van de RAND-gemodificeerde Delphi-methode werden aanbevelingen uit nationale en internationale richtlijnen beoordeeld door een multidisciplinair panel. Dit resulteerde in 14 procesindicatoren waarvan er momenteel 3 volledig te extraheren zijn uit het gedeelde farmaceutische dossier. Deze zijn gericht op vaccinatie, patiënteneducatie en levensstijlmanagement. Voordat de indicatoren in de praktijk kunnen worden uitgerold, zijn verdere implementatiestudies vereist.

Achtergrond: 80-90% van de leverkankers worden beschouwd als een hepatocellulair carcinoom (HCC). Dit is een primaire tumor die ontstaat in de hepatocyten. Doordat HCC wordt geassocieerd met levercirrose en er een groot risico op metastasering bestaat, bedraagt de overlevingskans van patiënten slechts 50-70% binnen de vijf jaar. Een tumormerker om HCC te detecteren, is Glypican-3.

Doel: Het doel van deze bachelorproef omvat het optimaliseren en valideren van het monoklonaal antilichaam Glypican-3, zodat HCC in een vroeg stadium gedetecteerd kan worden in formol-gefixeerd humaan weefsel.

Methode: Om dit doel te bereiken, werd gebruik gemaakt van immuunhistochemie (IHC). Hierbij zal het antigen GPC3 opgespoord worden in weefsels, met behulp van het antilichaam. Het toestel dat voor deze proef gebruikt werd, is de Dako Omnis van Agilent. De kleuring werd vervolgens gevalideerd door de patholoog-anatoom aan de hand van vooropgestelde scoringscriteria en verwachtingen van NordiQC. Er kon eveneens een onderscheid gemaakt worden tussen resultaten van het ready-to-use (RTU) antilichaam en het geconcentreerd antilichaam.

Resultaten: De verkregen data geven aan dat het geconcentreerde antilichaam voldoet aan de gewenste criteria om de test succesvol te volbrengen. Bij het positieve controleweefsel kan het antigen-antilichaam complex gevisualiseerd worden door de bruine neerslag van 3‘3 diaminobenzidine. Bij de negatieve controleweefsels was, zoals gewenst, enkel de tegenkleuring van hematoxyline waarneembaar. Het RTU-antilichaam voldoet niet aan de eisen en is afgekeurd voor verder gebruik.

Conclusie: Het geconcentreerd antilichaam werd goedgekeurd voor routinematig gebruik op de Dako Omnis. Aan de hand van Glypican-3 kunnen de pathologen een duidelijk onderscheid maken tussen gezond leverweefsel en HCC. Glypican-3 is dus geschikt om HCC in een vroeg stadium op te sporen.

Het doel van deze bachelorproef is het optimaliseren en valideren van de Kirsten Rat Sarcoma (KRAS) screening test via digital droplet polymerase chain reaction (ddPCR). De stalen die gebruikt worden in deze bachelorproef zijn formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) patiëntenstalen waarvan de fractionele abundanties reeds bekend zijn met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). De resultaten van deze studie werden verkregen via de QX600 Droplet Reader (Bio-Rad), dat gebruik maakt van de QuantaSoft™ software. De resultaten van het optimalisatie gedeelte geven aan dat deze methode het meest optimaal werkt bij een annealings/elongatie temperatuur van 53°C en zonder gebruik van restrictie enzymen (RE) en uracil-DNA-glycosylase (UDG). Daarnaast werkt deze methode ook het best bij een lagere DNA-input en bedraagt de limit of blank (LOB) 0,9% variant allel frequentie (VAF). De resultaten van het validatie gedeelte geven aan dat deze methode een kwantitatieve detectielimiet (LOQ) van 1% heeft, hierbij kan deze methode lineair, precies en accuraat meten. In het algemeen kan er geconcludeerd worden dat deze methode zeer lage fractionele abundanties kan detecteren in FFPE stalen, ook met lagere DNA-input hoeveelheden. Deze gevalideerde methode kan in de routine ingezet worden als verificatie methode voor NGS borderline varianten in het KRAS gen.

In mijn scriptie onderzocht ik de processen onderliggend aan tekorten in de snelheid van informatieverwerking bij mensen met multiple sclerose. Dankzij magnetische hersenmetingen tijdens een cognitieve test, gecombineerd met een datagedreven analysemethode gebaseerd op artificiële intelligentie, kon ik voor het eerst een zeer gedetailleerde beschrijving geven van de hersennetwerken die betrokken zijn bij de snelheid van informatieverwerking.

Na een dwarslaesie worden B-cellen geactiveerd in de periferie, migreren ze naar het ruggenmerg en dragen ze bij aan een inflammatoire en autoreactieve immuunrespons die leidt tot verdere schade. Recentelijk hebben we verhoogde frequenties van CD74-positieve B-cellen aangetoond bij dwarslaesiepatiënten. CD74 fungeert als een receptor voor macrofaag migratie inhibitie factor (MIF) en in de aanwezigheid van accessoire eiwitten, waaronder de co-receptor CD44, activeert de binding van MIF aan CD74 signaalcascades die pro-inflammatoire B-celfuncties stimuleren. Desondanks is de MIF/CD74-as niet onderzocht in B-cellen na een dwarslaesie. Daarom hadden we als doel het immuunprofiel na SCI te bestuderen, evenals de expressie en bijdrage van de MIF/CD74-as aan B-celactivatie bij gezonde individuen en dwarslaesiepatiënten. Met behulp van flowcytometrie observeerden we hogere aantallen B-cellen en lagere NK-cel aantallen in de acute fase vergeleken met de subacute en chronische fasen na het letsel, wat suggereert dat ze respectievelijk betrokken zijn bij de vroege en latere fasen van een dwarslaesie. Bovendien werd een flowcytometriepanel geoptimaliseerd om de expressie van de MIF/CD74-as in B-cellen en andere immuuncellen te bestuderen. In B-cellen van gezonde individuen, observeerden we significante verminderingen in proliferatie en expressie van activatiemarkers CD80 en CD86 na CD44-blokkering, evenals een sterke dalende trend in B-celproliferatie bij MIF-remming. Al met al suggereren onze resultaten een rol voor B-cellen en de MIF/CD74-as bij het optreden van een dwarslaesie.

Histonen zijn eiwitten die het DNA in de celkern helpen oprollen en structureren, zodat het compact blijft en toegankelijk is voor celprocessen. Ze spelen een cruciale rol in genregulatie en de vorming van chromatine. Hoewel de binding van metalen aan histonen al decennia wordt onderzocht, ontbreekt nog steeds overtuigend bewijs voor hun biologische functie. Recente studies toonden wel aan dat koper in de functionele vorm en ijzer in de lineaire vorm aan histonen kan binden. Deze masterthesis onderzoekt of ijzer ook in de biologische conformatie aan histonen kan binden. Hiervoor worden twee modellen ontwikkeld: een eiwitmodel, waarbij bacteriële expressie werd gebruikt om de histonen te vormen en hun ijzerbindingscapaciteit te testen, en een cellijnmodel, waarbij histonen in cellen werden geactiveerd of uitgeschakeld om hun rol in ijzerbinding te bestuderen.

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

In mijn scriptie kijken we naar een nieuwe behandeling tegen een glioblastoom, een kwaadaardige tumor in het steunweefsel van de hersenen.

Deze thesis onderzoekt de integratie van Federated Learning (FL) binnen het domein van het voorspellen van de hersenleeftijd met behulp van structurele Magnetic Resonance Imaging (MRI) scans. Door gebruik te maken van het FL-framework Flower stelt dit onderzoek medische instellingen in staat om samen voorspellende modellen te ontwikkelen en tegelijkertijd de gegevensprivacy te waarborgen en te voldoen aan regelgeving zoals GDPR en de California Consumer Privacy Act. Door domeinaanpassingstechnieken toe te passen om ervoor te zorgen dat de leeftijd op alle knooppunten vertegenwoordigd is, vermindert dit onderzoek de problemen die ontstaan door heterogene gegevensdistributies, waardoor de modelprestaties verbeteren. De bevindingen benadrukken de effectiviteit van het gebruik van voorgetrainde modellen, namelijk met algoritmen zoals FedProx, die cliëntdrift corrigeren en hun voordeel aantonen in scenario's met zeer scheve gegevensdistributies. Dit onderzoek onderstreept het potentieel van FL om competitieve modellen te produceren die geschikt zijn voor praktische toepassing in neuroimagingtaken. De implicaties reiken verder dan het voorspellen van de hersenleeftijd en suggereren bredere toepassingen in de gezondheidszorg, waar gegevensprivacy en samenwerkend leren cruciaal zijn. Deze thesis dient als een fundamentele inspanning, waarbij theoretische vooruitgang wordt samengevoegd met praktische toepassingen in de medische diagnostiek, en moedigt verdere verkenning en ontwikkeling in deze domeinen aan.

Organen geprint op een 3D-bioprinter vereisen net als de organen in ons lichaam een functioneel netwerk van bloedvaten. In deze scriptie werd een nieuwe elastine-rijke bio-inkt ontwikkeld dat de bloedvatvorming zou toelaten. Dit resulteerde uit talrijke printbaarheidsevaluaties en fysiologische testen. Verder werd ook het potentieel van VEGF-producerende cellen geëvalueerd om de vorming van bloedvaten te stimuleren in 3D-gefabriceerde organen. Meer bepaald werden de eiwit productie en overleving van de cellen gekarakteriseerd. Dit werd gevolgd door een test-print waarin de aanwezigheid van VEGF-producerende cellen resulteerde in bloedvatvorming uit een bloedvatcellen aggregaat.

Core histones (H2A, H2B, H3, and H4) form nucleosomes, the basic units of chromatin, which compact DNA into chromatin fibers. Euchromatin, with loosely packed structure, facilitates transcription by allowing enzyme access to DNA, whereas heterochromatin's tight packing blocks transcription. Histone proteins contain tails rich in lysine and arginine residues, which undergo various posttranslational modifications (PTMs). These modifications influence the regulation of chromatin structure and gene activity. Post-translational modifications, such as histone lysine methylation, acetylation and phosphorylation are prevalent in various cancer types. The aim of the study is to detect and localize specific PTMs on histones by optimizing the existing method for nuclei isolation and sample purification. The research employs the OPM-2 cell line, for which sample preparation begins with the isolation and breakdown of the nuclei. Next, magnetic beads are utilized to purify the sample by binding the proteins and removing contaminants, followed by overnight digestion. After preparing the Evotips, the samples are injected into the Evosep One connected to the timsTOF HT for tandem MS analysis with trapped ion mobility. The addition of an extra washing step during nuclei isolation, which was tested during protocol adjustments, had no effect on the purity of the sample. Similarly, the separate addition of SDS and Benzonase during nuclei isolation showed no positive impact. When the effect of an additional protein purification step using 5 µl RPW cartridges was investigated, it led to a significant improvement in purity, with a lower total protein yield and histones being the most abundant proteins in the sample. With the latest optimization, nine peptides of interest on H3 could be detected. However, the evaluation of this optimized protocol is still ongoing and further optimization remains necessary.

Clostridium botulinum (C. botulinum) is een Gram-positieve, sporenvormende bacterie die een van de krachtigste neurotoxinen, het botulineneurotoxine (BoNT), produceert. Deze bacterie vormt een ernstig risico voor de volksgezondheid vanwege de mogelijke aanwezigheid in voedingsmiddelen met een lage zuurgraad, zoals ingeblikte producten en gerookt vlees. Dit onderzoek richt zich op de isolatie en karakterisering van C. botulinum, met als doel de ontwikkeling en optimalisatie van isolatiemethoden en moleculaire technieken voor nauwkeurige detectie en identificatie. Het onderzoek bestaat uit twee delen: het eerste deel richt zich op het optimaliseren van isolatieprotocollen van C. botulinum uit verschillende voedingsmiddelen door het evalueren van diverse methoden en parameters. Het tweede deel ontwikkelt een protocol voor het verkrijgen van hoogwaardige DNA-extracten, geschikt voor whole genome sequencing (WGS). Het onderzoek beoogt de verbetering van isolatie- en DNA-extractiemethoden, wat kan bijdragen aan verbeterde detectie- en preventiestrategieën tegen C. botulinum.

Human T-cell leukaemia virus type 1 (HTLV-1) is a major problem in highly endemic regions and is the causative agent for adult T-cell leukaemia and HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. To date, no cure is available for either of these diseases, yet prevention of HTLV-1 infection has proven to be a viable option. The HTLV-1 reverse transcriptase (RT) enzyme provides an interesting drug target due to its vital function in the viral replication. In this thesis, we aim to obtain the structure of HTLV-1 RT via single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and gain insight into the mechanisms it employs to perform its DNA polymerase function. In the first part, an extensive analysis was conducted on phylogeny, gene ontology, and homology, where we found HTLV-1 RT to have great similarity to both human immunodeficiency virus type 1 RT and human endogenous retrovirus K RT. Following this, a physiologically relevant model of HTLV-1 RT in complex with a nucleic acid dimer was constructed and used in an antiviral compound docking study. In the second part, multiple plasmids were designed to express HTLV-1 RT in various forms and were transformed into multiple Escherichia coli (E. coli) strains for recombinant protein expression. After induction, HTLV-1 RT was isolated using nickel-histidine affinity chromatography. Here, the recombinant protein yield remained very low, which prompted us to perform an in-depth analysis of the HTLV-1 RT encoding mRNA. Via RT-qPCR, significant variation in mRNA expression levels between constructs was observed, but the presence of HTLV-1 RT encoding mRNA was confirmed. In silico RNA folding of the HTLV-1 RT mRNA suggested the occurrence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA. In conclusion, we substantiated the link between HIV-1 RT and HTLV-1 RT necessary to validate the effort in
screening anti-HIV-1 RT compounds against HTLV-1 RT. Furthermore, by docking these compounds into a physiologically relevant in silico model of HTLV-1 RT, we showed that some of those would favourably bind to HTLV-1 RT’s polymerase active site with sub-nanomolar affinity. Additionally, we successfully expressed and isolated HTLV-1 RT in low quantities. This low yield is most likely explained by the presence of a highly stable GC-rich hairpin loop at the 5’ end of the mRNA, reducing the ribosomes' binding capacity for successful translation. Although we succeeded in expressing HTLV-1 RT, higher quantities are required to perform structural studies. In the future, once sufficient protein is obtained, a high-resolution model of HTLV-1 RT can be constructed, which will allow for high-throughput drug screening and the development of HTLV-1 RT-specific drugs, for which there is a great need.

Een van de grootste uitdagingen in tissue engineering is het creëren van functionele bloedvaten binnen artificiële weefsels. Deze studie onderzoekt het gebruik van alginaat als porogen om na het printen poriën te creëren in bio-inkt, wat de vorming van vasculaire netwerken bevordert.
De eigenschappen van alginaat als porogen werden geëvalueerd, evenals het evenwicht tussen volledige verwijdering van alginaat en de impact daarvan op cellevensvatbaarheid. De optimale combinatie van GelMA en porogen werd bepaald op basis van printbaarheid en effecten op de cel fysiologie van ingekapselde cellen. GelMA-Porogen leverde bij elke celtest betere resultaten op dan GelMA alleen, wat het tot een geschikte biomateriaalcombinatie maakt voor de vorming van vasculaire netwerken.

Deze scriptie heeft tot doel de basis te leggen voor de ontwikkeling van een niet-invasieve meetmethode voor de verhoogde interstitiële vloeistofdruk in tumoren. Dit is verwezenlijkt met behulp van een computationeel model die toelaat te bestuderen hoe de vloeistofdruk de resultaten van ‘shear-wave’ elastografie beïnvloedt.

Voedselbiodiversiteit is de variatie van alles wat we consumeren. Het is belangrijk voor zowel onze gezondheid als voedselzekerheid in de toekomst. Om dit in kaart te brengen en te kunnen verbeteren in de toekomst zijn verschillende formules onderzocht.

Berekening van reactiekrachten in het schoudergewricht bij gebruikt van een exoskeleton. Deze krachten zijn berekend via een musculoskeletale modelering software, en dit voor 3 gevallen: geen assistentie, assistentie via kracht en assistentie via een koppel.

De studie focust zich op functionele en moleculaire karakterisatie van de interactie tussen MeCP2 en LEDGF. Dit eiwitcomplex heeft een invloed op de LINE-1 retrotranspositie. Retrotranspositie is een proces waarbij een DNA-fragment zich verplaatst naar een andere locatie in genoom en bij een niet correcte regulatie van dit proces, kan dit de oorzaak zijn van verschillende aandoeningen.

Lees hieronder hoe wij hoofd-hals kankerpatiënten een beter vooruitzicht kunnen bieden!
De huidige behandeling voor hoofd-hals kankerpatiënten schiet tekort. Wij proberen deze door de toevoeging van niet-thermisch plasma te verbeteren, en dat door het activeren van het immuunsysteem. In deze scriptie toonden wij aan dat onze innovatieve combinatietherapie zeer veelbelovend is en groot potentieel houdt om hoofd-hals kankerpatiënten bij te staan in de toekomst.

In deze scriptie wordt een pipeline geoptimaliseerd dat vertrekkende van publieke proteoomdata van cellijnen een model traint cellijnen te herkennen.

In deze masterscriptie werd onderzocht of het vaginale microbioom van een moeder ook invloed heeft op dat van haar dochter op latere leeftijd. Ook de dynamiek van het vaginale microbioom tijdens de zwangerschap werd bestudeerd.