Scriptiebank overzicht

In mijn thesis heb ik een nieuw model ontwikkeld om gerichter onconventionele autofagie uit te schakelen, zonder daarbij conventionele autofagie te verstoren. Hierdoor kunnen we deze methode in de toekomst verder gebruiken om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken en het fysiologische belang van dit proces verder aan te tonen. Meer bepaald heb ik tijdens mijn thesis-onderzoek het model gevalideerd met verschillende read-outs (co-immunoprecipitatie, LC3-lipidatie, TNF-geïnduceerde celdood en ferritine afbraak). Daarnaast toonde ik ook aan dat onconventionele autofagie betrokken is bij ferroptose, hetgeen bevestigt dat mijn model gebruikt kan worden om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken.

De fotosynthetische capaciteit van verschillende boomsoorten en lianen werd voor de allereerste keer vergeleken tussen twee sites in het Amazonewoud enerzijds en één site in het Centraal-Afrikaanse regenwoud anderzijds. De fotosynthese was opvallend hoger in het Afrikaanse bos. We zouden dus best verschillende parameters gebruiken voor beide regenwouden in vegetatiemodellen. Zo kunnen we klimaatverandering en de impact ervan beter voorspellen. Dit onderzoek kan helpen om meer aandacht te vestigen op het vaak vergeten Afrikaanse regenwoud.

Lianen zijn structurele parasieten die bomen beklimmen om toegang te krijgen tot de bovenste bladerdaklaag. Hun abundantie en biomassa nemen toe in de Neotropen, wat waarschijnlijk de werking van deze tropische gebieden beïnvloedt. Lianen hebben minder structureel weefsel en beperken de groei van bomen, waar door de aangetaste bossen minder koolstof vastleggen. Hun bladreflectie is gemiddeld hoger dan die van bomen, wat de spectrale signatuur van de tropische bossen verandert.
Deze studie onderzoekt de structurele en biochemische bladkenmerken van lianen en bomen in een secundair tropisch regenwoud in Panama. De onderzochte kenmerken omvatten bladdikte, equivalente waterdikte (C), bladmassadichtheid (LMA) en koolstof- en stikstofgehalte, evenals hun stabiele isotopen δ13C en δ15N. Daarnaast wordt de bladreflectie tussen 350 en 2500 nm onderzocht, met de focus op verschillen tussen de twee groeivormen en hoe deze kenmerken variëren met seizoensveranderingen. Door een combinatie van bladkenmerkmetingen en hyperspectrale reflectiegegevens, werden statistische testen en lineaire gemengde effectenmodellen gebruikt om de gegevens te analyseren.
De resultaten onthullen significant lagere LMA, C en δ13C-gehalte voor lianen dan voor bomen. Seizoensgebondenheid heeft geen significant effect op de bladkenmerken. De reflectie van lianenbladeren is significant hoger dan die van bomen in twee van de vier waterbanden in het kortgolvig infraroodgebied en het groene gebied. Daarnaast beïnvloeden seizoensvariaties de reflectie-eigenschappen van bomen. Ze blijken significant verschillende reflecties te hebben tussen seizoenen in de twee overgebleven waterbanden en het nabij-infraroodgebied. Lianen daarentegen worden niet significant beïnvloed door seizoensgebondenheid in de vooraf bepaalde banden. De Kullback-Leiber divergentie van de reflectiespectra tussen seizoenen is meer dan 4 keer groter voor bomen dan voor lianen. Deze bevindingen suggereren dat onderzoek naar de reflectie van boombladeren seizoensgebondenheid in aanmerking moet nemen. Voor lianen daarentegen lijkt de reflectie weinig beïnvloed door seizoensgebondenheid. Zowel de bladkenmerken als de reflectie van lianen lijken stabiel te zijn gedurende het natte en droge seizoen.
Onze bevindingen suggereren dat de onderscheidende structurele en biochemische kenmerken van lianen en bomen een cruciale rol spelen in hun ecologische strategieën en interacties binnen het bosecosysteem. Verder benadrukt de studie het potentieel van hyperspectrale reflectie als een proxy voor het monitoren van blad v kenmerken. Deze inzichten dragen bij aan een beter begrip van de ecologische rollen van lianen en bomen en hun reacties op milieuveranderingen, wat essentieel is voor het voorspellen van de gevolgen van klimaatverandering voor tropische bosecosystemen

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

Deze scriptie onderzoekt met behulp van een computersimulatie de invloed van verschillende omgevingsfactoren zoals nutriëntenniveaus en disrupties op de evolutie van cellulaire hechtingsterkte in bacteriële biofilms. Dit is relevant in de medische sector (o.a. besmetting van patiënten en medisch gereedschap), maar ook voor allerlei industriële toepassingen zoals corrosie van metalen installaties.

Soils are everywhere and they are teeming with life. They contain over 59% of all biodiversity and these different species are in close contact with each other. Soil organisms interact with such a vast array of other soil organisms that they construct an intricate soil community network, which is still poorly understood. However, global change is pushing down on these smaller life forms and, by extent, threatening the world as we know it. The loss in soil biodiversity is tangible in the functional network and stunts the performance of entire ecosystems.

This thesis will point our gaze downwards, literally. We will explore the intricate soil network, comprised of life such as microscopic insects, worm-like organisms, fungi and bacteria. While largely invisible, the cooperation of these organisms keeps both the natural world and our civilisation running, as they deliver valuable ecosystem functions which shape our aboveground worlds. Bacteria are an essential cornerstone in soil networks. For instance, they are crucial in the decomposition process, in which they recycle organic matter and thus revitalise the ecosystem. This was our reason to further look into how Bacteria are impacted by the loss of whole groups from the soil network.

This research has found that subsequentially losing more and more different organism groups results in bacterial communities which differ significantly from each other. As their composition changes, the benefits they provide to the ecosystem change as well. We showed that the ability of bacteria to recycle nutrients is drastically impeded as the soil networks are degrading. This will in turn cause further decline in biodiversity as certain species will be unable to sustain their nutritional needs

Plant productivity was affected as well. While grasses seemed to be more resilient, herbs decreased in their performance, which could ultimately have important consequences for the ecosystems, such as a lower abundance of flowers for pollinators.

This study underlines the efficiency of a diverse soil system. Due to the disruption in the trophic and decomposition networks, the functioning of the overall soil network declines in its efficiency. This is alarming considering these belowground communities are the foundation of our aboveground world.

Een studie in de variabilitieit van waterkolom denitrificatie in zuurstofminimumzones in de Oostelijke Tropische Stille Oceaan.

In natuurgebieden wordt steeds vaker met zware machines gemaaid, maar dit zorgt voor bodemverdichting. Daardoor verhogen de concentraties nutriënten en toxische elementen in de bodem, verandert de samenstelling van het bodemmicrobioom en treedt er plantensterfte op. Elk van deze effecten kan een negatieve invloed hebben op planten, waardoor handmatig maaien te verkiezen is boven maaien met zware machines.

Vluchtige organische stoffen zijn secundaire metabolieten die geproduceerd worden door planten, dieren en microben. Hun uitstoot is goed onderzocht in bovengrondse ecosystemen, maar niet in de bodem. In dit onderzoek werd er geprobeerd een methode te vinden om deze stoffen te meten.

Een zakje vers versneden sla uit de supermarkt bevat gemiddeld zo’n één miljoen bacteriën per gram sla. Hoe geraak je dan van al deze bacteriën af vooraleer je de sla opeet? Simpelweg niet, onmogelijk zelfs… en meer nog, onnodig. In deze masterproef* werd namelijk onderzocht of de vele bacteriën op Romeinse sla, welke voornamelijk goede bacteriën zijn, een hindernis kunnen vormen voor de groei van uitzonderlijk aanwezige ziekmakende bacteriën zoals Listeria monocytogenes.

De zuivering van grijswater voor hergebruik in een huishouden met membraanbioreactoren waarbij keramische membranen gebruikt worden voor de onderhoudsfrequentie te verlagen.

Tiërra is het afstudeerproject van Ornella Torres Melkebeek gerealiseerd onder begeleiding van Frank Goethijn (Productontwikkeling UA) in het academiejaar 2019-2020.
Het resultaat is een product-set voor tuin en moestuin eigenaars waarmee zij zelf, microbieel bodemverbeteringsmiddel kunnen aanmaken. Dit middel toepassen verhoogt de hoeveelheid micro-organismen in de bodem en aldus ook de bodemgezondheid op een biologische manier.

Patiënten met type 1 diabetes worden tot op heden behandeld met insuline-injecties, die gevaarlijk lage bloedsuikerspiegels teweeg kunnen brengen en onvoldoende beschermen tegen de chronische complicaties die deze ziekte met zich meebrengt. Een echte curatieve therapie voor type 1 diabetes zou het herstel van de oorspronkelijke populatie beta cellen kunnen zijn door middel van regeneratie. Wij hebben een methode gevonden om beta cellen in muizen terug te doen delen door de bloedvaten in eilandjes van Langerhans te laten wegtrekken en terug te doen groeien.

Lianen verlagen de koolstofopslag in tropische bossen en versnellen zo de klimaatverandering. Er is echter nog maar weinig gekend over de droogtetolerantie van lianen. De onderzochte lianen maken gebruik van een spectrum aan overlevingsmechanismen en blijken sterk gewapend te zijn tegen droogte. De integratie van het heterogene en droogtetolerante karakter van lianen in klimaatmodellen is noodzakelijk om de klimaatverandering nauwkeuriger te gaan voorspellen.

Metabarcoding studie naar de invloed van chitine op het microbioom van slaplanten, gevolgd door een genoomonderzoek van de schimmel Mortierella hyalina.

Mariene ecosystemen bieden belangrijke ecosysteemdiensten als waterkwaliteitsregulatie,
golfdemping voor kustbescherming, visserij. Niettemin zorgen menselijke activiteiten als visserij, baggerwerken, zand- en grindextractie... voor een homogenisering van de zeebodem habitatstructuren. Het zandbankensysteem in het Belgisch deel van de Noordzee bestaat hoofdzakelijk uit zandbanken met een variërende sedimentsamenstelling en een geassocieerde soortenverspreiding. Zandbanken met fijne sedimenten en een hoog moddergehalte, zeldzamer in ruwe omstandigheden offshore, herbergen de hoogste soortendiversiteit en -dichtheid. Echter
verlaagt nutriëntenaanrijking uit kustgebieden soortenrijkdom. Habitatstructurerende soorten als de blauwe mossel zijn gekend het fijn zand in te vangen en het moddergehalte te verhogen.
Verschillende studies tonen een hogere vis- en kreeftachtigenproductie nabij tweekleppige riffen.

In Vlaanderen moeten de landbouwers voldoen aan de normen en plichten die men opgelegd heeft via de overheid, in het MAP 6. Landbouwers mogen minder en minder bemesten, gronden raken uitgeput en opbrengsten dalen. Daarbij komt de verplichte inzaai van vanggewassen, wat voor- en nadelen heeft. In 2019 heeft men een uitzonderlijke toelating gegeven om wintertarwe uit te zaaien als vanggewas. Dit omdat wintertarwe normaal gezien groen de winter en heeft dan al N onttrokken uit de bodem, wat op zijn beurt zorgt voor een lager N residu.

Door de verminderende bemestingsnormen is men op zoek naar manieren, oplossingen, methodes om de N uit dierlijke en anorganische mest efficiënter te benutten. Jorion- Philipseeds kwam in 2018 uit met B-up coating, dit is een coating bestaande uit humus- en fulvozuren. Dit testte men in mais uit, met positief resultaat. In deze bachelorproef wordt er B-up coating getest met wintertarwe. Door de humus- en fulvozuren tracht men een snellere kieming te verkrijgen, zo kan het tarweplantje sneller beginnen groeien. De zuren zorgen voor een betere vrijstelling van mineralen, N en P. Hierdoor wordt er een betere en efficiëntere benutting verkregen van N en P wat zeer belangrijk is voor kiem- en jeugdgroei. Men wil de plant zo snel mogelijk boven de grond krijgen, dan is deze minder vatbaar voor schimmels en ziektes in de bodem. De humus- en fulvozuren zorgen voor een ontbinding van mineralen en P van het humuscomplex, hierdoor is er een veel sterkere wortelontwikkeling en langere wortels. In periodes wanneer de plant stress heeft, zoals de extreme droogtes de laatste jaren, is de plant beter voorzien van vocht en dus weerbaarder. Men heeft dus een gezondere plant voor ogen door de hogere opname van nutriënten en voldoende vocht door de betere wortelzetting.

Combining Antonio Gramsci’s cultural and counter-hegemonic theory with the ontological turn in anthropology, this thesis explores how the ontologies at radical environmental protest camps challenge the hegemonic ontology based on the division of nature and culture. The Mi’kmaq ontology at a blockade against an underground gas storage in Nova Scotia is juxtaposed with the ontology at a non-Indigenous protest camp against fracking in the United Kingdom. Although both counter-hegemonies challenge the dominant structure and superstructure through their practices, arguments and ideas, they retain distinctions. Both emphasise the entanglement of humans, other critters and commons like water, but seeing water as a self or the world as alive is less established in the English context. Yet the love for spirit water in the Mi’kmaq context is also based on a deep caring for future generations and the own world. Because of the important role stories play in the making of ontologies, both camps are introduced with a story from the site.

De voorbije decennia is er een toename in densiteit en biomassa van lianen waargenomen in tropische bossen in de Neotropen. Dit heeft een impact op onder andere boom mortaliteit, groei en diversiteit en zal ook de koolstofbalans en dynamiek worden beïnvloeden. Daarom deze studie van veranderingen in het voorkomen en in de functionele identiteit van lianen langsheen een hoogtegradiënt in Ecuador. Zo kunnen wijzigingen in de vegetatie worden gelinkt met veranderende biotische en abiotische factoren langsheen de gradiënt.

De vruchtbaarheid van bodems tussen ecosystemen op aarde vergelijken is een serieuze uitdaging. Als eerste stap om dit in de toekomst mogelijk te maken, heb ik in mijn thesis een bestaande formule voor bodemvruchtbaarheid geëvalueerd en verbeterd op basis van gegevens uit Zweedse naaldbossen.

onderzoeken hoeveel effectieve organische stof een bepaalde teelt aanbrengt in de bodem en de daarbij horende humificatiecoëficiënten onderzoeken in een zand- en een leembodem

Door klanten op maat gemaakt voedingsadvies mee te geven, wordt de duurzaamheids- en gezondheidsproblematiek m.b.t. de voedingsconsumptie gecounterd.

In het drinkwater worden vaak nog micropolluenten, restanten van pesticiden en geneesmiddelen, gedetecteerd en dit met concentraties die hoger zijn dan de limiet van 0.1 µg/L, opgelegd door de EU. De bioaugmentatie van de zandfilters, gebruikt bij drinkwaterproductie, met bacteriën die de micropolluenten kunnen afbreken of mineraliseren zou een duurzame techniek voor het verwijderen van deze micropolluenten kunnen zijn. In deze thesis werd onderzocht of een BAM-afbrekende bacterie een biofilm van zandfilterbacteriën kan binnendringen en kan overleven onder de voedselarme omstandigheden van de biofilm zonder de BAM-degraderende capaciteit te verliezen.

De verwachte hogere atmosferische koolstofdioxide concentraties zullen niet noodzakelijk aanleiding geven tot een sterkere groei in tropische bossen. Verschillende omgevingsfactoren, zoals de nutriëntenvoorraad van de bodem, kunnen deze groei immers limiteren. Deze thesis beschrijft hoe de koolstofopslag van tropische bossen varieert langsheen een hoogtegradiënt in het Andesgebergte van Ecuador en hoe de nutriëntendynamiek van de bodem daar een belangrijke rol in speelt.

Nutritionele screening is noodzakelijk om de levenskwaliteit van ouderen te bevorderen. Er is een relatie tussen malnutritie en infecties bij ouderen. Er is voldoende preventie, screening en behandeling noodzakelijk van malnutritie om het risico op inflammatie en de weerslag op het fysiek functioneren van de bewoners in een woonzorgcentrum te beperken.

Evaluatie van het effect van een omvorming van gemengd loofbos naar monoculturen van Fijnspar op het ondergrondse bosecosysteem. Meer bepaald het effect op de koolstofopslag en de stabiliteit van deze opslag is van belang in dit onderzoek. In een context van klimaatsveranderingen zijn bos ecosystemen en hun bodems van cruciaal belang.

In deze scriptie werd de omvorming van oud bos naar monoculturen van Fijnspar geëvalueerd. Meer specifiek werd het effect op de koolstofvastlegging en stabiliteit onder dergelijke monoculturen onderzocht.

Bijen gaan achteruit, niet enkel door een tekort aan voedsel in het landschap, maar eventueel ook via een verminderde kwaliteit van dit voedsel als gevolg van nutriëntenvervuiling. Dit wordt hier experimenteel aangetoond.

Observationele studie naar de meest voorkomende voedingsgerelateerde vragen in de officina in Vlaanderen. Daarnaast wordt de voorkennis van de studenten nagegaan, om zo adviezen naar de farmacie-opleiding toe te kunnen formuleren.

Micro-organismen, de boeren van de toekomstHoewel kunstmest, herbiciden, genetische gemodificeerde organismen de productie van voedingsgewassen verhogen, is er nood aan innovatie en meer natuurlijkere mogelijkheden om de productie van deze gewassen op te drijven. Zouden micro-organismen de redding kunnen zijn?‘Honger beëindigen, voedselzekerheid verschaffen, voedingswaarde verhogen en duurzame landbouw promoten’ is het tweede duurzame ontwikkelingsdoel in de Agenda 2030 van de VN.